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Modeling causal interactions between marine microbes

The Department of Marine Microbiology and Biogeochemistry (MMB; Principal Investigator Dr. Julia Engelmann), is looking for a highly motivated PhD student with a background in bioinformatics, computational biology, molecular ecology, computer science, (bio-)statistics, applied mathematics or physics with an interest in microbiology; or a PhD student with a background in microbiology, marine science or related fields with strong computational skills.

THE RESEARCH

The research team of dr. Julia Engelmann applies bioinformatic and network biology approaches to marine genomic, meta-barcoding, meta-genomic and transcriptomic data. Rather than merely describing which microbial species are present at a given location, we want to find out how the individual species interact and form communities, for example by providing nutrients to each other. We use modern network modeling techniques to infer these interactions. The PhD student will be trained in applying and improving on network methodology.

THE PROJECT

The project is concerned with elucidating marine microbial inter-species interactions based on high-throughput genomic data by applying network modeling. Microbes in the oceans, sediment and in microbiomes of higher organisms, form communities which keep the element and nutrient cycles in the seas and on land running. Different microorganisms have different metabolic capabilities. The product of one species can be the substrate for another. Besides dependencies based on individual nutrients, more complex interactions, such as symbiosis, predator-prey and competition for limited resources among marine microbes, will be elucidated in this project. Moreover, the impact of changing environmental conditions due to climate change on microbial communities will be assessed. To do so, causal network modeling will be applied to microbial abundance data and measurements of environmental parameters such as temperature and salinity to predict causal effects of species and environmental parameters on other species. Follow-up experiments in the lab will be used to validate the interactions.

THE CANDIDATE

We like to get into contact with a PhD student holding an MSc degree in Bioinformatics, Computational Biology, Computer Science, Mathematics, (Bio-)Statistics, Physics, Microbiology, Molecular Biology, Microbial Ecology or related fields. You are highly organized, motivated, and fluent in oral and written English.

Experience with Unix is mandatory. Candidates need to have a proven record of their bioinformatics and programming skills. Candidates with good command of R, Bash and Python are preferred. If your background is in Biology-related fields, you will need to catch up with some mathematics and statistics. The ideal candidate also has experience in the analysis of high-throughput genomic data, including metagenomic data.

CONDITIONS

Employment of this position at Royal NIOZ is by NWO (The Netherlands Organization of Scientific Research). We offer a position for 4 (fulltime) years with an excellent salary, a pension scheme, a holiday allowance of 8% of the gross annual salary, a year-end bonus, and flexible work arrangements. You may expect attractive secondary employment conditions. We offer generous relocation expenses for employees coming from abroad and support with finding accommodation. 

MORE INFORMATION

https://www.workingatnioz.com/our-jobs/phd-student-%E2%80%9Cmodelling-causal-interactions-between-marine-microbes%E2%80%9D.html

Interviews will be held on Texel on May 31st, 2018.

Postdoc Bioinformatik [Uni Greifswald]

Am Institut für Bioinformatik der Universitätsmedizin Greifswald ist 
nächstmöglich zu besetzen:

2 Postdoktoranden Bioinformatik oder mathematische Modellierung (m/w)
Vergütungsgruppe E13 in Vollzeit 
Zunächst befristet für zwei Jahre mit der Möglichkeit der Verlängerung 

Die Befristung richtet sich nach dem Landeshochschul- und 
Wissenschaftszeitvertragsgesetz.

Anforderungen: 

Herausragende Promotion im Bereich der Biomathematik, Bioinformatik, 
Systembiologie, der mathematischen Modellierung biologischer Systeme, Physik 
oder verwandten Gebieten, sowie Erfahrung in interdisziplinärer Zusammenarbeit 
mit experimentellen biologischen und klinischen Kooperationspartnern. 

