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GIS technician (m/f/d) in the project Geobiodiversity research

Job offer ref. #11-21007

The Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (SGN) is a member of the Leibniz Association and is based in Frankfurt am Main, Germany. SGN conducts natural history research with almost 800 employees and research institutions in six federal states. Within SGN, the Senckenberg Biodiversity and Climate Research Centre (BiK-F) explores the interactions between biodiversity, climate, and society.

Senckenberg BiK-F invites applications for a
 
GIS technician (m/f/d) in the project

Geobiodiversity research (part- or full time; at least 80%)
 
We are looking for a committed and motivated GIS technician (any gender welcome) with an interest in spatial analysis of biodiversity and its driving factors. You will be part of a large international scientific team in a friendly and constructive working environment.
 
Your tasks:
1.    Data compilation and digitization into databases, database maintenance and management (PostgreSQL mit PostGIS, MS Access)
2.    Georeferencing images and handling raster and vector data in standard geographic information systems (specifically ESRI ArcGIS / QGIS / R software)
3.    Spatial data processing, spatial analysis, and cartography
4.    Programming in GIS or R to automate spatial analysis
5.    Point of contact for database and GIS support requests in a scientific working group
Your profile:
1.    - Bachelor or Master degree in biology, geography, or a related discipline
2.    excellent experience in geographic information systems (ESRI ArcGIS / QGIS / R software) including solid programming skills
3.    strong background in handling large datasets and experience in database management
4.    professional experience with MicrosoftOffice (Word, Excel, Access)
5.    very good organisational and communication skills, ability to work independently
6.    good English and German language skills

Salary and benefits are according to a part- or full-time public service position in Germany (TV-H E 11, at least 80 % - 100 %). The contract should start as soon as possible - ideally on September 1st, 2021 - and will be initially limited for two years.

The Senckenberg Research Institutes support equal opportunity of men and women and therefore strongly invites women to apply. Equally qualified handicapped applicants will be given preference. The place of employment is in Frankfurt am Main, Germany.

Please send your application, mentioning the reference of this job offer (ref. #11-21007) before July 12th, 2021 by e-mail (attachment in a single pdf document) and including a cover letter detailing your motivation and experience, a detailed CV and a copy of your certification to:
Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung
Senckenberganlage 25
60325 Frankfurt am Main
E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!
For more information contact Prof. Dr. Susanne Fritz (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!).
 

Assistant Professor in Data-Driven Cell and Molecular Biology (2 positions)

The SciLifeLab and Wallenberg National Program for Data-Driven Life Science (DDLS) is a 12-year initiative funded with a total of 3,1 billion SEK from the Knut and Alice Wallenberg Foundation. The purpose of the program is to recruit and train the next-generation of data-driven life scientists and to create globally leading computational and data science capabilities in life science in Sweden.


The program will recruit 39 eminent junior group leaders as DDLS Fellows, launch over 210 postdoctoral positions and establish a research school for 260 PhDs, within both academia and industry. The program is coordinated by SciLifeLab, a nationwide research infrastructure and a hub for cross-disciplinary life sciences. The Fellows will be recruited to the 11 participating host universities/organizations, enabling them to link up with strong local research environments as well as with the national DDLS program. The DDLS program promotes collaborative interdisciplinary work and engagement with industry, healthcare and other national and international partners, such as WASP, with the aim of bridging the life science and data science communities.

The DDLS program will focus on four strategic areas of data-driven research: cell and molecular biology, evolution and biodiversity, precision medicine and diagnostics, epidemiology and infection biology. The first 20 junior group leaders to join the DDLS Fellows program are now recruited to different Swedish universities.


Each DDLS Fellow will receive a recruitment package of 17 MSEK, which is meant to cover 5 years of his/her own salary, two PhD students and two postdoc positions, as well as running costs. The Fellow positions are tenure-track, and the universities/organizations will assume the long-term responsibility of their support as tenured faculty.

The subject area cell and molecular biology concerns research that fundamentally transforms our knowledge about how cells function by peering into their molecular components in time and space, from single molecules to native tissue environments. This research subject area aims to lead the development or application of novel data-driven methods relying on machine learning, artificial intelligence, or other computational techniques to analyze, integrate and make sense of cell and molecular data.

At Stockholm University the Department of Biochemistry and Biophysics, the Department of Environmental Science and the Department of Molecular Biosciences, The Wenner-Gren Institute are looking to fill two positions as DDLS fellow in data driven cell and molecular biology.

