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Open PhD position in Epigenetics (Marie Sklodowska-Curie Innovative Training Network EpiDiverse)

EpiDiverse is a Marie Skłodowska-Curie Innovative Training Network aimed to study of epigenetic variation in wild plant species. Within this network, a PhD position at the Institute of Applied Genomics (IGA) -Technology Services in Udine (Italy) became available lately. If you are a biologist with interest and some background in bioinformatics, or know someone with that interest, please feel free to apply or forward this information.

Your Benefits:

    Fully funded PhD position for 3 years
    Europe-wide research network (Netherlands, Germany, France, Spain, Czech Republic, Italy and Austria)
    Participating companies (Roche Diagnostics, ecSeq Bioinformatics and IGA-TS)
    Spend up to 12 month at other groups or companies within the network for joint projects (all expenses are covered)
    Get an interdisciplinary training
    Do fundamental research with experts in the field

Information about the specific research project can be found here.

The position will be staffed as soon as possible. So, hurry up!

Email your application directly to Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Postdoc position in animal genetics/population genomics [Veterinärwissenschaftliches Department, LMU München]

The Population Genomics Group at the Department of Veterinary Sciences, LMU Munich, is seeking a Postdoctoral Research Associate at the earliest possible date. The full-time position is limited to 3 years with a possible extension. The position is intended to facilitate the qualification of young scientists and offers the possibility to habilitate. Payment is according to salary group E13 TV-L. Part-time employment is possible.

The research focus of the Population Genomics Group is on functional and neutral genetic diversity in livestock populations as the basis for sustainable future development in animal breeding. Our functional genomic analyses include the detection of causal mutations behind precisely defined mono- or polygenic phenotypes with regard to production quality and animal welfare as well as domestication research and analyses of genetic diversity in modern and historical samples.

Tasks:
- assistance in current research projects of the working group
- conception and direction of own projects in the research field of the working group including acquisition of funding
- assistance in grant writing
- co-supervision of PhD students
- participation in teaching, especially by offering electives from the own area of expertise

Requirements:

- a PhD in bioinformatics or a different field (veterinary medicine, animal breeding, wildlife biology or similar) with strong bioinformatic focus, preferably in the field of animal genetics or population genomics
- experience with software for NGS data analysis, good ability to independently conduct (population-)genomic and bioinformatic/statistical data analyses
- experience with programming and/or scripting languages like R, Python, Java etc.
- experience with Bayesian statistics (e.g. ABCtoolbox and/or BEAST) is an advantage but not a prerequisite
- practical experience in molecular genetic lab work is an advantage but not a prerequisite
- experience in publishing in international journals
- fluent language skills in English

The Population Genomics Group is currently located at the English Garden in Munich. It is expected to move to Martinsried (close to the Gene Center of the LMU) in 2018.

Your workplace is centrally located in Munich and easy to reach by public transportation. We offer an interesting and responsible job with good opportunities for further education and personal development. Equally qualified disabled applicants will be preferred. Female candidates are encouraged to apply.

Please send your complete application as a single PDF (CV, motivation statement and research experience, record of study, certificates) until June 20th, 2018 to:


PD Dr. habil. Ivica Medugorac

AG Populationsgenomik
Veterinärwissenschaftliches Department
LMU München
Veterinärstraße 13
80539 München

Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! (CC to: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!)

For further information about the position, please contact Dr. Medugorac via e-mail or phone (+49 89 2180 3310).

 

PhD student/Postdoc bioinformatics ERC project [Heinrich Pette Institute – Leibniz Institute for Experimental Virology (2)]

The position focuses on developing software based on available open source code to facilitate spectral assignment and interpretation on a newly developed mass spectrometry system. Data created will allow high resolution structural proteomics using structural modelling. We are searching for exceptional, highly motivated candidates holding at least a Master degree in bioinformatics and related disciplines with experience in software development and computational modelling. Experience in any of the following areas will be considered an asset: structural biology, biophysics, virology, mass spectrometry and related data analysis. The position is initially funded for four years.

We offer the opportunity to perform cutting-edge research in an extremely stimulating work environment equipped with state-of-the-art technology. All positions have the possibility for extension after the initial funding period. Payment and social benefits will be in accordance with the regulations of the German TV-AVH (salary agreement for public service employees). The Heinrich-Pette-Institute is an international research institute with English as the working language. For further information please visit the website, http://www.hpi-hamburg.de, or contact Dr. Charlotte Uetrecht (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!).