Das Institut für Bioinformatik kooperiert eng mit biologischen und klinischen 
Kooperationspartnern. Schwerpunkte der Arbeit liegen dabei in der Entwicklung 
und Analysen von Modellen von viralen und bakteriellen Infektionen und der 
zellulären Immunantwort, sowie in der integrativen OMICs-Datenanalyse im 
Kontext von klinischen und biomedizinischen Studien mit Methoden des 
maschinellen Lernens. Vom Stelleninhaber wird eine eigenständige und aktive 
Mitarbeit in laufenden Forschungsprojekten in einem dieser Gebiete erwartet 
ebenso wie die Bereitschaft, neue Forschungsprojekte und wissenschaftliche 
Kooperationen in Arbeitsgebiet des Instituts zu initiieren und durchzuführen. 

Bewerbungen mit den üblichen Unterlagen werden erbeten per Email an 
Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Links: http://www.kaderali.org/jobs.html 

Postdoctoral Position (m/f) in Bioinformatics DNA Damage in Cancer

Employer

 

BioMed X Innovation Center, Im Neuenheimer Feld 515, 69120 Heidelberg, Germany

 

 

About BioMed X

 

The BioMed X Innovation Center is an exciting collaboration model at the interface between academia and industry. At our center, distinguished early career scientists recruited from all over the world are working jointly on novel pre-clinical research projects in the fields of biomedicine, molecular biology, cell biology, diagnostics, and consumer care. These interdisciplinary project teams are conducting groundbreaking biomedical research in an open innovation lab facility on the campus of the University of Heidelberg, under the guidance of experienced mentors from academia and industry while expanding their scientific network.

 

 

What we are looking for

 

A postdoc position is available in the team of “DNA Damage in Cancer” at the BioMed X Innovation Center in Heidelberg. The main aim of the group is to understand the mechanisms of synthetic lethality in cancer and find novel targets that will be relevant in tumor therapy. We are looking for a highly-motivated researcher with experience in bioinformatics and statistics and with a proven track record in next-generation sequencing data analysis. You will contribute to data driven cancer research and complement an internationally competitive research group employing high-throughput genetic screens in combination with cutting-edge cellular and molecular biology tools. You will be responsible from analysis of a wide range of NGS-based data, including large scale genome-wide synthetic lethality screens, mutation profiling and RNA sequencing.

 

 

Required skills

 

  • PhD in the area of bioinformatics, computational biology, systems biology, biostatistics or a related field
  • Experience in mining, integration and analysis of multiple next-generation sequencing data sets and profound knowledge of NGS algorithms and software
  • Experience with mining and working with large scale datasets (e.g. TCGA, ICGC)
  • Strong proficiency in retrieving and analyzing high-throughput datasets, in particular R and Python
  • Very good work organization skills and the ability to work independently
  • Experienced to work in interdisciplinary teams
  • Excellent communication skills in English

 

 

Additional preferred skills

 

  • Experience in high throughput screening methods

 

 

Candidates are requested to submit

 

  • 1-page cover letter explaining the reasons of interest to join our team
  • Curriculum Vitae summarizing technical skills, personal goals and extra-scientific passions
  • 2 reference names

 

 

What we offer

 

The post is offered for a limited term until 30 October 2020. BioMed X is a multidisciplinary and international research institution with a very collegial and flexible working environment. As part of the remuneration package we offer a competitive salary, access to training and lecture courses in house as well as in neighboring research institutions on the Life Science Campus in Heidelberg. Team recognition events, such as our annual two-day retreat, joint luncheons and after work events, a Summer and a Christmas party are just some of the other perks our fellows enjoy.

 

The position is sponsored by Merck.

 

The position is available from 1st May 2018. Please submit your application to the attention of Dr. Balca Mardin until 30th April 2018 via our online application system at https://bio.mx/apply/job/2018-J05. Applicants will be interviewed upon incoming documents, hence please get in touch as soon as you decide to apply.

