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Wissenschaftliche Mitarbeiterin/Mitarbeiter („Doktorandenstelle“) E13 TV-L, 65 %

 

Wissenschaftliche Mitarbeiterin/Mitarbeiter („Doktorandenstelle“) E13 TV-L, 65 %

Am Institut für Bioinformatik der Universitätsmedizin Greifswald ist eine befristete Stelle über 3 Jahre zu dem Thema „ML approaches for integrative Multi-Omics“ zu besetzen. Das Projekt umfasst die Analyse von „Single-Cell Sequencing“, „Microbiome“ und „Mutational Signatures“ in Transkriptom- und Genom-Datensätzen. Neben der Auswertung von Hochdurchsatz-Datensätzen und deren Normalisierung geht es auch um Post-Hoc Analysen zur funktionellen Analyse und Identifizierung von Markergenen und deren Verknüpfung zu klinischen Daten und Umwelteinflüssen. Hierbei ist die Anwendung verschiedener Analysetools und deren Visualisierung und Aufbereitung ein Schwerpunkt. 

Ihre Aufgaben:

• Analyse von Single-Cell Sequencing Datensätzen

• Analyse von Microbiom Datensätzen

• Analyse von Regulatorischen Zusammenhängen on Transkriptom und Genomischen Signaturen

• Anwendung und Erstellung von R und Python Skripten zur Analyse und statistischen Auswertung

• Gene Set Enrichment und Pathway-Analysen

Unsere Anforderungen:

• Umgang mit Next Generation Sequencing Datensätzen (im besten Falle „Single-Cell Sequencing“)

• Übung in der Programmierung mit R und/oder Python

• Erfahrung in statistischer Auswertung

• Selbständiges Erarbeiten biologischer Hypothesen und Fragestellungen

• Erste Erfahrungen mit Maschinellen Lernmethoden

• abgeschlossenes Studium (Diplom oder Master) in Bioinformatik oder einem verwandten Studiengang

 

Aussagekräftige Bewerbungen mit allen relevanten Unterlagen bitte per E-Mail bis zum 10.12.2021 an Herrn Prof. Dr. Stefan Simm, Universitätsmedizin Greifswald, Institut für Bioinformatik (E-Mail bitte an das Sekretariat: bioinformatik{at}uni-greifswald.de oder persönlich: stefan.simm{at}uni-greifswald.de). 

Adresse: Center for functional Genomics of Microbes, Felix-Hausdorff-Str. 8, 17475 Greifswald 

 

PhD Students Bioinformatics and Systems Cardiology

Bioinformatics and Systems Cardiology at the Klaus-Tschira-Institute for Computational Cardiology / Department of Internal Medicine III of the University Hospital Heidelberg.

PHD STUDENTS

- CircTools 2.0 – one stop solution for circular RNA research

- Long Non-coding RNAs in podocyte disorders

More information:

https://www.klinikum.uni-heidelberg.de/en/zentrum-fuer-innere-medizin-medizin-klinik/innere-medizin-iii-kardiologie-angiologie-und-pneumologie/forschung/forschung/klaus-tschira-institut-fuer-computational-cardiology/jobs 

Postdoctoral Fellow in Computational Systems Biology

Postdoctoral Fellow in Computational Systems Biology

The Computational Biology Group at CIC bioGUNE seeks a highly skilled and motivated postdoctoral researcher to work on an exciting project that aims at developing single-cell based computational models for studying tissue regeneration. In particular, the selected candidate shall develop multiscale computational models of intra- and intercellular regulation and communication to design strategies for cell rejuvenation. The research will be focused on the skeletal muscle with the principal aim of designing strategies for enhancing regeneration in the aging muscle tissue. The project is conducted in close collaboration with Dr Pura Munoz at Universitat Pompeu Fabra in Barcelona, who will also conduct the experimental validation of the computational predictions.

The Computational Biology Group aims to establish a solid infrastructure in developing theoretical frameworks for computational modeling of biomedical problems, especially in the area of network biology. The group closely collaborates with leading national and international experimental labs with a particular interest in stem cell research and regenerative medicine.

