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Stellenangebote

Bioinformatics PhD student (M/W/D), Heidelberg University Hospital

The working group of Clinical Bioinformatics at the University Hospital Heidelberg is looking for a 100% PhD student. The position is limited to 3 years. The salary is paid according to the German TV-L system (the salary agreement for public service employees).

The Medical Bioinformatics group works closely together with the Center for Molecular Pathology (MPZ) Heidelberg, one of the leading centers for molecular diagnostics in Europe. We work with cutting-edge technologies and state-of-the-art infrastructure and offer access to international research networks. The preferred candidate will work in an interdisciplinary and highly motivated team.

Project description:

Malignant tumors, besides cancer cells, include a microenvironment composed of stromal, immune, vascular and other cells. The project seeks to explore the cellular architecture of malignant tumors by the application machine learnings to digital tissue slides. Exploitation of the cellular composition and organization is expected to contribute to the development of new and better biomarkers for prediction of prognosis and of therapy response.

Tasks:

  • Method development for the analysis of histomorphological and of multispectral imaging digital tissue slides
  • Integration of digital tissue data, molecular high-throughput data and clinical-pathological data
  • Presentation of research results at meetings and conferences, contribution to paper writing

Profile:

  • Masters’ degree or equivalent degree in bioinformatics, informatics, computational biology or a related science
  • Excellent programming skills in at least one programming language, preferably R
  • Skills in big data analysis and machine learning
  • Enthusiasm to apply machine learning methods to the analysis of digital tissue slides, research experience in image analysis would be a plus 
  • Familiarity with concepts and data bases related to cancer research would be a plus
  • Proficiency in English speaking and writing, as well as good team and communication skills

For further Information please check the full job description or/and contact Ms Yvonne Reichelt via e-mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!.

PostDoc Position - Genomic basis of environmental adaptation

Job offer ref. #11-20021

The Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (SGN) is a member of the Leibniz Association and is based in Frankfurt am Main, Germany. SGN conducts natural history research with almost 800 employees and research institutions in six federal states. Within SGN, the Senckenberg Biodiversity and Climate Research Centre (BiK-F) explores the interactions between biodiversity, climate, and society.

Senckenberg BiK-F invites applications for a

 

PostDoc Position - Genomic basis of environmental adaptation

(100 %)

 

The position is in the research group of Professor Imke Schmitt at the Senckenberg Biodiversity and Climate Research Centre. The lab studies molecular evolution and ecology of the lichen symbiosis with a focus on organism-environment interactions. Current interests include genome evolution, secondary metabolism, microbial community ecology, population genetics, and symbiotic interactions. Organisms we work with are lichenized and non-lichenized fungi and green algae, and bacterial and viral communities (microbiomes) of lichens and plants.

 

You will initially work on existing projects, and later develop your own research program within the thematic context of the Schmitt lab.  You will have the option to get teaching experience and habilitate at Goethe University. You are expected to maintain a strong publication record, acquire third party funding, advise students, and contribute to the Senckenberg Science and Society program.

 

Your profile:

·       PhD in evolutionary biology, ecology, bioinformatics, microbiology, or related field

·       Strong publication record showing keen interest in molecular evolution and ecology

·       Excellent communication and writing skills in English

·       Bioinformatics skills, including NGS data analysis and ecological modeling, e.g. de novo genome assembly, metabarcoding, metagenomics, transcriptomics

·       Laboratory experience, e.g. DNA extraction, library construction

·       Creativity, ambition, analytical and collaborative skills

·       A plus: Experience in experimental manipulation of microorganisms/plants

 

Salary and benefits are according to a full-time public service position in Germany (TV-H E 13, 100%). The contract should start as soon as possible - ideally on February 1st, 2021 - and will initially be limited to three years with a possibility of extension.

The Senckenberg Research Institutes support equal opportunity of men and women and therefore strongly invites women to apply. Equally qualified handicapped applicants will be given preference. The place of employment is in Frankfurt am Main, Germany.

Please send your application, mentioning the reference of this job offer (ref. #11-20021) before December 15th, 2020 by e-mail (attachment in a single pdf document) and including a cover letter detailing research interests and experience, a detailed CV and a copy of your certification to:

Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung

Senckenberganlage 25

60325 Frankfurt am Main

E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

For more information contact Prof. Imke Schmitt (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!).

