ISCB Affiliated Group Logo

Stellenangebote

Wissenschaftliche Mitarbeiterin/Mitarbeiter („Doktorandenstelle“) E13 TV-L, 65 %

 

Wissenschaftliche Mitarbeiterin/Mitarbeiter („Doktorandenstelle“) E13 TV-L, 65 %

Am Institut für Bioinformatik der Universitätsmedizin Greifswald ist eine befristete Stelle über 3 Jahre zu dem Thema „ML approaches for integrative Multi-Omics“ zu besetzen. Das Projekt umfasst die Analyse von „Single-Cell Sequencing“, „Microbiome“ und „Mutational Signatures“ in Transkriptom- und Genom-Datensätzen. Neben der Auswertung von Hochdurchsatz-Datensätzen und deren Normalisierung geht es auch um Post-Hoc Analysen zur funktionellen Analyse und Identifizierung von Markergenen und deren Verknüpfung zu klinischen Daten und Umwelteinflüssen. Hierbei ist die Anwendung verschiedener Analysetools und deren Visualisierung und Aufbereitung ein Schwerpunkt. 

Ihre Aufgaben:

• Analyse von Single-Cell Sequencing Datensätzen

• Analyse von Microbiom Datensätzen

• Analyse von Regulatorischen Zusammenhängen on Transkriptom und Genomischen Signaturen

• Anwendung und Erstellung von R und Python Skripten zur Analyse und statistischen Auswertung

• Gene Set Enrichment und Pathway-Analysen

Unsere Anforderungen:

• Umgang mit Next Generation Sequencing Datensätzen (im besten Falle „Single-Cell Sequencing“)

• Übung in der Programmierung mit R und/oder Python

• Erfahrung in statistischer Auswertung

• Selbständiges Erarbeiten biologischer Hypothesen und Fragestellungen

• Erste Erfahrungen mit Maschinellen Lernmethoden

• abgeschlossenes Studium (Diplom oder Master) in Bioinformatik oder einem verwandten Studiengang

 

Aussagekräftige Bewerbungen mit allen relevanten Unterlagen bitte per E-Mail bis zum 10.12.2021 an Herrn Prof. Dr. Stefan Simm, Universitätsmedizin Greifswald, Institut für Bioinformatik (E-Mail bitte an das Sekretariat: bioinformatik{at}uni-greifswald.de oder persönlich: stefan.simm{at}uni-greifswald.de). 

Adresse: Center for functional Genomics of Microbes, Felix-Hausdorff-Str. 8, 17475 Greifswald 

 

PhD Students Bioinformatics and Systems Cardiology

Bioinformatics and Systems Cardiology at the Klaus-Tschira-Institute for Computational Cardiology / Department of Internal Medicine III of the University Hospital Heidelberg.

PHD STUDENTS

- CircTools 2.0 – one stop solution for circular RNA research

- Long Non-coding RNAs in podocyte disorders

More information:

https://www.klinikum.uni-heidelberg.de/en/zentrum-fuer-innere-medizin-medizin-klinik/innere-medizin-iii-kardiologie-angiologie-und-pneumologie/forschung/forschung/klaus-tschira-institut-fuer-computational-cardiology/jobs 

Wissenschaftliche Mitarbeiterin / Wissenschaftlichen Mitarbeiter im Bereich Computational Biology (w/m/d)

Für unser bundesweites Forschungsnetzwerk "NFDI4Microbiota - Nationale Forschungsdateninfrastruktur für die Mikrobiotaforschung (https://nfdi4microbiota.de/)" suchen wir

eine / einen hochmotivierte/n Wissenschaftliche Mitarbeiterin / Wissenschaftlichen Mitarbeiter im Bereich Computational Biology (w/m/d)

zur Anstellung in der Abteilung Bioinformatik der Infektionsforschung unter der Leitung von Prof. Dr. Alice C. McHardy am Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung (HZI). 

 

More information: Job advertisement HZI (helmholtz-hzi.de) (Deutsch)

 

Postdoc in Computational Biology (m/f/d)

For our nationwide research network “NFDI4Microbiota - National Research Data Infrastructure for Microbiota Research (https://nfdi4microbiota.de/)” we are looking for

a highly motivated Postdoc in Computational Biology (m/f/d)

to be employed by the Department of Bioinformatics of Infection Research headed by Prof. Dr. Alice C. McHardy at the Helmholtz Centre for Infection Research (HZI).

