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Bioinformatician in Microbiome Research [Sunagawa Lab, ETH Zurich]

Details: Veröffentlicht: Montag, 25. November 2019 08:52

We are seeking a highly motivated, skilled and organized bioinformatician to join our research group. We are interested in studying ecological and evolutionary factors that determine the structure, function and diversity of microbial communities – with a focus on the ocean ecosystem and the gastrointestinal tract of animals and humans. Embedded in the Institute of Microbiology at the Department of Biology, we develop and combine computational and experimental approaches to integrate quantitative ‘meta-omics’ readouts with contextual information, with the goal to better understand and predict the role of environmental microorganisms and the underlying mechanisms of host-microbial homeostasis.

The postholder is able to develop, implement and maintain state-of-the-art methodology and infrastructure for microbiome data analysis (databases for original and derived data, workflows/pipelines for omics-data, etc.) and analyze meta-omics data from environmental and host-associated microbiome studies. Her/his motivation is to provide cutting-edge support for ongoing research projects in the group and to showcase the potential of her/his developments in the context of a research project in the area of microbiome research.

Essential qualifications include:

• MSc or PhD degree in Bioinformatics, Computer Science, or a related field

• development of bioinformatic analysis workflows

• strong expertise in Python/R programming

• work experience in Linux environment

• familiarity with HPC systems

• strong communication and teamwork skills

The following additional qualifications will be advantageous:

• experience in (meta)genomic data analysis

• background in (environmental/host-associated) genomics

• background in (environmental/host-associated) ecology, evolution

• experience in web/database development (HTML, SQL)

Applications and informal inquiries should be directed by email to Prof. Dr. Shinichi Sunagawa (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!).

Contact:

Prof. Dr. Shinichi Sunagawa

ETH Zürich

Institute of Microbiology, Department of Biology

Vladimir-Prelog-Weg 4; HCI F 423

8093 Zürich, Switzerland

Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Phone: +41 (0) 44 633 61 55

http://www.micro.biol.ethz.ch/research/sunagawa.html

PhD position in Biomedical Data Science/Computational Genomics

Details: Veröffentlicht: Montag, 11. November 2019 10:29

The group “Biomedical Data Science”, which will be founded in January 2020
(Principal Investigator: Alexander Schönhuth), is seeking a motivated PhD
student. By rank, the position is classified as a German Scientific Assistant,
with salaries being determined based on prior experience and qualifications
(‘E13-TVL’).  Working language is English or German, depending on personal
preference.

The corresponding research activities will relate to topics from areas such as
“Artifical Intelligence in Biomedicine/Computational Personalized
Medicine/Algorithmic Bioinformatics/Computational (Single Cell/Pan-) Genomics”.

Particular examples of potential research are:

    - Deep Learning for understanding/diagnosis/therapy selection of so far
      insufficiently understood diseases, such as cancer, amyotrophic lateral
      sclerosis, and further neuropathological disorders, in particular when
      relating to the microbiome

    - the creation and implementation of programming frameworks that support
      the analysis of the genetic diversity of diseases

    - the evaluation of single cell genomics experiments, as a precision tool
      to support the finegrained understanding of cancer heterogeneity

and cancer in general, and developmental processes that, for example,
characterize the shaping of the immune system, possibly in interaction with the
two points from above.

    - the creation and analysis of novel algorithmic/mathematical structures
      and indexes that support the mapping of the genetic diversity of entire
      populations (“Computational Pan-Genomics”)

Research and publication activities will cover 75 % of worktime, assistance and
guidance of teaching activities 20 % and participation in academic management
5%.

The exact choice of topic can be determined in personal discussions, according
to personal preferences and strengths.

For more information, in particular the application procedure, see https://www.uni-bielefeld.de/Universitaet/Aktuelles/Stellenausschreibungen/Anzeigen/Wiss/wiss19232_englisch.pdf

Postdoctoral Fellow Position in Machine Learning for Drug Discovery at the Western Norway University of Applied Sciences

Details: Veröffentlicht: Montag, 11. November 2019 10:26

A postdoc position is available at the Western Norway University of Applied Sciences in the research group of Alexander Selvikvåg Lundervold (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!).