 

Postdoc in Machine Learning for Sequence Analysis (m/f/d)

As soon as possible searched for the Klaus Tschira Institute for Integrative Computational Cardiology / Internal Medicine III.

The position is initially limited to 2 years with option of further extension. The salary is paid according to the German TV-L system (the salary agreement for public service employees).

The Klaus Tschira Institute for Integrative Cardiology is active in three thematic areas. First: RNA maturation and processing. In particular, the development and physiology of the heart require strict control of RNA biology. Our laboratory has succeeded in publishing numerous software solutions for the investigation of the complex RNA world. Secondly, we have established the field of systems cardiology for in vitro and in vivo models of heart failure. Thirdly, we build a bridge into the field of clinical data science through the HiGHmed Consortium, as part of the German Medical Informatics Initiative. At this point, our AI work in the field of unstructured German texts from cardiological settings should be mentioned in particular. Further information is available at www.dieterichlab.org.

Tasks

You will implement existing and develop new computational methods for the analysis and interpretation of sequencing data and contribute to at least one of our research areas:

·         Direct RNA sequencing data: RNA modification detection

·         Single Cell RNA sequencing data: Hybrid approaches on the ONT platform

·         Predictive Machine Learning Models for RNA biology (Splicing, Translation, NMD)

Required Qualifications

·         The ideal candidates will have a PhD or equivalent in Bioinformatics, Physics, Statistics or a related discipline

·         You offer solid expertise in handling high-throughput data sets and are fully competent in managing the underlying statistical challenges

·         Moreover, you are happy to work in a highly interdisciplinary team

·         A proven competence in scripting/programming (i.e. at least two out of C/C++, R, Python, Java) is essential

·         Other relevant qualifications include a good understanding of RNA Biology

What we offer

The Dieterich Lab (www.dieterichlab.org) offers a stimulating, diverse and international research environment. We are embedded in a vibrant community of cardiovascular research labs and collaborate with many experimentally or theoretically oriented labs in the Heidelberg area. Our computer cluster consists of 26 dedicated computing nodes with main memory of up to one terabyte, which is needed for genome assembly or parallel analysis of large OMICS data sets, for example. In addition, the computer cluster has been equipped with dedicated servers that accommodates NVIDIA GPUs (Graphics Processing Units) for up-to-date machine learning approaches. 

Additionally we offer:

·         Target-oriented individual further education and training opportunities

·         Targeted training on the job

·         Ticket for public transport

·         Possibility of child care (crèche and kindergarten) as well as subsidy for holiday care for school children

·         Active health promotion

·         Company pension scheme

·         Access to the university library and other university facilities (e.g. university sports)

 

Contact & Application

Please do not hesitate to contact us via e-mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! if you have any further questions.

Interested?

Please send a covering letter/supporting statement, including a brief statement of research interests, CV and the details of two referees as part of your online application until December 15th, 2020.


Universitätsklinikum Heidelberg
Zentrum für Innere Medizin
Klinik für Kardiologie, Angiologie, Pneumologie (Innere Medizin III)
Prof. Dr. rer. nat. Christoph Dieterich 
Im Neuenheimer Feld 669
69120 Heidelberg
Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

https://www.klinikum.uni-heidelberg.de/zentrum-fuer-innere-medizin-medizin-klinik/innere-medizin-iii-kardiologie-angiologie-und-pneumologie/forschung/forschung/klaus-tschira-institut-for-computational-cardiology

ioinformatician – Analyst (f/m/d) for Clinical Data

Our client is a biopharmaceutical company and leader in biomedical research based in South Germany.

To strengthen the client’s team, we are currently looking for a

 

Bioinformatician – Analyst (f/m/d) for Clinical Data

 

Role & Responsibilities

  • You will optimize workflows and ensure that reports and documentation are processed by analyzing clinical data
  • In order to understand the effects of the client’s products, you will process and analyze various clinical data from different trials
  • You will interact as an interface to clinical laboratory and research departments, communication and coordination included
  • In order to ensure a good information flow, you will prepare and support data handling within clinical trials between the stakeholders
  • You will present results, improvements and concepts to stakeholders
  • Supporting the clinical team leveraging their analyses (e.g. ELISA, RNA-Seq, ICS) will also be part of your role

 