Essential skills and qualities: 

  • Ph.D. degree in computer science, biology, bioinformatics, computational biology, physics or a related discipline
  • Strong computational skills in at least one programming language (e.g. R or Python)
  • A strong publication record in related fields
  • Excellent communication skills and working knowledge in Englis

Ideal skills:

  • Prior experience in computational systems biology
  • Prior knowledge about intra- and intercellular regulation, such as cell-cell communication, signalling pathways and transcriptional regulation
  • Experience in working in a multi-disciplinary research environment

 

We offer:

  • Opportunity to do highly interdisciplinary research to solve complex biomedical problems within a dynamic research institution (CIC bioGUNE) and in collaboration with an internationally recognized partner
  • An exciting international environment

 

Applications should contain the following documents:

  • A detailed curriculum vitae
  • A Cover letter

 Applications should be sent before 30.09.21 to:

 Prof. Dr. Antonio del Sol

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W3-Professur für Bioinformatik (m/w/d)

 

Am Institut für Pharmazie und Molekulare Biotechnologie (IPMB) der Universität Heidelberg ist eine

 

W3-Professur für Bioinformatik (m/w/d)

 

zu besetzen.

 

Die Einbettung der Professur in das IPMB und in die biomedizinisch hervorragend ausgewiesene Forschungsregion um die Universität Heidelberg eröffnet die Möglichkeit, bioinformatische Methoden unmittelbar auf experimentellen, medizinisch-therapeutischen, biotechnologischen und ingenieurwissenschaftlichen Gebieten anzuwenden. Aktuelle Entwicklungen auf dem Gebiet der translationalen Natur- und Ingenieurwissenschaften bieten Vernetzungs- und Entwicklungsmöglichkeiten im translational-bioinformatischen Bereich, bis hin zur Medizintechnik und dem Molecular Systems Engineering. Es werden ausgewiesene Forschungskompetenzen in der Bioinformatik mit Fokus auf Anwendungen in der Pharmakogenomik, der personalisierten Medizin oder Biotechnologie vorausgesetzt.

 

Von der/dem Stelleninhaber/in wird die Fähigkeit und Bereitschaft erwartet, die Lehrveranstaltungen in den Fächern Bioinformatik und Mathematik für die Bachelor- und Masterstudiengänge Molekulare Biotechnologie und dem Staatsexamens-Studiengang Pharmazie persönlich abzuhalten. Der/die Stelleninhaber/in gestaltet die Lehre im Schwerpunkt Bioinformatik der BSc- und MSc-Studiengänge Molekulare Biotechnologie.

 

Voraussetzung für die Bewerbung ist ein abgeschlossenes Hochschulstudium, sowie nach § 47 Abs. 2 Landeshochschulgesetz die Habilitation, die erfolgreich evaluierte Juniorprofessur oder eine vergleichbare Qualifikation, insbesondere die Leitung einer unabhängig evaluierten Nachwuchsgruppe.

 

Bewerbungen mit Lebenslauf, wissenschaftlichem Werdegang, Verzeichnis der Forschungsleistungen (Publikationen, Kongressbeiträge, Software, Datenbanken, Patente), Listen der bisherigen und laufenden Drittmittelprojekte und Lehrveranstaltungen sowie einer kurzen Darstellung der zukünftigen Forschungsplanung werden, bevorzugt in elektronischer Form, zusammengefasst in einem einzelnen pdf-Dokument, bis zum 03.10.2021 erbeten an:
Herrn Prof. Dr. Jochen Wittbrodt, Dekan der Fakultät für Biowissenschaften, Im Neuenheimer Feld 234, 69120 Heidelberg, e-mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!, unter dem Betreff: „Bioinformatik 2021“.Wir bitten um Verständnis, dass eingegangene Bewerbungsunterlagen nicht zurückgesandt werden.

 

Hinweise zu den erforderlichen Bewerbungsunterlagen finden Sie unter www.ipmb.uni-heidelberg.de.

 

Die Universität Heidelberg steht für Chancengleichheit und Diversität. Wir bitten qualifizierte Frauen nachdrücklich um ihre Bewerbung. Schwerbehinderte werden bei gleicher Eignung vorranging berücksichtigt. Informationen zum Bewerbungsverfahren und zum Datenschutz finden Sie unter www.uni-heidelberg.de/stellenmarkt.

