ISCB Affiliated Group Logo

Stellenangebote

Post-Doc position in Machine Learning in Biomedicine [Eberhard Karls University Tübingen]

The Chair for Methods in Medical Informatics (Prof. Dr. Nico Pfeifer), Department of Computer Science at Eberhard Karls University Tübingen, one of eleven German universities distinguished as excellent under the German government’s initiative, is currently looking for a  

Post-Doc in Machine Learning in Biomedicine (E13 TV-L, 100%) 

starting as soon as possible. The initial fixed-term contract will be for 2 years with possible extension.  

The group has extensive knowledge at the interface between statistical machine learning, digital medicine, and computational biology. We are developing methods that allow answering new biomedical questions (Speicher and Pfeifer 2015, Proceedings of ISMB/ECCB 2015) and optimize them in close contact with our excellent national and international biomedical partners (Carlson et al. 2016, Nature Medicine, Schoofs et al. 2016, Science, Scheid et al. 2016, Nature, Döring et al. 2016, Retrovirology, Caskey et al. 2017, Nature Medicine). 

Nico Pfeifer is one of the PIs of the excellence cluster proposal “Machine Learning: new perspectives for science” that is currently under review and he is also associated faculty of the International Max Planck Research School for Intelligent Systems.  

Prerequisites

The ideal candidates will have a Ph.D. or equivalent in Machine Learning, Data Science, Biometry, Biostatistics, Bioinformatics, Computer Science, Computational Biology or a related life science discipline. The applicants should have an interest in interdisciplinary work. Experience in data science and machine learning as well as strong programming/scripting skills (C/C++, R, Matlab, Python, JavaScript, Java) are required as well as a strong publication record. Other relevant qualifications include:

•    Background in Statistics

•    Experience with medical data (clinical data, molecular data, …)

•    Experience with high-throughput data (next-generation sequencing, mass spectrometry) 

•    Databases (MySQL, NoSQL)

•    Privacy-preserving machine learning 

Knowledge of the adaptive immune system or infectious diseases is a plus. 

The University seeks to raise the number of women in research and teaching and therefore urges qualified women academics to apply for these positions. Equally qualified applicants with disabilities will be given preference. The employment will be carried out by the central administration of the University of Tübingen. Please send your application (including motivation letter, curriculum vitae, transcripts and certificates, and contact details of two academic references) via e-mail as a single PDF to Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! (subject: Post-Doc application (Machine Learning in Biomedicine)) by April 3rd.

pdf version of the announcement: http://mm.informatik.uni-tuebingen.de/wp-content/uploads/2018/03/Ausschreibung_PostDoc.pdf"

PhD-Stelle am ZBH [Universität Hamburg]

Ab dem 01.04.2018 ist vorbehaltlich der Bewilligung der Drittmittel in dem Projekt „Interactive Pocket Exploration“ die Stelle einer/eines wissenschaftlichen Mitarbeiterin/Mitarbeiters gemäß § 28 Abs. 3 HmbHG* zu besetzen. Die Vergütung erfolgt nach der Entgeltgruppe 13 TV-L. Die wöchentliche Arbeitszeit beträgt 26 Stunden. Die Befristung des Vertrages erfolgt auf der Grundlage von § 2 Wissenschaftszeitvertragsgesetz. Die Befristung ist vorgesehen für die Dauer von 3 Jahren. Die Universität strebt die Erhöhung des Anteils von Frauen am wissenschaftlichen Personal an und fordert deshalb qualifizierte Frauen nachdrücklich auf, sich zu bewerben. Frauen werden im Sinne des Hamburgischen Gleichstellungsgesetzes bei gleichwertiger Qualifikation vorrangig
berücksichtigt.

Aufgaben:
Die Aufgaben umfassen wissenschaftliche Dienstleistungen im o. g. Projekt. Außerhalb der Dienstaufgaben besteht Gelegenheit zur wissenschaftlichen Weiterbildung.

