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Stellenangebote

Postdoktorand NFDI4BioDiversity

Für die Technische Fakultät, Institut für Bioinformatik-Infrastruktur (BIBI), suchen wir zum 1. Januar 2021 in Vollzeit eine*n Wissenschaftliche*n Mitarbeiter*in (m/w/d) (E13 TV-L, befristet)

*** Ihre Aufgaben ***

Bei dem DFG-geförderten Projekt NFDI4BioDiversity handelt es sich um ein Konsortium der Nationalen Forschungsdateninfrastruktur (NFDI), innerhalb dessen datenwissenschaftliche Lösungen für das Gebiet der Biodiversitätsforschung entwickelt und angeboten werden sollen. An der Technischen Fakultät der Universität Bielefeld und am Bielefelder Institut für Bioinformatik-Infrastruktur (BIBI) soll in diesem Kontext eine einfache Zugangsmöglichkeit zur Cloud-Infrastruktur des deutschen Netzwerks für Bioinformatik-Infrastruktur (de.NBI) entwickelt werden.

Die an der Universität Bielefeld in diesem Kontext anfallenden Aufgaben umfassen im Einzelnen:
* Auswahl und Anpassung von Software und Cloud-Lösungen aus dem de.NBI-Netzwerk für die Belange des NFDI4BioDiversity-Konsortiums (30 %)
* Weiterentwicklung der Software-Angebote, insbesondere um Methoden des Data Mining und des maschinellen Lernens (30 %)
* Training von Mitgliedern des Konsortiums an de.NBI-Software und bei der Nutzung de.NBI-Cloud (40 %)

Für diese Tätigkeiten wird ein*e erfahrene*r Mitarbeiter*in gesucht, die*der sich sowohl auf technischer wie auf koordinatorischer Ebene einbringen soll.
Die Stelle ist unter Vorbehalt der Projektbewilligung zu besetzen.

*** Ihr Profil ***

Das erwarten wir
* abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Diplom-, Master- oder vergleichbarer Abschluss) in Informatik, Bioinformatik oder einem verwandten Fach
* Promotionsabschluss in Informatik oder Bioinformatik
* mehrjährige Berufserfahrung als Datenwissenschaftler*in in den Lebenswissenschaften
* fundierte Kenntnisse in der statistischen Analyse und Integration großer heterogener Datenmengen
* Erfahrung im Umgang mit Hochdurchsatz-Rechnerinfrastruktur
* Deutsch und Englisch fließend in Wort und Schrift
* ausgeprägte kommunikative Kompetenz, selbständige Arbeitsweise und hohe Eigeninitiative

Das wünschen wir uns
* aktuelle Publikationstätigkeit
* Erfahrung im Design und der Implementierung von Speicher-/Analysekonzepten für Hochdurchsatz-Daten

*** Unser Angebot ***

Die Vergütung erfolgt nach der Entgeltgruppe 13 des Tarifvertrages für den öffentlichen Dienst der Länder (TV-L). Die Stelle ist gemäß § 2 Absatz 1 Satz 2 WissZeitVG bis zum 31. Dezember 2025 befristet (entsprechend den Vorgaben des WissZeitVG und des Vertrages über gute Beschäftigungsbedingungen kann sich im Einzelfall eine abweichende Vertragslaufzeit ergeben). Die Beschäftigung ist der wissenschaftlichen Qualifizierung förderlich. Es handelt sich um eine Vollzeitstelle. Auf Wunsch ist grundsätzlich auch eine Stellenbesetzung in Teilzeit möglich, soweit nicht im Einzelfall zwingende dienstliche Gründe entgegenstehen.

Die Universität Bielefeld legt Wert auf Chancengleichheit und die Entwicklung ihrer Mitarbeiter*innen. Sie bietet attraktive interne und externe Fortbildungen und Weiterbildungsmaßnahmen. Zudem können Sie eine Vielzahl von Gesundheits-, Beratungs- und Präventionsangeboten nutzen. Die Vereinbarkeit von Beruf und Familie hat einen hohen Stellenwert.

