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Stellenangebote

Wissenschaftliche Mitarbeiter/innen Bioinformatik (100%, TV-L 13) [LMU München]

Wir suchen am Lehrstuhl für Praktische Informatik und Bioinformatik,

Department Informatik der Fakultät für Mathematik, Informatik und

Statistik mehrere wissenschaftliche Mitarbeiter (Doktorand/PostDoc) für

die Bioinformatik Forschung und Lehre.

 

Es besteht die Möglichkeit zur Promotion und Habilitation in allen

Gebieten der Bioinformatik und die Möglichkeit der Mitarbeit in

verschiedenen Forschungsprojekten des Instituts. Der Fokus liegt auf der

Entwicklung neuer innovativer und praktisch anwendbarer algorithmischer

Methoden für jedwede relevante bioinformatische Probleme. Unsere

Methoden sind effiziente Algorithmen und Datenstrukturen, Data und Text

Mining, Approximation und Optimierung, maschinelles Lernen, Big Data,

Data Science und Künstliche Intelligenz. Wir arbeiten auch an der

Nutzung biotechnischer Verfahren für

Informationsspeicherung/-verarbeitung und neuartige DNA Computer.

 

Die Mitarbeiter unterstützen die Lehre in den Bachelor- und

Masterstudiengängen Bioinformatik, die gemeinsam von der LMU und der TU

München angeboten werden.

 

Voraussetzungen: Abgeschlossenes Hochschulstudium der Bioinformatik. Bei

entsprechendem Studienschwerpunkt eventuell auch verwandter Fächer

(Informatik, Mathematik, Statistik, Physik, Biologie/Biochemie).

Erfahrung in der Hochschullehre ist von Vorteil.

 

Wir erwarten Begeisterung für die Lehre und die besten Methoden zur

Lösung von Problemen in der Bioinformatik.

Begeisterung für die Lehre heißt aktive Beteiligung an den diversen

Lehrveranstaltungen des Lehrstuhls: Grund- und Mastervorlesungen

Bioinformatik, Bioinformatik (Programmier-) Praktika im 1., 2., 3., 5.

und 7. Fachsemester, Beteiligung an Seminaren, Betreuung von

Bachelor-/Masterarbeiten und von studentischen Hilfskräften.

Begeisterung für die besten Methoden heißt hohe Eigenmotivation zur

Publikation neuer Verfahren der Informatik in kompetitiven Journalen und

Konferenzen der Bioinformatik.

 

Wir bieten 100% TV-L 13 Stellen an der Ludwig-Maximilians-Universität

München, einer der ältesten Exzellenzuniversitäten in Deutschland,

attraktive Arbeitsplätze in der Münchner Innenstadt, Forschung und Lehre

in einem der größten und etabliertesten Bioinformatikstudiengänge

Deutschlands, modernste Arbeitsplatz und Serverausstattung, flexible

Arbeitszeiten in einer kleinen Arbeitsgruppe und große Freiräume bei der

Wahl der konkreten Forschungsfragestellungen.

 

Der Beginn der Stellen ist flexibel, bevorzugt zum 1.4.2020

 

Bewerbungen mit aussagekräftigen Unterlagen bitte an Prof. Dr. Ralf

Zimmer. Nähere Informationen auch von Ralf Zimmer gerne auch per e-mail

(Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!) oder telefonisch.

 

Prof. Dr. Ralf Zimmer, Lehrstuhl für Prakt. Informatik und Bioinformatik,

Department für Informatik, Fakultät für Mathematik, Informatik und Statistik

Amalienstr. 17, 80333 München

e-mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Tel.: 089/2180 4052, 0152/0152 3334

Sekretariat: Frau Franziska Schneider, 089/2180-4050, A 406, 4.Stock

student research assistant (m/f/d)

 

Job offer Ref. # 12-20005

 

The Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (SGN) is a member of the Leibniz Association and is based in Frankfurt am Main, Germany. LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics (LOEWE-TBG) is a joint venture of the Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (SGN), Goethe-University Frankfurt, Justus-Liebig-University Giessen and Fraunhofer Institute for Molecular Biology and Applied Ecology IME aiming to intensify biodiversity genomics in basic and applied research. We will establish a new and taxonomically broad genome collection to study genomic and functional diversity across the tree of life and make genomic resources accessible for societal-demand driven applied research.