 

More Information: Job advertisement HZI (helmholtz-hzi.de) (English) 

 

Postdoctoral Fellow in Computational Systems Biology

Postdoctoral Fellow in Computational Systems Biology

The Computational Biology Group at CIC bioGUNE seeks a highly skilled and motivated postdoctoral researcher to work on an exciting project that aims at developing single-cell based computational models for studying tissue regeneration. In particular, the selected candidate shall develop multiscale computational models of intra- and intercellular regulation and communication to design strategies for cell rejuvenation. The research will be focused on the skeletal muscle with the principal aim of designing strategies for enhancing regeneration in the aging muscle tissue. The project is conducted in close collaboration with Dr Pura Munoz at Universitat Pompeu Fabra in Barcelona, who will also conduct the experimental validation of the computational predictions.

The Computational Biology Group aims to establish a solid infrastructure in developing theoretical frameworks for computational modeling of biomedical problems, especially in the area of network biology. The group closely collaborates with leading national and international experimental labs with a particular interest in stem cell research and regenerative medicine.

Essential skills and qualities: 

  • Ph.D. degree in computer science, biology, bioinformatics, computational biology, physics or a related discipline
  • Strong computational skills in at least one programming language (e.g. R or Python)
  • A strong publication record in related fields
  • Excellent communication skills and working knowledge in Englis

Ideal skills:

  • Prior experience in computational systems biology
  • Prior knowledge about intra- and intercellular regulation, such as cell-cell communication, signalling pathways and transcriptional regulation
  • Experience in working in a multi-disciplinary research environment

 

We offer:

  • Opportunity to do highly interdisciplinary research to solve complex biomedical problems within a dynamic research institution (CIC bioGUNE) and in collaboration with an internationally recognized partner
  • An exciting international environment

 

Applications should contain the following documents:

  • A detailed curriculum vitae
  • A Cover letter

 Applications should be sent before 30.09.21 to:

 Prof. Dr. Antonio del Sol

E-mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

 

 

Postdoc bioinformatics, WES introduction

 

The Medical Bioinformatics group works closely together with the Center for Molecular Pathology (MPZ) Heidelberg one of the leading centers for molecular diagnostics in Europe. We are an interdisciplinary and highly motivated team working with cutting-edge technologies and state-of-the-art infrastructure. We are looking for a motivated candidate to support the introduction of whole exome sequencing (WES) into clinical practice and our research projects in precision oncology.

 

Tasks and responsibilities:

 

  • Support the implementation of WES into routine diagnostics
  • Implementation of workflows for the analysis of NGS data
  • Method development and statistical analysis of molecular-oncological data
  • Integration of molecular high-throughput, clinical and histomorphological data
  • Support for administration and expansion of the MPZ IT infrastructure
  • Contribution to paper writing
  • Optional: academic advancement (habilitation)

 

Prerequisites:

 

  • PhD in Bioinformatics or a related science (Informatics, Mathematics, Physics…)
  • Proficiency in the analysis of NGS and other molecular high-throughput data
  • Excellent programming skills in at least one programming language, preferably in R
  • Experiences with artificial intelligence and image analysis are an advantage
  • Proficiency in English speaking and writing, German language skills are an advantage
  • Ability to work independently as well as in a multidisciplinary team

 

For further information please contact Ms Yvonne Reichelt Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

 

Links: https://karriere.klinikum.uni-heidelberg.de/stellenangebot/13399/Postdoc-Bioinformatics-for-WES-introduction-%28m%7Cf%7Cd%29.html

 

Normal 0 21 false false false DE X-NONE X-NONE MicrosoftInternetExplorer4 /* Style Definitions */ table.MsoNormalTable {mso-style-name:"Normale Tabelle"; mso-tstyle-rowband-size:0; mso-tstyle-colband-size:0; mso-style-noshow:yes; mso-style-priority:99; mso-style-parent:""; mso-padding-alt:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt; mso-para-margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; font-size:10.0pt; font-family:"Times New Roman",serif;}

W3-Professur für Bioinformatik (m/w/d)

 

Am Institut für Pharmazie und Molekulare Biotechnologie (IPMB) der Universität Heidelberg ist eine

 

W3-Professur für Bioinformatik (m/w/d)

 

zu besetzen.