*** Interessiert? ***

Wir freuen uns über Ihre Bewerbung per Post an die untenstehende Anschrift oder per E-Mail unter Angabe der Kennziffer wiss20230 in einem einzigen pdf-Dokument an Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! bis zum 4. November 2020. Bitte verzichten Sie auf Bewerbungsmappen und reichen Sie ausschließlich Fotokopien ein, da die Bewerbungsunterlagen nach Abschluss des Auswahlverfahrens vernichtet werden. Weitere Informationen zur Universität Bielefeld finden Sie auf unserer Homepage unter www.uni-bielefeld.de. Bitte beachten Sie, dass Gefährdungen der Vertraulichkeit und der unbefugte Zugriff Dritter bei einer Kommunikation per unverschlüsselter E- Mail nicht ausgeschlossen werden können. Informationen zur Verarbeitung von personenbezogenen Daten finden Sie unter https://www.uni-bielefeld.de/Universitaet/Aktuelles/Stellenausschreibungen/2019_DS-Hinweise.pdf.

*** Bewerbungsanschrift ***

Universität Bielefeld
Technische Fakultät/Institut für Bioinformatik-Infrastruktur (BiBi)
Herrn Prof. Dr. Jens Stoye
Postfach 10 01 31
33501 Bielefeld

*** Ansprechpartner ***

Prof. Dr. Jens Stoye
0521 106-3852
Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!


Links: https://www.uni-bielefeld.de/uni/karriere/stellen-wiss/wiss20230.pdf

Bio-)Informatiker*in/ Statistiker*in (m/w/d) [Unimedizin Mainz]

Ihr Profil:

 

·         Diplom oder Master in Bioinformatik, (Bio-)Statistik oder Mathematik oder entsprechende Qualifikation

 

·         Sehr gute Programmierkenntnisse in mindestens einer Sprache (bevorzugt R/Bioconductor; Python, C++), idealerweise zur Next-Generation-Sequencing Datenanalyse

 

·         Vertiefte Kenntnisse statistischer Konzepte erwünscht

 

·         Fundierte Kenntnisse in der Auswertung, Speicherung und Visualisierung von NGS-Daten ist von Vorteil

 

·         Vertrautheit mit Linux-Umgebung

 

·         Verantwortungsbewusstes, kollegiales und ergebnisorientiertes Arbeiten mit interdisziplinären Kommunikationsfähigkeiten

 

·         Gute Deutsch- und Englischkenntnisse

 

Ihre Aufgaben:

 

·         Bioinformatische Analyse, statistische Modellierung und Visualisierung hochdimensionaler molekularer Daten (RNA-seq, Whole Genome/Exome Sequencing, ChIP-seq, Microarray-Daten, Methylation-Array) mit Fokus auf Entwicklung von Software-Tools und Workflows

 

·         Unterstützung der Kooperationspartner bei der Planung, Interpretation und Publikation von Transkriptom- und Epigenom-Daten

 

·         Integration von Daten aus verschiedenen biologischen Ebenen

 

·         Problemspezifische Anpassung und Neuentwicklung bioinformatischer Techniken

 

·         Mitwirkung an Lehrveranstaltungen und an der Erstellung wissenschaftlicher Publikationen

 

 

 

Links:

 

https://bewerbung.unimedizin-mainz.de/sap/bc/webdynpro/sap/hrrcf_a_posting_apply_ext?POST_INST_GUID=00155D0CD1341EEB84D21AA879FFDDE7&SAP-WD-CONFIGID=ZHRRCF_A_POSTING_APPLY_EXT#

 

https://www.unimedizin-mainz.de/typo3temp/secure_downloads/33561/0/4ab7ca4a158efea81e981217282862807e9698e1/50102185_Englische_Ausschreibung_NEU.pdf

PhD position in bioinformatics: HIV induced B cell lymphomas

Universität Duisburg-Essen:
We are one of the youngest universities in Germany and think in terms of
possibilities, not limitations. In the heart of the Ruhr region, we develop
ideas for the future at our 11 faculties. We are strong in research and
teaching, live diversity, support potential, and are committed to real
educational equality.

Activities and responsibilities:
The University Duisburg-Essen (Campus Essen) offers a position (starting
2021-01-01 for three years) at the Faculty of Biology, Research Group
<a
href="https://www.uni-due.de/zmb/bioinformatics-computational-biophysics/">Bioinformatics
and Computational Biophysics</a> as:

PhD student
(65% part-time, salary equivalent TV-L 13)

The successful applicant will work in a collaborative project aiming at the
discovery of mechanisms that lead to high prevalence of B cell lymphoma in HIV
infected. The project is funded by the German José Carreras Leukemia Foundation.