 

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Scientific Data Curator (m/f/d) full-time


Job announcement ref. #01-21025
https://www.senckenberg.de/de/karriere/wissenschaftlerinnen/#content-0002_6
 
For more than 200 years, the Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung represents one of the most relevant institutions investigating nature and its diversity. Currently, scientists from more than 40 countries conduct research across 11 locations in Germany in the fields of biodiversity, earth system analysis, and climate change.
 
The Senckenberg Biodiversity Information Unit invites applications for a
 
Scientific Data Curator (m/f/d)
(full-time position)
 
 We are seeking a data curator to manage the data.portal at Senckenberg, and to contribute to further development of SGN’s collection management system SeSam and to organize data flow to open-access databases (GBIF and OBIS). The successful applicant will establish and manage the data.portal database, archive metadata related to research data management plans and Nagoya documentation, define and maintain data standards for Senckenberg scientists, support researchers to format data according to standards and publish them on data.portal, SeSam, and open portals.
 
Your tasks
 
1.    Curate research metadata (data management plans and Nagoya) at data.portal
2.    Data processing, transformation into standard formats and data quality control
3.    Support SGN scientists in setting up data management plans and contribute to data archiving (with respect to FAIR data principles)
4.    Support digitising the natural collections and their attached data based on biodiversity standards, and submit them to SeSam as well as open-portals such as GBIF and OBIS
5.    Representing Senckenberg in international standardisation efforts such as CETAF, DiSSCo, and TDWG
 
Ideally you convince us with
 
1.    an academic degree in bioinformatics, data science, or related fields of research
2.    knowledge of data management plans and their implementation (international and national levels)
3.    strong IT skills with different programming languages, e.g. Python, C++ (in MS Visual Studio), R (also RStudio), Matlab, HTML/JavaScript
4.    experience in working and designing databases, e.g. MS SQL Server, PostgreSQL, SQLite
5.    knowledge on standards (MIDS) for geo-biodiversity data and digitisation processes of natural history collections
6.    excellent written and oral communication skills in German and English
7.    the capacity to collaborate effectively within a large and heterogenous team of IT developers, biologists, and geoscientists.
 
 
What is awaiting you?
 
1.    An attractive and challenging position in a research institution of international standing
2.    A salary that reflects the tasks and responsibilities of the position based on the collective agreement for public service in the state of Hesse (TV-H).
3.    Flexible working hours – annual special payment – company pension scheme – annual leave of 30 days – discounted job-ticket for public transportation in the Rhein-Main area
 
Place of employment:    Frankfurt am Main, Germany
Volume of employment:     full-time position (40 hours/week)
Contract type    :        initially limited for 2 years, with a possible extension
 
The Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung supports equal opportunity and therefore strongly invites women to apply. Equally qualified handicapped applicants will be given preference. The employer is the Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung.
 
You would like to apply?
 
 Please send your application documents (CV, certificates, transcripts and credentials, references, letter of motivation), mentioning the reference #01-21025 until October 17th, 2021 by e-mail (attachment in a single pdf document) to:
Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung    
Senckenberganlage 25
60325 Frankfurt am Main
E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!
 
 
For more information on the field of activity, please contact Dr. Hanieh Saeedi, Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!.

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Stellenausschreibung Enzym-Informationssystem BRENDA

Für die Weiterentwicklung der BRENDA Enzymdatenbank wird ab sofort ein/e


Wissenschaftliche*r Mitarbeiter*in
im Bereich Bioinformatik/Biocomputing (m/w/d)
(Vollzeit – zunächst befristet bis 31.12.2022)


gesucht. BRENDA (www.brenda-enzymes.org) gehört zu den für den wissenschaftlichen Fortschritt
weltweit als essentiell begutachteten Datenbanken für die gesamten Lebenswissenschaften (ELIXIR
core data resource) und ist Teil des Deutschen Netzwerks für Bioinformatik Infrastruktur de.NBI. Sie
wird am Braunschweiger Integrierten Zentrum für Systembiologie (BRICS) der Technischen
Universität Braunschweig entwickelt. Ihre Aufgaben umfassen die direkte Mitwirkung bei der
Neugestaltung und Weiterentwicklung der BRENDA Datenbank im Backend und Frontend und die
Betreuung der Webservices der BRENDA und der Webseite.

