ISCB Affiliated Group Logo

Stellenangebote

SOFTWAREENTWICKLER (M/W) FÜR KÜNSTLICHE INTELLIGENZ

Wir, FUSE-AI, sind der Spezialist für Künstliche Intelligenz und intelligente Bilderkennung im Gesundheitswesen. Unser Ziel ist es, die Kapazitäten, Aufgaben und Kompetenzen eines Arztes mittels Artificial Intelligence zu ergänzen - beispielsweise in den Bereichen der Fenstertechnik nuklearmedizinischer Untersuchungsmethoden (Hounsfield-Skala), Medical Apps und Virtual Reality.
Wir bieten Ihnen spannende Zukunftsprojekte im Umfeld Medizin, Medizintechnik und IT. Ihr Thema ist Künstliche Intelligenz und Sie sind ein Teil firmenübergreifender, interdisziplinärer Projektteams bestehend aus verschiedenen Medizintechnik-Herstellern (u.a. Olympus Medical), Kliniken (u.a. Asklepios) und Biobanken.

Unser Wunsch:
- Erfolgreich abgeschlossenes Studium z.B. Medizininformatik, Informatik, Machine Learning, Cognitive Science oder vergleichbare Qualifikation.
- Erste Erfahrung mit Methoden und Tools aus dem Bereich Künstliche Intelligenz und Maschinelles Lernen.
- Sie sehen ihre Zukunft in der Softwareentwicklung und möchten das Thema Artificial Intelligence in Healthcare vorantreiben.
- Sie interessieren sich für Technologietrends und arbeiten gerne im interdisziplinären Team.

Bei uns finden Sie flache Hierarchien, verantwortungsvolle Aufgaben und eine gute Arbeitsatmosphäre in einem Büro direkt am Hamburger Rathaus.
Gerne unterstützen wir Sie bei der Wohnungssuche.
Frau Margit Frahm freut sich auf Ihre Fragen und Ihre Bewerbung.
Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!
040 450 318-13

Link: http://fuse-ai.de/en/home/

 

Ph.D. Students (m/f) in the field of computational biophysics/molecular physiology

The Leibniz Institute for Molecular Pharmacology (FMP) is a research institute of the Forschungsverbund Berlin e.V. (FVB). The FVB represents eight institutes of natural sciences, life sciences and environmental sciences in Berlin with joint funding by the federal and state governments. The institutes are members of the Leibniz Association. FMP pursues a broad scientific scope with the sections Molecular Physiology, Structural Biology and Chemical Biology. It is located on the research campus Berlin-Buch.

The research groups of Dr. Andrew Plested and Dr. Han Sun invite applications for two positions for Ph.D. Students (m/f) in the field of computational biophysics/molecular physiology with part-time employment (65%). The period of employment is initially two years. The position will be available from April 2017.

Job Description:

We are two young and interdisciplinary research teams. Dr. Plested’s lab is focused on studying ion channel receptors by using a variety of different biophysical methods. Dr. Sun’s lab is interested in understanding protein dynamics and their relationship to protein function by employing computational simulations. The objective of our joint research project is to identify molecular mechanisms of ion permeation and activation in AMPA receptors, which are relevant for the integrity and flexibility of fast synaptic transmission in the brain. This project is part of the Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, German Research Council) Research Group 2518. The students will have opportunities to study a variety of different biophysical techniques and work with leading scientists in the field.

Requirements:

The candidates should have a good master/diploma degree in Biophysics, Chemistry, Bioinformatics, Biochemistry or a related field and ideally have a basic knowledge in computational simulations. Experiences in coding and raw data analysis are preferred. A strong interest in interdisciplinary projects and cooperation with scientists from different backgrounds is required.

Further Information:

For more information about the position please contact Dr. Andrew Plested; Email: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!; Web: http://www.leibnizfmp.de/research/molecular-physiology-and-cell-biology/research-groups/plested

Dr. Han Sun; Email: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!; Web: http://www.leibnizfmp.de/research/structuralbiology/researchgroups/han-sun  

Salary will be paid according to TVöD regulations in accordance to the applicant's qualifications and experience. FMP hires on the basis of merit and is committed to employment equity. At equal aptitude, women and handicapped individuals will be given priority. Please apply by sending a letter of motivation, your CV and contact details of at least 2 referees to Mrs. M. Spors (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!).

