Stellenangebote

Universitätsprofessur (W3 mit Leitungsfunktion) für Medizininformatik

Details: Veröffentlicht: Freitag, 22. September 2023 17:02

An der Medizinischen Fakultät der Universität Münster ist eine Universitätsprofessur (W3 mit Leitungsfunktion) für Medizininformatik (Institut für Medizinische Informatik) zum nächstmöglichen Zeitpunkt zu besetzen.

Gesucht wird eine Persönlichkeit mit Forschungsschwerpunkt(en) auf dem Gebiet der Künstlichen Intelligenz, maschinellen Lernverfahren und/oder Bioinformatik. Der/die Stelleninhaber/-in muss international wissenschaftlich exzellent ausgewiesen sein und Drittmittel eingeworben haben. Die Forschungsrichtung soll in die Forschungsschwerpunkte der Medizinischen Fakultät und der Universität passen, unsere wissenschaftlichen Schwerpunkte stärken sowie Kooperationen mit existierenden und geplanten Forschungsverbünden (z.B. SFB1009, SFB1450, SFB-TR 128, SFB-TR 332, KFO 342), dem Cells-in-Motion Interfaculty Centre (CiMIC), dem Body & Brain Institute Münster (BBIM), dem Multiscale Imaging Centre (MIC) und klinischen Einrichtungen ermöglichen.

Bewerbungen sind bis zum 19.10.2023 ausschließlich über das Online-Portal der Medizinischen Fakultät möglich https://berufungsportal.uni-muenster.de/.

Zur Ausschreibung: https://www.ukm.de/karriere/professuren

W1 Juniorprofessur für Maschinelles Lernen in der Bioinformatik

Details: Veröffentlicht: Dienstag, 12. September 2023 10:27

Gesucht wird eine Persönlichkeit mit international ausgewiesener Publikations- und Forschungstätigkeit, die das Fachgebiet Bioinformatik vertritt. Es wird erwartet, dass der Forschungsschwerpunkt auf der Entwicklung bioinformatischer Methoden im Kontext moderner experimenteller Techniken der Lebenswissenschaften liegt, bevorzugt an der Schnittstelle zur Systembiologie, Systemmedizin, Strukturbiologie oder medizinischen Chemie. Methodische Expertise in verschiedenen Gebieten der Informatik, insbesondere in Maschinellem Lernen bzw. Künstlicher Intelligenz wird erwartet.

https://www.uni-hamburg.de/stellenangebote/ausschreibung.html?jobID=0df03cfa8abe106bc5200f7f03e8fadaf61cf0c7

Juniorprofessur für Bioinformatik

Details: Veröffentlicht: Donnerstag, 07. September 2023 13:11

An der Universitätsmedizin Greifswald, rechtsfähige Teilkörperschaft der Universität Greifswald, ist eine W1-Juniorprofessur für Bioinformatik am Institut für Bioinformatik zu besetzen. Erwartet werden selbstständige Forschungsaktivitäten und eine aktive Drittmitteleinwerbung im Bereich der medizinischen Bioinformatik und des Data Mining, sowie die Bereitschaft zur engen Kooperation mit klinischen und biomedizinischen Forschungsgruppen am Standort Greifswald, insbesondere im Kontext der epidemiologischen und klinischen Studien SHIP, GANI_MED und der NaKo, im Rahmen des Digital Health Lab, sowie dem Comprehensive Cancer Center CCC-MV. Wünschenswert ist Erfahrung mit der integrativen Auswertung von klinischen Daten sowie Multi-OMICs-Datensätzen, z. B. mit Verfahren des Data Mining und maschinellen Lernens. In der Lehre soll der*die künftige Stelleninhaber*in am Lehrangebot des Instituts für Bioinformatik in den Studiengängen Medizin, Biomathematik und Humanbiologie mitwirken.