Aufgabengebiet:
Forschung und Entwicklung im Drittmittelprojekt "Interactive Pocket Exploration". Ziel des Projektes ist es, innovative Methoden für die indexbasierte Suche geometrischer Objekte für das strukturbasierte Wirkstoffdesign zu entwickeln und zu adaptieren. Die Anwendung erfolgt im Kontext der Entwicklung neuer pharmazeutischer Wirkstoffe. Entwickelte Konzepte sollen in einem Software-Prototyp auf der Basis von vorhandenen chemieinformatischen Softwarebibliotheken umgesetzt und in der Praxis mit erfahrenen Anwendern evaluiert werden. Bei diesem Projekt handelt es sich um eine Kooperation mit einem großen pharmazeutischen Unternehmen. Außerhalb der Arbeitszeit besteht die Möglichkeit zur Weiterqualifikation in Form einer Promotion in Informatik/Bioinformatik.

Einstellungsvoraussetzungen:
Abschluss eines den Aufgaben entsprechenden Hochschulstudiums. Studium der Bio- oder Chemieinformatik, der Chemie oder Pharmazie mit Schwerpunkt auf computerbasierte Methoden oder der Informatik mit Nebenfach Chemie (Abschluss mit forschungsorientiertem Master oder Hochschul-Diplom). Sehr gute Programmierkenntnisse und praktische Erfahrung in der Softwareentwicklung werden erwartet. Gute Kenntnisse in der Chemieinformatik, insbesondere im Kontext pharmazeutischer Forschung werden vorausgesetzt. Kenntnisse in struktureller Bioinformatik, Maschinellem Lernen und Algorithmik sind erwünscht.

Schwerbehinderte haben Vorrang vor gesetzlich nicht bevorrechtigten Bewerberinnen/ Bewerbern bei gleicher Eignung, Befähigung und fachlicher Leistung. Für nähere Informationen wenden Sie sich bitte an Prof. Dr. Matthias Rarey oder schauen Sie
im Internet unter http://www.zbh.uni-hamburg.de/service/stellen.html nach. Bitte senden Sie Ihre Bewerbung mit den üblichen Unterlagen (Bewerbungsschreiben, tabellarischer Lebenslauf, Hochschulabschluss) bis zum 13.03.2018 an:

Universität Hamburg
ZBH Zentrum für Bioinformatik
Prof. Dr. Matthias Rarey
Bundesstraße 43, 20146 Hamburg
Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!.

Postdoc position on alignment-free taxonomic classification in metagenomics [University of Montpellier, France]

The Methods and Algorithms for Bioinformatics (MAB) team at the computer science department of the University of Montpellier, France (the LIRMM) is looking for talented individuals to fill an 18-months postdoctoral position. The successful candidate will work on a novel and promising approach for the identification of the species behind the DNA found in an environmental sample. The originality of the approach lies in the application within evolutionary analyses of ideas from string algorithmics that avoid the computationally-intensive task of sequence alignment. A detailed description of the research project can be found here: https://sites.google.com/site/fabiopardi/postdocs.
 
The applicant should have a background in bioinformatics with an emphasis on algorithmic and software developments for biological sequence analysis and computational genomics. Previous research experience in one of the following topics in bioinformatics will be considered as an advantage: genome assembly, metagenomics, alignment-free sequence analysis, algorithms and data structures for biological strings, molecular evolution, computational phylogenetics. Regardless of her/his background, the applicant’s past research should show a strong motivation towards solving biologically-relevant problems in a rigorous way, using state-of-the-art techniques and/or developing novel methodologies. Good programming skills, as well as an ability for autonomous work, are essential.
 
Interested applicants should send a CV, and a brief description of research accomplishments and goals to F. Pardi (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!) and E. Rivals (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!). Applicants should have been awarded a Ph.D. within the last 4 years or should be graduating imminently. Successful candidates are required to start by 1 October 2018 at the latest. The salary for the position is about 2,200 euros net per month plus benefits.
 
A one-thousand-year-old city, Montpellier is a thriving research community with a multitude of research centers in life sciences. It is the fastest growing city in France where approximately one third of the population are students, and a great location for outdoor activities. The LIRMM is one of the most visible computer science laboratories in France.
 

