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2x PhD student pos., Comp. biochem./chem. or struct. bioinf., U of Duesseldorf, Gohlke group

Applications are invited for two PhD student positions in the Computational  Pharmaceutical Chemistry & Molecular Bioinformatics group of Prof. Dr. Holger Gohlke at the Heinrich-Heine-University, Duesseldorf, Germany.

PhD student position 1
:

o    Topic: Development of novel modulators for the nicotinic acetylcholine receptor for the treatment of nerve agent poisoning

o    Availability: The position is available as of now.

PhD student position 2:

o    Topic: Enzymatic halogenation: enzyme identification, characterization, application

o    Availability: The position is available as of 01.12.2019.

Please find more detailed information regarding the respective topic under: https://cpclab.uni-duesseldorf.de/index.php/Openings

Requirements
Ideal candidates will have a record of excellence and a strong background in computational biochemistry, molecular informatics, and computational structural biology as well as a high interest in working in an interdisciplinary research field, and profound knowledge in state-of-the-art molecular dynamics simulations (Amber) software and molecular modelling.

 

Application process
Applicants should submit applications (a one-page letter of motivation why they are interested in the respective project and how they can contribute to the project’s success, a current CV, and contact data of three references) by email to
Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! . Please provide all documents as one PDF file and specify for which position you are applying.

Wissenschaftlicher Mitarbeiter im Bereich Bioinformatik/ Evolutionäre Entwicklungsgenetik

In der Abteilung Evolutionäre Entwicklungsgenetik der Georg-August-Universität Göttingen ist zum nächst möglichen Zeitpunkt die Stelle einer/eines

 

wissenschaftliche_n Mitarbeiter_in (w/m/d)

 

mit 65 % der regelmäßigen wöchentlichen Arbeitszeit (zzt. 25,9 Stunden/Woche) befristet für die Dauer von 3 Jahren zu besetzen. Eine Verlängerung wird angestrebt. Die Entgeltzahlung erfolgt nach Entgeltgruppe 13 TV-L.

 

In dem DFG-geförderten Projekt soll die projektspezifische Datenbank iBeetle-Base mit phäntoypischen Daten zu einer Informationsressource für die entwicklungsbiologische Community ausgebaut werden. Zudem soll mit den bereits vorhandenen Daten an einer spezies-übergreifenden Analyse gearbeitet werden (data mining). Das bisherige Backend soll in einzelne Mikroservices überführt werden, die eine anwendungsneutrale Daten-API bieten. So soll die Nutzung der Daten durch beliebige und eigene bioinformatische Tools ermöglicht werden. Mit einem ontologie-basierten Datenformat soll die Integration von möglichst vielen weiteren Daten aus der Community ermöglicht werden. Eine build- und deploy-Pipeline wird zur Orchestrierung der Services in einem Kubernetes-Cluster benötigt. In dem Projekt ist neben dem Zoologischen Institut die Bioinformatik, die Staats- und Universitätsbibliothek Göttingen und die GWDG beteiligt, wodurch ein Einblick in verschiedene Institutionen und Arbeitsweisen gewährt wird.

 

 

Ihre Aufgaben

-  Sie implementieren Mikroservices für alle Daten und Funktionen, die das Projekt anbietet

-  Zusammen mit den Projektpartnern entwickeln Sie ein Konzept für den langfristigen Betrieb

-  Sie entwickeln Datenmodelle für phäntoypische Daten und recherchieren nach internationalen Standards

-  Sie entwickeln neue Methoden zur weiteren Analyse vorhandener Daten, wie z. B. einer spezies-übergreifenden Suche nach

    Phänotypen

 

Ihr Profil

   -  Abgeschlossenes wissenschaftliches  Hochschulstudium in Bioinformatik, angewandter Informatik oder vergleichbarem

      Studienfach

-  Gutes Verständnis von biologischen Grundlagen und bioinformatischen Methoden

-  Interesse an der Arbeit in einem interdisziplinären Team

-  Motivation sich selbständig in ein Themengebiet einzuarbeiten und Lösungen zu entwickeln

-  Sehr gute Kenntnisse der Programmierung und Softwareentwicklung

-  Kenntnisse von aktuellen Methoden der Softwareentwicklung, wie z.B. Domain Driven Design, DevOps oder Docker-

    Container

-  Fließendes Englisch in Wort und Schrift

-  Hohe Motivation, Teamfähigkeit und Eigeninitiative

 

Die Stelle soll der Qualifizierung des wissenschaftlichen Nachwuchses dienen und bietet die Möglichkeit zur Promotion.