 

 

Contact

 

BioMed X Innovation Center
Im Neuenheimer Feld 515
69120 Heidelberg
Germany

Email: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!
Internet: www.bio.mx

Postdoctoral Position (m/f) in Bioinformatics Brain Microcircuits and Psychiatric Diseases

Employer

 

BioMed X Innovation Center, Im Neuenheimer Feld 515, 69120 Heidelberg, Germany

 

 

About BioMed X

 

The BioMed X Innovation Center is an exciting collaboration model at the interface between academia and industry. At our center, distinguished early career scientists recruited from all over the world are working jointly on novel pre-clinical research projects in the fields of biomedicine, molecular biology, cell biology, diagnostics, and consumer care. These interdisciplinary project teams are conducting groundbreaking biomedical research in an open innovation lab facility on the campus of the University of Heidelberg, under the guidance of experienced mentors from academia and industry while expanding their scientific network.

 

 

What we are looking for

 

A postdoctoral position in neurobiology is available in the team of “Brain Microcircuits in Psychiatric Diseases” at the BioMed X Innovation Center in Heidelberg, Germany. The main aim of the group is to understand biological correlates of phenotypes related to human psychiatric diseases. We are looking for a highly enthusiastic scientist to broaden our think-tank with her/his intellectual power and technical excellence. You will contribute to an internationally competitive research group employing advanced behavioral, genetic and functional approaches to understand the mechanisms of glial cell contribution to dysfunction of neuronal networks. You will be responsible for combining original and published data from transcriptional and metabolomic studies across species. The ideal candidate has a strong background in systems biology and is capable of thinking “outside the box”.

 

Required skills

 

  • PhD in the area of bioinformatics, computational biology, systems biology, or a related field
  • Experience in mining, integration and analysis of multiple high-throughput datasets (NGS, proteomics, metabolomics) and related software
  • Good understanding of cell biology, with particular focus on metabolism
  • Independent and creative thinking
  • Very good work organization skills
  • Experienced to work in interdisciplinary teams
  • Excellent communication skills in English

 

 

Additional preferred skills

 

  • Familiarity with CRISPR/Cas9-based screening systems
  • Familiarity with high-throughput screening methods
  • Background in neurobiology

 

 

Candidates are requested to submit

 

  • 1-page cover letter explaining the reasons of interest to join our team
  • Curriculum Vitae outlining scientific interests, research achievements, a record of publications, future personal goals and extra-scientific passions
  • 2 reference letters

 

 

What we offer

 

The post is offered for a limited term until 31 July 2020.

 

BioMed X is a multidisciplinary and international research institution with a very collegial and flexible working environment. As part of the remuneration package we offer a competitive salary, access to training and lecture courses in house as well as in neighboring research institutions on the Life Science Campus in Heidelberg. Team recognition events, such as our annual two-day retreat, joint luncheons and after work events, a Summer and a Christmas party are just some of the other perks our fellows enjoy.

 

The position is sponsored by Boehringer Ingelheim.

 

The position is available as of 01 May 2018. Please submit your application for the attention of Dr. Michal Slezak before 29 April 2018 via our online application system: https://apply.bio.mx /job/2018-J03

 

Applicants will be interviewed upon incoming documents, hence please get in touch as soon as you decide to apply.

 

 

Contact

 

BioMed X Innovation Center
Im Neuenheimer Feld 515
69120 Heidelberg
Germany

 

Email: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

 

Internet: www.bio.mx

 

Bioinformatics Engineer / Data Analyst [EMBL, HD_01272]

Location: Heidelberg, Germany
Staff Category: Staff Member
Contract Duration: 3 years (renewable)
Grading: 4, 5 or 6, depending on experience and qualifications
Closing Date: 15 April 2018
Reference Number: HD_01272