Requirements & Qualifications

  • You have a PhD in Computer Science, Statistics, Bioinformatics or similar qualification, and gained some postdoctoral or industrial experience, preferably in the field of drug development
  • You have experience with Machine Learning, clustering/classification, multivariate analysis and Bayesian statistics
  • Biostatistics and Data Processing are a strong part of your background, as well as knowledge of at least one programming language (Julia, R, Python)
  • By using statistical software you are able to analyze data according to strict timelines
  • Having good knowledge of regulations like GCP (Good Clinical Practice) is an advantage
  • An excellent team spirit as well as good communication and presentation skills characterize you
  • Fluent English language skills are mandatory, German is a plus

 

Links: Bewerbungslink https://constares.vincere.io/careers/apply/32199/bioinformatician-analyst-fmd-for-clinical-data

Ausschreibung der W2-Professur „Applied Informatics for Life“ an der HSWT

Lehr- und Forschungsinhalte:

Die zu besetzende Professur soll wesentlich in der Forschung aktiv sein. Damit verbunden ist eine Lehrentlastung von bis zu 50% der Regellehrverpflichtung. Die Lehrentlastung ist zunächst befristet auf fünf Jahre, kann jedoch verlängert werden.

In der Lehre sollen fachgebietsübergreifend Grundlagen der Informatik vermittelt und Methoden der Informatik sowie deren Anwendungen vertreten werden. Dies umfasst im Besonderen die Bereiche Software Entwicklung, Software Architekturen und Algorithmen. Innerhalb des Lehrgebietes sollen Module mit entsprechenden Inhalten im grundständigen und postgradualen Studienangebot der Hochschule in deutscher und englischer Sprache entwickelt und angeboten werden, so dass eine fachliche Ergänzung unseres Bachelorstudien-Angebots, sowie der Ausbau unseres bestehenden Masterangebots erfolgen kann.

Die Professur soll Anforderungen aus dem Bereich der Lebenswissenschaften mit modernster Technologie aus der Software Entwicklung zusammenbringen und somit zukunftsweisende Innovationen für diesen Bereich erarbeiten. Der Anwendungsbereich umfasst die Bioinformatik ebenso wie die Biotechnologie, das Brauwesen, aber auch angrenzende Bereiche wie Umwelt- oder Agrarwissenschaften. Die zu besetzende Professur soll angewandte Forschung betreiben zu den Themen Analyse und Modellierung von Software, sowie Auswahl und Bewertung geeigneter Technologien für die Entwicklung moderner Softwaresysteme. Weiterhin sollen neue Algorithmen auf Basis der jeweiligen Anforderungen entwickelt und auf Eignung der Verfahren untersucht werden. Die Entwicklung neuer Methoden und Technologien für die computergestützte Analyse komplexer Daten im Bereich der Lebenswissenschaften ist ein weiteres Ziel dieser Professur. Eine Vernetzung mit den bestehenden Forschungseinrichtungen und Kompetenzzentren der Hochschule wird erwartet, insbesondere im Bereich der Digitalisierung.

 

Profil:

Wir suchen eine teamfähige Persönlichkeit mit einem abgeschlossenen Hochschulstudium der Informatik oder einem natur- oder ingenieurwissenschaftlichen Hochschulabschluss mit passendem Schwerpunkt. Sie verfügen über eine erfolgreiche mehrjährige berufliche Praxis im Bereich der Informatik oder einer verwandten Branche und haben Freude an der Lehre. Sie sind didaktisch kompetent und setzen die Instrumente eines modernen Lehrumfeldes (wie z.B. eLearning) ein.

Wir erwarten von Ihnen dabei besondere Kenntnisse in der Anwendung aktueller Methoden der Informatik, sowie praxisorientierte Forschungskompetenz auf den genannten Gebieten.