The position is associated with the RESPOND3 project “Towards better computational approaches and responsible innovation strategies in early drug discovery: application to antibiotics and COPD”. RESPOND3 is part of the Centre for Digital Live Norway (https://digitallifenorway.org ) and is a cross-disciplinary collaboration between research groups at the Centre for Advanced studies in Biomedical Innovation Law at the University of Copenhagen, the Department of Computer Science, Electrical Engineering and Mathematical Sciences at the Western Norway University of Applied Sciences as well as the Department of Biomedicine and the Department of Chemistry at University of Bergen. The main focus of RESPOND3 will be hit and lead optimization for targets for antibiotics (SAM riboswitch) and chronic obstructive pulmonary disease (proteinase 3) guided by the use of computational methods as well as the development of new scoring functions using machine learning. The entire project is embedded in a responsible research and innovation strategy.

The RESPOND3 research team will eventually consist of four postdocs, three PhD students and five principle investigators, covering medicinal chemistry, computational chemistry and biology, structural biology, computer science, mathematics, and law. In addition to working with the RESPOND3 team, the postdoctoral fellow will be part of the vibrant research community at the recently established Mohn Medical Imaging and Visualization Center (MMIV, https://mmiv.no ), Haukeland University Hospital, with access to world-class computing infrastructure and to top expertise in life sciences, machine learning and computation. The researcher will also be associated with the ICT-oriented strategic research programme in computer science at HVL (http://ict.hvl.no) which spans the areas of software engineering, sensor networks, machine learning, and engineering computing.

The announced postdoc position will focus on applications of machine learning in drug discovery and development. The exact direction of research will depend on the background and interests of the successful candidate. Potential research areas and directions include

Development of new scoring functions for protein-ligand interactions using both in-house data and publicly available data sets
Attempts at combatting the tendency for scoring functions to exploit uninteresting features in the training data (data leakage) using e.g. various debiasing techniques. The improved scoring functions will be evaluated prospectively.
Investigation of the potential for machine learning methods in de novo structure generation (e.g. using variants of generative adversarial networks)

In addition, the successful candidate will

Assist in the supervision of MSc students and PhD candidates.
Contribute to the development of joint project applications for external funding in collaboration with permanent research staff members at HVL, MMIV and UiB

More details about this position and information on how to apply can be found here: https://www.jobbnorge.no/en/available-jobs/job/177135/postdoctoral-fellow-position-in-machine-learning-for-drug-discovery. Deadline November 24th 2019.

2x PhD student pos., Comp. biochem./chem. or struct. bioinf., U of Duesseldorf, Gohlke group

Details: Veröffentlicht: Montag, 04. November 2019 15:08

Applications are invited for two PhD student positions in the Computational Pharmaceutical Chemistry & Molecular Bioinformatics group of Prof. Dr. Holger Gohlke at the Heinrich-Heine-University, Duesseldorf, Germany.

PhD student position 1:

o Topic: Development of novel modulators for the nicotinic acetylcholine receptor for the treatment of nerve agent poisoning

o Availability: The position is available as of now.

PhD student position 2:

o Topic: Enzymatic halogenation: enzyme identification, characterization, application

o Availability: The position is available as of 01.12.2019.

Please find more detailed information regarding the respective topic under: https://cpclab.uni-duesseldorf.de/index.php/Openings

Requirements
Ideal candidates will have a record of excellence and a strong background in computational biochemistry, molecular informatics, and computational structural biology as well as a high interest in working in an interdisciplinary research field, and profound knowledge in state-of-the-art molecular dynamics simulations (Amber) software and molecular modelling.

Application process
Applicants should submit applications (a one-page letter of motivation why they are interested in the respective project and how they can contribute to the project’s success, a current CV, and contact data of three references) by email to Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! . Please provide all documents as one PDF file and specify for which position you are applying.

Wissenschaftlicher Mitarbeiter im Bereich Bioinformatik/ Evolutionäre Entwicklungsgenetik

Details: Veröffentlicht: Montag, 04. November 2019 15:07

In der Abteilung Evolutionäre Entwicklungsgenetik der Georg-August-Universität Göttingen ist zum nächst möglichen Zeitpunkt die Stelle einer/eines

wissenschaftliche_n Mitarbeiter_in (w/m/d)

mit 65 % der regelmäßigen wöchentlichen Arbeitszeit (zzt. 25,9 Stunden/Woche) befristet für die Dauer von 3 Jahren zu besetzen. Eine Verlängerung wird angestrebt. Die Entgeltzahlung erfolgt nach Entgeltgruppe 13 TV-L.