 

For the ‘TEcology’ project led by Dr. Vladimir Kapitonov the Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung and the LOEWE-TBG invite applications for a

 

 

student research assistant (m/f/d)

 

 

The ‘TEcology’ is a computational genomics project devoted to automatic detection and classification of transposable/mobile elements in the assembled eukaryotic genomes. This is a rare opportunity to start your research career working on a cutting-edge project. As a selected candidate, you will also have an excellent opportunity to start working on your Master Thesis (Bioinformatics/Computational biology) under supervision of Dr. Vladimir Kapitonov (TBG/Senckenberg) and Prof. Dr. Ingo Ebersberger (Goethe-University). 

Your profile

 

·         onging master´s course in biology, bioinformatics or a related subjects

·         experience in programming (PERL)

·         basic understanding of molecular and computational biology, bioinformatics and evolution

·         proficient use of the English language

 

You will work maximum 41 hours per month. The contract shall start as soon as possible and will be limited by December 31th, 2021. Equally qualified handicapped applicants will be given preference. The place of work is in Frankfurt am Main at the Senckenberg Biodiversity and Climate Research Centre (SBiK-F).

 

We look forward to your application!

 

Please send your application, mentioning the reference of this job offer (ref. #12-20005) by March 29th, 2020 (deadline) by e-mail (attachment in a single pdf document) to Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! or use our online application form on our homepage www.senckenberg.de.

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Wissenschaftliche/r Mitarbeiter/in (m/w/d) (DoktorandIn oder Postdoc) in Bioinformatik [LMU München]

In der Arbeitsgruppe von Prof. Dr. Caroline Friedel an der Ludwigs-Maximilians-Universität München ist zum nächstmöglichen Zeitpunkt eine Stelle als

Wissenschaftliche/r Mitarbeiter/in (TV-L 13, 100%)

als Promotions- oder Postdoc-Stelle zu besetzen. Der Beginn der Stelle ist flexibel und eine Bewerbung ist auch bereits jetzt möglich, wenn Master oder Promotion erst in einigen Monaten abgeschlossen werden.

Über die Stelle:

Die Stelle ist Teil des von der DFG geförderten Projektes „Funktionelle Analyse der Induktion offenen Chromatins stromabwärts von Genen in der HSV-1-Infektion“. Hierbei arbeiten wir eng mit der Arbeitsgruppe von Prof. Lars Dölken vom Institut für Virologie der Universität Würzburg zusammen.

Ziel der Arbeit ist die Entwicklung und Anwendung von bioinformatischen Methoden zur integrativen Analyse von Next-Generation-Sequencing (NGS) Daten, insbesondere RNA-seq, ChIP-seq und ATAC-seq Daten, während der Herpes Simplex 1 (HSV-1) Infektion. Dabei soll der Zusammenhang zwischen Defekten in der Terminierung der Transkription während der HSV-1 Infektion und der Entwicklung von offenem Chromatin erforscht werden und die jeweilig verantwortlichen Virus-Gene identifiziert werden.

Ihr Profil:

Sie haben ein Hochschulstudium (Master/Diplom) und für die Postdoc-Stelle auch ein Promotion in Bioinformatik oder einem nahe verwandten Fachgebiet absolviert oder stehen kurz vor dem Abschluss. Sie haben gute Programmierkenntnisse (Java, R, Python und/oder Perl) und Interesse an bioinformatischer Datenanalyse und Methodenentwicklung. Erfahrungen mit der Analyse von Hochdurchsatz-Daten, insbesondere Next-Generation Sequencing-Daten, sind ein besonderes Plus.

Über das Team:

Die Arbeitsgruppe von Prof. Friedel ist am Institut für Informatik der  Ludwigs-Maximilians-Universität (LMU) München angesiedelt. Wir befinden uns am Standort Amalienstr. 17 in zentraler Lage in München und unmittelbarer Nähe zum LMU Hauptgebäude. Wir sind spezialisiert auf die Entwicklung von Methoden für die Analyse von großen biologischen Datensätzen, besonders NGS-Daten, für die verschiedensten biologischen und biomedizinischen Fragestellungen.