Job Description
The European Molecular Biology Laboratory (EMBL) is one of the highest ranked scientific research
organisations worldwide. The Headquarters Laboratory is located in Heidelberg (Germany), with
additional sites in Barcelona (Spain), Grenoble (France), Hamburg (Germany), Hinxton near
Cambridge (UK) and Rome (Italy).
EMBL is seeking a highly motivated bioinformatics engineer to work in the group of Prof. Matthias
Hentze. Research in the Hentze group primary focuses on novel RNA-binding proteins and the
identification of their role¬ in health and disease. The group uses new next-generation sequencing
and mass-spectrometry-based technologies to identify and functionally characterize RNA-binding
proteins and their targets. The successful applicant will be involved in the computational analysis
and interpretation of these data. (S)he will create workflows based on existing tools and further
develop analysis methodologies in order to translate novel data types into biological discoveries.
The successful applicant will be part of the bioinformatics core of a research team, collaborating
closely with experimentalists that produce large amounts of data. This position is tightly embedded
in the overall research of the lab and will make crucial contributions to the scientific outcomes. The
position provides a unique opportunity to acquire practical data science skills that are in high
demand and to develop a career in cutting edge bioinformatics services and infrastructures. The
position will work closely with a bioinformatics engineer, be supported by a senior bioinformatics
postdoc in the lab and will be complemented by an excellent network of bioinformaticians as well as
computational and scientific facilities at EMBL.

Qualifications and Experience
Applicants should have a university degree in bioinformatics, biostatistics, biophysics, computer
science or related fields (MSc or PhD). An educational background or practical knowledge in the
analysis of large datasets and working in Linux environments are required. Prior experience with
next-generation sequencing (NGS) analyses and NGS datasets is a must. Knowledge of Python (or
another scripting language) and/or the statistical programming language R/Bioconductor is an
advantage. A general understanding of biological questions will help to communicate with other
scientists.

We are looking for enthusiastic candidates who are keen to contribute novel ideas, are proactive and
have good problem-solving skills. Furthermore, the applicant should be able to work independently
and integrate well in an international and interdisciplinary team environment. Strong interpersonal
and communication skills as well as the ability to convey concepts to other scientists in different
fields of research are essential.

Application Instructions
Please apply online through www.embl.org/jobs

Additional Information
EMBL offers an international and interdisciplinary environment and many opportunities for career
development. Heidelberg has an active international social community and is regarded as one of the
most beautiful cities of Germany.
EMBL is an inclusive, equal opportunity employer offering attractive conditions and benefits
appropriate to an international research organisation. Please note that appointments on fixed term
contracts can be renewed, depending on circumstances at the time of the review.

Wiss. Mitarbeiterin / wiss. Mitarbeiter [Friedrich-Loeffler-Institut Mariensee/ Mecklenhorst]

Das Friedrich-Loeffler-Institut ist als selbständige Bundesoberbehörde und Forschungsinstitut im Geschäftsbereich des Bundesministeriums für Ernährung und Landwirtschaft auf den Gebieten Tiergesundheit, Tierernährung, Tierhaltung, tiergenetische Ressourcen und Tierschutz tätig.

Im Institut für Nutztiergenetik am Standort Mariensee/ Mecklenhorst ist zum nächstmöglichen Zeitpunkt die Stelle

einer wiss. Mitarbeiterin / eines wiss. Mitarbeiters

in Vollzeit (derzeit 39 Stunden), befristet bis zum 31.12.2022 zu besetzen. Das Arbeitsverhältnis richtet sich nach den Bestimmungen des Tarifvertrages des öffentlichen Dienstes (TVöD). Die Eingruppierung erfolgt je nach Erfüllung der tariflichen Voraussetzungen bis zur Entgeltgruppe 14 TVöD, Tarifgebiet - West.

