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Stellenangebote

Working Student in Genome Informatics (m/f) [Molecular Health GmBH]

We are seeking for our headquarter in Heidelberg a highly motivated

Working Student in Genome Informatics (m/f)

As a member of the Genome Informatics group, you will be responsible for the application and further development of computational pipelines for statistical validation of our products. You will support the team with maintenance of software and its application to data sets from genomics.
          
Your skills and qualifications
    • Current Master student with a Bachelor Degree in computational biology, bioinformatics, or related field
    • Up to date with current research
    • Understanding of standard statistical concepts and methods
    • Good understanding of NGS algorithms and software
    • Good skills in object-oriented programming (preferable in Python, R and/or C/C++)
    • Fluent in English or German (written and spoken)
    • Willingness to learn, ability to work independently, focused, and team-oriented
We offer
    • An innovative, exciting international company interesting for employees who have the ability to think outside the box and who want to make a difference and strike out in a new direction
    • A challenging, stimulating scientific and professional environment with a focus on innovation and on the continuous development of our company
    • A modern working environment in a new office building with the latest (technical) equipment
    • A multicultural team and attractive company events, together with an open culture of trust
    • Excellent location in the center of Heidelberg
    • Opportunities for personal development in a rapidly growing, global company

Take the first step and join us! We are looking forward to receiving your complete application, in English or German, including your earliest start date. Please send it to Thorsten Vogt at Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!.

2 PostDoc positions in Bioinformatics in Freiburg

The Freiburg Galaxy Team works on software development for biomedical high-throughput sequencing data. We currently have open positions on different projects varying from programming to applied data analysis.

Ideal candidates have a PhD in informatics, computational biology or bioinformatics, a strong proficiency in UNIX, Python and JS, and proficiency in software development. A strong background in HTS data analysis and/or RNA research, and interest in new technologies (containers) is desired. Candidates must have excellent verbal and written communication skills (English).

We offer the chance to work with leading, cutting edge technologies both in IT and computational biology and give you the opportunity to broaden your skills using open source technologies within a bioinformatics context. The university offers the development of professional and personal skills and the chance to work in one of the highest ranked scientific research organizations in the world. Come and join our team and contribute to this joint effort and work in a young and international environment.

Positions are for initially 2 years. The salary will be determined in accordance with TVL-E13 (100 %).

Please send your application including a motivation letter, CV, certificates, and 3 references latest until 15.2.2018 via email to Anika Erxleben (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!)

Further information:
http://www.bioinf.uni-freiburg.de
https://usegalaxy.eu

 

Wissenschaftlichen Mitarbeiterin/Mitarbeiter im Bereich Bioimaging [Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg]

Vollzeitbeschäftigung (100 %), Vergütung bis zu 13 TV-L

Die Arbeitsgruppe Mustererkennung und Bioinformatik an der 
Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg sucht eine/einen Wissenschaftlichen 
Mitarbeiterin/Mitarbeiters im Bereich des Bioimaging.
Die Gruppe am Institut für Informatik ist eingebettet in eine facettenreiche
Forschungsumgebung mit inner- und ausseruniversitären Instituten
(z.B. Biologie, Agrarwissenschaften, Institut für Pflanzenbiochemie, 
Deutsches Zentrum für integrative Biodiversitätsforschung).

Mit der Stelle ist auch Lehrtätigkeit in Detusch in den Studiengängen Bioinformatik und
Informatik verbunden.

Voraussetzungen:

- Abgeschlossenes Hochschulstudium im Bereich Bioinformatik, ev. Informatik, Mathematik, o.ä.
- Sehr gute Kenntnisse im Bereich Bildverarbeitung, insbesondere Bioimaging
- Bereitschaft zur Weiterqualifikation (Promotion)

Arbeitsaufgaben:

- Forschungstätigkeit auf dem Gebiet Bioinformatik/Mustererkennung, insbesondere Bioimaging
- Lehrtätigkeit in den Studiengängen Informatik und Bioinformatik im Bereich
Bioinformatik/Mustererkennung/Bioimaging, Durchführung von Übungen und Praktika, Mitbetreuung von Abschlussarbeiten 


Nähere Auskünfte erhalten Sie von Herrn Prof. Dr. Stefan Posch, E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!, Tel 49 345 55-24728