The Heinrich-Pette-Institute promotes the professional equality between women and men. Handicapped applicants with equal qualifications will be given preferential treatment.

Please send your application by September 30, 2018. Please indicate the position of interest and your earliest possible starting date. Applications providing a motivating cover letter, a CV and the names of at least two referees in a single PDF should be sent via regular or electronic mail to:


Heinrich Pette Institute
Mrs Anke Metzger
Personnel Department
Martinistraße 52
20251 Hamburg
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PhD student/Postdoc virology ERC project [Heinrich Pette Institute – Leibniz Institute for Experimental Virology (1)]

The Heinrich Pette Institute – Leibniz Institute for Experimental Virology in Hamburg, Germany, invites applications for three positions in the junior research group "Dynamics of viral structures" of Dr. Charlotte Uetrecht.The group studies functions and interactions of viral proteins. Using advanced mass spectrometric techniques, especially native mass spectrometry (MS), structural information of viral protein complexes is derived in a time-resolved manner.

The position focuses on studies of coronaviral replication/transcription complexes with new mass spectrometric approaches. We are searching for exceptional, highly motivated candidates holding at least a Master degree in biology, biochemistry or other life science related disciplines with experience in virology. Experience in any of the following areas will be considered an asset: structural biology, biophysics, structural proteomics/mass spectrometry, lasers, instrument development, cell biology, or protein purification. The position is initially funded for four years.

We offer the opportunity to perform cutting-edge research in an extremely stimulating work environment equipped with state-of-the-art technology. All positions have the possibility for extension after the initial funding period. Payment and social benefits will be in accordance with the regulations of the German TV-AVH (salary agreement for public service employees). The Heinrich-Pette-Institute is an international research institute with English as the working language. For further information please visit the website, http://www.hpi-hamburg.de, or contact Dr. Charlotte Uetrecht (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!).

The Heinrich-Pette-Institute promotes the professional equality between women and men. Handicapped applicants with equal qualifications will be given preferential treatment.

Please send your application by September 30, 2018. Please indicate the position of interest and your earliest possible starting date. Applications providing a motivating cover letter, a CV and the names of at least two referees in a single PDF should be sent via regular or electronic mail to:

Heinrich Pette Institute
Mrs Anke Metzger
Personnel Department
Martinistraße 52
20251 Hamburg

Research Scientists Bioinformatics (m/f) [University Medical Center Hamburg-Eppendorf, Ref: 2018-344A]

We are seeking scientists with a background in Bioinformatics or in a closely related discipline. The main focus of the open position will be the analysis of high-throughput sequencing (NGS) for the II. Medical Clinic and the Children's Cancer Center. The position will be embedded in the Bioinformatics Core group.

Main tasks:
 - Analysis of high-throughput sequencing data
 - Development of workflows and tools for sequence data processing
 - Consultation on issues of sequencing and sequence data analysis

Candidate profile:
 - Successfully completed studies in Bioinformatics, Biostatistics or in a closely related scientific subject
 - Good command of Linux and at least one of the following programming languages: Ruby, R, Python, Java, Perl
 - Good oral and written communication skills in English
 - Ability to clearly explain methods and results to scientists of other disciplines
 - Desirable skills: competent handling of various sequence data, good understanding of statistical methods and their application to large data sets, and knowledge of machine learning techniques

We offer a work environment which provides equal opportunities regardless of age, gender, sexual identity, disability, origin or religion. This commitment is confirmed by signing the “Diversity Charter of German Companies”. We explicitly strive for an increased proportion of women in leading positions, particularly for employees in research and education. Female applicants will be treated preferentially in case of equivalent qualification. The same applies in case of minor representation of a certain gender in the advertising section. Applicants with severe disability will be treated preferentially in case of equivalent suitability, qualification and professional performance.

We look forward to receiving your application by June 17th 2018.

Please send your complete application to: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! (reference number: 2018-344A) or submit online using our job portal: www.uke.jobs

For further information please contact Prof. Dr. Mascha Binder (#49-(0)40-7410-58787) or Prof. Dr. Martin Horstmann (#49-(0)40-42605-1211).

1 Postdoctoral scientist and 2 PhD students in Bioinformatics/Computational Biology [Innsbruck, Austria]

On a project funded by the European Research Council (ERC) we are recruiting

one postdoc and two PhD students with background in bioinformatics, computational biology, data science, or engineering.