PhD-Stelle Bioinformatik [LMU München]

Das Klinikum der Universität München ist eines der größten und leistungsfähigsten Universitätsklinika in Deutschland und Europa. 45 Fachkliniken, Abteilungen und Institute mit einer exzellenten Forschung und Lehre ermöglichen eine Patientenversorgung auf höchstem medizinischem Niveau. Hieran sind rund 10.000 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter beteiligt.
Die Abteilung für Infektions- und Tropenmedizin verfügt über eine der größten reisemedizinischen Ambulanzen Deutschlands mit ca. 400 Patienten und ca. 1500 reisemedizinischen Beratungen pro Monat.

Die AG Geldmacher / von Both an der Abteilung für Infektions- und Tropenmedizin und dem Dr. von Hauner’schen Kinderspital zusammen mit Frau Prof Friedel von der Lehr- und Forschungseinheit Bioinformatik am Institut für Informatik sucht zur Verstärkung des Teams ab sofort eine/n hochmotivierte(n)

PhD Kandidaten/in in Bioinformatics/Computational Biology

Ihr Aufgabenbereich:
Das Tropeninstitut sucht einen wissenschaftlichen Mitarbeiter/in für die Verstärkung der Arbeitsgruppe „Infektionsimmunologie“ (AG Geldmacher/von Both). Unsere Arbeitsgruppe ist spezialisiert auf internationale Studien in der klinischen Infektionsimmunologie mit besonderem Fokus auf die Charakterisierung der Immunantwort im Rahmen der Entwicklung neuartiger Tuberkulose Immundiagnostika (Portevin et al. 2014 The Lancet ID), Impfstoffstrategien (Bauer et al. 2017 JV) und der Grundlagenforschung (Geldmacher et al. J.Exp.Med 2010, von Both et al. 2018 Sci Rep). Hierbei stehen die Krankheitserreger Mycobacteria spp, HIV und HPV im Vordergrund.

Die Lehr- und Forschungseinheit Bioinformatik am Institut für Informatik befasst sich mit der Entwicklung neuer Algorithmen zur Analzse von “large-scale” experimentellen Datensaetzen, speziell für Aplikationen an next-generation sequencing (NGS)  Experimenten, wie z.B. RNA-seq, ChIP-seq oder ATAC-seq.

Das ausgeschriebene PhD Projekt wird die Bearbeitung, Analyse und Interpretation großer („large-scale“) next generation sequencing (NGS) Datensätze umfassen. Diese Daten stammen aus  Transkriptom und Genom-Studien sowie aus mikroskopischen Verfahren, bei denen es um die automatisierte Analyse entsprechenden Bildmaterials gehen wird. Sie werden bei der Implementierung entsprechender Analyse-Pipelines mitwirken und das Projekt von bioinformatischer Seite, unter Supervision von Prof. Friedel, bearbeiten. Darüber hinaus werden wir Sie in die Analyse und Interpretation der Ergebnisse und deren Publikation in wissenschaftlichen Journals mit einbinden.

Unsere Anforderungen:
- Master/Diplom in Bioinformatik, computational biology, Biostatistik oder einem vergleichbaren Fachgebiet.
- Erfahrung in der Anwendung und Programmierung zur Analyse von Next Generation Sequencing Datensätzen.
- Umfassende Erfahrung im Umgang mit R, Linux/Unix OS und cluster computing
- Erfahrungen im Umgang mit Bildverarbeitungsprogrammen (z.B.. ImageJ, CellProfiler, Ilastik) waere vorteilhaft.

Unser Angebot:
Wir bieten eine Vollzeit-PhD (100%) Position zum Abschluss als Dr. rer nat. in einem vielseitigen und internationalen Betätigungsfeld sowie einem interdisziplinären Team an, das aus Wissenschftlern, Ärzten, Biologen und Bioinformatikern im Bereich der klinischen Infektionsimmunologie besteht. Unser junges Forschungsteam ist hochmotiviert, arbeitet in flachen Hierarchien und ist international besetzt. Es bestehen viele internationale Kollaborationen auf dem Gebiet „Infection & Immunity".