 

Außerdem verfügen Sie über Erfahrungen in der Akquisition von Drittmitteln, im Projektmanagement und/oder der Leitung interdisziplinärer Projekte sowie in der zielorientierten Koordination unterschiedlich ausgerichteter Arbeitsgruppen

 

Einstellungsvoraussetzungen:

1. abgeschlossenes Hochschulstudium,

2. pädagogische Eignung,

3. besondere Befähigung zu wissenschaftlicher Arbeit, die durch die Qualität einer Promotion oder durch einen anderen Nachweis (Gutachten über promotionsadäquate Leistungen) nachgewiesen wird,

4. darüber hinaus besondere Leistungen bei der Anwendung oder Entwicklung wissenschaftlicher Erkenntnisse und Methoden in einer mindestens fünfjährigen beruflichen Praxis nach Abschluss des Hochschulstudiums. Von diesen fünf Praxisjahren müssen Sie mindestens drei Jahre außerhalb des Hochschulbereichs gearbeitet haben. Als Berufspraxis außerhalb des Hochschulbereichs gilt in besonderen Fällen auch, wenn Sie mindestens 5 Jahre einen erheblichen Teil Ihrer beruflichen Praxis in Kooperation zwischen Hochschule und außerhochschulischer beruflicher Praxis tätig waren.

 

Bitte beachten Sie den vollständigen Text der Stellenausschreibung, der weitere wichtige Informationen enthält!

 

Bitte bewerben Sie sich mit den vollständigen Unterlagen (u.a. Anschreiben, Lebenslauf, Zeugnisse, Nachweise über den beruflichen Werdegang und wissenschaftliche Arbeiten) bis zum 06.12.2020 direkt über unser Online-Bewerbermanagement unter www.hswt.de/stellenangebote.html.

weitere Auskünfte erteilt Ihnen gerne:

Prof. Dr. Claudia Brand Tel.: +49 (0) 8161 71-3054

E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

 

Link zur Stellenausschreibung: www.hswt.de/stellenangebote.html

Postdoktorand NFDI4BioDiversity

Für die Technische Fakultät, Institut für Bioinformatik-Infrastruktur (BIBI), suchen wir zum 1. Januar 2021 in Vollzeit eine*n Wissenschaftliche*n Mitarbeiter*in (m/w/d) (E13 TV-L, befristet)

*** Ihre Aufgaben ***

Bei dem DFG-geförderten Projekt NFDI4BioDiversity handelt es sich um ein Konsortium der Nationalen Forschungsdateninfrastruktur (NFDI), innerhalb dessen datenwissenschaftliche Lösungen für das Gebiet der Biodiversitätsforschung entwickelt und angeboten werden sollen. An der Technischen Fakultät der Universität Bielefeld und am Bielefelder Institut für Bioinformatik-Infrastruktur (BIBI) soll in diesem Kontext eine einfache Zugangsmöglichkeit zur Cloud-Infrastruktur des deutschen Netzwerks für Bioinformatik-Infrastruktur (de.NBI) entwickelt werden.

Die an der Universität Bielefeld in diesem Kontext anfallenden Aufgaben umfassen im Einzelnen:
* Auswahl und Anpassung von Software und Cloud-Lösungen aus dem de.NBI-Netzwerk für die Belange des NFDI4BioDiversity-Konsortiums (30 %)
* Weiterentwicklung der Software-Angebote, insbesondere um Methoden des Data Mining und des maschinellen Lernens (30 %)
* Training von Mitgliedern des Konsortiums an de.NBI-Software und bei der Nutzung de.NBI-Cloud (40 %)

Für diese Tätigkeiten wird ein*e erfahrene*r Mitarbeiter*in gesucht, die*der sich sowohl auf technischer wie auf koordinatorischer Ebene einbringen soll.
Die Stelle ist unter Vorbehalt der Projektbewilligung zu besetzen.

*** Ihr Profil ***

Das erwarten wir
* abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Diplom-, Master- oder vergleichbarer Abschluss) in Informatik, Bioinformatik oder einem verwandten Fach
* Promotionsabschluss in Informatik oder Bioinformatik
* mehrjährige Berufserfahrung als Datenwissenschaftler*in in den Lebenswissenschaften
* fundierte Kenntnisse in der statistischen Analyse und Integration großer heterogener Datenmengen
* Erfahrung im Umgang mit Hochdurchsatz-Rechnerinfrastruktur
* Deutsch und Englisch fließend in Wort und Schrift
* ausgeprägte kommunikative Kompetenz, selbständige Arbeitsweise und hohe Eigeninitiative

Das wünschen wir uns
* aktuelle Publikationstätigkeit
* Erfahrung im Design und der Implementierung von Speicher-/Analysekonzepten für Hochdurchsatz-Daten