Aufgaben:

Der/die Stelleninhaber/in soll eigenständige Forschungsarbeiten zur Umsetzung bioinformatischer Arbeiten am Institut durchführen; dazu gehören folgende Tätigkeiten:

-       Programmierung, Implementierung und Anwendung von Algorithmen zur Prozessierung und Analyse genomweiter Sequenzdaten bei Nutztieren

-       Planung und Durchführung populationsgenomischer Analysen zur Phylogenie, Diversität und Identifizierung merkmalsbeeinflussender Sequenzvariationen

-       Integration genomischer Informationen aus internationalen Datenbanken

-       Mitarbeit bei statistischen Analysen in institutsinternen Projekten

-       Veröffentlichung der Ergebnisse in internationalen wissenschaftlichen Zeitschriften und Einwerbung bzw. Mitarbeit bei der Einwerbung von Drittmitteln


Anforderungen:

-       abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master of Science) der Bioinformatik, Agrarwissenschaft, Biologie oder eng verwandter Studiengänge

-       abgeschlossene Promotion auf einem relevanten Fachgebiet mit Bezug zur Bioinformatik, vorzugsweise mit einer Ausrichtung auf Molekulargenetik oder Populationsgenomik


Von Vorteil sind:

-       Interesse an biologischen Fragestellungen

-       Erfahrungen in der Bearbeitung wissenschaftlicher Fragestellungen

-       Programmierkenntnisse (Java, Perl, Python, R,  o. ä.)

-       Grundkenntnisse im Umgang mit Linux und der Systemadministration

-       Sehr gute Kenntnisse der englischen Sprache in Wort und Schrift

Wir setzen voraus, dass der/die Stelleninhaber/in Freude am wissenschaftlichen Arbeiten und Teamfähigkeit mitbringt. Schwerbehinderte Menschen werden bei gleicher Eignung besonders berücksichtigt; von ihnen wird nur ein Mindestmaß an körperlicher Eignung verlangt. Bei Vorliegen entsprechender Bewerbungen wird geprüft, ob Teilzeitwünschen im Rahmen der dienstlichen Möglichkeiten entsprochen werden kann.

Nähere Auskünfte erteilt Herr Prof. Dr. Niemann, Tel. 05034 / 871 5135.

Schriftliche Bewerbungen mit aussagefähigen Unterlagen werden unter der Kennziffer 10/18 bis zum 19.03.2018 an das Friedrich-Loeffler-Institut, Fachbereich Personal, Postfach 1318 in 17466 Greifswald-Insel Riems erbeten. Bewerbungen per E-Mail werden nur berücksichtigt, wenn sie als PDF-Dokument an Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! gesandt werden. Bitte unbedingt den Betreff angeben: Stelle 10/18.

Nach Abschluss des Auswahlverfahrens erhalten Sie Ihre Unterlagen zurück. Die Eingangsbestätigung sowie die Kommunikation während des Ausschreibungsverfahrens erfolgt per Mail. ]

Links: https://www.fli.de/de/karriere/stellenangebote/einzelansicht/wiss-mitarbeiterin-wiss-mitarbeiter-im-institut-fuer-nutztiergenetik/

Post-Doc position in Machine Learning in Biomedicine [Eberhard Karls University Tübingen]

The Chair for Methods in Medical Informatics (Prof. Dr. Nico Pfeifer), Department of Computer Science at Eberhard Karls University Tübingen, one of eleven German universities distinguished as excellent under the German government’s initiative, is currently looking for a  

Post-Doc in Machine Learning in Biomedicine (E13 TV-L, 100%) 

starting as soon as possible. The initial fixed-term contract will be for 2 years with possible extension.  

The group has extensive knowledge at the interface between statistical machine learning, digital medicine, and computational biology. We are developing methods that allow answering new biomedical questions (Speicher and Pfeifer 2015, Proceedings of ISMB/ECCB 2015) and optimize them in close contact with our excellent national and international biomedical partners (Carlson et al. 2016, Nature Medicine, Schoofs et al. 2016, Science, Scheid et al. 2016, Nature, Döring et al. 2016, Retrovirology, Caskey et al. 2017, Nature Medicine). 

Nico Pfeifer is one of the PIs of the excellence cluster proposal “Machine Learning: new perspectives for science” that is currently under review and he is also associated faculty of the International Max Planck Research School for Intelligent Systems.  