The goal of the project is to identify determinants of resistance to immunotherapy and develop personalized in silico and in vitro models for predicting responses to combination therapy in colorectal cancer. Towards this goal we are systematically interrogating tumor-immune cell interactions using data-driven modeling and knowledge-based mechanistic modeling, and are generating key quantitative data to train and validate algorithms using perturbation experiments with patient-derived tumor organoids and cutting-edge technologies for multidimensional profiling. The candidates will analyze next-generation sequencing data, phosphoproteomics data, and metabolomics data from tracer studies, and investigate rewiring of signaling networks and metabolic reprograming of T cells. The anticipated outcome is a precision immuno-oncology platform that integrates tumor organoids with high-throughput and high-content data for testing drug combinations, and machine learning for making therapeutic recommendations for individual patients.

The Division of Bioinformatics (www.icbi.at) is at the Biocenter of the Medical University of Innsbruck, Austria (www.i-med.ac.at)

Innsbruck (Capital of the Alps, www.innsbruck.info): Doing science where others spend their vacation.

Contact: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Doktorarbeit Bioinformatik NGA Analyse bakterieller Zoonosen

Das FLI ist als selbstständige Bundesoberbehörde und Forschungsinstitut im Geschäftsbereich des Bundesministeriums für Ernährung und Landwirtschaft auf den Gebieten Tiergesundheit, Tierernährung, Tierhaltung, tiergenetische Ressourcen und Tierschutz tätig.

Am Standort Jena ist im Institut für bakterielle Infektionen und Zoonosen zum nächstmöglichen Zeitpunkt die Stelle

einer wissenschaftlichen Mitarbeiterin / eines wissenschaftlichen Mitarbeiters (Doktorandin/Doktorand) im Bereich Bioinformatik

mit 65% der regelmäßigen wöchentlichen Arbeitszeit, befristet für 36 Monate zu besetzen. Der Abschluss des Arbeitsverhältnisses erfolgt auf der Grundlage der Bestimmungen des Tarifvertrages des öffentlichen Dienstes (TVöD) und die Eingruppierung bei Erfüllung der tariflichen Voraussetzungen in die Entgeltgruppe 13 TVöD, Tarifgebiet - Ost.

Aufgaben:
Implementierung von Pipelines zur automatische Vorverarbeitung von Whole Genome Sequencing(WGS)-Daten aus Isolaten von Salmonellen und Campylobacter Spezies mit den Zielen: 

1.     Genotypisierung zur Ausbruchsaufklärung

2.     Charakterisierung von Plasmiden

3.     Vorhersage von Antibiotikaresistenzen

4.     Bestimmung von genetischen Ursachen für Resistenzen

5.     Auswertung von Metagenomdaten

Anforderungen:

    Abgeschlossenes Hochschulstudium der Bioinformatik, Systembiologie, Computational Biology oder verwandter Fachrichtungen
    Kenntnisse im Bereich der bioinformatischen Programmierung (Snakemake, Shell,R/Python/Perl etc.)
    Sehr gute Kenntnisse der englischen Sprache in Wort und Schrift

Von Vorteil sind:

    Erfahrung im Umgang mit Linux Rechnern
    Erfahrung in der Analyse von WGS-Daten (Spades, Prokka…) und Metagenomdaten (Kraken, Metaphlan…)
    Erfahrung mit Verfahren zur Genotypisierung (cgMLST, canonical SNPs…)
    Erfahrung in der Vorhersage von Plasmiden (plasmidfinder,…) und von Resistenzen (resistancefinder, CARD…)

Wir bieten mit der Bearbeitung der Thematik das Erlernen von praktischen Fähigkeiten zur Vorverarbeitung und Interpretation von großen Datensätzen, sowie die Möglichkeit bei der Bekämpfung gefährlicher Infektionskrankheiten beizutragen und die Möglichkeit der Promotion an der Fakultät für Mathematik und Informatik der Friedrich-Schiller-Universität Jena.

Die Tätigkeit beinhaltet den Einsatz im Sicherheitsbereich, was eine Sicherheitsüberprüfung gem.Sicherheitsüberprüfungsgesetz (SÜG) und besondere Schutzvorkehrungen vor Gesundheitsgefahren erfordert. Die persönliche und gesundheitliche Eignung ist daher Voraussetzung für die Stellenbesetzung. Schwerbehinderte Menschen werden bei gleicher Eignung besonders berücksichtigt; von ihnen wird nur ein Mindestmaß an körperlicher Eignung verlangt.