The focus will be on computational analyses of data from high-throughput
experiments, specifically:
- B cell receptor repertoire analyses
- Whole genome analyses
- Affinity assays
For these analyses the PhD student will develop/apply computational methods.

The PhD student will participate in the BIOME graduate school.


Qualification profile:
At least 8 semesters of successful studies with a Master in Bioinformatics,
Biostatistics, Computational Biology, Biology or similar.
- solid background in bioinformatics (sequence analysis, machine learning, etc.)
and statistics (preferentially probabilistic modeling and Bayes inference)
- Familiarity with processing and analysis of HTseq data
- Very good programming skills, including R and python
- Background knowledge in molecular and immuno-biology
- Good communication skills (incl. ability of writing and speaking scientific
english) and team working abilities


Benefits:
- Being part of a cutting edge research project
- Interesting job in an excellent team
- Supplementary training opportunities
- Sports and health offers (university sports)

Send applications by e-mail to:
Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!
Prof. Daniel Hoffmann
Bioinformatics and Computational Biophysics
Faculty of Biology
University of Duisburg-Essen

PhD/Early Postdoc in Network Analysis Algorithms in Konstanz

We are seeking a PhD or junior postdoc with a strong interest in network analysis algorithms to investigate interactions within collectives, in particular for the exploration of collective behaviour in immersive environments.

The Cluster of Excellence “Centre for the Advanced Study of Collective Behaviour” (CASCB) at the University of Konstanz invites applications for this position primarily targeted as a PhD study but also open to candidates on a junior postdoc level. The position is to be filled by January 01 2021 or by agreement for initially two years (PhD three years) with possible extension for one year.

The cluster investigates the collective behaviour and associated patterns in humans and animals in an unprecedented interdisciplinary approach by applying and developing an innovative range of quantitative methods and novel technologies (https://www.exc.uni-konstanz.de/collective-behaviour/). The position will be embedded into the conceptional framework of the research area „Computational Methods for Measuring, Analysing and Visualising Collective Behaviour“. It is a full-time paid position (E13 TV-L) also on PhD level.

Your responsibilities
	• Research in network analysis algorithms for immersive environments to investigate interactions within collectives
	• Writing research papers and other publications
	• Supervising students

Your Competencies
	• Graduate degree (Master or PhD level) in Computer Science or related field
	• Experience with graph algorithm development, algorithm engineering and virtual reality
	• High motivation
	• Good communication skills and the ability for teamwork
	• Strong written and oral English skills

We Offer
	• Professional infrastructure and support for conducting research
	• Ability to work with world-leading scientists on a new and exciting research field
	• Full funding for international and German students
	• Integration into the interdisciplinary Excellence Cluster research community
	• Inspiring work environment

Starting date: As soon as possible
initially two years (PhD three years) position with possible extension for one year

Salary: based on E13 TV-L (100%, ca. 50.000 Euro p.a. before taxes)

Location: University of Konstanz

For further information related to the position, please contact Prof. Dr. Falk Schreiber, Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!.

Please send your application including your cover letter, CV and official transcripts of education certificates as one PDF file by
November 20th 2020 via our Online-Application Portal, see https://stellen.uni-konstanz.de/jobposting/d7bc06d7beca82e9313df7ef4cdbf70e25ae6c950

Research Associate [Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (SGN)]

Job Announcement ref. #11-20017

 

For over 200 years the Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (SGN) represents one of the most relevant institutions investigating nature and its diversity. Currently, scientists from more than 40 countries across 11 locations in Germany conduct research in the fields of biodiversity, earth system analysis and climate change. The head office of Senckenberg is Frankfurt am Main together with the Senckenberg Research Institute and Natural History Museum Frankfurt.

 

 To support the DFG-funded Specialized Information Service Biodiversity Research (www.biofid.de)

 

at our location in Frankfurt am Main we are looking for a

 

 Research Associate (m/f/d)

 

(100 %)

 

 at the earliest possible date.