Weitere Informationen entnehmen Sie bitte dem Ausschreibungstext (siehe Link)
Links: https://berufung-umg.med.uni-greifswald.de/openProcedureList.do

Postdoc Bioinformatics

Details: Veröffentlicht: Donnerstag, 07. September 2023 13:06

The Medical Bioinformatics unit (lead: Prof. Dr. Jan Budczies) https://www.klinikum.uni-heidelberg.de/pathologisches-institut/allgemeine-pathologie/forschung/arbeitsgruppen/ag-budczies-medical-bioinformatics works closely together with the Center for Molecular Pathology (MPZ) Heidelberg, one of the leading centers for molecular diagnostics in Europe. Our working environment includes cutting-edge sequencing technologies, a state-of-the-art IT infrastructure and offers access to national and international research networks. The candidate will work in a highly motivated and interdisciplinary team of pathologists, biologists, and bioinformaticians. We are looking for a highly motivated individual to work on research projects in precision oncology.

Tasks and responsibilities:
• Development of bioinformatic methods for the analysis of molecular-oncological data • Bioinformatic pipelines for the analysis of Next Generation Sequencing (NGS) and other -omics data • Combined analysis of molecular high-throughput, histomorphological, and clinical data • Application of machine learning/artificial intelligence/neuronal networks • Internal and external presentation of research results • Paper writing and publication • Participation in the implementation of bioinformatic pipelines for patient care • Optional: continuation of the academic career (e.g. habilitation)

Profile:
• PhD in Bioinformatics or a related science (Informatics, Mathematics, Physics, …) • Proficiency in the analysis of NGS and other -omics data • Proficiency in computer programming ideally including R, Python, and Shell Scripts • Ideally: skills and experiences with machine learning, neuronal networks and computer vision • Ability to think in a structured, abstract, and analytical way • Proficiency in English speaking and writing, ideally additionally German • Ability to work independently as well as in a multi-disciplinary team

Contact:
Yvonne Reichelt
HR Manager
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Informatiker/Softwareentwickler für die Molekularpathologie (m/w/d)

Details: Veröffentlicht: Donnerstag, 07. September 2023 13:02

Das Molekularpathologische Zentrum am Universitätsklinikums Heidelberg ist eines der führenden Zentren für molekulare Diagnostik in Europa. Das Leistungsspektrum umfasst ein umfangreiches Portfolio an molekularen Methoden der prädiktiven und prognostischen Tumordiagnostik. Am MPZ arbeitet ein interdisziplinäres Team aus Ärzt:innen, Biolog:innen und Bioinformatiker:innen in Forschung, Entwicklung und Krankenversorgung eng zusammen. Zur Weiterentwicklung und Administration der IT-Struktur für die Verarbeitung von DNA-Sequenzierungsdaten suchen wir Verstärkung für die AG Medizinische Bioinformatik https://www.klinikum.uni-heidelberg.de/pathologisches-institut/allgemeinepathologie/forschung/arbeitsgruppen/ag-budczies-medical-bioinformatics (Leitung: Prof. Dr. Jan Budczies).

Ihre Aufgaben:
• Mitarbeit bei Entwicklung, Testung und Implementierung bioinformatischer Pipelines zur Auswertung der DNA-Sequenzierungsdaten • Mitarbeit bei der Weiterentwicklung unseres Labor- und Informations-Management-Systems (LIMS) für DNA-Sequenzierungsdaten • Entwicklung von Programmteilen und Schnittstellen in verschiedenen Programmiersprachen • Mitarbeit bei der Administration unserer IT-Landschaft aus sieben Hochleistungs-Linux-Servern • Zusammenarbeit mit einem interdisziplinären Team aus Naturwissenschatler:innen und Ärzt:innen in der Wachstumsbranche der personalisierten Onkologie

Ihr Profil:
• Bachelor- oder Masterstudium der Informatik, eines MINT-Fachs oder vergleichbare Qualifikation • Programmierkenntnisse und -erfahrungen idealerweise u.a. mit Shell-Skripten, Python und der statistischen Programmiersprache R • Kenntnisse und idealerweise Erfahrung in der Datenbankentwicklung und -administration (SQL, Frontend, Backend) • Kenntnisse und idealerweise Erfahrung in der Administration von Linux-Servern inklusive Software-Management (Conda, Docker, virtuelle Maschinen) • Deutschkenntnisse (mindestens C1-Niveau) sowie Englischkenntnisse • Fähigkeit zur Teamarbeit und zum selbständigen Arbeiten • Eigenverantwortlicher und gewissenhafter Arbeitsstil

Kontakt:
Yvonne Reichelt
MPZ HR Manager
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Postdoc Position in Comparative Genomics in Fruit Bats

Details: Veröffentlicht: Dienstag, 05. September 2023 13:47

The Hiller Lab at the LOEWE Center for Translational Biodiversity Genomics (TBG) in Frankfurt, Germany is looking for a Postdoc to investigate the genomic underpinnings of convergent dietary adaptations in bats.