Links: https://www.su.se/english/about-the-university/work-at-su/available-jobs?rmpage=job&rmjob=15126&rmlang=UK

W1-Professur für Massenspektrometrie-basierte Metabolomik

Zum Ausschreibungstext der Universitätsmedizin Mainz:

https://www.um-mainz.de/typo3temp/secure_downloads/23351/0/a66dfbb90baa61a3b786ac52c3ba2d14ed0a1395/AText_W1-Massenspektrometrie-basierte-Metabolomik_DE_EN.pdf 

Die Universitätsmedizin Mainz ist bestrebt, den Anteil der Frauen am wissenschaftlichen Leitungspersonal zu erhöhen und daher sind insbesondere Wissenschaftlerinnen angesprochen.

 

 

 

 

Master Thesis in the field of bioinformatics and precision medicine

 

Links: https://st-anna-kinderkrebsforschung.jobbase.io/job/qltf3n1m

 

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Wissenschaftliche*r Datenanalyst*in im Bereich Wildtiergenetik

Stellenausschreibung – Ref. #04-21004

Die Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (SGN) wurde 1817 gegründet und zählt zu den wichtigsten Forschungseinrichtungen rund um die biologische Vielfalt. An den elf Standorten in ganz Deutschland betreiben Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler aus über 40 Nationen modernste Forschung auf internationaler Ebene. Hauptsitz der Gesellschaft ist die Mainmetropole Frankfurt im Herzen Deutschlands. Hier befindet sich auch eine der bekanntesten Senckenberg-Einrichtungen, das Senckenberg Naturmuseum.

Das Senckenberg-Zentrum für Wildtiergenetik am Standort Gelnhausen führt in enger Kooperation mit Umweltbehörden von Bund und Ländern sowie NGOs und anderen wissenschaftlichen Einrichtungen genetische Untersuchungen zum Bestandsmonitoring geschützter Wildtiere, wie Wildkatze, Luchs und Wolf durch und trägt so zur Erforschung und Bewahrung der Biodiversität bei.

Zum schnellstmöglichen Termin suchen wir für unseren Standort in Gelnhausen für das Fachgebiet Naturschutzgenetik einen 

Wissenschaftlichen Datenanalysten (m/w/d) im Bereich Wildtiergenetik (Vollzeit)

Ihre Aufgaben:

  • Analyse von Genotyp- und Sequenzdaten im Rahmen der fortlaufenden Auftragsforschung im genetischen Wildtiermonitorin
  • Statistische und bioinformatische Auswertung genetischer Datensätze, z. B. hinsichtlich Populationsgröße, Genflussmustern, Inzucht und genetischer Diversität in Beständen geschützter Wildtier
  • Erstellung von Berichten und Mitarbeit an wissenschaftlichen Fachartikel
  • Datenbankentwicklung und -Instandhaltun
  • Kommunikation mit nationalen und internationalen Projektpartner*innen

Ihr Profil:

  • abgeschlossenes Diplom- oder Masterstudium im Bereich Biologie, Bioinformatik oder einer ähnlichen Fachrichtung; Promotion ist erwünscht, jedoch nicht Voraussetzun
  • sehr gute Kenntnisse im Bereich der statistischen Analyse populationsgenetischer Date
  • sehr gute IT-Kenntnisse inklusive Vorkenntnisse in Programmierung und bioinformatischer Analyse großer Datensätz
  • sehr gute Deutsch- und Englischkenntnisse in Wort und Schrif
  • Teamgeist, Sorgfalt, Motivation und Engagement sowie ein hohes Maß an Eigeninitiative

Wir bieten Ihnen:

  • eine attraktive und herausfordernde Tätigkeit im Bereich Wildtierforschung und Artenschutz
  • selbstständiges Handeln in einem internationalen und professionellen Umfeld
  • Flexible Arbeitszeiten
  • ein vergünstigtes Jobticket
  • Unterstützung bei Kinderbetreuung oder bei der Pflege von Familienangehörigen (zertifiziert durch das „audit berufundfamilie“)
  • Dienstausweis in Verbindung mit kostenfreiem Eintritt in alle städtischen Museen
  • Jahressonderzahlung
  • betriebliche Altersvorsorge

Ort:   Gelnhausen

Beschäftigungsumfang:    Vollzeit (40 Stunden/Woche)

Vertragsart:  unbefristete Anstellung

Vergütung:  Entgeltgruppe 13 des Tarifvertrages des Landes Hessen

Senckenberg ist durch das „audit berufundfamilie“ zertifiziert. Schwerbehinderte Menschen werden bei gleicher Eignung besonders berücksichtigt.