Prerequisites

The ideal candidates will have a Ph.D. or equivalent in Machine Learning, Data Science, Biometry, Biostatistics, Bioinformatics, Computer Science, Computational Biology or a related life science discipline. The applicants should have an interest in interdisciplinary work. Experience in data science and machine learning as well as strong programming/scripting skills (C/C++, R, Matlab, Python, JavaScript, Java) are required as well as a strong publication record. Other relevant qualifications include:

•    Background in Statistics

•    Experience with medical data (clinical data, molecular data, …)

•    Experience with high-throughput data (next-generation sequencing, mass spectrometry) 

•    Databases (MySQL, NoSQL)

•    Privacy-preserving machine learning 

Knowledge of the adaptive immune system or infectious diseases is a plus. 

The University seeks to raise the number of women in research and teaching and therefore urges qualified women academics to apply for these positions. Equally qualified applicants with disabilities will be given preference. The employment will be carried out by the central administration of the University of Tübingen. Please send your application (including motivation letter, curriculum vitae, transcripts and certificates, and contact details of two academic references) via e-mail as a single PDF to Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! (subject: Post-Doc application (Machine Learning in Biomedicine)) by April 3rd.

pdf version of the announcement: http://mm.informatik.uni-tuebingen.de/wp-content/uploads/2018/03/Ausschreibung_PostDoc.pdf"

PhD-Stelle am ZBH [Universität Hamburg]

Ab dem 01.04.2018 ist vorbehaltlich der Bewilligung der Drittmittel in dem Projekt „Interactive Pocket Exploration“ die Stelle einer/eines wissenschaftlichen Mitarbeiterin/Mitarbeiters gemäß § 28 Abs. 3 HmbHG* zu besetzen. Die Vergütung erfolgt nach der Entgeltgruppe 13 TV-L. Die wöchentliche Arbeitszeit beträgt 26 Stunden. Die Befristung des Vertrages erfolgt auf der Grundlage von § 2 Wissenschaftszeitvertragsgesetz. Die Befristung ist vorgesehen für die Dauer von 3 Jahren. Die Universität strebt die Erhöhung des Anteils von Frauen am wissenschaftlichen Personal an und fordert deshalb qualifizierte Frauen nachdrücklich auf, sich zu bewerben. Frauen werden im Sinne des Hamburgischen Gleichstellungsgesetzes bei gleichwertiger Qualifikation vorrangig
berücksichtigt.

Aufgaben:
Die Aufgaben umfassen wissenschaftliche Dienstleistungen im o. g. Projekt. Außerhalb der Dienstaufgaben besteht Gelegenheit zur wissenschaftlichen Weiterbildung.

Aufgabengebiet:
Forschung und Entwicklung im Drittmittelprojekt "Interactive Pocket Exploration". Ziel des Projektes ist es, innovative Methoden für die indexbasierte Suche geometrischer Objekte für das strukturbasierte Wirkstoffdesign zu entwickeln und zu adaptieren. Die Anwendung erfolgt im Kontext der Entwicklung neuer pharmazeutischer Wirkstoffe. Entwickelte Konzepte sollen in einem Software-Prototyp auf der Basis von vorhandenen chemieinformatischen Softwarebibliotheken umgesetzt und in der Praxis mit erfahrenen Anwendern evaluiert werden. Bei diesem Projekt handelt es sich um eine Kooperation mit einem großen pharmazeutischen Unternehmen. Außerhalb der Arbeitszeit besteht die Möglichkeit zur Weiterqualifikation in Form einer Promotion in Informatik/Bioinformatik.