 

Die Universität Göttingen strebt in den Bereichen, in denen Frauen unterrepräsentiert sind, eine Erhöhung des Frauenanteils an und fordert daher qualifizierte Frauen nachdrücklich zur Bewerbung auf. Sie versteht sich als familienfreundliche Hochschule und fördert die Vereinbarkeit von Wissenschaft/Beruf und Familie. Die Universität hat sich zum Ziel gesetzt, mehr schwerbehinderte Menschen zu beschäftigen. Bewerbungen Schwerbehinderter erhalten bei gleicher Qualifikation den Vorzug.

 

Bewerbungen mit den üblichen Unterlagen werden innerhalb von drei Wochen nach Erscheinen,

gern auch in elektronischer Form, erbeten an

Georg-August-Universität Göttingen, Abt. Evolutionäre Entwicklungsgenetik,

Justus-von-Liebig-Weg 11, 37077 Göttingen, E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

 

Für Rückfragen steht Ihnen Herr Jürgen Dönitz

Telefon:0551-39-14927, E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

zur Verfügung. Für weiter Informationen siehe auch

http://www.bioinf.med.uni-goettingen.de/research/knowledge-management/iBeetle-Base

 

Hinweis:

Wir weisen darauf hin, dass die Einreichung der Bewerbung eine datenschutzrechtliche Einwilligung in die Verarbeitung Ihrer Bewerberdaten durch uns darstellt. Näheres zur Rechtsgrundlage und Datenverwendung finden Sie im: Hinweisblatt zur Datenschutzgrundverordnung (DSGVO) https://www.uni-goettingen.de/hinweisdsgvo  

Links: http://www.bioinf.med.uni-goettingen.de/research/knowledge-management/ibeetle-base/

IT and Computational Biology Expert [Korbel group in the Genome Biology Unit, EMBL]

EMBL is seeking an expert in Computational Biology and IT to join Dr. Jan Korbel's group in the Genome Biology Unit. The position holder will actively participate in the design, development, and adjustment of interoperable workflows and pipelines to enable the analysis of data from the latest next-generation DNA sequencing platforms, including from single cell technologies. The post holder may get involved in analysing large numbers of human genomes, including from cancer patients and normal individuals of varying age to unravel the relationship of somatic mutations and ageing.

Your role

·         Develop new computational workflows and analytical methods for human genome data analysis

·         Design and implement cloud-based workflows for single-cell sequencing protocols, particularly Strand-Seq

·         Integrate tools in pipelines and workflows and optimize their interoperability, efficiency, usability and portability

·         Participate in cutting-edge research projects of the Korbel group by helping with data analysis and data management tasks

·         Interact with other scientists at EMBL and partner networks (Elixir, de.NBI) in an international, interdisciplinary, and highly collaborative work environment

You have

·         A M.Sc. or PhD in Computational Biology, Bioinformatics, Physics or Computer Science with a background in large-scale genomics data handling

·         Advanced programming skills in at least one high level programming language (Java, C, or C++), R Statistics and one scripting language (Python, Julia)

·         A solid knowledge in database technologies (SQL), cloud computing frameworks (OpenStack, GNOS), containerization technologies (Singularity, Docker), code version control (git) and continuous integration services (CI)

·         A strong interest in computational data analysis and data management

·         Strong communication skills as well as the ability to interact with other scientists and to work in an international and interdisciplinary team

·         A basic understanding of molecular genetics and cancer research

What else you need to know

The Korbel group at the European Molecular Biology Laboratory (EMBL) combines experimental and computational approaches – including single-cell sequencing technology, genome sequencing, big data analytics, and machine learning – to unravel determinants and consequences of germline and somatic genetic variation. Our group is using bulk as well as single cell-based omics approaches for investigating mechanisms behind complex phenotypes in humans, ranging from common diseases including cancer to ageing. An over-arching theme centers on the formation and selection of germline and somatic genetic variation in health and disease states, in particular genomic structural variation (SV).

 

Postdoc-Stelle am Zentrum für Bioinformatik Hamburg

Am Zentrum für Bioinformatik Hamburg ist ab dem 1. Dezember 2019 in dem Projekt "DASHH - Data Science in Hamburg - Helmholtz Graduate School for the Structure of Matter" eine Postdoc-Stelle zu besetzen.