München ist eine internationale und forschungsstarke Metropole in Deutschlands Süd-Osten und bietet eine hohe Lebensqualität mit vielen „outdoor activities" durch die Alpennähe, also eine ideale Umgebung für Sie und ggf. Ihre Familie. Vergütung erfolgt nach TV-ÖD. Bei Rückfragen erreichen Sie uns per E-Mail
Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! oder telefonisch unter (089) 2180 17601.

Schwerbehinderte Bewerber/innen werden bei ansonsten im Wesentlichen gleicher Eignung bevorzugt. Vorstellungskosten können leider nicht erstattet werden. Für weitere Informationen wenden Sie sich bitte an
Ihre Bewerbung per Email richten Sie bitte zeitnah an: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Post-Doc-Stelle Bioinformatik [LMU München]

Das Klinikum der Universität München ist eines der größten und leistungsfähigsten Universitätsklinika in Deutschland und Europa. 45 Fachkliniken, Abteilungen und Institute mit einer exzellenten Forschung und Lehre ermöglichen eine Patientenversorgung auf höchstem medizinischem Niveau. Hieran sind rund 10.000 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter beteiligt.
Die Abteilung für Infektions- und Tropenmedizin verfügt über eine der größten reisemedizinischen Ambulanzen Deutschlands mit ca. 400 Patienten und ca. 1500 reisemedizinischen Beratungen pro Monat.

Die AG Geldmacher / von Both an der Abteilung für Infektions- und Tropenmedizin und dem Dr. von Hauner’schen Kinderspital zusammen mit Frau Prof Friedel von der Lehr- und Forschungseinheit Bioinformatik am Institut für Informatik sucht zur Verstärkung des Teams ab sofort eine/n hochmotivierte(n)

Bioinformatiker/in als wissenschaftlichen Mitarbeiter

Ihr Aufgabenbereich:
Das Tropeninstitut sucht einen wissenschaftlichen Mitarbeiter/in für die Verstärkung der Arbeitsgruppe „Infektionsimmunologie“ (AG Geldmacher/von Both). Unsere Arbeitsgruppe ist spezialisiert auf internationale Studien in der klinischen Infektionsimmunologie mit besonderem Fokus auf die Charakterisierung der Immunantwort im Rahmen der Entwicklung neuartiger Tuberkulose Immundiagnostika (Portevin et al. 2014 The Lancet ID), Impfstoffstrategien (Bauer et al. 2017 JV) und der Grundlagenforschung (Geldmacher et al. J.Exp.Med 2010, von Both et al. 2018 Sci Rep). Hierbei stehen die Krankheitserreger Mycobacteria spp, HIV und HPV im Vordergrund.

Die Lehr- und Forschungseinheit Bioinformatik am Institut für Informatik befasst sich mit der Entwicklung neuer Algorithmen zur Analzse von “large-scale” experimentellen Datensaetzen, speziell für Aplikationen an next-generation sequencing (NGS)  Experimenten, wie z.B. RNA-seq, ChIP-seq oder ATAC-seq.

In diesem konzeptionellen Umfeld suchen wir zum Aufbau unserer Bioinformatischen Kapazitäten einen wissenschaftlichen Mitarbeiter/in (Post-Doc Level). Die anfallenden Aufgaben umfassen primär die Analyse und Interpretation von großen Datensätzen (u.a. NGS, RNA Expressionsanalysen (RNAseq), Durchflusszytometrie), sowie die Betreuung internationaler PhD und Master Studenten und die Mitarbeit an wissenschaftlichen Publikationen.

Unsere Anforderungen:
- Master oder PhD oder vergleichbaren Abschluss in Bioinformatik, Biostatistik, oder einem vergleichbaren Fachgebiet.
- Erfahrung in der Anwendung und Programmierung zur Analyse von Next Generation Sequencing Datensätzen.
- Umfassende Erfahrung im Umgang mit R, Linux/Unix OS und cluster computing
- Fähigkeit zur eigenständigen Leitung bioinformatischer Projekte wäre wünschenswert
- Erfahrungen im Umgang mit Bildverarbeitungsprogrammen (z.B.. ImageJ, CellProfiler, Ilastik) waere vorteilhaft.