 

Die Einbettung der Professur in das IPMB und in die biomedizinisch hervorragend ausgewiesene Forschungsregion um die Universität Heidelberg eröffnet die Möglichkeit, bioinformatische Methoden unmittelbar auf experimentellen, medizinisch-therapeutischen, biotechnologischen und ingenieurwissenschaftlichen Gebieten anzuwenden. Aktuelle Entwicklungen auf dem Gebiet der translationalen Natur- und Ingenieurwissenschaften bieten Vernetzungs- und Entwicklungsmöglichkeiten im translational-bioinformatischen Bereich, bis hin zur Medizintechnik und dem Molecular Systems Engineering. Es werden ausgewiesene Forschungskompetenzen in der Bioinformatik mit Fokus auf Anwendungen in der Pharmakogenomik, der personalisierten Medizin oder Biotechnologie vorausgesetzt.

 

Von der/dem Stelleninhaber/in wird die Fähigkeit und Bereitschaft erwartet, die Lehrveranstaltungen in den Fächern Bioinformatik und Mathematik für die Bachelor- und Masterstudiengänge Molekulare Biotechnologie und dem Staatsexamens-Studiengang Pharmazie persönlich abzuhalten. Der/die Stelleninhaber/in gestaltet die Lehre im Schwerpunkt Bioinformatik der BSc- und MSc-Studiengänge Molekulare Biotechnologie.

 

Voraussetzung für die Bewerbung ist ein abgeschlossenes Hochschulstudium, sowie nach § 47 Abs. 2 Landeshochschulgesetz die Habilitation, die erfolgreich evaluierte Juniorprofessur oder eine vergleichbare Qualifikation, insbesondere die Leitung einer unabhängig evaluierten Nachwuchsgruppe.

 

Bewerbungen mit Lebenslauf, wissenschaftlichem Werdegang, Verzeichnis der Forschungsleistungen (Publikationen, Kongressbeiträge, Software, Datenbanken, Patente), Listen der bisherigen und laufenden Drittmittelprojekte und Lehrveranstaltungen sowie einer kurzen Darstellung der zukünftigen Forschungsplanung werden, bevorzugt in elektronischer Form, zusammengefasst in einem einzelnen pdf-Dokument, bis zum 03.10.2021 erbeten an:
Herrn Prof. Dr. Jochen Wittbrodt, Dekan der Fakultät für Biowissenschaften, Im Neuenheimer Feld 234, 69120 Heidelberg, e-mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!, unter dem Betreff: „Bioinformatik 2021“.Wir bitten um Verständnis, dass eingegangene Bewerbungsunterlagen nicht zurückgesandt werden.

 

Hinweise zu den erforderlichen Bewerbungsunterlagen finden Sie unter www.ipmb.uni-heidelberg.de.

 

Die Universität Heidelberg steht für Chancengleichheit und Diversität. Wir bitten qualifizierte Frauen nachdrücklich um ihre Bewerbung. Schwerbehinderte werden bei gleicher Eignung vorranging berücksichtigt. Informationen zum Bewerbungsverfahren und zum Datenschutz finden Sie unter www.uni-heidelberg.de/stellenmarkt.

 

Normal 0 21 false false false DE X-NONE X-NONE MicrosoftInternetExplorer4 /* Style Definitions */ table.MsoNormalTable {mso-style-name:"Normale Tabelle"; mso-tstyle-rowband-size:0; mso-tstyle-colband-size:0; mso-style-noshow:yes; mso-style-priority:99; mso-style-parent:""; mso-padding-alt:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt; mso-para-margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; font-size:10.0pt; font-family:"Times New Roman",serif;}

Scientific Data Curator (m/f/d) full-time


Job announcement ref. #01-21025
https://www.senckenberg.de/de/karriere/wissenschaftlerinnen/#content-0002_6
 
For more than 200 years, the Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung represents one of the most relevant institutions investigating nature and its diversity. Currently, scientists from more than 40 countries conduct research across 11 locations in Germany in the fields of biodiversity, earth system analysis, and climate change.
 
The Senckenberg Biodiversity Information Unit invites applications for a
 
Scientific Data Curator (m/f/d)
(full-time position)
 
 We are seeking a data curator to manage the data.portal at Senckenberg, and to contribute to further development of SGN’s collection management system SeSam and to organize data flow to open-access databases (GBIF and OBIS). The successful applicant will establish and manage the data.portal database, archive metadata related to research data management plans and Nagoya documentation, define and maintain data standards for Senckenberg scientists, support researchers to format data according to standards and publish them on data.portal, SeSam, and open portals.
 