Sie möchten sich bewerben?

Dann senden Sie Ihre vollständigen und aussagekräftigen Bewerbungsunterlagen (Motivationsschreiben, Lebenslauf, Ausbildungs- und Arbeitszeugnisse) in elektronischer Form (als eine zusammenhängende PDF-Datei) bitte unter Angabe der Referenznummer #04-21004 bis zum 24.06.2021 an Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! oder bewerben Sie sich direkt auf unserer Homepage über das Online Bewerbungsformular

Ihr Ansprechpartner für Rückfragen ist Herr Dr. Carsten Nowak, Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!.

https://www.senckenberg.de/de/karriere/wissenschaftlerinnen/#content-0003_1

Scientific Data Engineer

Location: Leiden, Intrastat, NL, 2333 CN

Company: IFF Family of Companies

 

Job Description

 

IFF is very excited to welcome a new a Scientific Data Engineer to join our Data Science and Lab Automation team at the Leiden BioScience Park (Oegstgeest section), and we hope it’s you!

IFF is a global leader in biotechnology; in early 2021, the company consolidated its leadership position by merging with DuPont’s Nutrition & Biosciences division. The IFF laboratories in Leiden have a long and dynamic history that goes back to the beginnings of modern biotechnology (Gist-Brocades), through pioneering industrial enzyme technology (Genencor), to becoming the world market leader in sustainable bio-solutions (Danisco).

IFF Health & Biosciences develops microbial production strains and engineer enzymes for applications in the areas of food & beverages, home & personal care, animal feed, paper & textile processing, and more. We have a strong focus on providing sustainable solutions on an industrial scale, and we are constantly evolving and innovating to offer competitive high-end products to our international customers. 

The Data Science and Lab Automation team builds and maintains software to enable biotech R&D at scale. We automate data acquisition, ensure its integrity and use machine learning for rapid hypothesis generation and testing. We are looking for an experienced data engineer with a keen interest in both modern software development and biotechnology to help us bringing better products to the market faster.

 

The position

At IFF in Leiden, we do strain development and protein engineering at high-throughput tracking the history and measured data from thousands of samples at a time. We use modern lab automation software and a suite of microservices to propel an end-to-end data-driven research cycle.

As a successful applicant, you will be part of a diverse and international team of domain experts and engineers that work towards the common goal of delivering novel products and real value for our customers. You will do full-stack computional biotechnology by developing algorithms for data analysis and automation workflows to support testing hypothesis in a structured and portable fashion.

 

Your main responsibilities and tasks

     Develop and maintain microservices to support lab automation --- gather data from instruments, analyze and push data to our SaaS lab information management system.

    Create tailored data analysis solutions e.g., sequence and image analysis, curve fitting for instrument readouts.

    Safe, secure, and robust CI/CD of containerized services to AWS.

    Ensure data is structured, accessible and complete to enable efficient data science.

    Establish modern software development practices and help educate scientists and engineers.

 

We offer

    A position in a team of creative and highly skilled scientists

    A dynamic work environment created by inclusive and multicultural team

    The opportunity to grow professionally and to develop a career in Biotechnology

    A competitive salary and attractive compensation and benefits

    Flexible hours and possibility to partially work remotely

 

Qualifications

     A bachelor or master's degree in a relevant technical field (machine learning, computer science, mathematics, bioinformatics, etc.) and experience working in industry, or a PhD 

    Ability to write high-quality, structured, and maintainable code.

    Experience with server-side programming in Python.

    Experience with machine learning algorithms such as neural networks, projection-, and tree-based regression methods.

    Ability to design data models and use (no)SQL to implement these.

    Experience with deploying apps and models on local Docker Swarm cluster, AWS or similar.

    Fluency in spoken and written English.

    Prior experience with analyzing biological sequences and biochemical data is desirable but not a requirement

 

We emphasize reaching goals through a collaborative effort. It is essential that you can use your good interpersonal and communication skills to achieve results together with others.

 

 IFF is an Equal Opportunity Employer.