*** Unser Angebot ***

Die Vergütung erfolgt nach der Entgeltgruppe 13 des Tarifvertrages für den öffentlichen Dienst der Länder (TV-L). Die Stelle ist gemäß § 2 Absatz 1 Satz 2 WissZeitVG bis zum 31. Dezember 2025 befristet (entsprechend den Vorgaben des WissZeitVG und des Vertrages über gute Beschäftigungsbedingungen kann sich im Einzelfall eine abweichende Vertragslaufzeit ergeben). Die Beschäftigung ist der wissenschaftlichen Qualifizierung förderlich. Es handelt sich um eine Vollzeitstelle. Auf Wunsch ist grundsätzlich auch eine Stellenbesetzung in Teilzeit möglich, soweit nicht im Einzelfall zwingende dienstliche Gründe entgegenstehen.

Die Universität Bielefeld legt Wert auf Chancengleichheit und die Entwicklung ihrer Mitarbeiter*innen. Sie bietet attraktive interne und externe Fortbildungen und Weiterbildungsmaßnahmen. Zudem können Sie eine Vielzahl von Gesundheits-, Beratungs- und Präventionsangeboten nutzen. Die Vereinbarkeit von Beruf und Familie hat einen hohen Stellenwert.

*** Interessiert? ***

Wir freuen uns über Ihre Bewerbung per Post an die untenstehende Anschrift oder per E-Mail unter Angabe der Kennziffer wiss20230 in einem einzigen pdf-Dokument an Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! bis zum 4. November 2020. Bitte verzichten Sie auf Bewerbungsmappen und reichen Sie ausschließlich Fotokopien ein, da die Bewerbungsunterlagen nach Abschluss des Auswahlverfahrens vernichtet werden. Weitere Informationen zur Universität Bielefeld finden Sie auf unserer Homepage unter www.uni-bielefeld.de. Bitte beachten Sie, dass Gefährdungen der Vertraulichkeit und der unbefugte Zugriff Dritter bei einer Kommunikation per unverschlüsselter E- Mail nicht ausgeschlossen werden können. Informationen zur Verarbeitung von personenbezogenen Daten finden Sie unter https://www.uni-bielefeld.de/Universitaet/Aktuelles/Stellenausschreibungen/2019_DS-Hinweise.pdf.

*** Bewerbungsanschrift ***

Universität Bielefeld
Technische Fakultät/Institut für Bioinformatik-Infrastruktur (BiBi)
Herrn Prof. Dr. Jens Stoye
Postfach 10 01 31
33501 Bielefeld

*** Ansprechpartner ***

Prof. Dr. Jens Stoye
0521 106-3852
Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!


Links: https://www.uni-bielefeld.de/uni/karriere/stellen-wiss/wiss20230.pdf

Bio-)Informatiker*in/ Statistiker*in (m/w/d) [Unimedizin Mainz]

Ihr Profil:

 

·         Diplom oder Master in Bioinformatik, (Bio-)Statistik oder Mathematik oder entsprechende Qualifikation

 

·         Sehr gute Programmierkenntnisse in mindestens einer Sprache (bevorzugt R/Bioconductor; Python, C++), idealerweise zur Next-Generation-Sequencing Datenanalyse

 

·         Vertiefte Kenntnisse statistischer Konzepte erwünscht

 

·         Fundierte Kenntnisse in der Auswertung, Speicherung und Visualisierung von NGS-Daten ist von Vorteil

 

·         Vertrautheit mit Linux-Umgebung

 

·         Verantwortungsbewusstes, kollegiales und ergebnisorientiertes Arbeiten mit interdisziplinären Kommunikationsfähigkeiten

 

·         Gute Deutsch- und Englischkenntnisse

 

Ihre Aufgaben:

 

·         Bioinformatische Analyse, statistische Modellierung und Visualisierung hochdimensionaler molekularer Daten (RNA-seq, Whole Genome/Exome Sequencing, ChIP-seq, Microarray-Daten, Methylation-Array) mit Fokus auf Entwicklung von Software-Tools und Workflows

 

·         Unterstützung der Kooperationspartner bei der Planung, Interpretation und Publikation von Transkriptom- und Epigenom-Daten

 

·         Integration von Daten aus verschiedenen biologischen Ebenen

 

·         Problemspezifische Anpassung und Neuentwicklung bioinformatischer Techniken