 

 The Specialized Information Service Biodiversity Research is an interdisciplinary project to mobilize biodiversity data in historical and contemporary scientific publications, especially German literature. Your main task is the extension of existing thesauri and the design of ontologies on the morphology, ecology and systematics of soil fauna (particularly soil arthropods) on the basis of the data warehouse Edaphobase and in cooperation with our staff members in Görlitz. You will also be involved in the development of ontologies for describing plant-pollinator interactions. In addition to evaluating and consolidating text mining technologies, you will analyse and publish data in scientific journals together with the project partners. You are also expected to participate regularly in national and international conferences of relevant professional societies to present the project results.

 

 

 

The project is carried out in collaboration with the University Library Johann Christian Senckenberg (focus on digitization), the Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (focus on ontology design) and the Text Technology Lab (focus on text mining tools) at the Institute of Informatics of the Goethe University of Frankfurt.

 

 

 

Your profile:

 

·         Successfully completed university studies, ideally a doctoral degree in biology, bioinformatics or a related field with a specialization in ecology/soil zoology

 

·         research experience in interdisciplinary working environments and ideally relevant experience with biodiversity data bases

 

·         Demonstrable pertinent scientific publications

 

·         Knowledge of basic data standards for biodiversity data (e.g. Darwin Core/DwC, Access to Biological Collections Data/ABCD)

 

·         Experience in the analysis of ecological data or biodiversity data, respectively, and ideally with inter- and transdisciplinary project work

 

·         Experience in database query (SQL) and the use of programming interfaces (APIs)

 

·         Good programming skills [e.g., Java, Python] and, preferably software skills for the development of ontologies (e.g., Protégé)

 

·         Confident oral and written communication skills in German and English

 

·         Excellent abilities in team work and communication as well as self-reliant service- and target-oriented operation

 

 

 

What is awaiting you?

·         An attractive and challenging position in a research institution of international standing

 

·         The opportunity to gain experience in the above-mentioned fields of research as well as the chance to build up an international network with scientists in interdisciplinary fields

 

·         Flexible working hours – mobile working – leave of absence due to family reasons – parent-child-office (certified by the audit berufundfamilie) – annual special payment – company pension scheme – Senckenberg badge for free entry in museums in Frankfurt – leave of 30 days/year – discounted job ticket

 

 

 

Salary and benefits are according to a full-time public service position in Germany (TV-H E 13, 100%). The contract should start as soon as possible and will initially be limited for 17 months.

 

The Senckenberg Research Institutes support equal opportunity of men and women and therefore strongly invites women to apply. Equally qualified handicapped applicants will be given preference. The place of employment is in Frankfurt am Main, Germany. The employer is the Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung.

 

You would like to apply?

 

 Then please send your complete and meaningful application documents (letter of motivation, curriculum vitae, educational and professional references) in electronic form (as one continuous PDF file), quoting the reference number #11-20017, by November 15th, 2020 to Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! or apply directly on our homepage using the online application form.

 

For more information, please contact Dr. Christine Driller, christine.driller@senckenberg.de

 

issenschaftlicher Mitarbeiter (m/w/d, PostDoc) im Bereich Bioinformatik (FSU Jena)

Am Matthias-Schleiden-Institut für Genetik, Bioinformatik und Molekulare Botanik der Fakultät für Biowissenschaften der Friedrich-Schiller-Universität Jena ist zum 15.12.2020 eine Stelle als
Wissenschaftlicher Mitarbeiter (m/w/d)
im Bereich Bioinformatik
zu besetzen. Die Forschung an der Professur für Bioinformatik zielt auf ein Verständnis der komplexen Prozesse in lebenden Zellen und deren Interaktionen mittels mathematischer Modellierung und Computersimulation.

Ihre Aufgaben:
    Bioinformatische und systembiologische Forschung
    Kooperation mit experimentell arbeitenden Gruppen
    Durchführung von Lehrveranstaltungen in Bioinformatik (Übungen, Proseminare etc.)
    Klausurkontrolle, Prüfungsprotokolle
    Betreuung von Abschlussarbeiten im B.Sc. und M.Sc. Bioinformatik
    Es wird von dem Bewerber erwartet, sich wissenschaftlich weiter zu qualifizieren (Habilitation)

Ihr Profil:
    Abgeschlossene Promotion, mindestens eingereichte Dissertation in Bioinformatik, Informatik, Biologie oder einem anderen naturwissenschaftlichen Fach
    Interesse an mathematischer Modellierung biologischer Prozesse
    Erfahrung mit Hochdurchsatztechniken, etwa NGS, (Meta-)Genomik, (Meta-)Transkriptomik, (Meta-)Proteomik
    Kenntnisse im Bereich Bioinformatik (Erstellen von Analyse-Pipelines, Programmierung in Python/Perl/R) sind wünschenswert
    Kenntnisse in der Computerprogrammierung