The Project
While most bats feed on insects, several independent lineages adapted to fruit- or nectar-based diets that are rich in sugars. In contrast to humans, where a sugar rich diet is a major risk factor for metabolic diseases, these bats have metabolic and physiological adaptations to such highly-specialized diets. The postdoc will capitalize on more than 15 already-existing new bat genomes sequenced in the lab with HiFi and HiC, comprehensive comparative RNA-seq datasets and our powerful genomic methods repertoire (e.g. TOGA [1]) to comprehensively discover the genomic basis of adaptations to sugar-rich diets in bats (see [2] for a similar example in hummingbirds). The project aims at providing novel insights into fundamental questions concerning (i) the contribution of gene-sequence vs. gene expression changes and (ii) the importance of convergent vs. lineage-specific molecular changes for phenotypic convergence.

Our lab
The mission of our group is to understand how nature's fascinating phenotypic diversity has evolved and how it is encoded in the genome. Work in the lab includes sequencing and assembly of reference quality genomes, genome alignment and gene annotation, development and application of comparative genomic methods to discover differences in genes and gene expression, and the use of statistical approaches to link phenotypic to genomic changes [1-10]. Our lab is part of TBG (https://tbg.senckenberg.de/) and the Senckenberg Society for Nature Research (www.senckenberg.de), and is based near the city center of Frankfurt am Main, Germany. TBG provides access to cutting-edge computational (large HPC clusters, genome browser) and lab infrastructure to sequence genomes. English is the working language in our lab. Senckenberg and TBG provide flexible working hours, an annual special payment, a company pension scheme, the Senckenberg badge for free entry in museums, the zoo, botanical garden and Palmengarten, and a leave of 30 days per year. Frankfurt is a vibrant and highly-international city at the heart of Europe that combines a skyscraper skyline with ample park and green areas. The Economist 2022 index ranked Frankfurt among the top 10 most livable cities worldwide.

Your profile
- PhD degree in bioinformatics/computational biology, genomics or a related area - Solid programming skills in a Linux environment and experience with shell scripting and Unix tools are required - Previous experience in comparative genomics is an advantage

Place of employment: Frankfurt am Main
Working hours: full time (40 hours/week) / part-time options are available Type of contract: initially limited for 2 years, but funding is available for an extension Salary and benefits: according to the collective agreement of the State of Hesse (pay grade E13) The start date is flexible but should ideally be in the beginning of 2024.

Senckenberg is committed to diversity. We benefit from the different expertise, perspectives and personalities of our staff and welcome every application from qualified candidates, irrespective of age, gender, ethnic or cultural origin, religion and ideology, sexual orientation and identity or disability. Applicants with disabilities (“Schwerbehinderung”) will be given preferential consideration in case of equal suitability. Senckenberg actively supports the compatibility of work and family and places great emphasis on an equal and inclusive work culture.

How to apply
Please send us your application documents containing - a CV with publication list and contact information for at least two references - a summary of previous research experience (max 1 page) - and copies of certificates, transcripts and grades) in electronic form (as a coherent PDF file) by October 8th 2023 to Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! and Prof. Dr. Michael Hiller Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! quoting the reference number #12-23005, or apply through the online application form on our homepage.

Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung Senckenberganlage 25 60325 Frankfurt a.M. E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! For more information please contact Prof. Dr. Michael Hiller, Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! or visit the lab webpage https://tbg.senckenberg.de/hillerlab/ .

Bioinformatics Postdoctoral Associates at TTUHSC

Details: Veröffentlicht: Montag, 21. August 2023 10:52

Texas Tech University Health Sciences Center is a top 100 Best Medical School (Ranked 19 in Primary Care by US News). Texas Tech University is an R1 University. It is the second largest contiguous campus (1,900 acres) in the US, and the only university in Texas to house an undergraduate and graduate university, law school, and medical school on the same campus.