Werden Sie Teil des BRENDA-Teams und helfen Sie uns die Zukunft im Umgang mit
Forschungsdaten zu gestalten!

IHRE PERSON

  • Hochschulabschluss vorzugsweise in der Bioinformatik, Informatik, Biologie, Biochemie,
    Biotechnologie, Chemie oder einer verwandten Fachrichtung (Uni oder FH)
  • Erfahrungen im Bereich der Softwareentwicklung (PHP und/oder Python, idealerweise
    auch JavaScript/HTML/CSS) und im Datenbankdesign (idealerweise SQL)
  • Idealerweise Kenntnisse im Einsatz von (Server-) Betriebssystemen (Linux) und
    Virtualisierungstechnologien
  • Gute Deutsch- und Englischkenntnisse
  • Interesse am interdisziplinären Arbeiten


WIR BIETEN

  • Eine bis Ende 2022 befristete Stelle mit angestrebter Entfristung im Rahmen der
    Verstetigung von BRENDA vorbehaltlich der gesicherten Finanzierung.
  • Eine Vergütung je nach Qualifikation und Berufserfahrung bis Entgeltgruppe 13 TV-L. Der
    Arbeitsplatz ist grundsätzlich teilzeitgeeignet, sollte jedoch zu 100% besetzt werden.
  • Ein interdisziplinäres Arbeitsumfeld mit frequentem Erfahrungsaustausch
  • Motivierte Kollegen und ein angenehmes Arbeitsklima im wissenschaftlichen Umfeld
  • Viel Raum für Kreativität und herausfordernde Themenbereiche
  • Möglichkeiten der Weiter- und Fortbildung, Teilnahme an (inter)nationalen Tagungen
  • Flexible Möglichkeiten zur Vereinbarung von Beruf und Familie

Finden Sie sich in dieser Stellenbeschreibung wieder?Dann freuen wir uns über Ihre Bewerbung.


TU BRAUNSCHWEIG

Die Technische Universität Braunschweig ist das akademische Zentrum Braunschweigs, der
traditionsreichen »Stadt der Wissenschaft« inmitten einer der aktivsten Forschungsregionen Europas
und verfügt über eine traditionsreiche Architekturfakultät. Vollständige Ingenieurwissenschaften und
starke Naturwissenschaften sind Kerndisziplinen der TU Braunschweig, eng vernetzt mit Wirtschafts-
und Sozial-, Geistes- und Erziehungswissenschaften. Die TU Braunschweig ist Teil der TU9 - einem
Zusammenschluss der führenden technischen Universitäten Deutschlands. Die TU Braunschweig
fördert Vielfalt und Integration. Bewerbungen von Menschen mit vielfältigen kulturellen Hintergründen
sind herzlich willkommen. Bewerbungen können in deutscher oder englischer Sprache erfolgen.

Die TU Braunschweig strebt in allen Bereichen und Positionen an, eine Unterrepräsentanz i.S. des
NGG abzubauen. Daher sind Bewerbungen von Frauen besonders erwünscht. Schwerbehinderte
Bewerber*innen werden bei gleicher Qualifikation bevorzugt. Ein Nachweis ist beizufügen.
Bewerbungskosten inkl. Fahrtkosten können nicht erstattet werden. Bitte haben Sie Verständnis
dafür, dass Bewerbungen nur gegen einen adressierten, ausreichend und frankierten Rückumschlag
zurückgesandt werden können. Zu Zwecken der Durchführung des Bewerbungsverfahrens werden
personenbezogene Daten gespeichert.

Senden Sie Ihre aussagekräftige Bewerbung mit den üblichen Unterlagen – bevorzugt digital – bis
zum 29.08.2021 an:

Melanie Pflug
BRICS
TU Braunschweig
Rebenring 56
38106 Braunschweig

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Bei inhaltlichen Fragen wenden Sie sich an Dr. Meina Neumann-Schaal (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!).

