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Four year PhD position within Functional Bioinformatics at Örebro University, Sweden

We seek to use, re-combine and further develop methods for data integration, statistical learning, network biology and statistical bioinformatics. Diagnostic and predictive biosignatures for gastrointestinal dysfunction, mainly IBS and IBD, are in the focus of this position, filtered from clinical, molecular and microbial profile data. Data are mainly from our local cooperations partners, medical doctors and biomedical researchers within the international research environment Nutrition-Gut-Brain Interactions Research Centre (NGBI, see link below). Methodological development in bioinformatics is run together with partners at Swedish, Norwegian, German, and English Universities. The planned focus is on NGS and OMICs data analysis in combination with statistical learning for biosignature mining.

The candidate needs to have a strong computational biology background, alternatively computer science, or mathematics combined with programming/scripting skills. NGS data analysis experience is of advantage. Daily communication with our experimentally working partners on international level makes strong communication skills necessary. Prior education in bioinformatics, computer science or related fields is a merit.

Application DEADLINE: October 30th

(Three paper copies necessary! See job announcement link below for details.)

Please contact:
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Bioinformatics Research Group at Örebro University:
Homepage Assoc. Prof. Dirk Repsilber:

NGBI research environment:

http://www.oru.se/English/Research/Research-Environments/Research-environment/MH/Nutrition-Gut-Brain-Interactions-Research-Center/

Job announcement, details and further links for application:

http://www.oru.se/english/vacancies/?rmpage=job&rmjob=1583&rmlang=UK

 

WMA (Drittmittel) im Bereich "semantische Datenintegration" gesucht

Wir suchen an der Universität Leipzig (Prof. Dr. E. Rahm) baldmöglichst eine/n

                  Wissenschaftliche/n Mitarbeiter/in

zur Forschung zur semantischen Datenintegration

                    ( E-13, befristet auf 3 Jahre) 

 Aufgaben:

Mitarbeit und Forschung im Themenbereich der semantischen Datenintegration und Ontologien, insbesondere für biomedizinische Anwendungen. In der Forschung sollen neue Methoden zur automatisierten Bestimmung und Pflege von semantischen Annotationen, also Verknüpfungen (Links) zu Ontologien, entwickelt werden. Dabei sind  insbesondere kontinuierlichen Änderungen in den Ontologien Rechnung zu tragen. Die Methoden sollen auf Realweltdaten, u.a. aus dem Bereich der Biomedizin (z.B. elektronische Patientenakten oder medizinische Fragebögen),angewendet und evaluiert werden.

Es besteht die Möglichkeit zur Promotion.

Die Arbeiten erfolgen vorrangig im Rahmen eines DFG-Projekts zur semantischen Annotation von Informationen und deren Evolution (in Kooperation mit einem Forschungspartner in Luxemburg). Ferner ist ab 2016 eine Beteiligung an einem BMBF-Projekt zur integrativen Datensemantik in der Systemmedizin vorgesehen (in Kooperation mit der medizinischen Fakultät). Einstellungsvoraussetzung ist ein mit überdurchschnittlichem Erfolg abgeschlossenes Hochschulstudium in einem Informatik-Studiengang (Diplom, Master).

Wir erwarten darüber hinaus von Ihnen

- sehr gute Datenbankkenntnisse

- sehr gute Kenntnisse im Entwurf und der Realisierung web-basierter Informationssysteme

- sehr gute Englisch-Kenntnisse in Wort und Schrift

- hohes Interesse an Forschung, insbesondere an einer Promotion

- Interesse an biomedizinischen bzw. klinischen Fragestellungen.

 

Bewerbungen sind mit den üblichen Unterlagen bis zum 15. November 2015 an Prof. Dr. Erhard Rahm (vorzugsweise per E-Mail) zu richten. Schwerbehinderte werden zur Bewerbung aufgefordert und bei gleicher Eignung bevorzugt berücksichtigt.

Kontakt / Informationen:

Prof. Dr. Erhard Rahm

Institut für Informatik, Universität Leipzig

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Dr. Anika Groß, E-mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Weitere Informationen   unter: http://dbs.uni-leipzig.de 

Research Group Leader (f/m) Image Analysis at IPK Gatersleben

The Department of Molecular Genetics the IPK looks for a

Research Group Leader (f/m) Image Analysis

The position is open immediately and is initially available for up to five years (employment is valid in compliance with the provisions of the law WissZeitVG). After this period and positive evaluation, a permanent position will be offered.
 
Within the research focus areas of the Molecular Genetics Department, vegetative growth and seed formation, the research group Image Analysisdevelops procedures and implements analysis pipelines for automatedprocessing of 2D and 3D plant images acquired through the use of the high throughput platforms of the institute. Theprimary image data are collected using various devices and sensors installed in the established and further expanded plant phenotyping facilities. Their individual and integrated analysis (including pre- and post-processing) is performedto derive information on features of plant growth, development, and function. The group is involved in collaborative large-scale investigations of plant performance in varying environmental conditions and towards linking genetic with phenotypic variation. 
 
Your tasks:
As research group leader you carry out independent and internationally highly visible research within the frame of the goals of IPK and the Department Molecular Genetics. You instruct and guide the members of your group and you raise third party research funding. In addition, youare involved in andsupport institute- and department-wide research initiatives.
 
Please find more information at
 

Leiter der zentralen Serviceeinheit Bioinformatik an der Universitätsmedizin Göttingen (E14)

Das Institut für Medizinische Statistik der Universitätsmedizin Göttingen sucht eine/einen

Bioinformatikerin / Bioinformatiker / Biostatistikerin / Biostatistiker

zur Leitung der Zentralen Serviceeinheit „Medizinische Biometrie und statistische Bioinformatik“ zunächst befristet auf 3 Jahre, Vollzeit, Entgelt nach TV-L.