In dem DFG-geförderten Projekt soll die projektspezifische Datenbank iBeetle-Base mit phäntoypischen Daten zu einer Informationsressource für die entwicklungsbiologische Community ausgebaut werden. Zudem soll mit den bereits vorhandenen Daten an einer spezies-übergreifenden Analyse gearbeitet werden (data mining). Das bisherige Backend soll in einzelne Mikroservices überführt werden, die eine anwendungsneutrale Daten-API bieten. So soll die Nutzung der Daten durch beliebige und eigene bioinformatische Tools ermöglicht werden. Mit einem ontologie-basierten Datenformat soll die Integration von möglichst vielen weiteren Daten aus der Community ermöglicht werden. Eine build- und deploy-Pipeline wird zur Orchestrierung der Services in einem Kubernetes-Cluster benötigt. In dem Projekt ist neben dem Zoologischen Institut die Bioinformatik, die Staats- und Universitätsbibliothek Göttingen und die GWDG beteiligt, wodurch ein Einblick in verschiedene Institutionen und Arbeitsweisen gewährt wird.

Ihre Aufgaben

- Sie implementieren Mikroservices für alle Daten und Funktionen, die das Projekt anbietet

- Zusammen mit den Projektpartnern entwickeln Sie ein Konzept für den langfristigen Betrieb

- Sie entwickeln Datenmodelle für phäntoypische Daten und recherchieren nach internationalen Standards

- Sie entwickeln neue Methoden zur weiteren Analyse vorhandener Daten, wie z. B. einer spezies-übergreifenden Suche nach

Phänotypen

Ihr Profil

- Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium in Bioinformatik, angewandter Informatik oder vergleichbarem

Studienfach

- Gutes Verständnis von biologischen Grundlagen und bioinformatischen Methoden

- Interesse an der Arbeit in einem interdisziplinären Team

- Motivation sich selbständig in ein Themengebiet einzuarbeiten und Lösungen zu entwickeln

- Sehr gute Kenntnisse der Programmierung und Softwareentwicklung

- Kenntnisse von aktuellen Methoden der Softwareentwicklung, wie z.B. Domain Driven Design, DevOps oder Docker-

Container

- Fließendes Englisch in Wort und Schrift

- Hohe Motivation, Teamfähigkeit und Eigeninitiative

Die Stelle soll der Qualifizierung des wissenschaftlichen Nachwuchses dienen und bietet die Möglichkeit zur Promotion.

Die Universität Göttingen strebt in den Bereichen, in denen Frauen unterrepräsentiert sind, eine Erhöhung des Frauenanteils an und fordert daher qualifizierte Frauen nachdrücklich zur Bewerbung auf. Sie versteht sich als familienfreundliche Hochschule und fördert die Vereinbarkeit von Wissenschaft/Beruf und Familie. Die Universität hat sich zum Ziel gesetzt, mehr schwerbehinderte Menschen zu beschäftigen. Bewerbungen Schwerbehinderter erhalten bei gleicher Qualifikation den Vorzug.

Bewerbungen mit den üblichen Unterlagen werden innerhalb von drei Wochen nach Erscheinen,

gern auch in elektronischer Form, erbeten an

Georg-August-Universität Göttingen, Abt. Evolutionäre Entwicklungsgenetik,

Justus-von-Liebig-Weg 11, 37077 Göttingen, E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Für Rückfragen steht Ihnen Herr Jürgen Dönitz

Telefon:0551-39-14927, E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

zur Verfügung. Für weiter Informationen siehe auch

http://www.bioinf.med.uni-goettingen.de/research/knowledge-management/iBeetle-Base

Hinweis:

Wir weisen darauf hin, dass die Einreichung der Bewerbung eine datenschutzrechtliche Einwilligung in die Verarbeitung Ihrer Bewerberdaten durch uns darstellt. Näheres zur Rechtsgrundlage und Datenverwendung finden Sie im: Hinweisblatt zur Datenschutzgrundverordnung (DSGVO) https://www.uni-goettingen.de/hinweisdsgvo

Links: http://www.bioinf.med.uni-goettingen.de/research/knowledge-management/ibeetle-base/

PhD position in chemoinformatics in Bergen/Norway

Details: Veröffentlicht: Montag, 04. November 2019 15:05

At the University of Bergen (Norway) in the group of Prof. Ruth Brenk, a PhD position is available within the field of chemoinformatics.