Unser Angebot:
Wir bieten ein vielseitiges und internationales Betätigungsfeld in einem interdisziplinären Team aus Wissenschftlern, Ärzten, Biologen und Bioinformatikern im Bereich der klinischen Infektionsimmunologie. Unser junges Forschungsteam ist hochmotiviert, arbeitet in flachen Hierarchien und ist international besetzt. Es bestehen viele internationale Kollaborationen auf dem Gebiet „Infection & Immunity".

München ist eine internationale und forschungsstarke Metropole in Deutschlands Süd-Osten und bietet eine hohe Lebensqualität mit vielen „outdoor activities" durch die Alpennähe, also eine ideale Umgebung für Sie und ggf. Ihre Familie. Vergütung erfolgt nach TV-ÖD. Bei Rückfragen erreichen Sie uns per E-Mail
Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! oder telefonisch unter (089) 2180 17601.

Schwerbehinderte Bewerber/innen werden bei ansonsten im Wesentlichen gleicher Eignung bevorzugt. Vorstellungskosten können leider nicht erstattet werden. Für weitere Informationen wenden Sie sich bitte an
Ihre Bewerbung per Email richten Sie bitte zeitnah an: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Doktorandenstelle Software Qualitätssicherung in Göttingen

Am Institut für Informatik der Fakultät für Mathematik und Informatik der Georg-August-Universität Göttingen ist zum nächstmöglichen Zeitpunkt die Stelle einer/eines

wissenschaftlichen Mitarbeiterin/wissenschaftlichen Mitarbeiters

mit 50 % der regelmäßigen wöchentlichen Arbeitszeit (zzt. 19,9 Stunden/Woche) befristet für die Dauer von 3 Jahren zu besetzen. Die Entgeltzahlung erfolgt nach Entgeltgruppe 13 TV-L.

Ihre Aufgaben
• Sie arbeiten in einem Verbundprojekt mit der Universität Greifswald an der Weiterentwicklung des Werkzeugs AUGUSTUS zur Annotation von Genomen.
• Sie forschen im Bereich der Software Qualitätssicherung, insbesondere von Software für maschinelles Lernen.

Ihr Profil
• Sie haben ein überdurchschnittlich abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium in einem relevanten Gebiet, vorzugsweise der Informatik.
• Sie verfügen über gute Programmierkenntnisse (bevorzugt in C++), sowie Erfahrungen mit Softwaretechnik. Wünschenswert sind Vorkenntnisse in den Bereichen Multiprocessing, Softwaretesten, Debian Packeterstellung, Windows Installern, DevOps Technologien und des maschinellen Lernens.
• Sie haben bereits in der Bioinformatik gearbeitet oder Interesse an der Arbeit mit biologischen Daten.
• Sie beherrschen die englische Sprache in Wort und Schrift.
• Sie sind engagiert und haben Freude am wissenschaftlichen Arbeiten im Team.

Die Stelle soll der Qualifizierung des wissenschaftlichen Nachwuchses dienen und bietet die Möglichkeit zur Promotion. Eine Aufstockung der Stelle auf 100 % der regelmäßigen wöchentlichen Arbeitszeit (zzt. 39,8 Stunden/Woche) ist angestrebt.

Die Universität Göttingen strebt in den Bereichen, in denen Frauen unterrepräsentiert sind, eine Erhöhung des Frauenanteils an und fordert daher qualifizierte Frauen nachdrücklich zur Bewerbung auf. Sie versteht sich als familienfreundliche Hochschule und fördert die Vereinbarkeit von Wissenschaft/Beruf und Familie. Die Universität hat sich zum Ziel gesetzt, mehr schwerbehinderte Menschen zu beschäftigen. Bewerbungen Schwerbehinderter erhalten bei gleicher Qualifikation den Vorzug.