Näherere Informationen entnehmen Sie bitte dem vollständigen Ausschreibungstext: https://www.uni-hamburg.de/uhh/stellenangebote/wissenschaftliches-personal/fakultaet-mathematik-informatik-und-naturwissenschaften/28-10-19-514-verl.pdf

WISS. MITARBEITER/IN (DATA SCIENTIST/MODELLER), PROMOTIONSSTELLE

Was Sie mitbringen

Sie verfügen über ein zu Arbeitsbeginn abgeschlossenes naturwissenschaftliches, mathematisch/(bio-)informatisches, 
ingenieurwissenschaftliches oder inhaltlich verwandtes Hochschulstudium (z.B. mit Schwerpunkt Datenanalyse, Statistik, 
Künstliche Intelligenz (KI) oder Modellierung) und kennen sich mit gängigen Skript- und höheren Programmiersprachen wie 
R, Phython, Shell und C/C++ im Linux-Umfeld gut aus.

Sie haben Spaß daran, Daten zu analysieren und mathematische Modelle für die zugrunde liegenden Prozesse zu entwickeln. 
Neben einer hohen Affinität zu mathematischen und programmier-technischen Fragestellungen haben Sie ein starkes Interesse 
an Forschung in den Life Sciences, verfügen über ein hohes Maß an Eigeninitiative und zeigen ausgeprägte Team- und Kommunikationsfähigkeiten. Gute englische Sprachkenntnisse in Wort und Schrift sind für Sie selbstverständlich.

Was Sie erwarten können

Wir bieten Ihnen ein spannendes und innovatives Forschungsthema an der Schnittstelle zwischen Biotechnologie, Medizin und Mathematik/Informatik. Sie finden heraus, welche Kulturbedingungen für unsere Zell- und Gewebekulturen optimal sind und welche Medikamente bei welchen Patienten am besten wirken. Sie nutzen hierfür aktuelle Informationstechnologien, erweitern Ihre Kenntnisse in der Datenanalyse und entwickeln eigene Datamining- oder Modellingansätze.

Unser Aufgabengebiet bietet Ihnen folgende Möglichkeiten:

- Analyse molekularbiologischer, funktioneller und klinischer Daten (Multiomics, High Throughput/High Content, Therapieansprechen, Überleben)
- Datenintegration und Identifikation von Biomarkern für individuell angepasste optimale Therapien
- Methodische Umsetzung mit Hilfe von Statistik, Machine Learning, Chemoinformatik, Modelling, effektiver Ergebnisanalyse
- Entwicklung von Prozessierungs-Pipelines und Aufbau einer Screening Datenbank
- Kooperation mit internen und externen Partnern, Publikation Ihrer Ergebnisse

Sie können die Fraunhofer Life Science Infrastruktur nutzen und werden Teil eines dynamischen Teams in einem innovativen wissenschaftlichen Umfeld (Pharma, Biotech, Diagnostik, Kliniken, akademische Partner). Sie gestalten unsere anwendungsorientierten technologischen Lösungen maßgeblich mit und bauen die Screening und Datenanalyse-Kapazitäten am Fraunhofer ITEM weiter aus. Unser Standort am UNESCO-Welterbe Regensburg bietet Ihnen viele Freitzeitmöglichkeiten und eine attraktive Umgebung.

Anstellung, Vergütung und Sozialleistungen richten sich nach dem Tarifvertrag für den öffentlichen Dienst (TVöD). Die Vergütung beträgt 65% einer EG 13 TVöD. Die Stelle ist zunächst auf 3 Jahre befristet und mit dem Schreiben einer Doktorarbeit verbunden. Eine längerfristige Beschäftigung wird angestrebt. Die wöchentliche Arbeitszeit beträgt 39 Stunden.
Schwerbehinderte Menschen werden bei gleicher Eignung bevorzugt eingestellt. Wir weisen darauf hin, dass die gewählte Berufsbezeichnung auch das dritte Geschlecht miteinbezieht. Die Fraunhofer-Gesellschaft legt Wert auf eine geschlechtsunabhängige berufliche Gleichstellung.

Wir freuen uns über Ihre Online-Bewerbung unter folgendem Link: https://recruiting.fraunhofer.de/Vacancies/47526/Description/1

Fragen zu dieser Position beantwortet Ihnen gerne:
Dr. rer. nat. Martin Hoffmann
Tel: +49 941 298480-28
http://www.item.fraunhofer.de     
Kennziffer: ITEM-2019-50      
Bewerbungsfrist: 15.10.2019

Wir freuen uns über Ihre Online-Bewerbung unter folgendem Link: https://recruiting.fraunhofer.de/Vacancies/47526/Description/1

Doktorarbeiten (PhD) in den Bereichen Bioinformatik, Medizinische Informatik und Personalisierte Onkologie

An den Instituten für Medizinische Bioinformatik, Medizinische Informatik und in der Klinik für Onkologie der Universitätsmedizin Göttingen sind baldmöglichst für ein interdisziplinäres Projekt im Bereich zwischen Medizin und Informatik mehrere Stellen für Doktorarbeiten in den Bereichen Bioinformatik, Medizinische Informatik und Personalisierte Onkologie zu besetzen

Links: https://www.umg.eu/karriere/stellenangebote/stellenanzeigen-detail/?jobId=2907

2x wiss. Mitarbeiter am Lehrstuhl für Bioinformatik (FSU Jena)

Am Matthias-Schleiden-Institut für Genetik, Bioinformatik und Molekulare Botanik der Fakultät für Mathematik und Informatik der Friedrich-Schiller-Universität Jena ist zum 01.11.2019 eine Stelle als

Wissenschaftliche Mitarbeiterin / Wissenschaftlicher Mitarbeiter (m/w/d)

zu besetzen.