Bewerbung:

Bewerbungen mit den üblichen Unterlagen (Lebenslauf, Kontaktdaten für Referenzpersonen, Zeugniskopien, Master/Diplom-Arbeit bzw. Doktorarbeit als PDF per Email) bzw. Fragen zur Stellenausschreibung sind zu richten an:

Prof. Dr. Caroline Friedel
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Lehr- und Forschungseinheit für Bioinformatik
Institut für Informatik
Ludwig-Maximilians-Universität München

 

 

 

Postdoctoral Research Associate [Department of Veterinary Sciences, LMU Munich]

The population genomics group at the Department of Veterinary Sciences, LMU Munich, is seeking a Postdoctoral Research Associate at the earliest possible date. The full-time position is limited to 2 years with a possible extension. Payment is according to salary group E13 TV-L. The research focus of the Population Genomics Group is on functional and neutral genetic diversity in livestock populations as the basis for sustainable development in animal breeding. Our functional genomic analyses include the detection of causal mutations behind precisely defined mono- or polygenic phenotypes with regard to production quality and animal welfare as well as domestication research and analyses of genetic diversity in modern and historical samples. Moreover, recently this also implies de novo assembly and functional genomics of non-model organisms.

 

Tasks:


• assistance in current research projects of the working group

• conception and direction of own projects in the research field of the working group including the acquisition

of funding

• assistance in grant writing

• co-supervision of PhD students

• participation in teaching, especially by offering electives from the own area of expertise

 

Requirements:


• a PhD in bioinformatics or a different field (veterinary medicine, animal breeding, wildlife biology or similar)

with strong bioinformatic focus, preferably in the field of animal genetics or population genomics

• experience with software for NGS data analysis, good ability to independently conduct (population) genomic

and bioinformatic/statistical data analyses

• experience with programming and/or scripting languages like R, Python, Java, etc.

• experience with bioinformatic tools used for de novo sequencing and annotation of the mammalian genome

is an advantage but not a prerequisite.

• experience with Bayesian statistics (e.g. ABCtoolbox and/or BEAST) is an advantage but not a prerequisite

• practical experience in molecular genetics lab work is an advantage but not a prerequisite

• experience in publishing in international journals

• fluent language skills in English

 

 

Your workplace is located in the south-west of Munich and easy to reach by public transportation. We offer an interesting and responsible job with good opportunities for further education and personal development. The university is an equal opportunity employer. Handicapped applicants will be given preference in the case of approximately equal qualifications. The  University of Munich is interested in increasing the number of female faculty members and encourages women to apply. Please send your completed application as a single PDF (CV, motivation statement and research experience, record of study, certificates) until end of April 2020 to:

PD Dr. habil. Ivica Medugorac
AG Populationsgenomik
Veterinärwissenschaftliches Department
LMU München
Lena-Christ-Straße 48,
82152 Martinsried/Planegg
Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! (CC to Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!).

For further information about the position, please contact Dr. Medugorac via e-mail or phone (+49 89 2180 3310).
 

 

 

Postdoc in Computational Biology [HZI Braunschweig]

The Department of Computational Biology for Infection Research at the HZI, led by Prof Dr Alice C. McHardy, is looking for excellent postdocs in computational biology and encourages unsolicited applications.

The goal of our projects is the development of algorithms and computer-aided methods for personalized infection medicine, particularly clinical metaomics, vaccine and drug design, as well as development of core technologies for meta- and other omics analyses. The methods that we develop make use of concepts from machine learning, phylogenetics and population genetics. The lab co-organizes the Critical Assessment of Metagenome Interpretation challenge, hosts the bioinformatics unit of the German Center for Infection Research (https://www.dzif.de), and is well connected to local, national and international partners from medicine, biology and computer science. Notably, the lab is part of the Cluster of Excellence RESIST funded by Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG), carrying out research on infections in order to specifically help people, for whom disease-causing viruses and bacteria are particularly dangerous. The lab’s projects offer plenty of opportunity for an excellent bioinformatics postdoc to shine.

The lab is part of the Helmholtz Center for Infection Research, the Braunschweig Integrated Center for System Biology (BRICS) and Technical University of Braunschweig, Germany. The Helmholtz society is the largest research organization in Germany and ranked 7th among the research institutions in the world. Braunschweig is a centrally located city in Germany, with many scientific institutions, recreational areas, comparably modest costs of living and about 250.000 residents.

Requirements: The candidate should have a PhD degree in bioinformatics, machine learning, biomathematics, computer science, statistics or similar and a competitive publication record. A commitment to reproducible research, the ability to work in a highly interdisciplinary research field and very good programming skills are obligatory. Prior experience in meta’omics, infection research, statistical learning or with the analysis of NGS data sets is advantageous, but not required.