Lab Description: The Li Bioinformatics and Computational Genomics Lab (dllab.org) is seeking outstanding Postdoctoral Associates in genomic sequencing data analyses and pipeline development to join our new lab and planned new Center for Genomic Medicine. About our lab: Largest ME/CFS genomics program; State-of-the-art HPC; Strong mentoring and support team. Example of our recent papers: Genome Res PMID: 30872350; Bioinformatics PMID: 30895294. The University and lab are fully committed to supporting trainee’s career development. Salary is highly competitive and is commensurate with experience and productivity.

Responsibilities:
• Conduct genomic data-analyses (genome, transcriptome, methylome, etc.) from FASTQ/BAM files, integrative multi-omics analyses, transposable element analyses, and/or other genomic/bioinformatics analyses or software development. • Method and software comparisons and benchmarking of available tools. Design, develop, and implement new bioinformatics pipelines. • Optimize pipelines and parameters specific to project(s). Perform quality assurance of all workflows and analyses. Ensure all essential positive and negative controls included. • Read literature related to current projects and incorporate into the projects. • Maintain accurate records of methods, software, and parameters used. Ensure reproducibility. • Draft reports and original manuscripts for publications. Present in meetings and conferences. • Work carefully, pay attention to details, and troubleshoot bugs. Adhere to deadlines. • Perform other job-related duties as assigned. Demonstrate self-motivation. Required Minimum Qualifications: • PhD or equivalent doctorate (e.g., D.Sc., M.D.) in area of project specialization. • Knowledge of modern research practices, the methods, resources, and standards thereof. Ability to organize work effectively, conceptualize and prioritize objectives and exercise independent judgment based on an understanding of organizational policies and activities. Ability to integrate resources, policies, and information for the determination of procedures, solutions and other outcomes. Ability to establish and maintain effective work relationships with other employees and the public. Ability to plan and allocate the workload of employees, providing direct training and supervision as needed. Preferred Minimum Qualifications: • Experience in Linux command lines, HPC, genomic, transcriptomic and/or epigenomic data analyses, and/or related software comparisons and new pipeline development, etc.

City of Lubbock: With a population of 326,546, Lubbock metro ranks as the No. 1 place for new grads. Roughly 1 in 5 residents is in their 20s, making it a good place to find friends and build a social circle. Low living costs; no State Income Taxes; ~262 days of sunshine/year, etc.

To apply, all applicants should submit to: https://sjobs.brassring.com/TGnewUI/Search/Home/Home?partnerid=25898&siteid=5283#jobDetails=810460_5283 , Job ID: 34283BR

For any questions, please email the PI with CV at: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! or Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

The positions are open until filled. The position updates can be seen (https://dllab.org/positions/postdoc.pdf).

Single-Cell RNA-Seq Data Analysis: A Practical Introduction in Berlin

Details: Veröffentlicht: Donnerstag, 13. Juli 2023 13:42

Master the tools and techniques to confidently analyze single-cell RNA-seq data and gain new insights into complex biological systems

In a nutshell

Explore sequencing technologies for single-cell analysis
Process QC and analyze single-cell RNA-seq data
Learn how to identify and annotate cell clusters
Discover how to integrate and analyze multi-sample data

The Single-Cell RNA-Seq Workshop is designed to provide a thorough introduction to the analysis of single-cell RNA sequencing data. Through a combination of lectures and hands-on exercises, participants will learn how to process, analyze and integrate single-cell data using industry-standard tools and techniques. Topics covered include sequencing technologies, data quality control, preprocessing, dimensional reduction, clustering, trajectory inference, differential expression analysis, and multi-sample integration.

By the end of the workshop, attendees will have the skills and confidence to perform custom analyses and gain new insights into complex biological systems. This workshop is ideal for researchers and students with little or no prior experience in single-cell RNA-seq analysis, as well as those seeking to update their skills and knowledge.

Links: https://www.ecseq.com/workshops/workshop_2023-07-Single-Cell-RNA-Seq-Data-Analysis