Einstellungsvoraussetzungen:
Abschluss eines den Aufgaben entsprechenden Hochschulstudiums. Studium der Bio- oder Chemieinformatik, der Chemie oder Pharmazie mit Schwerpunkt auf computerbasierte Methoden oder der Informatik mit Nebenfach Chemie (Abschluss mit forschungsorientiertem Master oder Hochschul-Diplom). Sehr gute Programmierkenntnisse und praktische Erfahrung in der Softwareentwicklung werden erwartet. Gute Kenntnisse in der Chemieinformatik, insbesondere im Kontext pharmazeutischer Forschung werden vorausgesetzt. Kenntnisse in struktureller Bioinformatik, Maschinellem Lernen und Algorithmik sind erwünscht.

Schwerbehinderte haben Vorrang vor gesetzlich nicht bevorrechtigten Bewerberinnen/ Bewerbern bei gleicher Eignung, Befähigung und fachlicher Leistung. Für nähere Informationen wenden Sie sich bitte an Prof. Dr. Matthias Rarey oder schauen Sie
im Internet unter http://www.zbh.uni-hamburg.de/service/stellen.html nach. Bitte senden Sie Ihre Bewerbung mit den üblichen Unterlagen (Bewerbungsschreiben, tabellarischer Lebenslauf, Hochschulabschluss) bis zum 13.03.2018 an:

Universität Hamburg
ZBH Zentrum für Bioinformatik
Prof. Dr. Matthias Rarey
Bundesstraße 43, 20146 Hamburg
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Postdoc position on alignment-free taxonomic classification in metagenomics [University of Montpellier, France]

The Methods and Algorithms for Bioinformatics (MAB) team at the computer science department of the University of Montpellier, France (the LIRMM) is looking for talented individuals to fill an 18-months postdoctoral position. The successful candidate will work on a novel and promising approach for the identification of the species behind the DNA found in an environmental sample. The originality of the approach lies in the application within evolutionary analyses of ideas from string algorithmics that avoid the computationally-intensive task of sequence alignment. A detailed description of the research project can be found here: https://sites.google.com/site/fabiopardi/postdocs.
 
The applicant should have a background in bioinformatics with an emphasis on algorithmic and software developments for biological sequence analysis and computational genomics. Previous research experience in one of the following topics in bioinformatics will be considered as an advantage: genome assembly, metagenomics, alignment-free sequence analysis, algorithms and data structures for biological strings, molecular evolution, computational phylogenetics. Regardless of her/his background, the applicant’s past research should show a strong motivation towards solving biologically-relevant problems in a rigorous way, using state-of-the-art techniques and/or developing novel methodologies. Good programming skills, as well as an ability for autonomous work, are essential.
 
Interested applicants should send a CV, and a brief description of research accomplishments and goals to F. Pardi (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!) and E. Rivals (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!). Applicants should have been awarded a Ph.D. within the last 4 years or should be graduating imminently. Successful candidates are required to start by 1 October 2018 at the latest. The salary for the position is about 2,200 euros net per month plus benefits.
 
A one-thousand-year-old city, Montpellier is a thriving research community with a multitude of research centers in life sciences. It is the fastest growing city in France where approximately one third of the population are students, and a great location for outdoor activities. The LIRMM is one of the most visible computer science laboratories in France.
 

PhD-Stelle Bioinformatik [LMU München]

Das Klinikum der Universität München ist eines der größten und leistungsfähigsten Universitätsklinika in Deutschland und Europa. 45 Fachkliniken, Abteilungen und Institute mit einer exzellenten Forschung und Lehre ermöglichen eine Patientenversorgung auf höchstem medizinischem Niveau. Hieran sind rund 10.000 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter beteiligt.
Die Abteilung für Infektions- und Tropenmedizin verfügt über eine der größten reisemedizinischen Ambulanzen Deutschlands mit ca. 400 Patienten und ca. 1500 reisemedizinischen Beratungen pro Monat.