What we offer: In our lab, you will work with an international and highly motivated team. You will have the opportunity to attend and present your work on international scientific conferences. Furthermore, the position offers remuneration and social benefits according to TvöD.

How to apply: Please send your electronic application materials including a letter of motivation, curriculum vitae, copies of your most important publications and addresses of two or three referees referring to code PD/2020 to:

Helmholtz Centre for Infection Research, Dept. of Human Resources
Inhoffenstraße 7, 38124 Braunschweig

or by E-Mail to:

Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! with CC to Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!




Links:

Department of Computational Biology for Infection Research: https://www.helmholtz-hzi.de/en/nc/research/research-topics/bacterial-and-viral-pathogens/computational-biology-of-infection-research/team/#anchorsection

 

 

Helmholtz Center for Infection Research: http://www.helmholtz-hzi.de/

German Center for Infection Research: https://www.dzif.de/de

Scientist Bioinformatics (f/m/d)

Immatics is a clinical-stage biopharmaceutical company active in the discovery and development of T-cell redirecting immunotherapies for the treatment of cancer. The Company’s transformative product candidates are Adoptive Cell Therapies and Bispecific TCR molecules. These products are directed against tumor targets that have been identified and validated by Immatics’ proprietary and world-leading XPRESIDENT® technology. Together with Immatics’ powerful TCR discovery technology XCEPTOR®, these two platforms allow a full range of cancer therapies to be developed. Immatics’ pipeline includes T-cell therapy programs based on the proprietary ACTolog®, ACTengine® and ACTallo® approaches, and several proprietary bispecific TCR (TCER®) and antibody molecules. Operating from Tuebingen, Munich and Houston, the Company has recognized that novel, better and safer targets are the key to developing future cancer immunotherapies, and it is Immatics’ mission to deliver the power of T cells to cancer patients. For more detailed information, visit www.immatics.com.   

 

 

We are currently seeking full/ part-time a

 

Scientist Bioinformatics (f/m/d)

 

to support our R&D team to develop innovative immunotherapeutic products for cancer therapy. You will work in Tuebingen in an interdisciplinary environment with colleagues from research and clinical departments.

 

We offer a wide range of responsibilities in the field of NGS-based bioinformatics. Your main responsibilities will include:

  • RNA-seq pipeline development for Immatics’ target discovery platform XPRESIDENT® to improve identification of novel immunotherapeutic HLA Peptides (Fritsche et al. 2018, Proteomics)
  • Inspection and interpretation of NGS data for precision medicine as well as target validation, i.e. elucidation of mechanisms underlying tumor biology (Hilf et al. 2018, Nature)
  • Development of proteogenomics analyses combining NGS (RNA/ Exome sequencing) and mass spectrometry (Zhang et al. 2018, Nat. Commun.)

 

 

Your profile

You hold a master’s degree or PhD in bioinformatics and are proficient in at least one of the following programming languages: Python, Perl, Java, Bash. You are experienced in data analysis, pipeline development and integration of high dimensional omics data. You have knowledge of working in a Linux environment and are familiar with basic biological concepts and bioinformatics tools. Experience with NGS data (RNA or DNA sequencing) is preferred.

 

We expect a high degree of independent working, analytical reasoning and that you take careful processing and documenting of your results for granted. You embrace rapidly changing requirements with an open mind and show a high degree of flexibility in an environment which is marked by a constant striving for excellence. Your motivation is driven by your passion for innovation and science. You approach tasks in a structured, reliable and foresighted manner, combined with an elevated level of individual responsibility, enthusiasm and strong social skills.

 

What we offer

We are a committed and inspired team and cherish the collegial, highly motivated and family-friendly atmosphere within Immatics. Our culture allows for a high level of originality, independent thinking and initiative. We believe in supporting our employees’ professional and social skills: We enable them to join conferences and trainings as well as to enjoy our Immatics benefits.

 

If you’re interested in working for Immatics, please apply online.

Postdoc Position - Computational Biology

We are seeking an innovative and enthusiastic bioinformatician to work with a team of researchers headed by Doctor Ulf Schmitz, in the areas of transcriptomics, RNA biology and cancer. Building on the recent discoveries we are currently investigating the roles of alternative splicing and microRNA-mediated gene regulation in diverse human and mouse cells and tissues. We are also expanding our study to define the interplay between aberrant epigenetic modifications that contribute to splicing abnormalities relevant to cancers. We are committed to support and mentor young investigators to become group leaders in the future.
 