More information can be found here:

https://www.jobbnorge.no/en/available-jobs/job/177274/phd-position-in-structure-based-drug-design

IT and Computational Biology Expert [Korbel group in the Genome Biology Unit, EMBL]

Details: Veröffentlicht: Montag, 04. November 2019 15:04

EMBL is seeking an expert in Computational Biology and IT to join Dr. Jan Korbel's group in the Genome Biology Unit. The position holder will actively participate in the design, development, and adjustment of interoperable workflows and pipelines to enable the analysis of data from the latest next-generation DNA sequencing platforms, including from single cell technologies. The post holder may get involved in analysing large numbers of human genomes, including from cancer patients and normal individuals of varying age to unravel the relationship of somatic mutations and ageing.

Your role

· Develop new computational workflows and analytical methods for human genome data analysis

· Design and implement cloud-based workflows for single-cell sequencing protocols, particularly Strand-Seq

· Integrate tools in pipelines and workflows and optimize their interoperability, efficiency, usability and portability

· Participate in cutting-edge research projects of the Korbel group by helping with data analysis and data management tasks

· Interact with other scientists at EMBL and partner networks (Elixir, de.NBI) in an international, interdisciplinary, and highly collaborative work environment

You have

· A M.Sc. or PhD in Computational Biology, Bioinformatics, Physics or Computer Science with a background in large-scale genomics data handling

· Advanced programming skills in at least one high level programming language (Java, C, or C++), R Statistics and one scripting language (Python, Julia)

· A solid knowledge in database technologies (SQL), cloud computing frameworks (OpenStack, GNOS), containerization technologies (Singularity, Docker), code version control (git) and continuous integration services (CI)

· A strong interest in computational data analysis and data management

· Strong communication skills as well as the ability to interact with other scientists and to work in an international and interdisciplinary team

· A basic understanding of molecular genetics and cancer research

What else you need to know

The Korbel group at the European Molecular Biology Laboratory (EMBL) combines experimental and computational approaches – including single-cell sequencing technology, genome sequencing, big data analytics, and machine learning – to unravel determinants and consequences of germline and somatic genetic variation. Our group is using bulk as well as single cell-based omics approaches for investigating mechanisms behind complex phenotypes in humans, ranging from common diseases including cancer to ageing. An over-arching theme centers on the formation and selection of germline and somatic genetic variation in health and disease states, in particular genomic structural variation (SV).

Research Scientist Bioinformatics for Single Cell Sequencing (m/f/d)

Details: Veröffentlicht: Montag, 04. November 2019 15:03

https://karriere.bayer.de/en/job/research-scientist-bioinformatics-for-single-cell-sequencing-m-f-d--SF64848_en_US

Postdoc-Stelle am Zentrum für Bioinformatik Hamburg

Details: Veröffentlicht: Dienstag, 15. Oktober 2019 09:55

Am Zentrum für Bioinformatik Hamburg ist ab dem 1. Dezember 2019 in dem Projekt "DASHH - Data Science in Hamburg - Helmholtz Graduate School for the Structure of Matter" eine Postdoc-Stelle zu besetzen.

Näherere Informationen entnehmen Sie bitte dem vollständigen Ausschreibungstext: https://www.uni-hamburg.de/uhh/stellenangebote/wissenschaftliches-personal/fakultaet-mathematik-informatik-und-naturwissenschaften/28-10-19-514-verl.pdf

WISS. MITARBEITER/IN (DATA SCIENTIST/MODELLER), PROMOTIONSSTELLE

Details: Veröffentlicht: Freitag, 11. Oktober 2019 10:22

Was Sie mitbringen

Sie verfügen über ein zu Arbeitsbeginn abgeschlossenes naturwissenschaftliches, mathematisch/(bio-)informatisches,
ingenieurwissenschaftliches oder inhaltlich verwandtes Hochschulstudium (z.B. mit Schwerpunkt Datenanalyse, Statistik,
Künstliche Intelligenz (KI) oder Modellierung) und kennen sich mit gängigen Skript- und höheren Programmiersprachen wie
R, Phython, Shell und C/C++ im Linux-Umfeld gut aus.