At IFF, we believe that your uniqueness unleashes our potential.  We value the diverse mosaic of the ethnicity, national origin, race, age, sex or veteran status. We strive for inclusive workplace that allows each of our colleagues to bring their authentic self to work regardless of their religion, gender identity & expression, sexual orientation, or disability. Visit IFF.com/careers/workplace-diversity-and-inclusion to learn more

https://careers.iff.com/job/Leiden-Scientific-Data-Engineer-Intr-2333-CN/750480200/

Informatiker (w/m/d) Schwerpunkt Medizin (TV-L E13 100%)

Die Medizinische Fakultät der Ruhr-Universität Bochum sucht zur Konzeptionierung, Implementierung und Betrieb einer gemeinsamen IT Infrastruktur der UK RUB Kliniken mit Verbindung zur RUB und zum Aufbau und Betrieb eines DIZ eine*n  Informatiker (w/m/d) Schwerpunkt Medizin (TV-L E13 100%)  zum nächst möglichen Zeitpunkt.

Ihre Aufgaben:

  • Entwicklung, Etablierung und Betrieb eines Datenintegrationszentrums an der RUB mit Anbindung aller 8 Träger der UK RUB
  • Planung, Konzeption und Realisierung einer interoperablen, gesicherten IT-Architektur basierend auf offenen internationalen Standards – auf struktureller, syntaktischer, semantischer und organisatorischer Ebene
  • Etablierung der Organisationsschritte und -strukturen in angewandten etablierten IT-Umgebungen, in Zusammenarbeit mit Klinikern, Geschäftsführer und Wissenschaftler
  • Etablierung der semantischen Interoperabilität des UK RUB
  • Formulierung von Standards für die Softwarearchitektur der unterschiedlichen Systemkomponenten im Rahmen der lokalen Datenmanagementsysteme
  • Vernetzung der RUB Strukturen BioNetRUB und NeKSt mit dem DIZ
  • Interaktion auf Bundesebene um die Zukunft der deutschen Medizininformatik-Initiative mit zu gestalten

Ihr Profil:

  • Voraussetzung ist ein abgeschlossenes Hochschulstudium (Medizininformatik, Informatik, Statistik oder einem anderen relevanten Bereich) M.Sc./Diplom und/oder Promotion
  • Mindestens 3-jährige nachgewiesene, einschlägige Berufserfahrung in der selbstständigen Bearbeitung von IT-Projekten
  • Programmierkenntnisse, Datenbankkenntnisse sowie Verständnis für semantische Interoperabilität (SNOMED/LOINC) erforderlich
  • Kenntnisse über medizinische Datenstandards (z.B. HL7 FHIR) von Vorteil
  • Erfahrung mit Krankenhaus-IT-Systemen wünschenswert (z.B. ORBIS KIS, PDMS – Dräger ICM)
  • Sehr gute Deutsch und Englischkenntnisse
  • Fähigkeit, zur bereichs- und standortübergreifenden Zusammenarbeit sowie zur souveränen Vertretung und Präsentation des Arbeitsgebiets außerhalb der eigenen Organisationseinheit
  • Hands-on-Mentalität
  • Kommunikatives Geschick, starker Teamgeist, Belastbarkeit und Freude an eigenverantwortlichem Arbeiten runden Ihr Profil ab

Wir bieten:

  • Komplexe und nachhaltige Strukturen von Grund auf mit aufzubauen
  • Interaktion in einem starken nationalen Netzwerk für Medizininformatik
  • Ein freundliches und motiviertes Team
  • Fort- und Weiterbildungsmöglichkeiten
  • betriebliche Altersvorsorge des öffentlichen Dienstes
  • Firmenticket für den öffentlichen Nahverkehr
  • Hochschulsport
  • Eine ausgeglichene Work-Life-Balance
  • Innerbetriebliche Kinderbetreuung
  • attraktive Mitarbeiterrabatte und vieles mehr

Das Beschäftigungsverhältnis richtet sich nach dem Tarifvertrag der Länder (TV-L). Die Eingruppierung erfolgt je nach Erfüllung der persönlichen bzw. tariflichen Voraussetzungen nach Entgeltgruppe E13 TV-L.

Sie suchen eine interessante und abwechslungsreiche Aufgabe? Sie freuen sich darauf, eng mit Forschern und Klinikern in einem hochmotivierten und agilen Team zusammen zu arbeiten? 

Dann sind Sie bei uns genau richtig – Bewerben Sie sich!