 

 

PostDoc in Bioinformatics/Biostatistics [Göttingen]

The Department of Medical Statistics is offering a position for a PostDoc in Bioinformatics/Biostatistics with focus on data management, integration and analysis
(initially for two years, with possibility of extension, fulltime position | salary according to TV-L)

The University Medical Center Göttingen is a tertiary care center and offers great development potential. Its 7000 employees work in over 60 departments and facilities to provide top-quality patient care, excellent research and modern teaching. Göttingen, “City of Science”, lies near the center of Germany and its University is embedded in the city’s attractive network of scientific research facilities. Within the Center of Statistics, Informatics and Epidemiology several institutes are working together in the research and application of statistical and informatics methodology to analyze and interpret biomedical data.

Job Description:

The position primarily involves the management and integration of complex biomedical data for research purposes within various projects and consortia. This will include the setup and maintenance of knowledge and data management servers (e.g. openBIS, Wikis, tranSmart) as well as the implementation of ETL data pipelines. Further tasks will include statistical analyses and the integration of high-troughput data and clinical records as well as external data sources.

Requirements:

An appropriate university degree in computer science or bioinformatics Experience in Unix server administration Knowledge in data management
Ideally, experience with openBIS and in setting up Wiki-systems as exchange and communication platforms
Experience with a general-purpose programming and scripting language (such asR, Python, Shell, Java, optional C/C++/C#)
Ideally, experience with data workflow systems (e.g. KNIME) and knowledge in statistical analyses of biomedical data

Please send your application until 09/01/2017 to

Universitätsmedizin Göttingen
Prof. Dr. Tim Beißbarth
Department of Medical Statistics
37099 Göttingen
Tel.: 0551/39-4990
Fax: 0551/39-4995
E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Contact person:
Ms Dorit Meyer (secretariat)


Women are especially encouraged to apply. Applicants with disabilities and equal qualifications will be given preferential treatment. Please send your application only via e-mail as a PDFfile.

Links: http://www.ams.med.uni-goettingen.de/stellen-de.shtml

Master’s Thesis: A human genome-wide CRISPR/Cas9 target database

The Gene Editing Group led by Manuel Kaulich is located at the Institute of Biochemistry 2 of the Goethe-University Frankfurt. We work on the cutting edge of gene editing technologies and employ a variety of  CRISPR/Cas9-associated applications to efficiently perturbate genes in mammalian cells. To intensify our efforts, we seek an ambitious Master’s student in informatics/bioinformatics. We plan to implement a public database that integrates the currently available knowledge on CRISPR/Cas9 target sites in the human genome. The first step will be to evaluate the applicability of available database models, e.g., relational vs. big data systems. Once a suitable model is found, the implementation of the database and the integration of data are the next steps. Depending on the progress of the work the optional last step will be the implementation user-friendly web-based graphical interface. The applicant will join a highly motivated team and benefit from our interdisciplinary environment. Additionally, the successful candidate will have the opportunity to present his/her results in peer-reviewed publications.

Applications including a cover letter, a short CV, and the names and contact details should be adressed as a single PDF file directly to Dr. Manuel Kaulich: kaulich(at)em.uni-frankfurt.de

Links:

https://www.jobvector.de/jobs-stellenangebote/biologie-life-sciences/datenbanken-datenverarbeitung/masters-thesis-a-human-genome-wide-crispr-cas9-target-database-82198.html

https://www.biochem2.com/index.php/19-ibcii/geg/104-frontpage-geg

Postdoc in der Genominformatik gesucht

Für die Technische Fakultät, Arbeitsgruppe Genominformatik, suchen wir zum 01. Januar 2017 in Vollzeit eine/n Wissenschaftliche Mitarbeiterin/ Wissenschaftlichen Mitarbeiter (E 13 TV-L) (befristet)

Ihre Aufgaben:

Die Arbeitsgruppe Genominformatik entwickelt und untersucht effiziente Algorithmen mit Anwendungen in Bioinformatik und Genomforschung. Aktuelle Arbeitsbereiche sind die Analyse von Hochdurchsatzsequenzierdaten und die komparative Genomik.
* Forschungstätigkeiten im Bereich der komparativen Genomik, insbesondere Weiterentwicklung und Durchführung des existierenden Forschungsprogramms für die genfamilienfreie Analyse im Hinblick auf die Detektion und Organisation von syntenischen Bereichen in mehreren großen eukaryotischen Genomen. (75 %)
* Mitarbeit im Rahmen der Lehre und Betreuung von Bachelor- und Masterstudenten (25 %)