Die Forschung am Lehrstuhl Bioinformatik zielt auf ein Verständnis der komplexen Prozesse in lebenden Zellen und deren Interaktionen mittels mathematischer Modellierung und Computersimulation.

Ihre Aufgaben:

    • Bioinformatische und systembiologische Forschung 

    • Kooperation mit experimentell arbeitenden Gruppen 

    • Durchführung von Lehrveranstaltungen in Bioinformatik (Übungen, Proseminare etc.)

    • Klausurkontrolle, Prüfungsprotokolle

    • Betreuung von Abschlussarbeiten im B.Sc. Bioinformatik

    • Es wird von dem/der Bewerber/in erwartet, dass er/sie an einem wissenschaftlichen Weiterqualifizierungsprojekt arbeitet, i.d.R. Promotion zum Dr. rer. nat. 

 

Unsere Anforderungen:

    • Master- oder Diplom-Abschluss in Bioinformatik, Informatik, Biologie, oder einem anderen naturwissenschaftlichen Fach 

    • Interesse an mathematischer Modellierung biologischer Prozesse

    • Kenntnisse in der Computerprogrammierung

 

Wir bieten:

    • attraktive Nebenleistungen z.B. Vermögenswirksame Leistungen, Job-Ticket (Vergünstigungen für öffentliche Verkehrsmittel), betriebliche Altersvorsorge (VBL)

    • ein spannendes Tätigkeitsfeld mit Gestaltungsspielraum

    • eine universitäre Gesundheitsförderung und ein familienfreundliches Arbeitsumfeld mit flexiblen Arbeitszeiten

    • Vergütung nach den Bestimmungen des Tarifvertrages für den öffentlichen Dienst der Länder (TV-L) entsprechend den persönlichen Voraussetzungen bis zur Entgeltgruppe 13

 

Die Stelle ist zunächst auf 3 Jahre befristet. Es handelt sich um eine halbe Stelle.

Schwerbehinderte Menschen werden bei gleicher Eignung, Befähigung und fachlicher Qualifikation bevorzugt berücksichtigt.

 

Bewerbungen mit vollständigen Bewerbungsunterlagen (tabellarischer Lebenslauf, Zeugnisse) sind unter Angabe der Registrier-Nummer 295/2019 bis zum 15.10.2019 zu richten an:

 

Prof. Dr. Stefan Schuster (Email: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! )

Friedrich-Schiller-Universität Jena

Fakultät für Biowissenschaften

Matthias-Schleiden-Institut 

Professur für Bioinformatik

Ernst-Abbe-Platz 2

07743 Jena

2x PhD student pos., Comp. biochem./chem. or struct. bioinf., U of Duesseldorf, Gohlke group

Applications are invited for two PhD student positions in the Computational  Pharmaceutical Chemistry & Molecular Bioinformatics group of Prof. Dr. Holger Gohlke at the Heinrich-Heine-University, Duesseldorf, Germany.

PhD student position 1:

o    Topic: Development of novel modulators for the nicotinic acetylcholine receptor for the treatment of nerve agent poisoning

o    Availability: The position is available as of 01.10.2019.

PhD student position 2:

o    Topic: Overcoming lantibiotics resistance in bacterial pathogens: Nisin as a model system

o    Availability: The position is available as of 01.10.2019.

Please find more detailed information regarding the respective topic under: https://cpclab.uni-duesseldorf.de/index.php/Openings

Requirements

Ideal candidates will have a record of excellence and a strong background in computational biochemistry, molecular informatics, and computational structural biology as well as a high interest in working in an interdisciplinary research field, and profound knowledge in state-of-the-art molecular dynamics simulations (Amber) software and molecular modelling.

Application process

Applicants should submit applications (a one-page letter of motivation why they are interested in the respective project and how they can contribute to the project’s success, a current CV, and contact data of three references) by email to gohlke[at]uni-duesseldorf.de . Please provide all documents as one PDF file and specify for which position you are applying.

 

 

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