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Stellenangebote

MitoIntegrOMICS - Verbesserung der Diagnostik bei mitochondrialen Erkrankungen - PhD Projekt in Nizza/Frankreich

Mitochondriale Erkrankungen (MD) sind seltene Erkrankungen, die durch einen Mangel der mitochondrialen Atmungskette verursacht werden, die in jeder Zelle Energie liefert. MD werden durch Veränderungen (Varianten) an Genen verursacht, die an mitochondrialen Funktionen beteiligt sind. Die Diagnose von MD basiert auf der Identifizierung des/der krankheitsverantwortlichen Gene(s), die es ermöglichen, genetische Beratung, pränatale Diagnostik, Therapieansätze und eine bessere Versorgung der Patienten anbieten zu können. Die heute verwendeten Technologien zur Erkennung der verursachenden Varianten liegen bei 25-50%. Durch MultiOmics DatenIntegration und maschinellem Lernen soll die diagnotische Erfolgsrate in diesem PhD Projekt verbessert werden.

Link: http://univ-cotedazur.fr/fr/recherche/boosturcareer

 

Postdoc - Systems Biology of Infection [Uni Greifswald]

We have an opening for a Postdoc in Systems Biology of infection within the KoInfekt project: Elucidation of Pathomechanisms of Bacterial-Viral Co-infections with new Biomedical Models .

Applicants should have a strong research record in theoretical Systems Biology or related fields, ideally with experience in machine learning in systems biology, in multi-OMICs data integration, or modeling of biological processes using differential equations, and with a strong algorithmical and mathematical background. We expect the applicant to be willing to collaborate closely with both theory and experimental collaboration partners within the KoInfect consortium.

The position is paid according to the German TV-L salary scale (E-13), and is available immediately until December 2020, with possible extension. 

Links: http://www.kaderali.org/jobs.html

Scientific Programmer / Bioinformatician [ Zimmermann research group, EMBL]

We are seeking a highly motivated scientific programmer and data manager to join the new Zimmermann research group in the Structural and Computational Biology unit. The Zimmermann group combines high-throughput mass spectrometry, bacterial genetics, multi-omics analyses and computational models to investigate the interactions within microbial communities and between microbes and their environment. Your role would be to develop analysis pipelines, infrastructure and data management systems within the group and externally. It includes the development and maintenance of bioinformatics software for different research projects, adaptation of existing code and pipelines, and providing programming and statistics support to the group. The position involves large scale data handling from mass-spectrometry and sequencing experiments (metabolomics, NGS). The duties range from generic bioinformatics and IT support to development of own independent research projects.

Requirements:

—a Ph.D. degree in bioinformatics, computational biology, statistics, or related subjects

—substantial experience in software development and/or scientific computing

—experience with large-scale data analysis and management

—experience with the Linux/Unix shell

—advanced skills in a high level programming language (>2 years of experience)

—ability to work independently and in a team, and at the interface between life sciences and informatics

—willingness to learn new skills and programming languages as projects require

—good communication, interpersonal and English language skills 

Links: https://www.embl.de/jobs/apply_page/?jobId=QHPFK026203F3VBQB688N79SB-1098&langCode=en_GB

2 Phd positions in Computational Biology [Center for Molecular Medicine, Frankfurt]

The group of Prof. Marcel Schulz  is looking to fill the position of two Phd students (E13 TV-G-U, 65%) to start as early as possible at the Computational Epigenomics & Systems Cardiology group at the Institute for Cardiovascular Regeneration, Center for Molecular Medicine, Frankfurt (https://schulzlab.github.io).

Exact payment is based on previous research experience according to the work laws of Goethe University (TV-G-U).

Tasks:

We offer a Phd position for method development for integrative analysis methods targeted for analysis of single cell assays that are conducted with multiple assays simultaneously, for example RNA-seq and DNA methylation or ATAC-seq. Another position is about method development of novel approaches for the prediction of gene expression. Different approaches from Machine Learning should be tested and novel approaches for the interpretability of complex non-linear methods or Deep Learning based approaches should be developed to unravel gene-specific regulatory codes from a large catalogoue of epigenomics data.

Requirements:

·       Masters degree in Bioinformatics, Machine Learning, Computer Science or a related discipline

·       good programming skills

·       experience in the application of machine learning methods is advantageous

·       experience in the analysis of sequencing data is advantageous

·       we are working in an interdisciplinary team and are looking for people with good organizational and communication skills, as well as high creativity to address novel research problems

·       good knowledge of the English language

Please send your application with CV and two names of references latest until 15.06.2019 (preferably by email) to:

Prof. Marcel Schulz, Institut für Kardiovaskuläre Regeneration, Zentrum für Molekulare Medizin, Goethe-Universität Frankfurt, Theodor-Stern-Kai 7, 60590 Frankfurt am Main, E-Mail: marcel.schulz AT em.uni-frankfurt.de

Please do not send original documents by mail, because there will be no return of such documents. All electronic documents should be combined into one pdf document. Travel and application costs are not being reimbursed.