Ihr Profil:

Das erwarten wir:
* abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium der Informatik, Bioinformatik oder einer angrenzenden Disziplin
* Promotion in Bioinformatik oder einer verwandten Fachrichtung
Das wünschen wir uns:
* Publikationstätigkeit und Auslandserfahrung
* Erfahrungen bei der Entwicklung von mathematischen Modellen und Algorithmen zur komparativen Genomik, insbesondere zum genfamilienfreien Genomvergleich, zu genomischen Distanz- und Ähnlichkeitsmaßen und zur Detektion syntenischer Bereiche
* Erfahrung bei der Betreuung von studentischen Projekt- oder Abschlussarbeiten

Unser Angebot:

Die Vergütung erfolgt nach der Entgeltgruppe 13 für den öffentlichen Dienst der Länder (TV-L). Die Stelle ist gem. § 2 Abs. 1 Satz 2 WissZeit VG für die Dauer von drei Jahren befristet (entsprechend den Vorgaben des WissZeitVG und des Vertrages über gute Beschäftigungsbedingungen kann sich im Einzelfall eine abweichende Vertragslaufzeit ergeben). Die Beschäftigung ist der wissenschaftlichen Qualifizierung förderlich. Auf Wunsch ist grundsätzlich auch eine Stellenbesetzung in Teilzeit möglich, soweit nicht im Einzelfall zwingende dienstliche Gründe entgegenstehen.

Die Universität Bielefeld legt Wert auf die Entwicklung ihrer Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter. Sie bietet attraktive interne und externe Fortbildungen und Weiterbildungsmaßnahmen. Zudem können Sie eine Vielzahl von Gesundheits-, Beratungs- und Präventionsangeboten nutzen. Die Vereinbarkeit von Beruf und Familie hat einen hohen Stellenwert.

Interessiert? Wir freuen uns über Ihre Bewerbung per Post oder E-Mail in einem einzigen pdf-Dokument an Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! bis zum 02. Dezember 2016. Bitte geben Sie in jedem Fall die Kennziffer: wiss16011 an. Bitte verzichten Sie auf Bewerbungsmappen und reichen Sie ausschließlich Fotokopien ein, da die Bewerbungsunterlagen nach Abschluss des Auswahlverfahrens vernichtet werden. Weitere Informationen zur Universität Bielefeld finden Sie auf unsere Homepage unter www.uni-bielefeld.de

Bewerbungsanschrift: Universität Bielefeld, Technische Fakultät, Prof. Dr. Jens Stoye, Postfach 10 01 31, 33501 Bielefeld

Ansprechpartner: Prof. Dr. Jens Stoye, 0521 106-3852, Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Die Universität Bielefeld ist für ihre Erfolge in der Gleichstellung mehrfach ausgezeichnet und als familiengerechte Hochschule zertifiziert. Sie freut sich über Bewerbungen von Frauen. Dies gilt in besonderem Maße im wissenschaftlichen Bereich sowie in Technik, IT und Handwerk. Bewerbungen geeigneter schwerbehinderter und ihnen gleichgestellten behinderten Menschen sind ausdrücklich erwünscht.

Links:
https://gi.cebitec.uni-bielefeld.de
http://www.uni-bielefeld.de/Universitaet/Aktuelles/Stellenausschreibungen/Anzeigen/Wiss/wiss16011.pdf

 

Postdoctoral Fellows in Bioinformatics (ref. PD/16/07)

IRB Barcelona is a world-class research centre devoted to understanding fundamental questions about human health and disease. It was founded in October 2005 by the Government of Catalonia (Generalitat de Catalunya) and the University of Barcelona (UB), and is located at the Barcelona Science Park (Parc Científic de Barcelona).
The Institute’s missions include conducting multidisciplinary research of excellence at the unique interface between biology, chemistry and medicine, providing high-level training in the biomedical sciences to staff, students and visitors, driving innovation through active technology transfer to the benefit of society, and actively participating in an open dialogue with the public through a series of engagement and education activities.