Bewerbungen mit den üblichen Unterlagen reichen Sie bis zum 28.02.2018 ausschließlich über das Online-Bewerberportal unter https://lotus2.gwdg.de/uni/uzdv/perso/knr_100310.nsf ein.

Für Rückfragen steht Ihnen Herr Steffen Herbold, Telefon: 0551 / 39 172037, E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! zur Verfügung.

Links: http://www.uni-goettingen.de/de/305402.html?cid=100310

Softwareentwicklung in Genomannotation in Greifswald

Am Institut für Mathematik und Informatik der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät der Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald ist vorbehaltlich der Mittelbewilligung zum nächstmöglichen Zeitpunkt, befristet für die Dauer von 3 Jahren, die Stelle einer/eines teilzeitbeschäftigten (50 v.H.)

wissenschaftlichen Mitarbeiterin/Mitarbeiters

zu besetzen. Die Vergütung erfolgt nach Entgeltgruppe 13 TV-L Wissenschaft.

Die Arbeitsgruppe von Prof. Dr. Mario Stanke entwickelt das Bioinformatik-Werkzeug AUGUSTUS, das Gene und ihre Exon-Intron-Struktur in neu sequenzierten Genomen findet. AUGUSTUS ist für die Genomannotation weit verbreitet, obwohl Defizite bei der Usability die effektive und optimale Anwendung durch eine diverse Nutzerschaft erschweren. Die ausgeschriebene Stelle ist in einem DFG-Projekt angesiedelt, das die Verbesserung der Benutzerfreundlichkeit von AUGUSTUS sowohl für Endnutzer, die nur wenige Genome annotieren, als auch für Bioinformatiker, die AUGUSTUS in andere Software integrieren wollen, zum Ziel hat. Eine Ergänzung der Finanzierung mit weiteren Mitteln und die Promotion werden angestrebt.

Arbeitsaufgaben:
Der/Die Stelleninhaber/in soll helfen, die Usability von AUGUSTUS zu verbessern, etwa mit der Implementation eines Repositoriums, bei dem Nutzer Parameter miteinander teilen können, oder durch das Zusammenstellen einer automatisierten Pipeline. Er/ Sie wird dabei unterstützt von einem Softwareingenieur, der am selben Projekt arbeiten wird.

Einstellungsvoraussetzungen:
Einstellungsvoraussetzung ist ein Master of Science oder Diplom in Bioinformatik, Biomathematik, Informatik, Mathematik oder auf einem verwandten Gebiet. Der/Die Kandidat/in muss ferner Erfahrung in der Softwareentwicklung und in der Implementation von effizienten Algorithmen für große Datenmengen haben. Insbesondere wird Erfahrung in C++ in einer Linux-Umgebung erwartet.

Die Universität will eine Erhöhung des Frauenanteils dort erreichen, wo Frauen unterrepräsentiert sind, und deshalb sind Bewerbungen von Frauen besonders willkommen und werden bei gleichwertiger Qualifikation vorrangig berücksichtigt, sofern nicht in der Person eines Mitbewerbers liegende Gründe überwiegen.

Schwerbehinderte werden bei gleicher Eignung bevorzugt berücksichtigt.
Diese Ausschreibung richtet sich an alle Personen unabhängig von ihrem Geschlecht.

Gemäß § 68 Abs. 3 PersVG M-V erfolgt die Beteiligung des Personalrats in Personalangelegenheiten des wissenschaftlichen/künstlerischen Personals nur auf Antrag.

Bitte reichen Sie im Rahmen Ihrer Bewerbung ausschließlich Kopien ein. Bewerbungsunterlagen können leider nicht zurückgesandt werden. Bewerbungskosten werden vom Land Mecklenburg-Vorpommern leider nicht übernommen.