Goethe University is comitted to increase the amount of female researchers and we encourage their application. Applicants with a disability and equal qualifications will be favoured.

 

Postdoc Computational Biology [Frankfurt]

In der Computational Epigenomics & Systems Cardiology Gruppe von Prof. Marcel Schulz (https://schulzlab.github.io) am Institut für Kardiovaskuläre Regeneration, Zentrum für Molekulare Medizin ist  schnellstmöglich die Stelle einer/s

Postdoktorandin /Postdoc (E13 TV-G-U, 100%)  befristet zu besetzen.

Die Eingruppierung erfolgt nach den Tätigkeitsmerkmalen des für die Goethe-Universität geltenden Tarifvertrags.

Aufgaben:

·       Mitarbeit im Projekt „Analyse hochdimensionaler Daten zur Vorhersage der Genregulation im Kontext von Herz-Kreislauf Erkrankungen“ im besonderen Anwendung von Methoden des Maschinellen Lernens für die Vorhersage von Aspekten der Genregulation oder Modellierung von Heterogenität in single cell Daten.

Voraussetzungen:

·       abgeschlossenes Hochschulstudium (Master) in der Bioinformatik, Machine Learning oder Informatik

·       Phd in Bioinformatics, Computational Biology, oder Machine Learning,

·       gute Programmierkenntnisse in C++ und einer Skriptsprache wie Python

·       Erfahrung in der Anwendung von Methoden des Maschinellen Lernens

·       Erfahrung in der Analyse von NGS-Daten sind wünschenswert

·       Organisations- und Teamfähigkeit, Flexibilität, Aufgeschlossenheit, Kommunikationsfähigkeit

·       sehr gute Englischkenntnisse

Ihre Bewerbung mit den üblichen Unterlagen richten Sie bitte bis spätestens den 15.06.2019  an:

Dr. Marcel Schulz, Institut für Kardiovaskuläre Regeneration, Zentrum für Molekulare Medizin, Goethe-Universität Frankfurt, Theodor-Stern-Kai 7, 60590 Frankfurt am Main, E-Mail: marcel.schulz AT em.uni-frankfurt.de

Bitte senden Sie uns keine Originalunterlagen zu, da eine Rücksendung der Bewerbungsunterlagen nicht erfolgt. Sollten Sie sich per Mail bewerben, bitten wir Sie um Zusammenfassung der Unterlagen in einem pdf-Dokument. Fahrt- und Bewerbungskosten können nicht erstattet werden.

 

13 positions for PhD students available including a computational molecular design topic

Within the Research Training Group "Chemical Biology of Ion Channels (Chembion)" funded by the Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) and established at the Westfälische Wilhelms-Universität in Münster 13 positions for PhD students, 13 TV-L (65 %) are available.

13 scientists of the Westfälische Wilhelms-Universität Münster have teamed up with their complementary expertise to focus on the chemical biology of ion channels. The interdisciplinary research activities are centered on five topics: ligand recognition, subtype specific modulation, molecular imaging, molecular and cellular physiology, integrative (patho)physiology. Our vision of this interdisciplinary project is to solve physiological questions in the field of ion channels with innovative chemical methods, to bring together the molecular world of chemistry/pharmacy with the function-centered world of medicine and to develop the internationalization of our doctoral students.

One topic is of special interest for the bioinformatics/cheminformatics community: "In-silico studies of ion channels and their modulators using computational molecular design".

Further details can be obtained from the Chembion homepage: www.uni-muenster.de/chembion

 

Wissenschaftlicher MitarbeiterIn (m/w/d) (DoktorandIn oder Postdoc, TV-L E13/100%) in Bioinformatik

In der Arbeitsgruppe von Prof. Dr. Caroline Friedel an der Ludwigs-Maximilians-Universität München ist frühestens zum 1.7.2019 die Stelle einer/s

Wissenschaftlichen Mitarbeiter/in (TV-L 13, 100%)

als Promotions- oder Postdoc-Stelle zu besetzen. Der Beginn der Stelle ist flexibel bis zum 31.3.2020, daher ist eine Bewerbung auch bereits jetzt möglich, wenn Master oder Promotion erst in einigen Monaten abgeschlossen werden.

Diese Stelle ist Teil des durch die DFG geförderten Projektes „Large-scale investigation of short read archives for disruption of transcription termination and circular splicing“.  

Ziel dieses Projektes ist dabei die Entwicklung und Anwendung von neuen Methoden zum Durchsuchen großer Read-Datenbanken wie die NCBI SRA nach Evidenz für Störungen in der Transkriptionsterminierung und speziellen Splicing-Ereignissen.