Nähere Auskünfte erteilt Dr. Linde, Tel.: 03641-804 2320 oder E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!
 
Schriftliche Bewerbungen mit aussagefähigen Unterlagen werden unter der Kennziffer 18/18 bis zum 31.05.2018 an das Friedrich-Loeffler-Institut, Fachbereich Personal, Postfach 1318 in 17466 Greifswald - Insel Riems erbeten. Bewerbungen per E-Mail werden nur berücksichtigt, wenn sie als PDF-Dokument an Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! gesandt werden. Bitte unbedingt den folgenden Betreff angeben: Stelle 18/18.

(Bio-)Informatikerin/(Bio-)Informatiker Computational Proteomics [Ruhr-Universität Bochum]

Die Medizinische Bioinformatik des Medizinischen Proteom-Centers / Ruhr-Universität Bochum sucht zum nächstmöglichen Zeitpunkt

eine (Bio‑)Informatikerin / einen (Bio‑)Informatiker.

Für nähere Informationen besuchen Sie bitte die folgende Webseite:
https://www.stellenwerk-bochum.de/jobboerse/wissenschaftl-mitarbeiterin-bio-informatikerin-bio-informatiker-bo-2018-04-17-178410

Wissenschaftlichen Mitarbeiterin/ Mitarbeiters (PostDoc) (E13 TV-G-U) [Goethe Universität Frankfurt]

In der Abteilung für angewandte Bioinformatik am Institut für Zellbiologie und Neurowissenschaft des Fachbereichs Biowissenschaften der Goethe Universität Frankfurt ist zum 01.07.2018 die Stelle einer/eines

wissenschaftlichen Mitarbeiterin/ Mitarbeiters (PostDoc)
(E13 TV-G-U)

befristet für 3 Jahre im Projekt “Evolution und Funktion von Spezies-Interaktionsnetzwerken am Beispiel symbiotisch lebender Pionierarten” zu besetzen.
 
Das Projekt ist in das neu gegründete Loewe-Zentrum für "Translationale Biodiversitätsgenomik“ (LOEWE-TBG) eingebettet. Das LOEWE-TBG ist ein Forschungszusammenschluss der Senckenberg Gesellschaft für Forschung (SGN), der Goethe-Universität Frankfurt, der Justus-Liebig-Universität Gießen und dem Fraunhofer Institut für Molekularbiologie und angewandte Ökologie IME mit dem Ziel, die biologische Vielfalt der Genomik in der Grundlagenforschung und der angewandten Forschungsarbeit zu verstärken.

Die Vergesellschaftung von Organismen in Symbiosen ist ein weit verbreitetes und evolutionär sehr erfolgreiches Konzept zur Optimierung der Ressourcennutzung in einem Lebensraum. Eine präzise Abgrenzung solcher Lebensgemeinschaften sowie ein mechanistisches Verständnis der Symbiose ist häufig schwierig, da symbiotische Gesellschaften vielfach zusammen mit anderen, unbeteiligten Arten in komplexen Ökosystemen leben. In diesem Projekt fokussieren wir deswegen auf Pionierarten, die am Anfang der Besiedelung neuer und unbelebter Lebensräume wie z.B. Fels oder Lavafelder stehen. Im Zuge des Projekts soll die genomische Basis solcher, durch ihren Pionier-Status eng abgrenzbarer Metaorganismen, charakterisiert werden. Hierzu werden die entsprechenden Genome sequenziert und annotiert, und Geninteraktionsnetzwerke mit einem Schwerpunkt u.a. auf Stress-Resistenz werden insbesondere mit korrespondierenden Daten aus verwandten Arten ohne Pionierstatus verglichen. Die daraus resultierenden Einblicke in die funktionellen und evolutionären Besonderheiten symbiotischer Gemeinschaften sollen dann Rückschlüsse über Art, Ausmaß und Nutzen der symbiotischen Interaktion liefern.

Einstellungsvoraussetzungen:

- Promotion in Bioinformatik, evolutionärer Biologie oder verwandter Themen

- Einschlägige theoretische und praktische Kenntnisse in der vergleichenden Genomik und/oder funktionellen oder evolutionären Sequenzanalyse

- Erfahrung in der de novo Assemblierung und Annotation eurkaryotischer Genome und Transkriptome

- Programmierkenntnisse in mindestens einer der folgenden Sprachen: Python, Perl, Java, C, C++, R

Ihre Bewerbung senden Sie bitte mit Anlagen (Lebenslauf, Kopien aller Universitätsabschlüsse und Schulzeugnisse, zwei Referenzschreiben, eine Publikationsliste) bis zum 15.05.2018 in elektronischer Form an Prof. Dr. Ingo Ebersberger (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!), Goethe Universität, Institut für Zellbiologie und Neurowissenschaft, Abteilung für angewandte Bioinformatik, Max-von-Laue Strasse 13, 60438 Frankfurt am Main.