Your main role will be to conduct bioinformatics analyses in collaboration with a team of wet lab researchers for a fixed term, while participating in the activities of Centenary.
 
We are looking for exceptional candidates with:
•        A recent PhD (preferably within the last 1-2 years) or about to be awarded a PhD in the relevant areas of computational biology/ bioinformatics, however more experience investigators will also be considered;
•        Extensive experience in NGS data analysis, pipeline development and algorithm implementation/development;
•        Solid research experience, including first author publications in top journals;
•        Ability to write/contribute to journal articles, grants and keep meticulous notes;
•        Strong interpersonal, written and oral communication skills with an ability to liaise with a diverse range of people
•        A strong team focus; and
•        A demonstrated commitment to Occupational Health and Safety.
 
Desirable:
•        A strong background in statistics and/or application of statistics for data analysis;
•        Familiar with blood cell development and related malignancies, or breast cancers;
•        Experience with systems biology and/or systems medicine workflows
•        A demonstrated ability to supervise junior staff and students.
 
To apply for the role: please email your application to Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!
 
Applications must include:
•        A cover letter addressing the essential skills,
•        A detailed curriculum vitae (CV) including academic transcript, and
•        The full contact details of at least three recent professional referees.
 
Applications close: 28 February 2020
 
Centenary Institute of Cancer Medicine And Cell Biology is a centre of excellence in medical research affiliated with the Royal Prince Alfred Hospital and the University of Sydney located at Camperdown.
 
For more information about Centenary please visit our website www.centenary.org.au
The Centenary Institute supports Equal Employment Opportunity. We value diversity and encourage applications from women, Aboriginal and Torres Strait Islanders, people with disability, LGBTIQ individuals and applicants of diverse cultures and ages.    

Links: https://www.seek.com.au/job/40901531?_ga=2.109677312.446191821.1580699994-502531155.1574214385&_gac=1.216190242.1580354302.EAIaIQobChMI--_jw66q5wIVFIWPCh1IAA06EAAYASAAEgLiz_D_BwE

Wissenschaftlicher Mitarbeiter (w/m/d) Bioinformatik

Zur Verstärkung unseres Teams suchen wir zum nächstmöglichen Zeitpunkt einen Wissenschaftlichen Mitarbeiter (w/m/d) Bioinformatik:

Ihre Aufgaben

In dieser Position verantworten Sie die Entwicklung bioinformatischer Prozesse zur Analyse von NGS-Daten für den Nachweis von Fremdviren in Proben aus verschiedenen Prozessstufen. Zu Ihren Hauptaufgaben zählen u.a.:

·         Administration der Linux-basierten Hard- und Software für die Bioinformatik und wissenschaftlichen Software

·         Programmierung bioinformatischer Workflows

·         Design und Entwicklung neuer Algorithmen und Erweiterung bestehender zur taxonomischen Klassifizierung von Viren und anderen Organismen

·         Entwicklung wissenschaftlicher Software zur Unterstützung der Arbeitsgruppen innerhalb des Bereichs Analytical Development

·         Entwicklung von innovativen Konzepten und Technologien

·         Koordination und Kontrolle von Aufgaben im Rahmen von Kunden-Projekten und Kooperationen einschließlich direktem Kundenkontakt

·          

Ihr Profil 

Sie verfügen über ein erfolgreich abgeschlossenes Studium (Diplom, Master; FH) mit Schwerpunkt Bioinformatik oder Biologie sowie Berufserfahrung im relevanten Bereich. Zudem besitzen Sie sehr gute Kenntnisse in LINUX, Programmiersprache (z.B. Python, R), breites Methodenspektrum mit Schwerpunkt NGS sowie Datenbanken. Darüber hinaus können Sie mindestens drei Jahre Berufserfahrung in Methodenentwicklung und im Umgang mit internationalen Kunden auf dem Gebiet NGS vorweisen. Die englische Sprache beherrschen Sie verhandlungssicher. Zu Ihren Stärken zählt eine verantwortungsbewusste, zuverlässige und strukturierte Arbeitsweise sowie ein gutes Organisationsvermögen. Wenn Team- und Kooperationsfähigkeit Ihrem Profil entsprechen, freuen wir uns auf Ihre Bewerbung. (Gern auch via Email an Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! )

Links: https://karriere.idt-biologika.com/stellenangebote/stellenanzeige/?stelle=2435845#s:Bioinform;page:1

 

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