Ihre Bewerbung richten Sie bitte unter Angabe der Reg.-Nr. 5-11091/17-H mit den üblichen Unterlagen
bis zum 28.02.2018 an die Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik,
Herrn Prof. Dr. Stefan Posch, 06099 Halle (Saale).
Eine elektronische Bewerbung ist erwünscht an: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Siehe auch den <a href="">offiziellen Ausschreibungstext</a> (Vollzeitbeschäftigung (100 %), Vergütung bis zu 13 TV-L

Die Arbeitsgruppe Mustererkennung und Bioinformatik an der 
Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg sucht eine/einen Wissenschaftlichen 
Mitarbeiterin/Mitarbeiters im Bereich des Bioimaging.
Die Gruppe am Institut für Informatik ist eingebettet in eine facettenreiche
Forschungsumgebung mit inner- und ausseruniversitären Instituten
(z.B. Biologie, Agrarwissenschaften, Institut für Pflanzenbiochemie, 
Deutsches Zentrum für integrative Biodiversitätsforschung).

Mit der Stelle ist auch Lehrtätigkeit in Detusch in den Studiengängen Bioinformatik und
Informatik verbunden.

Voraussetzungen:

- Abgeschlossenes Hochschulstudium im Bereich Bioinformatik, ev. Informatik, Mathematik, o.ä.
- Sehr gute Kenntnisse im Bereich Bildverarbeitung, insbesondere Bioimaging
- Bereitschaft zur Weiterqualifikation (Promotion)

Arbeitsaufgaben:

- Forschungstätigkeit auf dem Gebiet Bioinformatik/Mustererkennung, insbesondere Bioimaging
- Lehrtätigkeit in den Studiengängen Informatik und Bioinformatik im Bereich
Bioinformatik/Mustererkennung/Bioimaging, Durchführung von Übungen und Praktika, Mitbetreuung von Abschlussarbeiten 


Nähere Auskünfte erhalten Sie von Herrn Prof. Dr. Stefan Posch, E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!, Tel 49 345 55-24728

Ihre Bewerbung richten Sie bitte unter Angabe der Reg.-Nr. 5-11091/17-H mit den üblichen Unterlagen
bis zum 28.02.2018 an die Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik,
Herrn Prof. Dr. Stefan Posch, 06099 Halle (Saale).
Eine elektronische Bewerbung ist erwünscht an: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Siehe auch den offiziellen Ausschreibungstext (http://www.verwaltung.uni-halle.de/dezern3/Ausschr/18_017.pdf)

Wissenschaftlicher Mitarbeiter (w/m) im Bereich Bioinformatik [Westfälische Wilhelms-Universität, Kennziffer 01694]

Wir suchen:

 

Im Rahmen der DFG-geförderten klinischen Forschergruppe "Male Germ Cells" am Institut für Medizinische Informatik der Westfälischen Wilhelms-Universität (Direktor: Prof. Dr. Martin Dugas) zum nächstmöglichen Zeitpunkt zunächst befristet auf 3 Jahre mit der Möglichkeit der Verlängerung einen

 

Wissenschaftlicher Mitarbeiter (w/m) im Bereich Bioinformatik
Kennziffer 01694

 

vollzeitbeschäftigt mit 38,5 Wochenstunden 
Verg.  je nach Qualifikation und Aufgabenübertragung bis zu TV-L E 14

 

In dem Teilprojekt „Male Germ Cells: from Genes to Function“ beschäftigen sich Wissenschaftler aus sieben verschiedenen Kliniken und Einrichtungen der Universität Münster mit den Ursachen zur Infertilität des Mannes. Ziel ist es, die Zahl der Männer ohne Diagnose für ihre Unfruchtbarkeit zu halbieren.
In Zusammenarbeit mit dem Institut für Humangenetik (Prof. Dr. Frank Tüttelmann) sollen mit Hilfe bioinformatischer Methoden genetische Unterschiede und deren Auswirkungen auf die Zeugungsfähigkeit untersucht werden. Ein Workflow zur integrierten Analyse von OMICs-Daten soll implementiert werden. Weitere Informationen zum Projekt sind zu finden unter:
http://male-germ-cells.de

 

Ihr Profil:

 

  • Abgeschlossenes Hochschulstudium der Bioinformatik, Medizinischen Informatik, Mathematik oder Statistik
  • Interesse für Auswertung genomischer Daten
  • Idealerweise Erfahrung mit „Next Generation Sequencing Data“-Analysen
  • Sehr gute Programmierkenntnisse in mind. einer Sprache (R und/oder Java)
  • Sehr gute Englischkenntnisse
  • Verantwortungsbewusstes, kollegiales und ergebnisorientiertes Arbeiten
  • Hohe Motivation und Leistungsbereitschaft

 

Wir bieten Ihnen einen attraktiven, anspruchsvollen Arbeitsplatz in einem aufgeschlossenen, interdisziplinären Team sowie eine sehr gute Arbeitsatmosphäre. Bei Vorliegen der entsprechenden Voraussetzungen besteht die Möglichkeit zur Promotion bzw. Habilitation.