Kandidatinnen und Kandidaten sollten ein Hochschulstudium (Master/Diplom) bzw. eine Promotion für die Postdoc-Stelle in Bioinformatik oder einem nahe verwandten Fachgebiet absolviert haben oder kurz vor dem Abschluss stehen. Vorausgesetzt werden gute Programmierkenntnisse (Java, Python und/oder Perl) und Interesse an quantitativer Datenanalyse und bioinformatischer Methodenentwicklung. Erfahrungen mit der Analyse von Hochdurchsatz-Daten, insbesondere Next-Generation Sequencing-Daten, wären von Vorteil.

Bewerbungen mit den üblichen Unterlagen (Lebenslauf, Zeugniskopien, Master/Diplom-Arbeit bzw. Doktorarbeit als PDF per Email) bzw. Fragen zur Stellenausschreibung sind zu richten an:

Prof. Dr. Caroline Friedel
Lehr- und Forschungseinheit für Bioinformatik
Institut für Informatik
Ludwig-Maximilians-Universität München
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Bioinformatician (full time) [Heidelberg University Hospital ]

We have an opportunity for a a talented and motivated bioinformatician to join the Portugal laboratory in the Parasitology Department of Heidelberg University Hospital.

We are seeking a Bioinformatics Scientist (BSc, MSc or PhD [title and rank will be determined based on experience and degree]) with background in biology, statistics and programming. Expertise in R and familiarity with analytic tools and public genomic and clinical databases.

Project Description: We have recently shown that dry season Plasmodium falciparum infections are maintained asymptomatically during the 6-month dry season in Mali, while P. falciparum-specific humoral responses decrease (Portugal, S. et al. 2017). We are currently investigating parasite transcription and transcriptional regulation, during the dry season through NGS, comparing leucocyte-depleted blood of Malian children with persistent subclinical P. falciparum infections at the end of the dry season, and that of age- and gendermatched Malian children presenting with their first clinical malaria case in the ensuing transmission season.

We aim to investigate parasite transcription, including the expression of genes coding for parasite variant surface proteins on the surface of the host erythrocyte, and RNA-protein-DNA interactome, chromatin accessibility, and epigenetics. The person we seek will be working at the interface of wet lab and field researchers as well as P. falciparum bioinformaticians with whom we collaborate to further develop analytic tools. The ideal candidate should have or quickly develop excellent communication skills and the ability to work with interdisciplinary teams, be fluent in English and be willing to present results internally and externally.

Collaboration Partners: Peter Crompton (NAID, NIH), Boubacar Traore (FMPOS, ICER Mali), Thomas Lavstsen (Copenhagen University), Thomas Otto (University of Glasgow)

Profile of candidate’s qualification:

-           Graduate, Master’s or PhD Degree in Informatics, Biology or related areas;

-           Expertise in bioinformatics and molecular/cellular biology and experience with “Omics” data analysis.

-           Background in Statistics

-           Excellent knowledge of spoken and written English and excellent communication skills and team spirit; organizational skills and ability to keep detailed records of experiments;

-           Critical mind, enthusiasm; and ability to work in multidisciplinary and multicultural teams.

Contact for questions: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Please send your application (including motivation letter, curriculum vitae, transcripts & certificates, and contact details of two academic references) via email by July 15th indicating Bioinformatician call on the email subject.

Postdoc in Computational Biology [HZI]

The Department of Computational Biology for Infection Research at the HZI, led by Prof Dr Alice C. McHardy, is looking for excellent postdocs in computational biology or bioinformatics. 

The goal of our projects is the development of algorithms and computer-aided methods to analyze (meta)-omics data of the human microbiome, viral and bacterial pathogens, and human cell lineages within individual patients, to further personalize medicine in infection research. The methods that we employ or develop in our research are related to the fields of machine learning, phylogenetics and population genetics-. The lab co-organizes the Critical Assessment of Metagenome Interpretation challenge (CAMI; Sczyrba et al., Nature Methods 2017), hosts the bioinformatics unit of the German Center for Infection Research (DZIF; https://www.dzif.de), is part of the new German excellence cluster RESIST (www.dfg.de) and a priority programme on CRISPR-Cas (https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/405892038) and collaborates locally, nationally and internationally with biologists and medical experts. The lab’s projects offer plenty of opportunity for an excellent bioinformatics postdoc to shine.

Requirements: The candidate should have a PhD degree in bioinformatics, computational biology, machine learning, biomathematics, computer science, statistics or similar and a competitive publication record. A commitment to reproducible research, the ability to work in a highly interdisciplinary research field and very good programming skills are obligatory. Prior experience in meta’omics, infection research, statistical learning or with the analysis of NGS data sets is advantageous, but not required.

 

 

 

Assistenzprofessor*in mit Qualifizierungsvereinbarung im Bereich Bioinformatik

Am Fachbereich Biowissenschaften gelangt die Stelle
e. wissenschaftlichen Mitarbeit*er/in im Forschungs- und Lehrbetrieb
gemäß UG und Angestelltengesetz mit e. Assistenzprofessor*in mit
Qualifizierungsvereinbarung (gemäß § 27 Kollektivvertrag der
Universitäten) zur Besetzung.  Nach Erreichen des vereinbarten
Qualifizierungszieles wird das Vertragsverhältnis entfristet
(assoz. Professor*in). Gehaltsschema: Gehaltsgruppe A2 gem. § 49 (2)
KV; das monatliche Entgelt für diese Verwendung beträgt € 4.498,40
brutto (14× jährlich). Sollte die Qualifizierungsvereinbarung nicht
bereits zu Dienstbeginn abgeschlossen werden, erfolgt bis zum
Abschluss dieser Vereinbarung die Einstufung in die Gehaltsgruppe B1
gem. § 49 (3) lit. b KV. Das monatliche Entgelt für diese Verwendung
beträgt € 3.803,90 brutto (14× jährlich).


Vorgesehener Dienstantritt: 1. März 2020
Beschäftigungsdauer: 6 Jahre (nach Erfüllung der Qualifizierungsvereinbarung unbefristet)
Beschäftigungsausmaß in Wochenstunden: 40
Arbeitszeit: Rahmendienstzeit

Aufgabenbereiche: facheinschlägige Habilitation innerhalb eines
arbeitsvertraglich festgelegten Zeitraums (maximal 4 Jahre) oder in
besonders begründeten Ausnahmefällen andere festgelegte
Qualifizierungsziele; eigene wissenschaftliche Forschung und Lehre,
Aufund Ausbau von Kooperationen im Forschungs- und Lehrbetrieb des FB
Biowissenschaften sowie Mitwirkung an universitären
Verwaltungsaufgaben; Einwerbung von Drittmitteln, Durchführung und
Entwicklung von selbständiger Lehre in deutscher und englischer
Sprache im Umfang von vier Semesterwochenstunden (nach dem Erreichen
des Qualifikationszieles acht Semesterwochenstunden); Entwicklung und
Anwendung von bioinformatischen Methoden zur Integration, Analyse und
Interpretation von *omics Daten (Genom, Epigenom, Exom, Transkriptom
und Proteom) im Kontext biologischer und biomedizinischer Forschung,
Betreuung von Bachelor-, Master- und Dissertationsarbeiten

Anstellungsvoraussetzungen: abgeschlossenes Doktoratsstudium im
Bereich Computational Biology, Bioinformatik, Data Science,
Biostatistik oder einem dazu verwandten Forschungsfeld; Nachweis der
Publikationstätigkeit in hochrangigen wissenschaftlichen
Zeitschriften, sowie nachweisliche Erfahrung in der Analyse und
Interpretation von großen Datensätzen, beispielsweise solchen aus der
Hochdurchsatzsequenzierung. Erfahrung in der universitären Lehre sowie
in der Drittmittelbeantragung, eine – nach Möglichkeit im Ausland
erfolgte – zumindest einjährige externe wissenschaftliche Tätigkeit

Erwünschte Zusatzqualifikationen: Kenntnisse in Programmiersprachen
(z.B. C++, Python), R, Unix/Linux, Datenbanksystemen, Code-Management;
sehr gute Deutsch- und Englischkenntnisse; Bereitschaft und Fähigkeit
zur interdisziplinären Zusammenarbeit Gewünschte persönliche
Eigenschaften: hohe Motivation und Sozialkompetenz; Teamfähigkeit;
Bereitschaft zur Anleitung von Studierenden

Die Bewerbung hat in elektronischer Form (unter Angabe der
Geschäftszahl der Stellenausschreibung per E-Mail an
Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!) zu erfolgen und neben den üblichen Unterlagen
Folgendes zu enthalten:
a. Darstellung der Leistungen in der Wissenschaft und Forschung
b. Darstellung der Erfahrungen und Tätigkeiten in der Lehre (und allenfalls in der Betreuung von wissenschaftlichen Nachwuchskräften)
c. Konzept für künftige Pläne in Forschung und Lehre und für den Beitrag zum wissenschaftlichen Profil des Fachbereichs
d. Konzept für Wissenstransfer und Wissenschaftsmanagement
e. Darstellung der sozialen und anderen Kompetenzen
Auskünfte werden gerne von Prof.in Angela Risch (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!) oder telefonisch unter
Tel. Nr. +43 662 8044 7220 gegeben.
Bewerbungsfrist bis 12. Juni 2019