Wir bieten:
    Eine hervorragende Ausstattung und Infrastruktur.
    Flexible Arbeitszeiten (Gleitzeit).
    Ein familienfreundliches Arbeitsumfeld mit vielfältigen Angeboten für Familien: Hochschul-Familienbüro (JUniFamilie) und flexible Kinderbetreuung (JUniKinder).
    Eine universitäre Gesundheitsförderung und ein breites Hochschulsportangebot.
    Betriebliche Nebenleistungen wie z. B. Vermögenswirksame Leistungen (VL), Job-Ticket und betriebliche Altersvorsorge (VBL).
    Eine Vergütung nach den Bestimmungen des Tarifvertrages für den öffentlichen Dienst der Länder (TV-L) entsprechend den persönlichen Voraussetzungen nach Entgeltgruppe 13 inklusive einer tariflichen Jahressonderzahlung.
 

Die Stelle ist befristet für 3 Jahre. Es handelt sich um eine Vollzeitstelle (40 Wochenstunden).
Schwerbehinderte Menschen werden bei gleicher Eignung, Befähigung und fachlicher Qualifikation bevorzugt berücksichtigt.

Haben wir Ihr Interesse geweckt? Dann senden Sie uns Ihre aussagekräftigen und vollständigen Bewerbungsunterlagen (als eine PDF-Datei), gerichtet an Prof. Dr. Stefan Schuster und unter Angabe der Registrier-Nummer 299/2020 bis zum 31.10.2020 an:

Prof. Dr. Stefan Schuster
Friedrich-Schiller-Universität Jena
Professur für Bioinformatik
Matthias-Schleiden-Institut
Fakultät für Biowissenschaften
Ernst-Abbe-Platz 2
07743 Jena

Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!


Links: 
https://www4.uni-jena.de/Universit%C3%A4t/Stellenmarkt/Wissenschaftliche+Mitarbeiter/Wissenschaftlicher+Mitarbeiter+%28m_w_d%29-p-596731.html

Linux System Administrator*in mit Schwerpunkt Scientific Computing

Stellenausschreibung Ref. #11-20020
 
 Die Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (SGN) wurde 1817 gegründet und zählt zu den wichtigsten Forschungseinrichtungen rund um die biologische Vielfalt. An den elf Standorten in ganz Deutschland betreiben Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler aus über 40 Nationen modernste Forschung auf internationaler Ebene.
 
Die Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung und das LOEWE-Zentrum für Translationale Biodiversitätsgenomik suchen zum schnellstmöglichen Zeitpunkt am Standort Frankfurt eine*n
 

Linux System Administrator*in mit Schwerpunkt Scientific Computing (Vollzeit)

 
 
Das sind Ihre Herausforderungen
  • Planung und Pflege der wissenschaftlichen IT-Infrastruktur, insb. für die Bioinformatik und wissenschaftliche Datenbanken
  • Management der Plattformen (Linuxcluster) für wissenschaftliche Simulationen und Analysen
  • selbständige Planung und Pflege von Hard- und Softwarekomponenten für die mittel- und langfristige Archivierung von Forschungsdaten
  • Unterstützung der Nutzer*innen insb. aus den Bereichen Bioinformatik, Ökologie und Modellierung, wesentliche Verantwortlichkeiten sind u. a. die Installation und Konfiguration grundlegender Softwarekomponenten in enger Kooperation mit den Nutzer*innen im gesamten Lifecycle wissenschaftlicher Primärdaten (Acquisition, Kuration, Pre-/Post-Processing, Analyse) sowie das Management von Services für Data Sharing & Interoperability im Rahmen von Kooperationsprojekten
  • Unterstützung der Leitung bei der strategischen Entwicklung der wissenschaftlichen IT sowie bei der Beantragung von Drittmittelprojekten im Bereich Research Data Management und Forschungsdatenrepositorien
  • Beteiligung an wissenschaftlichen Projekten mit starkem IT-, Datenbanken-, oder Modellierungsbezug sowie Publikation der Forschungsergebnisse in internationalen Fachzeitschriften
 