Your tasks
 
1.    Curate research metadata (data management plans and Nagoya) at data.portal
2.    Data processing, transformation into standard formats and data quality control
3.    Support SGN scientists in setting up data management plans and contribute to data archiving (with respect to FAIR data principles)
4.    Support digitising the natural collections and their attached data based on biodiversity standards, and submit them to SeSam as well as open-portals such as GBIF and OBIS
5.    Representing Senckenberg in international standardisation efforts such as CETAF, DiSSCo, and TDWG
 
Ideally you convince us with
 
1.    an academic degree in bioinformatics, data science, or related fields of research
2.    knowledge of data management plans and their implementation (international and national levels)
3.    strong IT skills with different programming languages, e.g. Python, C++ (in MS Visual Studio), R (also RStudio), Matlab, HTML/JavaScript
4.    experience in working and designing databases, e.g. MS SQL Server, PostgreSQL, SQLite
5.    knowledge on standards (MIDS) for geo-biodiversity data and digitisation processes of natural history collections
6.    excellent written and oral communication skills in German and English
7.    the capacity to collaborate effectively within a large and heterogenous team of IT developers, biologists, and geoscientists.
 
 
What is awaiting you?
 
1.    An attractive and challenging position in a research institution of international standing
2.    A salary that reflects the tasks and responsibilities of the position based on the collective agreement for public service in the state of Hesse (TV-H).
3.    Flexible working hours – annual special payment – company pension scheme – annual leave of 30 days – discounted job-ticket for public transportation in the Rhein-Main area
 
Place of employment:    Frankfurt am Main, Germany
Volume of employment:     full-time position (40 hours/week)
Contract type    :        initially limited for 2 years, with a possible extension
 
The Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung supports equal opportunity and therefore strongly invites women to apply. Equally qualified handicapped applicants will be given preference. The employer is the Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung.
 
You would like to apply?
 
 Please send your application documents (CV, certificates, transcripts and credentials, references, letter of motivation), mentioning the reference #01-21025 until October 17th, 2021 by e-mail (attachment in a single pdf document) to:
Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung    
Senckenberganlage 25
60325 Frankfurt am Main
E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!
 
 
For more information on the field of activity, please contact Dr. Hanieh Saeedi, Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!.

Normal 0 21 false false false DE X-NONE X-NONE /* Style Definitions */ table.MsoNormalTable {mso-style-name:"Normale Tabelle"; mso-tstyle-rowband-size:0; mso-tstyle-colband-size:0; mso-style-noshow:yes; mso-style-priority:99; mso-style-parent:""; mso-padding-alt:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt; mso-para-margin-top:0cm; mso-para-margin-right:0cm; mso-para-margin-bottom:8.0pt; mso-para-margin-left:0cm; line-height:107%; mso-pagination:widow-orphan; font-size:11.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:"Times New Roman"; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-fareast-language:EN-US;}

Stellenausschreibung Enzym-Informationssystem BRENDA

Für die Weiterentwicklung der BRENDA Enzymdatenbank wird ab sofort ein/e


Wissenschaftliche*r Mitarbeiter*in
im Bereich Bioinformatik/Biocomputing (m/w/d)
(Vollzeit – zunächst befristet bis 31.12.2022)


gesucht. BRENDA (www.brenda-enzymes.org) gehört zu den für den wissenschaftlichen Fortschritt
weltweit als essentiell begutachteten Datenbanken für die gesamten Lebenswissenschaften (ELIXIR
core data resource) und ist Teil des Deutschen Netzwerks für Bioinformatik Infrastruktur de.NBI. Sie
wird am Braunschweiger Integrierten Zentrum für Systembiologie (BRICS) der Technischen
Universität Braunschweig entwickelt. Ihre Aufgaben umfassen die direkte Mitwirkung bei der
Neugestaltung und Weiterentwicklung der BRENDA Datenbank im Backend und Frontend und die
Betreuung der Webservices der BRENDA und der Webseite.

Werden Sie Teil des BRENDA-Teams und helfen Sie uns die Zukunft im Umgang mit
Forschungsdaten zu gestalten!