Die AG Geldmacher / von Both an der Abteilung für Infektions- und Tropenmedizin und dem Dr. von Hauner’schen Kinderspital zusammen mit Frau Prof Friedel von der Lehr- und Forschungseinheit Bioinformatik am Institut für Informatik sucht zur Verstärkung des Teams ab sofort eine/n hochmotivierte(n)

PhD Kandidaten/in in Bioinformatics/Computational Biology

Ihr Aufgabenbereich:
Das Tropeninstitut sucht einen wissenschaftlichen Mitarbeiter/in für die Verstärkung der Arbeitsgruppe „Infektionsimmunologie“ (AG Geldmacher/von Both). Unsere Arbeitsgruppe ist spezialisiert auf internationale Studien in der klinischen Infektionsimmunologie mit besonderem Fokus auf die Charakterisierung der Immunantwort im Rahmen der Entwicklung neuartiger Tuberkulose Immundiagnostika (Portevin et al. 2014 The Lancet ID), Impfstoffstrategien (Bauer et al. 2017 JV) und der Grundlagenforschung (Geldmacher et al. J.Exp.Med 2010, von Both et al. 2018 Sci Rep). Hierbei stehen die Krankheitserreger Mycobacteria spp, HIV und HPV im Vordergrund.

Die Lehr- und Forschungseinheit Bioinformatik am Institut für Informatik befasst sich mit der Entwicklung neuer Algorithmen zur Analzse von “large-scale” experimentellen Datensaetzen, speziell für Aplikationen an next-generation sequencing (NGS)  Experimenten, wie z.B. RNA-seq, ChIP-seq oder ATAC-seq.

Das ausgeschriebene PhD Projekt wird die Bearbeitung, Analyse und Interpretation großer („large-scale“) next generation sequencing (NGS) Datensätze umfassen. Diese Daten stammen aus  Transkriptom und Genom-Studien sowie aus mikroskopischen Verfahren, bei denen es um die automatisierte Analyse entsprechenden Bildmaterials gehen wird. Sie werden bei der Implementierung entsprechender Analyse-Pipelines mitwirken und das Projekt von bioinformatischer Seite, unter Supervision von Prof. Friedel, bearbeiten. Darüber hinaus werden wir Sie in die Analyse und Interpretation der Ergebnisse und deren Publikation in wissenschaftlichen Journals mit einbinden.

Unsere Anforderungen:
- Master/Diplom in Bioinformatik, computational biology, Biostatistik oder einem vergleichbaren Fachgebiet.
- Erfahrung in der Anwendung und Programmierung zur Analyse von Next Generation Sequencing Datensätzen.
- Umfassende Erfahrung im Umgang mit R, Linux/Unix OS und cluster computing
- Erfahrungen im Umgang mit Bildverarbeitungsprogrammen (z.B.. ImageJ, CellProfiler, Ilastik) waere vorteilhaft.

Unser Angebot:
Wir bieten eine Vollzeit-PhD (100%) Position zum Abschluss als Dr. rer nat. in einem vielseitigen und internationalen Betätigungsfeld sowie einem interdisziplinären Team an, das aus Wissenschftlern, Ärzten, Biologen und Bioinformatikern im Bereich der klinischen Infektionsimmunologie besteht. Unser junges Forschungsteam ist hochmotiviert, arbeitet in flachen Hierarchien und ist international besetzt. Es bestehen viele internationale Kollaborationen auf dem Gebiet „Infection & Immunity".

München ist eine internationale und forschungsstarke Metropole in Deutschlands Süd-Osten und bietet eine hohe Lebensqualität mit vielen „outdoor activities" durch die Alpennähe, also eine ideale Umgebung für Sie und ggf. Ihre Familie. Vergütung erfolgt nach TV-ÖD. Bei Rückfragen erreichen Sie uns per E-Mail
Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! oder telefonisch unter (089) 2180 17601.

Schwerbehinderte Bewerber/innen werden bei ansonsten im Wesentlichen gleicher Eignung bevorzugt. Vorstellungskosten können leider nicht erstattet werden. Für weitere Informationen wenden Sie sich bitte an
Ihre Bewerbung per Email richten Sie bitte zeitnah an: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!