Idealerweise verfügen Sie über
 
  • ein abgeschlossenes Studium – gerne auch mit Promotion - im Bereich Informatik, Mathematik, einem verwandten Studiengang oder einer Ausbildung zum/zur Fachinformatiker*in für Systemintegration
  • sehr gute Linux-Kenntnisse, bevorzugt im Kontext HPC/Mehrprozessorsysteme
  • gute Kenntnisse im Bereich Software Building & Deploying (z. B. make, cmake, maven)
  • gute Kenntnisse mit den üblichen Aufgaben der Systemadministration wie Einrichtung von Nutzerkonten, Verwaltung von Zugriffsrechten und Verzeichnisdiensten
  • Erfahrung in den Scriptsprachen (z. B. Python, Bash)
  • Erfahrung in der Inbetriebnahme von Soft- und Hardware Komponenten, z. B. der Einbindung von Storage-/Filesystemen (z. B. NFS) 
  • Erfahrung mit Versionskontrollsystemen (z. B. Git)
  • Kenntnisse im Bereich Monitoringsysteme (z. B. Nagios, Ganglia), Software Container (z. B. Docker) sowie Research Data Management und Forschungsdatenrepositorien
  • Berufserfahrung im Bereich der Biodiversitäts- und Umweltforschung
 
 
Wir bieten Ihnen
  • eine attraktive und herausfordernde Tätigkeit in einer weltweit anerkannten Forschungseinrichtung
  • selbstständiges Handeln in einem internationalen, motivierten und professionellen Umfeld
  • Flexible Arbeitszeiten - ein vergünstigtes Jobticket - Unterstützung bei Kinderbetreuung oder bei der Pflege von Familienangehörigen (zertifiziert durch das „audit berufundfamilie“) - Dienstausweis in Verbindung mit kostenfreiem Eintritt in zahlreiche städtischen Museen - Jahressonderzahlung - betriebliche Altersvorsorge - tariflicher Urlaubsanspruch
 
 
Ort:                                        Frankfurt am Main
 
Beschäftigungsumfang:     Vollzeit (40 Stunden/Woche)
 
Vertragsart:                           zunächst befristet für 2 Jahre
 
Vergütung:                            nach TV-H (voraussichtliche Entgeltgruppe E 11 - 13)
 
Senckenberg strebt an, den Frauenanteil zu erhöhen. Qualifizierte Kandidatinnen werden daher besonders ermutigt, sich zu bewerben. Schwerbehinderte Menschen werden bei gleicher Eignung besonders berücksichtigt. Senckenberg ist durch das „audit berufundfamilie“ zertifiziert.
 
 
Sie möchten sich bewerben?
 
Dann senden Sie Ihre vollständigen und aussagekräftigen Bewerbungsunterlagen (Motivationsschreiben, Lebenslauf, Ausbildungs- und Arbeitszeugnisse) in elektronischer Form (als eine zusammenhängende PDF-Datei) bitte unter Angabe der Referenznummer #11-20020 bis zum 15.11.2020 an Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! oder bewerben Sie sich direkt auf unserer Homepage über das Online Bewerbungsformular.
 
 
 

Wissenschaftliche*r Mitarbeiter*in [Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung]

Zum nächstmöglichen Zeitpunkt suchen die Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung am Standort Frankfurt am Main für den von der DFG geförderten Fachinformationsdienst für organismische Biodiversitätsforschung (www.biofid.de) eine*n

 

  Wissenschaftliche*n Mitarbeiter*in

 

(Vollzeit)

 

 Der Fachinformationsdienst Biodiversitätsforschung ist ein interdisziplinäres Projekt zur Verfügbarmachung und Mobilisierung von Biodiversitätsdaten in historischen und aktuellen wissenschaftlichen Publikationen, insb. deutschsprachiger Literatur. Schwerpunkt Ihrer Arbeit ist die Erweiterung bestehender Thesauri und Design von Ontologien zur Morphologie, Ökologie und Systematik der Bodenfauna (Fokus Bodenarthropoden) auf der Basis des bei Senckenberg entwickelten Data Warehouse Edaphobase in Kooperation mit Mitarbeiter*innen am Standort Görlitz. Zudem wirken Sie an der Entwicklung von Ontologien zu Pflanzen-Bestäuber-Interaktionen mit. Sie evaluieren und konsolidieren Textmining-Technologien und die damit erschlossenen Daten, zudem arbeiten Sie an der Datenauswertung und Erstellung wissenschaftlicher Publikationen gemeinsam mit den Projektpartnern. Sie nehmen regelmäßig an nationalen und internationalen Konferenzen relevanter Fachgesellschaften teil, um die Projektergebnisse zu präsentieren.

