An der Professur für Systembiologie mit dem Schwerpunkt Genomik, Proteomik und Transkriptomik, Fachbereich Biologie und Chemie, ist im Rahmen des vom Land Hessen geförderten LOEWE-Schwerpunktes „Diffusible Signals – Impact on diffusible signals at human cell-microbe interfaces“ ab dem nächstmöglichen Zeitpunkt befristet bis zum 31.12.2024 eine Vollzeitstelle mit einer/einem Wissenschaftlichen Mitarbeiter/in zu besetzen.
Aufgaben:
Im Rahmen des Teil-Projekts „Integrierte Modellierung der Mikroben-Wirts-Interaktion durch skalierbare bioinformatische Analyse-Workflows“ sind Sie verantwortlich für die
· Software-Entwicklung zur Prozessierung und Visualisierung von umfangreichen Sequenz-Daten aus Genom und Transkriptom-Sequenzierungen inklusive der zugehörigen Metadaten
· Entwicklung von sowohl verbesserten Auswertungsmethoden als auch adäquaten Datenstrukturen zur Speicherung und Integration der Analyseergebnisse und Metadaten um unterschiedlichste Datensätze untereinander vergleichen und kombiniert auswerten zu können
· Entwicklung von benutzerfreundliche Visualisierungsverfahren, die eine interaktive und intuitive Exploration der Daten bis hin zur Darstellung von regulatorischen Netzwerken erlauben
· Bearbeitung von aktuellen Fragen in Bezug auf die Bereitstellung einer flexiblen Software-Plattform zur systematischen und automatisierten Analyse von Hochdurchsatzdaten in Cloud-Computing-Umgebungen
· bioinformatische Analyse von Hochdurchsatzdaten (Next-Generation-Sequencing, insbesondere RNA-Seq und Derivate) und deren systembiologische Interpretation und Visualisierung
· Mit- und Weiterentwicklung der softwaretechnischen Infrastruktur zum Datenmanagement
· Teilprojekt-spezifische Unterstützung bei der Datenanalyse als auch die Entwicklung neuer Softwaretools und einer web-basierten Plattform für die interaktive Visualisierung und Interpretation von Hochdurchsatzdaten
Anforderungsprofil:
· Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium im Fach Bioinformatik oder Informatik oder einem verwandten Fachgebiet mit dokumentierten Erfahrungen in bioinformatischer Grundlagenforschung und Software-Programmierung in diesem Bereich
· Ausgewiesene Kenntnisse in Fragestellungen der modernen Hochdurchsatz-Sequenzierungstechnologien (Next-Generation Sequencing)
· Kenntnisse im Umgang mit relationalen Datenbanken und der Implementierung von web-basierten Schnittstellen für Benutzer
· Fähigkeiten in der Datenanalyse mit Hilfe von Workflow-Systemen (z.B. CWL, Nextflow) Erfahrung im Umgang mit Unix/Linux-Betriebssystemen
· Sicherer Umgang mit Java und einer der folgenden Skriptsprachen: Perl, Python, Groovy
· Praktische Erfahrungen im High-Performance-Computing und Cloud-Computing sind von Vorteil
Für Fragen steht Ihnen Herr Prof. Dr. Goesmann gerne zur Verfügung (Tel. 0641/99-35801 oder per Mail Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!).
Ihre Bewerbung (keine E-Mail) richten Sie bitte unter Angabe der Referenznummer 148/08 mit den üblichen Unterlagen bis zum 23.02.2021 an Herrn Prof. Dr. Alexander Goesmann, Professur für Systembiologie, Heinrich-Buff-Ring 58, 35392 Gießen. Bewerbungen Schwerbehinderter werden - bei gleicher Eignung - bevorzugt. Wir bitten, Bewerbungen nur in Kopie und ohne Hefter/Hüllen vorzulegen, da diese nach Abschluss des Verfahrens nicht zurückgesandt werden.
Der Link zur kompletten Stellenausschreibung lautet:
