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Stellenangebote

Wissenschaftlicher Mitarbeiterin/Mitarbeiters (TV/L E13) [Freiburg]

Am Institut für Medizinische Biometrie und Statistik des Universitätsklinikums Freiburg ist ab sofort die Stelle

einer/eines Wissenschaftlichen Mitarbeiterin/Mitarbeiters (TV/L E13) Freiburg

zu besetzen. Die Stelle ist zunächst auf zwei Jahre befristet. Eine Verlängerung und wissenschaftliche Weiterqualifikation (Promotion/Habilitation) ist vorgesehen. Die Stelle ist teilzeitgeeignet.

Die Stelle ist im Bereich „Knowledge Discovery and Synthesis“/AG Machine Learning angesiedelt.  Wir suchen eine Verstärkung unseres Teams, da wir aktuell Techniken zur Analyse von hochdimensionalen, biomedizinischen Daten (Whole genome sequencing, RNA-Seq, Proteomics,...) entwickeln. Der Schwerpunkt liegt dabei auf der Entwicklung neuer Techniken des maschinellen Lernens/der künstlichen Intelligenz. Dies soll unter inhaltlicher Abstimmung mit Kooperationspartnern aus der Medizin erfolgen. 

Ihre Aufgaben

  • Entwicklung von Methoden, u.a. im Bereich Machine Learning/Deep Learning
  • Analyse von hochdimensionalen biomedizinischen Daten
  • Enge Zusammenarbeit mit medizinischen Kooperationspartnern
  • Eigenständige wissenschaftliche Arbeit und ggf. Drittmitteleinwerbung
  • Lehre für Studierende der Humanmedizin

Ihr Profil

  • Abgeschlossenes Studium oder Promotion im Fach Statistik, (Bio)Informatik, oder Mathematik bzw. in einem verwandten Fach mit Data Science-Expertise
  • Praktische Fähigkeiten in der Programmierung und Datenanalyse
  • Gute Englischkenntnisse

 

Bitte richten Sie Ihre Bewerbung mit den üblichen Unterlagen vorzugsweise in elektronischer Form (ein PDF-Dokument, max. 5MB) bis zum 31.08.2018 an Prof. Dr. Harald Binder, Institut für Medizinische Biometrie und Statistik, Universitätsklinikum Freiburg, Stefan-Meier-Str. 26 79104 Freiburg, Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!-freiburg

E-mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!-freiburg

Bioinformatiker/in oder Biometriker/in in der biometrischen Beratung [Universitätsmedizin Göttingen]

Das Institut für Medizinische Statistik (Leitung: Prof. Dr. Tim Friede) bietet innerhalb der medizinischen Fakultät und am Göttingen Research Campus (GRC) Beratung und Lehre auf den Gebieten der biometrischen und bioinformatischen Analyse von klinischen und genomischen Daten an und betreibt weiterhin aktiv Forschung auf den Gebieten adaptive Designs klinischer Studien, Evidenzsynthese und statistische Bioinformatik.

Ihr Aufgabengebiet:

Als Mitarbeiter/in in der zentralen Serviceeinheit "Medizinische Biometrie und Statistische Bioinformatik" liegen Ihre Aufgaben in den Bereichen Beratung, Methodenentwicklung und Lehre. Ein Fokus Ihrer Arbeit liegt dabei auf der Beratung von Mitarbeitern und Studierenden der Universitätsmedizin Göttingen bei der biometrischen und bioinformatischen Planung und Auswertung klinischer Studien und wissenschaftlicher Experimente. Ein weiterer Fokus ist die kollaborative Auswertung von Daten solcher wissenschaftlicher Experimente. Die Serviceeinheit wertet sowohl biometrische als auch bioinformatische (NGS, Proteomics, Metabolomics, …) Daten aus.

Ihr Profil:

Sie verfügen über ein abgeschlossenes Hochschulstudium (Master oder Diplom) der Biometrie, Statistik, Mathematik, Bioinformatik oder einer vergleichbaren Fachrichtung. Neben Ihrem Interesse an der Anwendung statistischer Methoden in der Medizin verfügen Sie über gute Programmierkenntnisse in R oder SAS. Weiterhin sind gute Englischkenntnisse für die Beratungstätigkeit erforderlich. Kenntnisse im Bereich der statistischen Bioinformatik sowie eine Promotion sind von Vorteil.

Wir bieten:

- spannende und vielfältige Möglichkeiten zu kollaborativen Projekten an einem wissenschaftlich hoch aktiven Standort

- praxisbezogene Arbeit mit aktuellen Daten aus verschiedenen Disziplinen

- ein etabliertes Framework für die Arbeit mit technischen state-of-the-art Methoden (RMarkdown-Analysen, shiny-Server, snakemake-Pipelines, deep-learning Pakete)

- Einbettung in wissenschaftlich arbeitende Gruppen sowohl in der Biometrie als auch in der Bioinformatik

- Freiräume für Eigeninitiativen

- kollegiales Umfeld

 

Universitätsmedizin Göttingen

Institut für Medizinische Statistik

Humboldtallee 32

37073 Göttingen

 

Tel.: 0551/39-4987

Fax.: 0551/39-4995

Web: http://www.ams.med.uni-goettingen.de/

 

Contact person:

Dr. Andreas Leha

Leiter der Zentralen Serviceeinheit Medizinische Biometrie und Statistische Bioinformatik

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Please send your application via E-Mail in PDF format or via mail in copy and not in folders.

Professur für Medizinische Informatik [Medizinische Universität Wien]

Am Zentrum für Medizinische Statistik, Informatik und Intelligente Systeme (CeMSIIS) der Medizinischen Universität Wien ist eine Professur für Medizinische Informatik ausgeschrieben. Der wissenschaftliche Fokus soll auf einem oder mehreren der Forschungsbereiche

  •     Analyse und Verarbeitung umfangreicher, heterogener Daten aus dem Gesundheitsbereich und der Biomedizin (inklusive klinischer Daten aus der Routineversorgung)
  •     Bioinformatische Analyse molekularer Daten (z.B. Next Generation Sequencing Daten) und deren Beziehung zu biomedizinscher und klinischer Information
  •     Verknüpfung von Datenanalyse mit domänenspezifischen Modellen und Theorien biologischer Systeme, einschließlich der Modellierung biologischer Prozesse
  •     Machine Learning im Bereich der biomedizinischen Forschung und/oder der klinischen Entscheidungsunterstützung
  •  

liegen.

Für den detaillierten Call, siehe https://cemsiis.meduniwien.ac.at/fileadmin/msi_akim/data/jobs/Professur_Medizinische_Informatik.pdf

Die Bewerbungsfrist ist 1. Oktober 2018. 

IT Professional (HPC, Cloud, Bioinformatics) [Uni Bonn]

The Core Unit for Bioinformatics Data Analysis (CUBA) is growing and planning to open a full time position for a talented and motivated IT professional in the near future, see blog. Major tasks include management and system administration of Linux servers and a high-performance cluster incl. GPUs for deep learning. Other tasks are the the installation and maintenance of software up to specialized bioinformatics workflows or webservices like RStudio. She/he will work in a matrix environment while closely collaborating with technical specialists and system administrators of the Institute for Genomic Statistics and Bioinformatics (IGSB) and the Institut für Medizinische Biometrie, Informatik und Epidemiologie (IMBIE) as well as the bioinformatics experts of the CUBA team. The CUBA team provides consultancy, training and data analyses e.g. for sequencing or proteomics data to researchers of the medical faculty at the University of Bonn. In summary, as IT professional of the CUBA team we expect you to manage the team`s high performance computing infrastrucure and to support the team with the development of efficiently scaling applications for big data. If you are interested, then please contact andreas.buness at uni-bonn.de.

Links:

blog  https://cores.ukb.uni-bonn.de/bioinformatics/2018/07/19/open-position-it-professional/

CUBA  https://cores.ukb.uni-bonn.de/bioinformatics/overview/

IGSB https://www.igsb.uni-bonn.de/en

IMBIE https://www.imbie.uni-bonn.de/  

1 Bioinformatician (Postdoc, m/f) [German Institute of Human Nutrition]

The German Institute of Human Nutrition Potsdam-Rehbruecke is a member of the Leibniz association. The DIfE is a partner of the German Center for Diabetes Research (DZD). We invite applications for the department Molecular Epidemiology (Prof. Dr. Matthias Schulze) for

1 Bioinformatician (PostDoc, m/f)

Tasks

We are interested in biomarker profiles as risk factors for the development of type 2 diabetes and associated cardiometabolic traits. We work with high-density omics biomarker data (including lipidomics, genomics, epigenetics, and glycomics) in the EPIC-Potsdam study, a large-scale prospective cohort study. The main focus will be on the statistical analysis of these omics datasets, including the application and development of strategies to integrate such multi-omics data in the context of a prospective study on long-term risk of cardiometabolic diseases. The successful candidate will have the opportunity to develop his/her own research projects and to participate in national and international collaborations.

Skills and requirements

    Exceptionally qualified applicants from academic backgrounds in computational biology, bioinformatics, or related field and PhD degree

    Expertise with statistical software packages and programming languages for large Omic data sets

    Research experience in diabetes and cardiometabolic traits would be an asset

    Highly motivated and the desire to interact with different national and international research groups

    Very good knowledge of the English language (spoken and in writing)

    Solid publication record

The advertised position is available for 3 years with extension available upon mutual agreement. The level of salary will be determined on the basis of standard/tariff conditions, present qualifications and professional experience. 

 

Contact

Please send your application, including documents and names with contact information for references, with the reference nr. 2018_W06_F until latest 17.08.2018 to:

German Institute of Human Nutrition

Human Resources and Social Services

Arthur-Scheunert-Allee 114-116

14558 Nuthetal

or as single pdf-file via E-Mail to Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

 

For more information please contact:

 

Prof. Dr. Matthias Schulze; Head of Department Molecular Epidemiology,

E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

 

Links: http://www.dife.de/jobs-karriere/stellenangebote/detail.php?id=455

React Entwickler für etabliertes Marketing Tech Startup in Münster gesucht

Über uns:

Die Gorilla GmbH entwickelt authentische Inhalte und Erlebnisse für die digitale Welt. Mit unserer Technologie LiveReach bieten wir Unternehmen eine Plattform zur Erstellung und Steuerung dynamischer Visualisierungen für Handel, Events und die Interne Kommunikation. Wir sind ein junges, dynamisches Unternehmen mit starken Kunden und Partnern. Auf Dich warten spannende Aufgaben und ein smartes, lockeres Team.

Kurzgefasst:

→ Top Produkt, Cutting-edge Tech

→  Top Team und Location

→ Vollzeit oder Teilzeit möglich

→ Unsere Plattform wird von top Kunden (Lufthansa, BWM, Snipes) genutzt

Zu Dir:

→ Javascript: Check

→ React: Check

→ Gute Einstellung und Common Sense: Check

→ React Native: Nice-to-have

Wir freuen uns auf Dich!

Links: WWW.livereach.de

Wissenschaftliche Mitarbeiterin/ Wissenschaftlichen Mitarbeiter (Postdoc) [Universität Bielefeld]

Die Arbeitsgruppe Genominformatik entwickelt und untersucht effiziente Algorithmen mit Anwendungen in Bioinformatik und Genomforschung. Aktuelle Arbeitsbereiche sind die Analyse von Hochdurchsatzsequenzierdatenund die komparative Genomik.

Der/die Stelleninhaber/in soll Forschungstätigkeiten im Bereich der komparativen Genomikdurchführen. Insbesondere soll das existierende Forschungsprogramm für Umordnungen in der Genreihenfolge (Genome Rearrangement) und daraus resultierende genomische Distanz-und Ähnlichkeitsmaße fortgeführt und auf allgemeinere Genommodelle verallgemeinert werden. (ca. 75 %)
Die Mitarbeit im Rahmen der Lehre und Betreuung von Bachelor-und Masterstudierenden wird erwartet. (ca. 25 %)

Ihr Profil

Das erwarten wir

- abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium der Informatik, Bioinformatik oder einer angrenzenden Disziplin

- Promotion in Bioinformatik oder einer verwandten Fachrichtung

- selbstständige, eigenverantwortliche und engagierte Arbeitsweise

- ausgeprägte Organisations-und Koordinationsfähigkeit

- kooperative und teamorientierte Arbeitsweise


Das wünschen wir uns

- Publikationstätigkeit und internationale Erfahrung

- Erfahrung bei der Entwicklung von mathematischen Modellen und Algorithmen zur komparativen Genomik, insbesondere zu Umordnungin der Genomreihenfolge und zu genomischen Distanz-und Ähnlichkeitsmaßen

- Erfahrung bei der Betreuung von studentischen Projekt-oder Abschlussarbeiten

Unser Angebot
Die Vergütung erfolgt nach der Entgeltgruppe 13 des Tarifvertrages für den öffentlichen Dienst der Länder (TV-L). Die Stelle ist gemäß §2 Absatz 1 Satz 2 WissZeitVGbis zum
30. September 2019 befristet (entsprechend den Vorgaben des WissZeitVGund des Vertrages über gute Beschäftigungsbedingungen kann sich im Einzelfall eine abweichende Vertragslaufzeit ergeben). Die Beschäftigung ist der wissenschaftlichen Qualifizierung förderlich. Es handelt sich um eine Teilzeitstelle im Umfang von 50 % von Vollbeschäftigung. Auf Wunsch ist grundsätzlich auch eine Stellenbesetzung in geringerem Umfang möglich, soweit nicht im Einzelfall zwingende dienstliche Gründe entgegenstehen.
Die Universität Bielefeld legt Wert auf Chancengleichheit und die Entwicklung ihrer Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter. Sie bietet attraktive interne und externe Fortbildungen und Weiterbildungsmaßnahmen. Zudem können Sie eine Vielzahl von Gesundheits-, Beratungs-und Präventionsangeboten nutzen. Die Vereinbarkeit von Beruf und Familie hat einen hohen Stellenwert.

Interessiert?
Wir freuen uns über Ihre Bewerbung per Post oder E-Mail unter Angabe der Kennziffer wiss18167in einem einzigen pdf-Dokument an Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! zum 26. Juli 2018. Bitte verzichten Sie auf Bewerbungsmappen und reichen Sie ausschließlich Fotokopien ein, da die Bewerbungsunterlagen nach Abschluss des Auswahlverfahrens vernichtet werden. Weitere Informationen zur Universität Bielefeld finden Sie auf unserer Homepage unter www.uni-bielefeld.de.

Bewerbungsanschrift
Universität Bielefeld
Technische Fakultät, Genominformatik
Prof. Dr. Jens Stoye
Postfach 10 01 31
33501 Bielefeld

Ansprechpartner
Prof. Dr. Jens Stoye
0521 106-3852
Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!]

Bioinformatiker (m/f) am genetikum

Das genetikum ist eine große humangenetische Praxis mit Hauptsitz in Neu-Ulm sowie Niederlassungen in München, Stuttgart, Singen und Prien am Chiemsee. Wir bieten zur humangenetischen Beratung ein umfangreiches diagnostisches Leistungsspektrum in allen Bereichen der humangenetischen Diagnostik auf dem neuesten Stand der Wissenschaft an.

Wir suchen zum nächstmöglichen Zeitpunkt in Vollzeit einen/eine

Bioinformatiker/Bioinformatikerin

zur Erweiterung des Bioinformatikteams in der Molekulargenetik.

 

Aufgaben:

•             Analyse und Verwaltung von Daten und Systemen im Bereich Next Generation Sequencing (NGS)

•             Entwicklung informatischer Lösungen zur Optimierung der Laborabläufe und allgemeine bioinformatische Unterstützung der Abteilung Molekulargenetik

•             Pflege von laborbezogenen Datenbanken

 

Voraussetzungen:

•             Abgeschlossenes Studium in Bio-/ Medizin-/ Informatik

•             Erfahrung in der Anwendung bioinformatischer Software im Bereich NGS und Kenntnis der dazu grundlegenden bioinformatischen Algorithmen

•             Routiniertes Arbeiten auf linuxbasierten Systemen mit Interesse an Systemadministration

•             Fundierte Programmiererfahrung in mindestens einer Skriptsprache und SQL, Kenntnisse in einer kompilierten Sprache erwünscht

•             Sorgfältige und eigenständige Arbeitsweise, Teamfähigkeit und Einsatzbereitschaft

•             Starkes Interesse und Grundwissen in der Molekulargenetik erforderlich

 

Wir bieten Ihnen:

•             Einen direkten Einstieg mit vielfältigen und herausfordernden Aufgaben in einem mittelständischen Unternehmen

•             Eine interessante und verantwortungsvolle Tätigkeit in einem engagierten und sympathischen Team

•             Ein attraktives und leistungsgerechtes Gehalt

 

Bitte schicken Sie uns Ihre aussagekräftigen Bewerbungsunterlagen an

Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

 

oder per Post an:

Christoph Schmidt

genetikum ®-Genetische Beratung und Diagnostik

Wegenerstr. 15

89231 Neu-Ulm

https://www.genetikum.de/

Bioinformatics and Data Scientist for Cross-Omics-Data analyses [University medical Center Göttingen]

The University Medical Center Goettingen, Dept. of Neurology is seeking a Bioinformatician and Data Scientist for Cross-Omics-Data analyses (initially limited to 2 years, full time (38.5 hours/week), salary according to TV-L).

The UMG, the University Medical Center Goettingen is a hotspot for clinical and experimental Neurology. Several departments form a Neuroscience Unit with Departments of Neurology, of Clinical Neurophysiology, of Neurosurgery and of Neuropathology. Clinical and experimental studies in patients with Parkinson’s Disease take place in all departments including deep brain stimulation in the Dept. of Neurosurgery and histopathology in the Dept. of Neuropathology and α-synuclein and biomarker research in the Dept. of Neurology. The Parkinson Center Göttingen/Kassel (http://www.parkinson-zentrum.info/) links the UMG with the Paracelsus-Elena-Klinik in Kassel. The center which is following several cohorts is part of the Parkinson Progression Marker Initiative (www.ppmi-info.org) and supported by the Michael J.  Fox Foundation for Parkinson’s Research.

Preferred Selection Criteria and Job Description:

- Profound knowledge in bioinformatics and statistics

- Development of bioinformatic methods for the analysis of cross-omic data of available cohort studies for biomarker research of Parkinson’s disease

- Experience with cross-omics data (including complex genetic and imaging data)

- Experience with harmonizing data of different cohorts

- Statistical analyses of “big data pools”

- Support with programming/optimizing available software systems for data capture in cohort studies

- Change of data capture of a cohort study from paper source to eCRF

 

Required Criteria

- Master degree in bioinformatics, statistics, mathematics or physics

- PhD or at least three year of working experience

- Experience with programming and development tools as well as harmonizing data from different sources

- Experiences with the statistics software R

- Expertise in data integration and statistics, know-how in machine learning and KI

- Excellent English orally and in writing is a must, knowledge of the German language would be a plus

 

Possibilities for professional training and qualification or “habilitation” are given.

University medical Center Göttingen

Clinic for Neurology

Prof. Dr. Mathias Bähr

Direktor der Klinik für Neurologie

37099 Göttingen

Tel.: 0551 386603

Fax.: 0551 399348

Web: http:// www.neurologie.med.uni-goettingen.de

 

Contact person:

Frau Prof. Dr. Brit Mollenhauer

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Postdoctoral Research Fellow in Cheminformatics [University of Bergen (UiB)]

The University of Bergen (UiB) is an internationally recognised research university with more than 14,000 students and close to 3,500 employees at six faculties. The university is located in the heart of Bergen. Our main contribution to society is excellent basic research and education across a wide range of disciplines.

Postdoctoral Research Fellow in Cheminformatics

At the Department of Chemistry there is a vacancy for a postdoctoral research fellow position within the field of cheminformatics. The position is for a fixed term of 4 years and is part of a research project on the development of in silico methods for the simulation of xenobiotic metabolism.

 

About the project/work tasks

Understanding the metabolic fate of xenobiotics is of high importance to the design of safe and efficacious drugs, agrochemicals and cosmetics. The aim of this project is to develop innovative computational methods for the simulation of the xenobiotic metabolism. This simulation includes the prediction and assessment of the interaction of xenobiotics with metabolizing enzymes, their metabolic stability and the pharmacological and toxicological relevance of their metabolites. The candidate will be the main driver of this project and co-supervise PhD and graduate students working on individual components.

 

Qualifications and personal qualities:

  • Applicants must hold a Norwegian PhD or an equivalent degree within cheminformatics, bioinformatics, computational biology, medicinal chemistry, computer science or similar, or must have submitted his/her doctoral thesis for assessment prior to the application deadline. It is a condition of employment that the PhD has been awarded.
  • Applicants must have experience in cheminformatics/computational biology/bioinformatics methodologies.
  • Knowledge of chemistry is required
  • Knowledge of metabolism is an advantage.
  • Experience in programming with Python is required and with additional programming languages is an advantage.
  • Knowledge in machine learning is an advantage.
  • Applicants must be able to work independently and in a structured manner, and have the ability to cooperate with others.
  • Applicants must have excellent skills in oral and written English. 

Personal and relational qualities will be emphasized. Research experience, ambitions and potential will also count when evaluating the candidates.

 

About the position of postdoctoral research fellow:

The postdoctoral position is a fixed term position with the primary objective of qualifying the appointee for work in top academic positions. Up to 25 % of the position will be comprised of mandatory work, primarily teaching at the Department of Chemistry. Individuals may not be hired for more than one fixed-term period as a postdoctoral research fellow at the same institution.

 

Upon appointment, applicants must submit a project proposal for the qualifying work including a progress plan. It is a requirement that the project is completed in the course of the period of employment.

 

We can offer:

  • A good and professionally challenging working environment

  • Salary at pay grade 59 (code 1352 / pay range 24) according to the state salary scale upon appointment. This constitutes a gross annual salary of NOK 508 800 (the salary in the public sector is currently being reviewed). Further promotions are made according to length of service.

  • Enrolment in the Norwegian Public Service Pension Fund

  • A position in an inclusive workplace (IW)

  • Good welfare benefits

Your application must include:

  • A brief account of the applicant's research interests and motivation for applying for the position.

  • The names and contact information for two referees. One of these should be the main advisor from the PhD programme.

  • CV

  • Transcripts and diplomas and official confirmation that the doctoral thesis has been submitted

  • Relevant certificates/references

  • List of any works of a scientific nature (publication list)

  • Publications (as applicable)

The application and appendices with certified translations into English or a Scandinavian language must be uploaded at JobbNorge

 

General information:

For further information please contact:

Associate Professor Johannes Kirchmair, e-mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Head of Department Knut Børve, e-mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

 

The state labour force shall reflect the diversity of Norwegian society to the greatest extent possible. Age and gender balance among employees is therefore a goal. People with immigrant backgrounds and people with disabilities are encouraged to apply for the position.

We encourage women to apply. If multiple applicants have approximately equivalent qualifications, the rules pertaining to moderate gender quotas shall apply.

 

Upon the expiry of the closing date for applications, an evaluation committee will be appointed. As an applicant, you have a right of access to the committee’s description of your formal and professional qualifications. If you wish to take advantage of this right of access, please contact the executive officer in charge after receiving information about the appointment of the evaluation committee.

 

The University of Bergen applies the principle of public access to information when recruiting staff for academic positions.

 

Information about applicants may be made public even if the applicant has asked not to be named on the list of persons who have applied. The applicant must be notified if the request to be omitted is not met.

 

Deadline: Thursday, July 12, 2018

 

Further information about our employment process can be found here.