IRB Barcelona seeks

We are seeking two postdoctoral fellows to conduct bioinformatics research on complex human pathologies, including Alzheimer´s disease, in the frame of the ERC funded project SysPharmAD. The main objective of the project is the identification of novel biomarkers in complex pathologies that correlate with clinical outcomes, to monitor the onset and progression of the pathology from very early stages, and to discover combinations of drug targets and chemical compounds able to modify the biology of the disease. For more information about the group, please visit http://sbnb.irbbarcelona.org

Duties

- Analyses and integration of RNA-seq and proteomics data collected from patients and animal models.
- Design and implementation of a systems pharmacology strategy, based on concerted multi-target perturbations, able to monitor and modify the biology of the disease.

EXPERIENCE, KNOWLEDGE, SKILLS & SELECTION CRITERIA

- Education:
  o PhD degree or equivalent in statistics, bioinformatics or computational biology
- Experience:
  o Experience in the analyses of RNA-seq and/or proteomics data
  o Experience in computational network/systems biology modelling will be an asset
  o Remarkable publications record, according to career stage
- Skills:
  o Excellent programming/scripting skills
  o Positive organizational, problem solving and communication skills
  o Fluent spoken and written English

IRB BARCELONA endorses the Requirements and Principles of the European Charter for Researchers,
the Code of Conduct for the Recruitment of Researchers and Open, Transparent, Merit-based
recruitment promoted by the European Commission and follows Equal Opportunities policies.

On 9th December, 2014, IRB Barcelona was awarded the "HR Excellence in Research" logo. This
recognition reflects the commitment of the Institute to continuously improving its human resources
policies in line with the Charter & Code. The Institute works to ensure fair and transparent recruitment
and appraisal procedures.

Research Scientist Bioinformatics (m/f)

Your tasks and responsibilities

Bayer seeks to further develop bioinformatics capabilities in the field of life science data integration and patient-derived genomics data analysis to meet the challenges of precision medicine in the field of oncology, cardiology, and gynaecological therapies. As Research Scientist Bioinformatics (m/f) you are experienced in and responsible for carrying out bioinformatics analyses of patient-derived genomic data to identify novel targets or biomarker candidates. This position also has to ensure our computational platforms use curated genomics data applying common ID spaces and consistent use of ontologies throughout the platforms:
• Design and analyze large scale experiments of diverse high-dimensional data, e.g. NGS or GWAS studies and translate the results into actionable contributions to drug discovery projects
• Intelligently implement, efficiently maintain and successfully apply bioinformatics solutions in cross-functional and interdisciplinary teams
• Ensure cross-database query ability of our computational life science platforms (ensure consistent use of ontologies, common ID spaces, etc.)
• Design and run data and knowledge management projects together with R&D-IT departments to improve our platforms
• Initiate and supervise external collaborations with academic partners or biotechnology companies
• Provide guidance for technical staff members, master students, Ph.D. students, or postdocs
• Report directly to the head of Bioinformatics

Who you are

• PhD degree in bioinformatics, biostatistics, informatics, biochemistry, biophysics, biology, medicine or equivalent experience
• Experience as a bioinformatics scientist (m/f) in e.g. preclinical target discovery or clinical biomarkers with an in-depth knowledge of bioinformatics, biology, and advanced computational and analytical capabilities, ideally in a pharmaceutical setting
• Experiences in data and knowledge management, especially in genomics data annotation and use of ontologies or controlled vocabulary
• Familiar with typical bioinformatics tasks in drug discovery (e.g.handling and analyzing typical life science data, NGS and/or GWAS data, and ideally text-mining)
• Proven record to produce sound results (e.g. publications in relevant peer reviewed journals or patents related to above mentioned fields)
• Highly creative, decisive and reliable person (m/f) able to naturally cross borders between departments or scientific disciplines
• Strategic and analytical thinking for systematic approaches in a high-quality and goal-oriented manner
• Proficiency in statistics and programming (e.g. R, Python), using high performance computing clusters
• Strong interpersonal and management skills, ability to work effectively both independently and in cross-functional teams, also across research sites
• Willingness for continuous professional development and for taking on additional responsibilities
• Excellent written and spoken communication in English

Your application

We offer a competitive salary in an international environment as well as excellent opportunities for professional and personal development. If your background and personal experience fit this profile, please send us your complete application at www.career.bayer.de, submitting a cover letter, your CV and references as well as your salary expectations until 10.12.2016.