Wir freuen uns auf Ihre aussagekräftige Bewerbung mit einem Motivationsschreiben, in dem Sie begründen, warum Sie sich für uns interessieren und für diese Stelle qualifiziert sind, und den üblichen Unterlagen (Zeugnisse, Arbeitszeugnisse), die Sie bitte ausschließlich per E-Mail im PDF-Format als eine Datei an die Geschäftsführerin Frau Dr. Joanna Stachnik Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! senden. Bei Rückfragen zum Stellenprofil steht Ihnen Frau Sarah Risse (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!) gerne zur Verfügung. Weitere Informationen zur Thematik finden Sie auf: https://www.smith.care

Links: https://www.stellenwerk-bochum.de/jobboerse/informatiker-wmd-schwerpunkt-medizin-tv-l-e13-100-bochum-210528-470205 

Hinweis: Das Stellenangebot sollte in deutscher Sprache eingereicht werden.

1 Ph.D. position (m/f/d) in Epigenomic Bioinformatics

The Institute of Computational Genomics invite applications of highly motivated individuals for 

1 Ph.D. position (m/f/d) in Epigenomic Bioinformatics 

We invite applicants for a PhD position in computational methods to dissect DNA methylation changes and their impact in regulatory features of cells upon aging in humans. The candidate will develop bioinformatic methods for detection of age associated DNA methtylation changes from whole genome bisulfite sequencing (WGBS) and associated these with chromatin, regulatory and transcriptional features of cells (ATAC-seq, ChIP-seq, scATAC-seq and scRNA-seq). This project will be performed within a Sequencing Grant form the DFG aiming to generate a large sequencing atlas of epigenetics in human aging in collaboration with Prof. W. Wagner Cell Biology Division, RWTH Aachen and Prof. A. Meissner, Max Planck Institute for Molecular Genetics, Berlin.  

Your profile

We are looking for highly motivated individuals (m/f/d) with a university degree (M.Sc. or equivalent) in computer science or bioinformatics. The salary is according to German public service salary scale level TV-L 13 65% and initially limited to 2 years.  Applicants should have experience in bioinformatics methods for analysis of epigenetic sequencing protocols and statistical machine learning. Experience in high performance computing is a plus. Willingness for teamwork and the ability to work independently in a competitive international environment are required. Good skills of English are expected.

We offer

We offer a dynamic, interdisciplinary and international environment with a focus on translational medicine and provide all advanced technologies of modern biomedicine. With 40000 students and 6000 academic staff, the RWTH is one of the largest universities in Germany. The RWTH Aachen University is certified as a family-friendly university and offers a dual career program for partner hiring. We particularly welcome and encourage applications from women, disabled people and ethnic minority groups, recognizing they are underrepresented across RWTH Aachen University. The principles of fair and open competition apply and appointments will be made on merit.

Please send your documents including a curriculum vitae, a letter of motivation, all academic certificates and 2-3 references by email to Ivan Costa (email Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! ). 

www.costalab.org

Institute for Computational Genomics

RWTH University Hospital Aachen

1 Ph.D. position (m/f/d) in Single Cell Bioinformatics

The Institute of Computational Genomics invite applications of highly motivated individuals for 

1 Ph.D. position (m/f/d) in Single Cell Bioinformatics.

We invite applicants for a PhD position in integrative analysis of single cell transcriptomics and open chromatin data to dissect fibrosis on kidney diseases. The candidate will develop bioinformatic methods for tracking temporal changes of single cells and methods to perform integrative analysis of scRNA-seq, scATAC-seq and/or spatial information. This project will be performed in close collaboration with the clinical scientist C. Kuppe from the Institute of Experimental Medicine and Systems Biology, RWTH Aachen and implemented within the DFG funded research consortia “Integrating emerging methods to advance translational kidney research (InteraKD)”.

Your profile

We are looking for highly motivated individuals (m/f/d) with a university degree (M.Sc. or equivalent) in computer science or bioinformatics. The salary is according to German public service salary scale level TV-L 13 65% and initially limited to 3 years.  Applicants should have experience in bioinformatics methods for analysis of single cell sequencing and statistical machine learning. Experience in high performance computing is a plus. Willingness for teamwork and the ability to work independently in a competitive international environment are required. Good skills of English are expected.

We offer

We offer a dynamic, interdisciplinary and international environment with a focus on translational medicine and provide all advanced technologies of modern biomedicine. With 40000 students and 6000 academic staff, the RWTH is one of the largest universities in Germany. The RWTH Aachen University is certified as a family-friendly university and offers a dual career program for partner hiring. We particularly welcome and encourage applications from women, disabled people and ethnic minority groups, recognizing they are underrepresented across RWTH Aachen University. The principles of fair and open competition apply and appointments will be made on merit.

Please send your documents including a curriculum vitae, a letter of motivation, all academic certificates and 2-3 references by email to Ivan Costa (email Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! ). 

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