 

·         Mitwirkung an Lehrveranstaltungen und an der Erstellung wissenschaftlicher Publikationen

 

 

 

Links:

 

https://bewerbung.unimedizin-mainz.de/sap/bc/webdynpro/sap/hrrcf_a_posting_apply_ext?POST_INST_GUID=00155D0CD1341EEB84D21AA879FFDDE7&SAP-WD-CONFIGID=ZHRRCF_A_POSTING_APPLY_EXT#

 

https://www.unimedizin-mainz.de/typo3temp/secure_downloads/33561/0/4ab7ca4a158efea81e981217282862807e9698e1/50102185_Englische_Ausschreibung_NEU.pdf

PhD position in bioinformatics: HIV induced B cell lymphomas

Universität Duisburg-Essen:
We are one of the youngest universities in Germany and think in terms of
possibilities, not limitations. In the heart of the Ruhr region, we develop
ideas for the future at our 11 faculties. We are strong in research and
teaching, live diversity, support potential, and are committed to real
educational equality.

Activities and responsibilities:
The University Duisburg-Essen (Campus Essen) offers a position (starting
2021-01-01 for three years) at the Faculty of Biology, Research Group
<a
href="https://www.uni-due.de/zmb/bioinformatics-computational-biophysics/">Bioinformatics
and Computational Biophysics</a> as:

PhD student
(65% part-time, salary equivalent TV-L 13)

The successful applicant will work in a collaborative project aiming at the
discovery of mechanisms that lead to high prevalence of B cell lymphoma in HIV
infected. The project is funded by the German José Carreras Leukemia Foundation.

The focus will be on computational analyses of data from high-throughput
experiments, specifically:
- B cell receptor repertoire analyses
- Whole genome analyses
- Affinity assays
For these analyses the PhD student will develop/apply computational methods.

The PhD student will participate in the BIOME graduate school.


Qualification profile:
At least 8 semesters of successful studies with a Master in Bioinformatics,
Biostatistics, Computational Biology, Biology or similar.
- solid background in bioinformatics (sequence analysis, machine learning, etc.)
and statistics (preferentially probabilistic modeling and Bayes inference)
- Familiarity with processing and analysis of HTseq data
- Very good programming skills, including R and python
- Background knowledge in molecular and immuno-biology
- Good communication skills (incl. ability of writing and speaking scientific
english) and team working abilities


Benefits:
- Being part of a cutting edge research project
- Interesting job in an excellent team
- Supplementary training opportunities
- Sports and health offers (university sports)

Send applications by e-mail to:
Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!
Prof. Daniel Hoffmann
Bioinformatics and Computational Biophysics
Faculty of Biology
University of Duisburg-Essen

PhD/Early Postdoc in Network Analysis Algorithms in Konstanz

We are seeking a PhD or junior postdoc with a strong interest in network analysis algorithms to investigate interactions within collectives, in particular for the exploration of collective behaviour in immersive environments.

The Cluster of Excellence “Centre for the Advanced Study of Collective Behaviour” (CASCB) at the University of Konstanz invites applications for this position primarily targeted as a PhD study but also open to candidates on a junior postdoc level. The position is to be filled by January 01 2021 or by agreement for initially two years (PhD three years) with possible extension for one year.

The cluster investigates the collective behaviour and associated patterns in humans and animals in an unprecedented interdisciplinary approach by applying and developing an innovative range of quantitative methods and novel technologies (https://www.exc.uni-konstanz.de/collective-behaviour/). The position will be embedded into the conceptional framework of the research area „Computational Methods for Measuring, Analysing and Visualising Collective Behaviour“. It is a full-time paid position (E13 TV-L) also on PhD level.

Your responsibilities
	• Research in network analysis algorithms for immersive environments to investigate interactions within collectives
	• Writing research papers and other publications
	• Supervising students

Your Competencies
	• Graduate degree (Master or PhD level) in Computer Science or related field
	• Experience with graph algorithm development, algorithm engineering and virtual reality
	• High motivation
	• Good communication skills and the ability for teamwork
	• Strong written and oral English skills

We Offer
	• Professional infrastructure and support for conducting research
	• Ability to work with world-leading scientists on a new and exciting research field
	• Full funding for international and German students
	• Integration into the interdisciplinary Excellence Cluster research community
	• Inspiring work environment

Starting date: As soon as possible
initially two years (PhD three years) position with possible extension for one year

Salary: based on E13 TV-L (100%, ca. 50.000 Euro p.a. before taxes)

Location: University of Konstanz

For further information related to the position, please contact Prof. Dr. Falk Schreiber, Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!.