Links: https://karriere.bayer.de/de/job/Research-Scientist-Bioinformatics-m-f--0000180194.html

 

EU-funded PhD fellowship in Bioinformatics in France

The Department of Integrative Structural Biology, of the Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC-CERBM), University of Strasbourg, is pleased to announce that a PhD fellowship (3 years) will be available from 1 February 2017 or as soon as possible thereafter.

Applications are invited for the three-year fellowship from applicants who hold or expect to hold a master´s degree in bioinformatics, to perform the following PhD project: "Hijacking of human PDZ domains by viral proteins."

The candidate should have less than 4 years of research experience and must not have resided or carried out his/her main activity in France for more than 12 months during the last 3 years immediately prior to the recruitment.

The PhD fellowship is part of the EU-funded project, PDZnet, which is an ambitious inter- and multidisciplinary European Training Network under the H2020 Marie Skłodowska-Curie Actions (www.pdznet.eu) offering training for 14 PhD fellows. The PDZnet consortium contains 12 different partners in 6 EU countries (Denmark, Sweden, Germany, France, Italy, Portugal). The PDZnet training programme involves a range of network wide training activities.

The candidate must hold a Master´s degree prior to the starting date and have prior research experience in bioinformatics. She / he should be able to perform programming and bioinformatic tasks in an autonomous manner. The candidate should be fluent in English and have excellent communication skills, and be eager to work in a team and open to experiencing new cultures.

The full anouncement and scientific project description can be found here:
http://www.igbmc.fr/igbmc/recrutement/job_offer/373/

How to apply ?

Send CV, motivation letter and the coordinates of two referees to the supervisor Dr Gilles Travé (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!). The application deadline is 30 November 2016.

Promotion mit eigener Forschungsidee

An der Hector Fellow Academy haben Sie die Möglichkeit, mit einem selbst entwickelten Forschungsprojekt unter der Betreuung von Prof. Dr. Thomas Lengauer* zu promovieren. Die Hector Fellows sind eine Gemeinschaft herausragender Professorinnen und Professoren, die deutschlandweit an verschiedenen Forschungseinrichtungen in den MINT-Fächern sowie in Medizin / Psychologie arbeiten. Sie wurden mit dem Hector Wissenschaftspreis für ihre Verdienste in Forschung und Lehre ausgezeichnet. Im Rahmen der Hector Fellow Academy geben sie ihre Expertise an aussichtsreiche Nachwuchswissenschaftler/innen weiter.

Ihr Profil

Sie begeistern sich dafür, eine eigene wissenschaftliche Fragestellung im Forschungsfeld von Prof. Lengauer zu entwickeln und umzusetzen? Sie haben Ihr Masterstudium in einem natur- oder ingenieurwissenschaftlichen Fach mit sehr guten Leistungen abgeschlossen? Sie zeichnen sich durch hohes Engagement und eigenverantwortliches Arbeiten aus? Sie sind teamfähig und kommunikativ? Sie sind bereit, an den Universitätsstandort Ihres betreuenden Hector Fellows zu ziehen?

Unser Angebot

Doktorand/innen der Hector Fellow Academy werden für drei Jahre als wissenschaftliche Mitarbeiter in Vollzeit an der Universität ihres betreuenden Hector Fellows beschäftigt (entsprechend TV-L 13 ca. 47.000 EUR Bruttojahresgehalt). Darüber hinaus stehen ihnen pro Jahr 15.000 EUR Forschungsmittel für ihr Projekt zur Verfügung. Sie haben zudem die Möglichkeit, zur Förderung fachübergreifender Kompetenzen und Soft Skills an verschiedenen Trainingsangeboten teilzunehmen.

Ihre Bewerbung

Bewerben Sie sich mit Ihrem innovativen Promotionsprojekt über unser Bewerbungsportal.

Nächster Bewerbungszeitraum: 01. August – 31. Oktober 2016

Mehr Informationen zum Bewerbungsprozess und zur Hector Fellow Academy finden Sie unter http://www.hector-fellow-academy.de.

*oder einer der anderen 21 Hector Fellows