Postdoc in Computational Biology 

The  Department  of  Computational  Biology  of  Infection  Research  at  the  HZI,  led  by  Prof  Dr Alice C. McHardy, is looking for excellent postdocs in computational biology and encourages unsolicited applications.  HZI).

Please find more information on https://www.helmholtz-hzi.de/fileadmin/user_upload/Forschung/Forschungsgruppen/Bioinformatik_der_Infektionsforschung/2_E13-14_PostDoc_BIFO_Generic.pdf

 

Group Leader – Structural Systems Biology

Science Faculty, EMBL Heidelberg
 
The Structural and Computational Biology (SCB) Unit at EMBL Heidelberg pursues an ambitious research program in integrated structural and computational systems biology, bridging between various temporal and spatial scales, in line with EMBL’s next scientific programme from Molecules to Ecosystems. The SCB Unit seeks to recruit a highly motivated group leader in the area of structural systems biology to address fundamental questions in life sciences.
 
The position can be found by using the link below.
 
https://www.embl.org/jobs/position/HD02012
 
 

Software-Entwicklung für High Performance Computing (m/w/d)

Was haben Ressourceneffizienz in der Logistik, die Entwicklung von Heilmittel für neurodegenerative Krankheiten und die Datensicherheit im Internet gemeinsam? Sie gehören zu den bedeutendsten Problemen unserer heutigen Gesellschaft. Und: Ihnen liegen komplexe Probleme zugrunde, die mit dem heutigen Stand der Technik nicht optimal angegangen werden können. Um diesen Herausforderungen zu begegnen, brauchen wir dringend disruptive Technologien, die es uns ermöglichen diese Probleme effizienter zu adressieren. Das Projekt GEMESYS ist genau eine solche Technologie, bei der wir auf eine noch nie dagewesene Weise die Natur und das Konzept der Evolution als Vorlage für unsere IT-Lösungen nehmen.

 

Wer sind wir?

Wir sind das dreiköpfige Projektteam GEMESYS und befinden uns gerade in der Pre-Seed Phase unseres Unternehmens. Nach mehrjähriger Forschung und Industrieerfahrung starten wir am 01.10.2021 an der Ruhr-Universität Bochum am Lehrstuhl für Digitale Kommunikationssysteme in das Bundesförderprogramm EXIST-Forschungstransfer.

 

Was bieten/suchen wir?

Für die Realisierung unserer Vision suchen wir nach einer/einem motivierten Software-Entwickler/in, der/die mit unserer Cutting-Edge Lösung die technologische Revolution von morgen mitgestalten möchte. Bei uns bekommst du die einmalige Chance mit unserem hoch motivierten und dynamischen Team unsere innovative Technologie vom Konzept bis hin zur Produkteinführung zu begleiten und eigenhändig mitzugestalten. Damit leistest DU Pionierarbeit in einem der zukunftsträchtigsten Bereiche unserer Zeit und hast nach 18 Monaten die Chance bei der Geburt des Unternehmens dabei zu sein. Bereits in der Pre-Seed Phase erhältst du die Möglichkeit in einer agilen www.gemesys.tech | Gewinner Leitidee 2020 | EXIST Forschungstransfer 2021Entwicklungsumgebung ohne Hierarchien deine Ideen zur Entwicklung des Produktes einzubringen und sie direkt in der Praxis bei potentiellen Kunden zu testen. Als junges und agiles Team ist eine flexible Arbeitsort- und Zeiteinteilung selbstverständlich. Zum 01.10.2021 haben wir eine Stelle mit den folgenden Merkmalen zu besetzen:

 

Was sind deine Aufgaben?

● Entwicklung, Implementierung und Optimierung von HPC-Algorithmen

● Entwicklung von GPU-Acceleratoren zur Effizienzsteigerung von Teilfunktionen

● Implementierung echtzeitfähiger Signalverarbeitungsalgorithmen

● Programmierung von Schnittstellen (APIs) in Cloud-Anwendungen

● Abstimmung von Kundenanforderungen im Projektteam

● Design von kundenfreundlichen Bedienoberflächen für Cloud-Lösungen

 

Was solltest Du mitbringen?