 

Das Projekt wird in enger Zusammenarbeit der Universitätsbibliothek Johann Christian Senckenberg (Schwerpunkt Digitalisierung), der Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (Schwerpunkt Entwicklung von Ontologien) und der AG Texttechnologie (Schwerpunkt Entwicklung von Textmining-Tools) am Institut für Informatik der Goethe-Universität durchgeführt.

 

 Sie überzeugen uns mit

 

·       idealerweise mit einer Promotion abgeschlossenem Hochschulstudium im Bereich der Biowissenschaften, Bioinformatik oder einer ähnlichen Fachrichtung jeweils mit Schwerpunkt Ökologie/Bodenzoologie

 

·       Forschungserfahrung in interdisziplinären Arbeitsumgebungen sowie idealerweise einschlägiger Erfahrung mit Biodiversitäts-Datenbanken

 

·       nachweislich einschlägigen wissenschaftlichen Publikationen

 

·       Kenntnissen im Bereich grundlegender Datenstandards für Biodiversitätsdaten (z. B. Darwin Core/DwC, Access to Biological Collections Data/ABCD)

 

·       Erfahrung mit der Auswertung/Analyse von ökologischen bzw. Biodiversitätsdaten sowie idealerweise mit inter- und transdisziplinärer Projektarbeit

 

·       Erfahrung mit Datenbankabfragen (SQL) und der Nutzung von Programmierschnittstellen (APIs)

 

·       guten Programmierkenntnissen [z. B. Java, Python] sowie wünschenswerterweise Software-Kenntnissen für die Entwicklung von Ontologien (z. B. Protégé)

 

·       einer sicheren mündlichen und schriftlichen Ausdrucksweise in der deutschen und englischen Sprache

 

·       einer hohen Team- und Kommunikationsfähigkeit sowie einer selbständigen, service- und zielorientierten Arbeitsweise

 

 

 

Wir bieten Ihnen

 

 ·         eine attraktive und herausfordernde Tätigkeit in einem dynamischen Forschungsteam einer international tätigen Forschungseinrichtung

 

·         die Möglichkeit, Erfahrungen in den oben genannten Forschungsfeldern zu sammeln sowie die Chance des Aufbaus eines internationalen Netzwerks mit Wissenschaftler*innen in interdisziplinären Bereichen

 

·         flexible Arbeitszeiten – mobiles Arbeiten – Unterstützung bei Kinderbetreuung oder bei der Pflege von Familienangehörigen (zertifiziert durch das audit berufundfamilie) –  Dienstausweis in Verbindung mit kostenfreiem Eintritt in die Senckenberg-Museen und zahlreiche städtischen Museen – tarifliche Jahressonderzahlung – vergünstigtes Jobticket – betriebliche Altersvorsorge

 

Senckenberg strebt an, den Frauenanteil zu erhöhen. Qualifizierte Kandidatinnen werden daher besonders ermutigt, sich zu bewerben. Senckenberg ist durch das „audit berufundfamilie“ zertifiziert. Schwerbehinderte Bewerber*innen werden bei gleicher Eignung bevorzugt.

 

 

 

Ort:                                              Frankfurt

 

Beschäftigungsumfang:           Vollzeit (40 Stunden/Woche)

 

Vertragsdauer:                           zunächst befristet für 17 Monate

 

Vergütung:                                  voraussichtlich nach TV-H E 13

 

 

 

Sie möchten sich bewerben?

 

Dann senden Sie Ihre vollständigen und aussagekräftigen Bewerbungsunterlagen (Motivationsschreiben, Lebenslauf, Ausbildungs- und Arbeitszeugnisse) in elektronischer Form (als eine zusammenhängende PDF-Datei) bitte unter Angabe der Referenznummer #11-20017 bis zum 15.11.2020 an Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! oder bewerben Sie sich direkt auf unserer Homepage über das Online Bewerbungsformular.

 

 

 

Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung

 

Senckenberganlage 25

 

60325 Frankfurt am Main

 

 

 

Für fachliche Fragen steht Ihnen Frau Dr. Christine Driller, Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!, gerne zur Verfügung.