Please send your application including your cover letter, CV and official transcripts of education certificates as one PDF file by
November 20th 2020 via our Online-Application Portal, see https://stellen.uni-konstanz.de/jobposting/d7bc06d7beca82e9313df7ef4cdbf70e25ae6c950

Research Associate [Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (SGN)]

Job Announcement ref. #11-20017

 

For over 200 years the Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (SGN) represents one of the most relevant institutions investigating nature and its diversity. Currently, scientists from more than 40 countries across 11 locations in Germany conduct research in the fields of biodiversity, earth system analysis and climate change. The head office of Senckenberg is Frankfurt am Main together with the Senckenberg Research Institute and Natural History Museum Frankfurt.

 

 To support the DFG-funded Specialized Information Service Biodiversity Research (www.biofid.de)

 

at our location in Frankfurt am Main we are looking for a

 

 Research Associate (m/f/d)

 

(100 %)

 

 at the earliest possible date.

 

 The Specialized Information Service Biodiversity Research is an interdisciplinary project to mobilize biodiversity data in historical and contemporary scientific publications, especially German literature. Your main task is the extension of existing thesauri and the design of ontologies on the morphology, ecology and systematics of soil fauna (particularly soil arthropods) on the basis of the data warehouse Edaphobase and in cooperation with our staff members in Görlitz. You will also be involved in the development of ontologies for describing plant-pollinator interactions. In addition to evaluating and consolidating text mining technologies, you will analyse and publish data in scientific journals together with the project partners. You are also expected to participate regularly in national and international conferences of relevant professional societies to present the project results.

 

 

 

The project is carried out in collaboration with the University Library Johann Christian Senckenberg (focus on digitization), the Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (focus on ontology design) and the Text Technology Lab (focus on text mining tools) at the Institute of Informatics of the Goethe University of Frankfurt.

 

 

 

Your profile:

 

·         Successfully completed university studies, ideally a doctoral degree in biology, bioinformatics or a related field with a specialization in ecology/soil zoology

 

·         research experience in interdisciplinary working environments and ideally relevant experience with biodiversity data bases

 

·         Demonstrable pertinent scientific publications

 

·         Knowledge of basic data standards for biodiversity data (e.g. Darwin Core/DwC, Access to Biological Collections Data/ABCD)

 

·         Experience in the analysis of ecological data or biodiversity data, respectively, and ideally with inter- and transdisciplinary project work

 

·         Experience in database query (SQL) and the use of programming interfaces (APIs)

 

·         Good programming skills [e.g., Java, Python] and, preferably software skills for the development of ontologies (e.g., Protégé)

 

·         Confident oral and written communication skills in German and English

 

·         Excellent abilities in team work and communication as well as self-reliant service- and target-oriented operation

 

 

 

What is awaiting you?

·         An attractive and challenging position in a research institution of international standing

 

·         The opportunity to gain experience in the above-mentioned fields of research as well as the chance to build up an international network with scientists in interdisciplinary fields

 

·         Flexible working hours – mobile working – leave of absence due to family reasons – parent-child-office (certified by the audit berufundfamilie) – annual special payment – company pension scheme – Senckenberg badge for free entry in museums in Frankfurt – leave of 30 days/year – discounted job ticket

 

 

 

Salary and benefits are according to a full-time public service position in Germany (TV-H E 13, 100%). The contract should start as soon as possible and will initially be limited for 17 months.

 

The Senckenberg Research Institutes support equal opportunity of men and women and therefore strongly invites women to apply. Equally qualified handicapped applicants will be given preference. The place of employment is in Frankfurt am Main, Germany. The employer is the Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung.

 

You would like to apply?

 

 Then please send your complete and meaningful application documents (letter of motivation, curriculum vitae, educational and professional references) in electronic form (as one continuous PDF file), quoting the reference number #11-20017, by November 15th, 2020 to Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! or apply directly on our homepage using the online application form.

 

For more information, please contact Dr. Christine Driller, christine.driller@senckenberg.de

 

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