IHRE PERSON

  • Hochschulabschluss vorzugsweise in der Bioinformatik, Informatik, Biologie, Biochemie,
    Biotechnologie, Chemie oder einer verwandten Fachrichtung (Uni oder FH)
  • Erfahrungen im Bereich der Softwareentwicklung (PHP und/oder Python, idealerweise
    auch JavaScript/HTML/CSS) und im Datenbankdesign (idealerweise SQL)
  • Idealerweise Kenntnisse im Einsatz von (Server-) Betriebssystemen (Linux) und
    Virtualisierungstechnologien
  • Gute Deutsch- und Englischkenntnisse
  • Interesse am interdisziplinären Arbeiten


WIR BIETEN

  • Eine bis Ende 2022 befristete Stelle mit angestrebter Entfristung im Rahmen der
    Verstetigung von BRENDA vorbehaltlich der gesicherten Finanzierung.
  • Eine Vergütung je nach Qualifikation und Berufserfahrung bis Entgeltgruppe 13 TV-L. Der
    Arbeitsplatz ist grundsätzlich teilzeitgeeignet, sollte jedoch zu 100% besetzt werden.
  • Ein interdisziplinäres Arbeitsumfeld mit frequentem Erfahrungsaustausch
  • Motivierte Kollegen und ein angenehmes Arbeitsklima im wissenschaftlichen Umfeld
  • Viel Raum für Kreativität und herausfordernde Themenbereiche
  • Möglichkeiten der Weiter- und Fortbildung, Teilnahme an (inter)nationalen Tagungen
  • Flexible Möglichkeiten zur Vereinbarung von Beruf und Familie

Finden Sie sich in dieser Stellenbeschreibung wieder?Dann freuen wir uns über Ihre Bewerbung.


TU BRAUNSCHWEIG

Die Technische Universität Braunschweig ist das akademische Zentrum Braunschweigs, der
traditionsreichen »Stadt der Wissenschaft« inmitten einer der aktivsten Forschungsregionen Europas
und verfügt über eine traditionsreiche Architekturfakultät. Vollständige Ingenieurwissenschaften und
starke Naturwissenschaften sind Kerndisziplinen der TU Braunschweig, eng vernetzt mit Wirtschafts-
und Sozial-, Geistes- und Erziehungswissenschaften. Die TU Braunschweig ist Teil der TU9 - einem
Zusammenschluss der führenden technischen Universitäten Deutschlands. Die TU Braunschweig
fördert Vielfalt und Integration. Bewerbungen von Menschen mit vielfältigen kulturellen Hintergründen
sind herzlich willkommen. Bewerbungen können in deutscher oder englischer Sprache erfolgen.

Die TU Braunschweig strebt in allen Bereichen und Positionen an, eine Unterrepräsentanz i.S. des
NGG abzubauen. Daher sind Bewerbungen von Frauen besonders erwünscht. Schwerbehinderte
Bewerber*innen werden bei gleicher Qualifikation bevorzugt. Ein Nachweis ist beizufügen.
Bewerbungskosten inkl. Fahrtkosten können nicht erstattet werden. Bitte haben Sie Verständnis
dafür, dass Bewerbungen nur gegen einen adressierten, ausreichend und frankierten Rückumschlag
zurückgesandt werden können. Zu Zwecken der Durchführung des Bewerbungsverfahrens werden
personenbezogene Daten gespeichert.

Senden Sie Ihre aussagekräftige Bewerbung mit den üblichen Unterlagen – bevorzugt digital – bis
zum 29.08.2021 an:

Melanie Pflug
BRICS
TU Braunschweig
Rebenring 56
38106 Braunschweig

Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Bei inhaltlichen Fragen wenden Sie sich an Dr. Meina Neumann-Schaal (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!).

Postdoc in Computational Biology 

The  Department  of  Computational  Biology  of  Infection  Research  at  the  HZI,  led  by  Prof  Dr Alice C. McHardy, is looking for excellent postdocs in computational biology and encourages unsolicited applications.  HZI).

Please find more information on https://www.helmholtz-hzi.de/fileadmin/user_upload/Forschung/Forschungsgruppen/Bioinformatik_der_Infektionsforschung/2_E13-14_PostDoc_BIFO_Generic.pdf

 

Wir nutzen Cookies auf unserer Website. Einige von ihnen sind essenziell für den Betrieb der Seite, während andere uns helfen, diese Website und die Nutzererfahrung zu verbessern (Tracking Cookies). Sie können selbst entscheiden, ob Sie die Cookies zulassen möchten. Bitte beachten Sie, dass bei einer Ablehnung womöglich nicht mehr alle Funktionalitäten der Seite zur Verfügung stehen.