Bewerbungen mit den üblichen Unterlagen sind vorzugsweise per E-Mail (eine pdf-Datei) unter Angabe der Ausschreibungsnummer 18/Sa06 bis zum 28.02.2018 zu richten an:

Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald
Institut für Mathematik und Informatik
Herrn Prof. Dr. Mario Stanke
Walther-Rathenau-Str. 47
17489 Greifswald 

E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Links: https://www.uni-greifswald.de/en/university/information/jobs/current-vacancies/wissenschaftliches-personal/institute-of-mathematics-and-computer-science-18sa06

PhD position in Bioinformatics group of Prof. Meyer, Berlin

Research in the Meyer group is focused on discovering new mechanisms of
transcriptome regulation in diverse biological settings. We have a particular interest in regulatory mechanisms mediated by RNA-structures and trans RNA-RNA interactions. To this end, we develop and apply new computational methods, algorithms and analysis pipelines to analyse large-scale data sets (e.g. RNA-seq). We develop machine learning techniques, phylogenetic models and a range of probabilistic methods to tackle exciting, fundamental questions in biology. We work in close collaboration with several experimental research groups to investigate biological systems ranging from differentiating stem cells to cells during virus-infection and expect to engage in single-cell studies in the near future.

Our group is part of the Berlin Institute for Medical Systems Biology (BIMSB) of the the Max-Delbruck Centre for Molecular Medicine in Berlin, Germany, which combines state-of-the-art high-throughput technologies with Bioinformatics, molecular biology, biochemistry and engineering to gain acomprehensive and fundamental understanding of different biological systems.

We are looking for an enthusiastic and ambitious new team member who combinesstrong skills in computational method development with a keen desire to investigate exciting biological systems. Key attributes sought are the ability to work alone and as part of a team, excellent attention to detail, solid problem solving skills, and the desire to learn and improve. Furthermore, you should demonstrate your ability to communicate both biological and computational ideas (orally and in writing) and time management to deadlines. The successful applicants will join us in the new BIMSB building in the centre of Berlin, Germany.

Requirements

Essential:
- proficiency in object-oriented programming (C++, Java) and developing software in a
  Unix-based environment
- solid background in and high enthusiasm for computational method development
- solid background in machine learning, statistics and programming in R
- ability to write, understand and maintain complex code
- keen interest in investigating biological systems
- excellent communication skills (oral and written) in English

Desired:
- previous experience of processing and analysing NGS data sets
- prior expertise with investigated biological systems (e.g. stem cells, virus infections)
- familiarity with compute clusters and software development tools

Certificates:
- MSc in Computer Science, Bioinformatics, Genetics or related fields
  (including Statistics, Bioengineering, Physics, Mathematics, Biochemistry)

Salary
Re-numeration according to German TVoeD (Bund/Ost) E13 (50% in first year, 65% in subsequent years).

Application Deadline
Sunday, 25. February 2018

Start Date
as soon as possible

Limitation
The position is initially offered for 3 years, with the possibility for a further extension.


For further information, contact Irmtraud Meyer (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!).

How to apply:
(1) Please submit your complete application as a single pdf-file by email to Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! using subject line “Reg.-Nr. 10920/2018” including
•    cover letter
•    CV
•    complete set of university certificates and transcripts
•    names and contact details of 3 referees
(2) Please get 3 letters of recommendation to be sent directly using subject line “Reg.-Nr. 10920/2018” to Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! by the application deadline.

The MDC is an equal opportunity employer and supports gender equality.

Links:

Meyer group: www.mdc-berlin.de/meyer

web-server: www.e-rna.org


Post-doc position in Bioinformatics group of Prof. Meyer, Berlin

Research in the Meyer group is focused on discovering new mechanisms of
transcriptome regulation in diverse biological settings. We have a particular interest in regulatory mechanisms mediated by RNA-structures and trans RNA-RNA interactions. To this end, we develop and apply new computational methods, algorithms and analysis pipelines to analyse large-scale data sets (e.g. RNA-seq). We develop machine learning techniques, phylogenetic models and a range of probabilistic methods to tackle exciting, fundamental questions in biology. We work in close collaboration with several experimental research groups to investigate biological systems ranging from differentiating stem cells to cells during virus-infection and expect to engage in single-cell studies in the near future.