Die Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt am Main ist mit über 46.000 Studierenden und rund 4.600 Beschäftigten eine der größten Hochschulen in Deutschland. 1914 von Frankfurter Bürgern gegründet und seit 2008 wieder in der Rechtsform einer Stiftung besitzt die Goethe-Universität ein hohes Maß an Eigenständigkeit, Modernität und fachlicher Vielfalt. Als Volluniversität bietet die Goethe-Universität Frankfurt auf fünf Campus in insgesamt 16 Fachbereichen 100 Studiengänge an und besitzt gleichzeitig eine herausragende Forschungsstärke.

Die Befristung der wissenschaftlichen Mitarbeiter richtet sich nach den Regelungen des Wissenschaftszeitvertragsgesetzes in Verbindung mit dem Hessischen Hochschulgesetz.

Die Universität tritt für die Gleichberechtigung von Frauen und Männern ein und fordert deshalb nachdrücklich Frauen zur Bewerbung auf. Menschen mit Behinderungen werden bei gleicher Qualifikation vorrangig berücksichtigt.

Modeling causal interactions between marine microbes

The Department of Marine Microbiology and Biogeochemistry (MMB; Principal Investigator Dr. Julia Engelmann), is looking for a highly motivated PhD student with a background in bioinformatics, computational biology, molecular ecology, computer science, (bio-)statistics, applied mathematics or physics with an interest in microbiology; or a PhD student with a background in microbiology, marine science or related fields with strong computational skills.

THE RESEARCH

The research team of dr. Julia Engelmann applies bioinformatic and network biology approaches to marine genomic, meta-barcoding, meta-genomic and transcriptomic data. Rather than merely describing which microbial species are present at a given location, we want to find out how the individual species interact and form communities, for example by providing nutrients to each other. We use modern network modeling techniques to infer these interactions. The PhD student will be trained in applying and improving on network methodology.

THE PROJECT

The project is concerned with elucidating marine microbial inter-species interactions based on high-throughput genomic data by applying network modeling. Microbes in the oceans, sediment and in microbiomes of higher organisms, form communities which keep the element and nutrient cycles in the seas and on land running. Different microorganisms have different metabolic capabilities. The product of one species can be the substrate for another. Besides dependencies based on individual nutrients, more complex interactions, such as symbiosis, predator-prey and competition for limited resources among marine microbes, will be elucidated in this project. Moreover, the impact of changing environmental conditions due to climate change on microbial communities will be assessed. To do so, causal network modeling will be applied to microbial abundance data and measurements of environmental parameters such as temperature and salinity to predict causal effects of species and environmental parameters on other species. Follow-up experiments in the lab will be used to validate the interactions.

THE CANDIDATE

We like to get into contact with a PhD student holding an MSc degree in Bioinformatics, Computational Biology, Computer Science, Mathematics, (Bio-)Statistics, Physics, Microbiology, Molecular Biology, Microbial Ecology or related fields. You are highly organized, motivated, and fluent in oral and written English.

Experience with Unix is mandatory. Candidates need to have a proven record of their bioinformatics and programming skills. Candidates with good command of R, Bash and Python are preferred. If your background is in Biology-related fields, you will need to catch up with some mathematics and statistics. The ideal candidate also has experience in the analysis of high-throughput genomic data, including metagenomic data.

CONDITIONS

Employment of this position at Royal NIOZ is by NWO (The Netherlands Organization of Scientific Research). We offer a position for 4 (fulltime) years with an excellent salary, a pension scheme, a holiday allowance of 8% of the gross annual salary, a year-end bonus, and flexible work arrangements. You may expect attractive secondary employment conditions. We offer generous relocation expenses for employees coming from abroad and support with finding accommodation. 

MORE INFORMATION

https://www.workingatnioz.com/our-jobs/phd-student-%E2%80%9Cmodelling-causal-interactions-between-marine-microbes%E2%80%9D.html

Interviews will be held on Texel on May 31st, 2018.