Die Universitätsmedizin Göttingen (UMG) umfasst die Medizinische Fakultät und das Universitätsklinikum. Mit über 7.400 Mitarbeiterinnen
und Mitarbeitern ist die UMG der größte Arbeitgeber in der Region. Mehr als 65 Kliniken, Institute und Abteilungen stehen für eine qualitativ hochwertige Patientenversorgung, exzellente Forschung und moderne Lehre. Göttingen als Stadt der Wissenschaft liegt im Zentrum Deutschlands und die Universitätsmedizin ist vor Ort eingebunden in ein attraktives Netzwerk universitärer und außeruniversitärer Wissenschaftseinrichtungen.

Das Institut für Medizinische Statistik (Leitung: Prof. Dr. Tim Friede) bietet innerhalb der medizinischen Fakultät und am Göttingen Research Campus (GRC) Beratung und Lehre auf den Gebieten der biometrischen und bioinformatischen Analyse von klinischen und genomischen Daten an und betreibt weiterhin aktiv methodische Forschung, insbesondere auf den Gebieten Designs für klinische Studien, generalisierte Evidenzsynthese, maschinelles Lernen und statistische Analyse von hochdimensionalen Daten.

Für die Leitung einer Zentralen Serviceeinheit für Beratung, Ausbildung und Durchführung von biometrischen und bioinformatischen Analysen suchen wir derzeit nach einem/einer wissenschaftlichen Mitarbeiter/-in. Im Fokus werden insbesondere die Analyse von Microarray und Next-Generation Sequencing Daten, Design und Analyse von explorativen klinischen Studien sowie die Analyse von Hochdurchsatz-Proteomics Daten stehen.

Die Kandidatin/Der Kandidat sollte einen Hochschulabschluss in Bioinformatik oder angewandter Statistik oder einer verwandten mathematisch / naturwissenschaftlichen Disziplin mit geeigneten Zusatzqualifikationen haben und promoviert sein. Wünschenswert sind Erfahrungen in Anwendungen mit hochdimensionalen Daten (Microarray, Next-Generation Sequencing oder Proteomics) in der Medizin oder Biologie sowie Kenntnisse in der statistischen Programmierumgebung R / Bioconductor. Gute Kenntnisse von Linux und Skriptsprachen sowie vorherige Erfahrung in der Beratung von Biologen oder Medizinern bei der statistischen oder bioinformatischen Datenanalyse sind erforderlich.

Die Stelle ist zunächst auf drei Jahre befristet; kann nach erfolgreicher Evaluierung aber entfristet werden.

Die Universitätsmedizin Göttingen strebt in den Bereichen, in denen Frauen unterrepräsentiert sind, eine Erhöhung des Frauenanteils an und fordert daher qualifizierte Frauen ausdrücklich zur Bewerbung auf. Schwerbehinderte Bewerberinnen/Bewerber werden bei gleicher Eignung bevorzugt berücksichtigt.
Ihre Bewerbung richten Sie bitte bis zum 01.10.2015 an:

Universitätsmedizin Göttingen
Department of Medical Statistics
Prof. Dr. Tim Beißbarth
Gruppenleiter Statistische Bioinformatik
37099 Göttingen
Tel.: 0551/39-4990, Fax: 0551/39-4995
E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!
Web: http://www.ams.med.uni-goettingen.de


Fahrt- und Bewerbungskosten können nicht erstattet oder übernommen werden.

Bitte senden Sie Ihre Bewerbungsunterlagen ausschließlich per E-Mail im PDF-Format.

Bioinformatics Scientist (m/f) TCR Discovery & Characterization

With enthusiasm and passion we are pursuing one goal: To revolutionize the diagnosis and treatment of cancer and other diseases by using tailored technologies and breakthrough platforms. Come and join us! Become in Mainz our 

Bioinformatics Scientist (m/f) TCR Discovery & Characterization

Your tasks

  • Analyze and interpret T-cell receptor profiling data from RT-PCR and NGS platforms
  • Develop analysis algorithms and monitor new developments in immunosequencing
  • Design, program and apply bioinformatics workflows
  • Apply finding in both R&D and clinical projects for biomarker discovery and immunotherapies
  • Tightly interact with molecular biology and immunology teams

Your requirements

  • Diploma/M.Sc. in Bioinformatics or related natural sciences
  • Experienced in NGS data analysis using R and other tools like bwa, STAR, GATK, BLAST     
  • Skilled in writing scripts using Python or Perl
  • Familiar with Linux environment and command-line based standard bioinformatics tools, proficiency in bash scripting is a plus
  • Knowledge of Workflow Management Systems like Pipeline Pilot / Galaxy / Taverna is an advantageous

What we offer to you

  • Delve deeply into the fascinating field of immunoinformatics in personalized medicine
  • Translation of  your discoveries directly into clinical trials to treat cancer patients
  • To work autonomously and to create new processes 

Who we are

BioNTech is a biotechnology company with its headquarter in Mainz. With our more than 350 employees we are pursuing one goal: To revolutionize the diagnosis and treatment of cancer and other diseases! Under one strategic umbrella, we develop tailored immunotherapeutic strategies and breakthrough platforms. Discover more about us and go to www.biontech.de.

How to apply!

Please use our online application form and send your application in a fast and easy way. If you have any question about the job opportunity, please contact Sylvia Landau, +49 (0) 6131-9084-1241.
BioNTech | An der Goldgrube 12 | 55131 Mainz | Germany | www.biontech.de

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