● Erfolgreich abgeschlossenes Studium im Bereich Informatik, Mathematik, Elektrotechnik oder

vergleichbare Qualifikation (Master, gerne auch Promotion)

● Bereitschaft, sich in die Programmierung von HPC-Algorithmen auf GPUs (C/C++/CUDA),

sowie cloudbasierte Software-as-a-Service-Lösungen einzuarbeiten

● Ein großes Interesse daran, die Zukunft unserer Gesellschaft durch einen selbstgestalteten

technologischen Wandel zu prägen

● Hohe Eigeninitiative, eigene Impulse und eine starke intrinsische Motivation

 

Die Stelle ist zunächst auf 18 Monate befristet und die Vergütung richtet sich nach dem Tarifvertrag für den öffentlichen Dienst der Entgeltgruppe TV-L – E 13. Nach der erfolgreichen Gründung einer Gesellschaft besteht bei überdurchschnittlichem Engagement die Möglichkeit, als Mitgründer einzusteigen und Firmenanteile zu erhalten. Bei Interesse melde Dich gerne bei uns.

 

Ansprechpartner

Dr.-Ing. Dennis Michaelis

Führende Projektleitung

E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

 

PhD student in Bioinformatics / Computational Systems Biology (m/f/d, E13 TV-G-U, 65 %)

The Cluster Project ENABLE - Unraveling mechanisms driving cellular homeostasis, inflammation and infection to enable  new approaches in translational medicine is a newly established interdisciplinary research network, which has been initiated  jointly by the Goethe University Frankfurt, the Frankfurt Institute for Advanced Studies, the Fraunhofer Institute for Translational  Medicine and Pharmacology, the Georg-Speyer-Haus and the Max-Planck-Institute of Biophysics. The network recently received  funding by the State of Hesse and is looking to recruit among six other PhD students

1 PhD student in Bioinformatics / Computational Systems Biology (m/f/d, E13 TV-G-U, 65 %)

The positions are initially limited to three years.   The  Cluster  Project  strives  to  unravel  and  understand  selected  pathogenic  mechanisms  and  signaling  pathways  to  identify  disease-relevant critical targets for therapeutic intervention. The projects within the Cluster will focus on the areas of cellular  homeostasis,  infection  and  inflammation,  host-pathogen  interactions  and  cover  the  complete  range  from  molecular  mechanisms to translational clinical science, computational modelling, and economic analysis. ENABLE is well embedded in the  excellent research infrastructure at the participating universities and research institutions; all participating sites offer access to  state-of-the-art technologies, well-equipped laboratories, a vibrant scientific exchange and an internationally competitive scientific  training program. Details on the available projects can be obtained below from the respective group leaders; for overall information  to the Cluster Project, candidates can visit www.enable-frankfurt.de  

Candidates should have a first-class academic degree in bioinformatics or a bioinformatics-related discipline (Master’s degree or  equivalent  for  PhD  positions),  a  strong  background  in  bioinformatics,  network  analysis,  and  computational  systems  biology  (programming  skills  are  required)  and  be  highly  motivated  and  enthusiastic  to  join  the  fast-moving  and  internationally  highly  competitive field. Very good written and spoken English is expected.

As part of ENABLE, we offer tailored interdisciplinary training to all researchers in the network, a framework of common scientific  activities and a strong mentorship for future career development. PhD students will be affiliated with graduate schools of the  respective universities and research institutions to ensure a well-structured, first-class education.  The university and all institutes advocate equal rights for women and men and therefore urge women to apply. Handicapped  candidates are given preferential treatment with equal personal and professional qualifications.

Applicants  should  send  their  application  in  a  single  pdf-file  including  cover  letter,  CV,  scanned  academic  degrees,  list  of  publications and two references with contact details to

Prof. Dr. Ina Koch  
Molecular Bioinformatics  
Institute for Computer Science  
Goethe-University Frankfurt
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Please do not send any original documents as the application documents will not be returned.   Travel and application costs cannot be reimbursed.

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