 

Weitere Informationen zum Institut für Medizinische Informatik (IMI) finden Sie unter:
http://imi.uni-muenster.de.

 

Bei Rückfragen wenden Sie sich bitte an:
Herrn Prof. Martin Dugas, Tel.: 0251 83-55261 (
martin.dugas(at)­ukmuenster(dot)­de) oder an Herrn Prof. Frank Tüttelmann, Tel.: 0251 83-55411 (frank.tuettelmann(at)­ukmuenster(dot)­de).

 

Wir freuen uns auf Ihre Bewerbung und bitten Sie, diese unter Angabe der Kennziffer bis zum 08.02.2018 an die Verwaltung des Universitätsklinikums Münster, Albert-Schweitzer-Campus 1, Gebäude D5, 48149 Münster oder bewerbung(at)­ukmuenster(dot)­de zu senden.

 

Das UKM unterstützt die Vereinbarkeit von Beruf und Familie und ist daher seit 2010 als familienbewusstes Unternehmen zertifiziert. Es besteht grundsätzlich die Möglichkeit der Teilzeitbeschäftigung. Die Bewerbung von Frauen wird begrüßt; im Rahmen der gesetzlichen Vorschriften werden Frauen bevorzugt eingestellt. Schwerbehinderte werden bei gleicher Eignung besonders berücksichtigt.

Links http://klinikum.uni-muenster.de/index.php?id=3290&tx_ttnews%5Btt_news%5D=7738&cHash=78948aaae8ef8a81fd82bab6928cdd47

Project Manager - Heidelberg Center for Human Bioinformatics (HD-HuB)

 

Location:

Heidelberg, Germany

Staff Category:

Staff Member

Contract Duration:

2 years (part-time)

Grading:

5

Closing Date:

31 January 2018

Reference Number:

HD_01222

Job Description

The European Molecular Biology Laboratory (EMBL) is one of the highest ranked scientific research organisations in the world. The Headquarters Laboratory is located in Heidelberg (Germany), with additional sites in Barcelona (Spain), Grenoble (France), Hamburg (Germany), Hinxton near Cambridge (UK), Rome (Italy).

 

The Bork Group and Zeller Team are seeking a project manager to coordinate joint activities between several research groups at EMBL, the German Cancer Research Center DKFZ and Heidelberg University towards bioinformatics service provision in an inter-institutional centre called HD-HuB. HD-HuB is committed to establishing a high-quality service platform in human bioinformatics which comprises software tools, analysis pipelines, cloud infrastructures and training courses on general and application-specific bioinformatics skills. HD-HuB is part of the German network for bioinformatics infrastructure (de.NBI) and the European ELIXIR network.

The postholder will:

  • establish personal interactions with scientists and bioinformaticians from EMBL research groups (Bork, Zeller, Huber, Korbel) and HD-HuB partners from DKFZ and HD University and coordinate local activities with scientific and administrative personnel from the de.NBI and ELIXIR networks;

  • support the management of HD-HuB with planning, reporting, outreach and communication activities;

  • proactively coordinate with various stakeholders (consortium partners, de.NBI administration, funding bodies) and execute his/her tasks in a careful, independent and forward-looking manner;

  • help to maintain shared project documentation and support (also financial) grant reporting;

  • plan and organize training courses, workshops and other events;

  • contribute to content maintenance of the HD-HuB web portal;

  • actively take part in initiatives seeking to acquire funding for sustained bioinformatics service provision.

This position is ideally suited for an applicant who:

  • likes to make a distinct contribution to planning and execution of cutting edge bioinformatics projects by written, visual and verbal communication and coordination of activities across research groups and institutions;

  • thinks strategically while steering day-to-day activities towards the common goal of providing world-class bioinformatics service;

  • enjoys networking with researchers from various areas within computational biology;

  • is looking for a part-time position with diverse responsibilities in a young dynamic team immersed in EMBL’s collaborative, interdisciplinary, and culturally diverse research environment.