 Links: https://www.senckenberg.de/de/ueber-uns/karriere/wissenschaftler/

Full-time tenure track position (40 h/week) in Bioinformatics

Job announcement (Bio-11/2020)

 

 

The Department of Biological Oceanography of the Leibniz Institute for Baltic Sea Research Warnemünde (IOW) is offering a full-time tenure track position (40 h/week) in

 

 

 

Bioinformatics

 

 

 

at the earliest convenience. Remuneration is paid in accordance with the TV-L salary scale at level EG 13 monthly gross salary.

 

If legally feasible, the position will be initially filled as a 3 years fixed term contract. Depending on the qualifications and the scientific development of the successful job holder, a further extension up to a maximum of five years is possible. After a successful evaluation following the IOW tenure track procedure, the position might be become permanent. The position is also suitable for part-time employment with at least 30 working hours per week.

 

 

 

 

 

Job description

 

The successful candidate is expected to establish and develop bioinformatics tools, to apply these in marine environmental studies and to participate in ongoing research (see https://www.io-warnemuende.de/biological-oceanography.html/). The following tasks are expected to be fulfilled:

 

  • Bioinformatic analysis and workflow development, especially with regard to next generation sequencing (MetaOMICS) of environmental data
  • Introduction of students and scientists to bioinformatics and biostatistical analysis of sequence data
  • Guidance on the use of multivariate data analysis and artificial intelligence tools
  • Establishment of own research projects in connection with molecular biological methods in the field of ecology, biogeochemistry or evolution of marine organisms with focus on marine (micro-) organisms

 

 

 

Qualification

 

The prerequisite for a successful application is a good or very good PhD in the field of bioinformatics, "Computational Biology", computer science, biology, (bio)mathematics/statistics or a comparable education. In depth experience in the analysis of "high-throughput sequencing" and "omics" data (metagenomes / metatranscriptomes, genome analyses) is required. Experience in programming (e.g. Python and R), tools of artificial intelligence (e.g. Random Forest) and biostatistics are particularly desired. Experience in the analysis of eukaryotic sequences is also an advantage. Excellent communication skills, a proactive and constructive personality as well as fluent English speaking and writing abilities are expected.

 

 

 

Applicants are asked to send their complete applications (list of publications, research statement, CV, copies of certificates, references) quoting the

 

 

 

Code: Bio-11/2020

 

Until 10.11.2020 to:

 

 

 

Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

 

 

 

or

 

 

 

Leibniz Institute for Baltic Sea Research Warnemünde

 

Dept. Human Resources

 

Seestraße 15

 

D-18119 Rostock

 

Germany

 

 

 

If legally feasible, the temporary employment will allow for scientific qualification

 

(§ 2 Abs. 1 WissZeitVG).

 

 

 

Applications of disabled persons with same professional and personal qualification will be treated preferentially.

 

The job advertisement is aimed at all persons regardless of their gender. Applications of female candidates are especially encouraged and will be treated preferably in case of equal qualifications and suitability.

 

 

 

An overview of our measures to equal opportunities and to improve the compatibility of work and family can be found at http://www.io-warnemuende.de/gleichstellung.html. Our family office, equipped with computer workstation and toys, offers parents the opportunity to take children to the IOW for shorter time periods.

 

 

 

 

Application and travel costs unfortunately cannot be reimbursed.

 

 

 

For further Information please contact:

 

Prof. Dr. Matthias Labrenz  (Email: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!)

 

 

 

or visit our website: www.io-warnemuende.de]

 

PhD position in Virology or Bioinformatics

We have 15 positions for Bioinformaticians within the framework of the European ITN ViroINF (www.viroinf.eu):
       
We are searching for highly skilled and motivated applicants in bioinformatics and virology to conduct and analyze high-throughput evolutionary experiments.
   
We offer 3 years funding with a competitive salary, starting from February 2021. Extensive training across Europe will be offered within the ITN framework.
   
Important (eligibility): The applicant should not have lived/worked/studied in the country of the PhD for more than 12 month in the last 3 years.

Please apply through the official website at:
https://euraxess.ec.europa.eu/jobs/561211

More information can be found under the url above or at www.viroinf.eu

Links: https://euraxess.ec.europa.eu/jobs/561211

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