Our group is part of the Berlin Institute for Medical Systems Biology (BIMSB) of the the Max-Delbruck Centre for Molecular Medicine in Berlin, Germany, which combines state-of-the-art high-throughput technologies with Bioinformatics, molecular biology, biochemistry and engineering to gain a comprehensive and fundamental understanding of different biological systems.

We are looking for an enthusiastic and ambitious new team member who combines strong skills in computational method development with a keen desire to investigate exciting biological systems. Key attributes sought are the ability to work alone and as part of a team, excellent attention to detail, solid problem solving skills, and the desire to learn and improve. Furthermore, you should demonstrate your ability to communicate both biological and computational ideas (orally and in writing) and time management to deadlines. The successful applicants will join us in the new BIMSB building in the centre of Berlin, Germany.

Requirements

Essential:
- proficiency in object-oriented programming (C++, Java) and developing software in a
  Unix-based environment
- solid background in and high enthusiasm for computational method development
- solid background in machine learning, statistics and programming in R
- ability to write, understand and maintain complex code
- keen interest in investigating biological systems
- excellent communication skills (oral and written) in English
- previous experience of processing and analysing NGS data sets

Desired:
- prior expertise with investigated biological systems (e.g. stem cells, virus infections)
- familiarity with compute clusters and software development tools

Certificates:
- PhD in Computer Science, Bioinformatics, Genetics or related fields
  (including Statistics, Bioengineering, Physics, Mathematics, Biochemistry)

Salary
Re-numeration according to German TVoeD (Bund/Ost) E13, depending on qualification and experience.

Application Deadline
Sunday, 25. February 2018

Start Date
as soon as possible

Limitation
The position is initially offered for 2 years.

For further information, contact Irmtraud Meyer (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!).

How to apply:

(1) Please submit your application as a single pdf-file by email using subject line “ Reg.-Nr. 10921/2018” to Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! including
•    cover letter
•    CV
•    complete set of university certificates and transcripts
•    names and contact details of 3 referees
(2) Please get 3 letters of recommendation to be sent directly using subject line “Reg.-Nr. 10921/2018” to Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! by the application deadline.

The MDC is an equal opportunity employer and supports gender equality.

Links:

Meyer group: www.mdc-berlin.de/meyer

web-server: www.e-rna.org

Senior Bioinformatics Scientist (m/f) Genome Informatics [Molecular Health GmBH]

We are seeking for our headquarter in Heidelberg a highly motivated

Senior Bioinformatics Scientist (m/f) Genome Informatics

As a member of the Genome Informatics group, you will be responsible for the integration and analysis of data sets from oncology and publication of scientific results. Your tasks will include the evaluation and development of algorithms to analyze data from next-generation sequencing (NGS), up to and including the detection of sequence variations such as, SNVs, indels, and CNVs. In this regard, you will plan and lead projects resulting in scientific publications, conference posters, and marketing material of outstanding quality.

Your skills and qualifications
    • PhD in computational biology, bioinformatics, or related field
    • Several years’ experience with NGS data
    • Up to date with current research
    • Proven excellence in research productivity with numerous peer-reviewed publications and presentations
    • Profound knowledge of NGS algorithms and software
    • Strong proficiency in object-oriented programming (e.g., Python)
    • Work experience in industry is considered as a plus
    • Fluent in English and German (written and spoken)
    • Able to work independently, and are dependable, focused, and team-oriented

We offer
    • An innovative, exciting international company interesting for employees who have the ability to think outside the box and who want to make a difference and strike out in a new direction
    • A challenging, stimulating scientific and professional environment with a focus on innovation and on the continuous development of our company
    • A modern working environment in a new office building with the latest (technical) equipment
    • A multicultural team and attractive company events, together with an open culture of trust
    • Excellent location in the center of Heidelberg
    • Opportunities for personal development in a rapidly growing, global company
    • Competitive compensation and attractive benefits package, flexible working models

Take the first step and join us! We are looking forward to receiving your complete application, in English or German, including your salary expectations and earliest start date. Please send it to Thorsten Vogt at Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!.