Qualifications and Experience

Essential qualifications:

  • MSc in computational biology, bioinformatics, computer science, biology or a related field. Further research experience (e.g. PhD) is considered a plus;

  • excellent interpersonal and communication skills as well as proficiency in English and German (both written and verbal);

  • effective organizational, multi-tasking and time-management skills with prior experience in organizing courses, workshops or conferences and/or in managing larger collaborative research projects (or similar);

  • experience in grant writing and reporting (including budgeting aspects);

  • strong working knowledge of MS Office.

 Optional qualifications:

  • formal qualifications and/or work experience in scientific project management are considered a strong advantage;

  • experience with content management systems and/or basic web development skills

  • visual communication skills. 

Application Instructions

Please apply online through www.embl.org/jobs

Additional Information

Fur more information, contact: Georg Zeller (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!)  

 

EMBL is an inclusive, equal opportunity employer offering attractive conditions and benefits appropriate to an international research organisation with a very collegial and family friendly working environment. The remuneration package comprise a competitive salary, a comprehensive pension scheme, medical, educational and other social benefits, as well as financial support for relocation and installation, including your family.


Please note that appointments on fixed term contracts can be renewed, depending on circumstances at the time of the review.

 

 

 

Wissenschaftliche Mitarbeiterin oder wissenschaftlicher Mitarbeiter im Bereich Bioinformatik [Tierärztliche Hochschule Hannover]

Am Institut für Tierzucht und Vererbungsforschung der Tierärztlichen Hochschule Hannover sind ab dem 01. März 2018 zwei Stellen als

wissenschaftliche Mitarbeiterin oder wissenschaftlicher Mitarbeiter im Bereich Bioinformatik

mit 50% der vollen Arbeitszeit zu besetzen. Die Stellen sind auf drei Jahre befristet. Die Anfertigung einer Promotion wird ausdrücklich erwünscht.

Aufgaben sind die die Mitarbeit in den Forschungs- und Lehraktivitäten der Arbeitsgruppe „Genomics and Bioinformatics of Infectious Diseases“. Dazu zählen vor allem die Weiterentwicklung von bioinformatischen Methoden für die Analyse von High-Throughput-Sequenzdaten und High-Throughput-Genexpressionsdaten (NGS-, Microarrays-Daten) aus dem Bereich der Infektionsforschung. Darüberhinaus sollen die Stelleninhaber in den weiteren Lehrveranstaltungen des Instituts mitwirken.

Voraussetzung für eine Bewerbung ist ein abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium in Bioinformatik, Biostatistik, Molekularbiologie oder einem vergleichbaren Fach. Darüberhinaus werden Kenntnisse in Scriptsprachen zur Anwendung unter Linux und in der Programmierumgebung R erwartet.

Die Vergütung erfolgt nach E 13 TV-L.

Schwerbehinderte Bewerberinnen und Bewerber werden bei gleicher Eignung vorrangig berücksichtigt.

Aussagekräftige Bewerbungen werden per E-Mail (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!) bis spätestens 11.02.2018 erbeten an Herrn Prof. Dr. Klaus Jung, Institut für Tierzucht und Vererbungsforschungs, Tierärztliche Hochschule Hannover.

A PhD Candidate in Structural Bioinformatics/Computer-Aided Drug Design

The in silico toxicology and structural bioinformatics group, Charité – Berlin, is looking for:

A PhD Candidate in Structural Bioinformatics/Computer-Aided Drug Design

The in silico toxicology and structural bioinformatics group (AG Volkamer) at the Institute of Physiology, Charité Universitätsmedizin Berlin, is searching for a PhD candidate starting as soon as possible (1.2.2018). We are a young, energetic and interdisciplinary research group with focus on development of structure-based methods for computer-aided drug design and risk assessment. We are especially interested in the computer-aided prediction of on- and off-target effects considering ligand- and structure-based structural and physicochemical properties. The developed methods are applied for rational design of more selective and less toxic substances, especially in the context of cancer research.

Research topic
How to probe and validate a potential pathway or target remains one of the key questions in basic research in life sciences. Often these investigations lack suitable chemical tool compounds for the elucidation of the function of a specific protein. We aim to provide a novel computational workbench to help the identification of such tool compounds. In this context, we offer a 3-year DFG-funded PhD position working on an exciting computer-aided drug design project with focus on binding site similarity using the ever-growing amount of available protein structures.

Requirements
The PhD candidate has (or will receive in the near future) a master’s degree in life sciences, e.g., bioinformatics, (bio)pharmaceutical and computer sciences, or equivalent with excellent scientific degree. The candidate should have good multidisciplinary team working and communication skills. Affinity with computational sciences (especially programming skills) and structural bioinformatics, experience with UNIX/Linux operating systems, databases as well as web design are advantageous benefits.