Sie haben Spaß daran, Daten zu analysieren und mathematische Modelle für die zugrunde liegenden Prozesse zu entwickeln.
Neben einer hohen Affinität zu mathematischen und programmier-technischen Fragestellungen haben Sie ein starkes Interesse
an Forschung in den Life Sciences, verfügen über ein hohes Maß an Eigeninitiative und zeigen ausgeprägte Team- und Kommunikationsfähigkeiten. Gute englische Sprachkenntnisse in Wort und Schrift sind für Sie selbstverständlich.

Was Sie erwarten können

Wir bieten Ihnen ein spannendes und innovatives Forschungsthema an der Schnittstelle zwischen Biotechnologie, Medizin und Mathematik/Informatik. Sie finden heraus, welche Kulturbedingungen für unsere Zell- und Gewebekulturen optimal sind und welche Medikamente bei welchen Patienten am besten wirken. Sie nutzen hierfür aktuelle Informationstechnologien, erweitern Ihre Kenntnisse in der Datenanalyse und entwickeln eigene Datamining- oder Modellingansätze.

Unser Aufgabengebiet bietet Ihnen folgende Möglichkeiten:

- Analyse molekularbiologischer, funktioneller und klinischer Daten (Multiomics, High Throughput/High Content, Therapieansprechen, Überleben)
- Datenintegration und Identifikation von Biomarkern für individuell angepasste optimale Therapien
- Methodische Umsetzung mit Hilfe von Statistik, Machine Learning, Chemoinformatik, Modelling, effektiver Ergebnisanalyse
- Entwicklung von Prozessierungs-Pipelines und Aufbau einer Screening Datenbank
- Kooperation mit internen und externen Partnern, Publikation Ihrer Ergebnisse

Sie können die Fraunhofer Life Science Infrastruktur nutzen und werden Teil eines dynamischen Teams in einem innovativen wissenschaftlichen Umfeld (Pharma, Biotech, Diagnostik, Kliniken, akademische Partner). Sie gestalten unsere anwendungsorientierten technologischen Lösungen maßgeblich mit und bauen die Screening und Datenanalyse-Kapazitäten am Fraunhofer ITEM weiter aus. Unser Standort am UNESCO-Welterbe Regensburg bietet Ihnen viele Freitzeitmöglichkeiten und eine attraktive Umgebung.

Anstellung, Vergütung und Sozialleistungen richten sich nach dem Tarifvertrag für den öffentlichen Dienst (TVöD). Die Vergütung beträgt 65% einer EG 13 TVöD. Die Stelle ist zunächst auf 3 Jahre befristet und mit dem Schreiben einer Doktorarbeit verbunden. Eine längerfristige Beschäftigung wird angestrebt. Die wöchentliche Arbeitszeit beträgt 39 Stunden.
Schwerbehinderte Menschen werden bei gleicher Eignung bevorzugt eingestellt. Wir weisen darauf hin, dass die gewählte Berufsbezeichnung auch das dritte Geschlecht miteinbezieht. Die Fraunhofer-Gesellschaft legt Wert auf eine geschlechtsunabhängige berufliche Gleichstellung.

Wir freuen uns über Ihre Online-Bewerbung unter folgendem Link: https://recruiting.fraunhofer.de/Vacancies/47526/Description/1

Fragen zu dieser Position beantwortet Ihnen gerne:
Dr. rer. nat. Martin Hoffmann
Tel: +49 941 298480-28
http://www.item.fraunhofer.de
Kennziffer: ITEM-2019-50
Bewerbungsfrist: 15.10.2019

Wir freuen uns über Ihre Online-Bewerbung unter folgendem Link: https://recruiting.fraunhofer.de/Vacancies/47526/Description/1

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