Application
Candidates are invited to send an application including:
• a cover letter explaining your motivation, background, and qualifications for the position
• a detailed Curriculum Vitae (including a list of publications if any)
• contact information of two reference persons
• copies of diplomas and a list of your courses taken and grades
Please send your application to Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!.

Postdoc Position Data Science at the Pharmacoinformatics Research Group in Vienna

The University of Vienna (15 faculties, 4 centres, about 174 fields of study, approx. 9.500 members of staff, more than 94.000 students) seeks to fill the position from 01.01.2018 of a University Assistant (post doc) at the Department of Pharmaceutical Chemistry. The candidate should have an excellent track record in the field of data science and ideally also systems modelling. The candidate will be embedded in a very ambitious international research team. We expect active interaction with the partners of the IMI projects TransQST and eTRANSAFE, as well as the H2020 project “EU-ToxRisk”

Duration of employment: 1 year (with the possibility of extension up to 4 years depending on performance)

Extent of Employment: 40 hours/week
Job grading in accordance with collective bargaining agreement: §48 VwGr. B1 lit. b (postdoc) with relevant work experience determining the assignment to a particular salary grade.

Areas of work:

Your areas of responsibility include the scientific support of our projects related to toxicity prediction, with special focus on data science and systems modeling. We also expect design and execution of own research projects in the field of pharmacoinformatics, as well as the publication of results in international peer-reviewed journals. Furthermore, we expect your collaboration in already ongoing projects in the team and your participation in teaching.

Profile:

- PhD in the field of Sciences

- Excellent knowledge in the field of data science

- Programming knowledge in at least one language (preferentially Python) and/or knowledge of workflow management systems (KNIME/Galaxy/Taverna)

- Documented publication activity in peer-reviewed journals

- Excellent command of English language

- High ability to cope with pressure

- Good team-working ability

- Ability to publish and present in English

- data science, systems modelling

Applications including a letter of motivation (German or English) should be sumbitted via the Job Center to the University of Vienna (http://jobcenter.univie.ac.at) no later than 07.01.2018, mentioning reference number 8145.

The University pursues a non-discriminatory employment policy and values equal opportunities, as well as diversity (http://diversity.univie.ac.at/). The University lays special emphasis on increasing the number of women in senior and in academic positions. Given equal qualifications, preference will be given to female applicants.

 

Postdoc Position Deep Learning at the Pharmacoinformatics Research Group in Vienna

The University of Vienna (15 faculties, 4 centres, about 174 fields of study, approx. 9.500 members of staff, more than 94.000 students) seeks to fill the position from 01.01.2018 of a University Assistant (post doc) at the Department of Pharmaceutical Chemistry. The candidate should have an excellent track record in the field of machine learning, ideally in the life science domain. The candidate will be embedded in a very ambitious international research team. We expect active interaction with the partners of the IMI projects eTRANSAFE, as well as the H2020 project “EU-ToxRisk”.

Duration of employment: 1 year (with the possibility of extension up to 4 years depending on performance)

Extent of Employment: 40 hours/week
Job grading in accordance with collective bargaining agreement: §48 VwGr. B1 lit. b (postdoc) with relevant work experience determining the assignment to a particular salary grade.

Job Description:
Your areas of responsibility include the scientific support of our projects related to toxicity prediction, with special focus on machine learning, deep learning, and artificial intelligence. We also expect design and execution of own research projects in the field of pharmacoinformatics, as well as the publication of results in international peer-reviewed journals. Furthermore, we expect your collaboration in already ongoing projects in the team and your participation in teaching.


Profile:
- PhD in the field of Sciences

- Excellent knowledge in the field of machine learning, with special focus on deep learning

- Programming knowledge in at least one language (preferentially Python) and/or knowledge of deep learning/AI frameworks (TensorFlow, PyTORCH, …)

- Documented publication activity in peer-reviewed journals

- Excellent command of English language

- High ability to cope with pressure

- Good team-working ability

- Ability to publish and present in English

- machine learning, deep learning

Applications including a letter of motivation (German or English) should be sumbitted via the Job Center to the University of Vienna (http://jobcenter.univie.ac.at) no later than 07.01.2018, mentioning reference number 8146.


The University pursues a non-discriminatory employment policy and values equal opportunities, as well as diversity (http://diversity.univie.ac.at/). The University lays special emphasis on increasing the number of women in senior and in academic positions. Given equal qualifications, preference will be given to female applicants.