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Postdoc Position in Comparative Genomics

The Hiller Lab at the LOEWE Center for Translational Biodiversity Genomics (TBG) in Frankfurt, Germany is looking for an ambitious Postdoc to investigate the genomic basis of phenotypic differences between vertebrates.
 
Project:
The project aims at linking phenotypic adaptations to genomic differences, which is a central goal in the genomics era. The postdoc is expected to capitalize on a powerful repertoire of genomic methods as well as genome alignments and comparative data for several hundred mammals and birds that the lab has generated. A large list of interesting adaptations including metabolic, physiological and morphological traits in bats, dolphins, other mammals and vertebrates is available to be studied, and choices can be influenced by the preference of the postdoc.
 
Our lab:
The mission of our group is to understand how nature's fascinating phenotypic diversity has evolved and how it is encoded in the genome. Work in the lab includes genome sequencing and assembly, genome alignment and annotation, development and application of comparative genomic methods to discover differences in genes and cis-regulatory elements, and the use of statistical approaches to link phenotypic to genomic changes [1-8].
 
Our lab is part of TBG (https://tbg.senckenberg.de/) and Senckenberg Research Society, and is based near the city center of Frankfurt am Main, Germany. The TBG provides access to cutting-edge computational infrastructure (HPC, genome browser) and lab facilities to sequence genomes of diverse creatures. English is the working language in our lab. Frankfurt is a vibrant and highly-international city at the heart of Europe that combines a skyscraper skyline with ample park and green areas.
 
Requirements:
Applicants should have a degree in bioinformatics/computational biology, genomics or a related area, and a strong publication record. Solid programming skills in a Linux environment and experience with shell scripting and Unix tools are required. Previous experience in large-scale comparative genomic data analysis is an advantage.
 
How to apply:
If interested, please email (i) your CV including publication list and contact information for at least two references and (ii) a summary of previous research experience (max 1 page) to Michael Hiller (Michael.Hiller@sen­­­­ckenberg.de). Further information: https://tbg.senckenberg.de/personen/hiller/
 
 
The position is fully-funded. Salary and benefits are according to TV-H E13 100%. The position will be initially for 2 years, but funding is available to extend it further. The employer is the Senckenberg Society for Nature Research in Frankfurt am Main. Senckenberg supports equal opportunity of men and women and therefore strongly invites women to apply. Equally qualified handicapped applicants will be given preference.
 
Application deadline is March 15th 2021. The position is available immediately and the search continues until the position has been filled.
 
Recent publications:
[1] Jebb et al. Six reference-quality genomes reveal evolution of bat adaptations. Nature, 583, 578–584, 2020
[2] Huelsmann et al. Genes lost during the transition from land to water in cetaceans highlight genomic changes associated with aquatic adaptations. Science Adv, 5(9), eaaw6671, 2019
[3] Hecker et al. Convergent gene losses illuminate metabolic and physiological changes in herbivores and carnivores. PNAS, 116(8), 3036-3041, 2019
[4] Roscito et al. Phenotype loss is associated with widespread divergence of the gene regulatory landscape in evolution. Nature Communications, 9:4737, 2018
[5] Langer et al. REforge associates transcription factor binding site divergence in regulatory elements with phenotypic differences between species. MBE, 35(12), 3027–3040, 2018
[6] Lee et al. Molecular parallelism in fast-twitch muscle proteins in echolocating mammals. Science Adv, 4(9), eaat9660, 2018
[7] Sharma et al. A genomics approach reveals insights into the importance of gene losses for mammalian adaptations. Nature Communications, 9(1), 1215, 2018
[8] Nowoshilow et al. The axolotl genome and the evolution of key tissue formation regulators. Nature, 554(7690), 50-55, 2018
 



W2-Professur Informatik mit Schwerpunkt Bioinformatik

Technische Hochschule Mittelhessen
Wiesenstraße, 14
35390 Gießen


Mit nahezu 18.000 Studierenden gehört die Technische Hochschule
Mittelhessen zu den größten Hochschulen für angewandte Wissenschaften in
Deutschland.

Zur Verstärkung unseres Kollegiums ist am Campus Gießen im Fachbereich
Mathematik, Naturwissenschaften und Informatik (MNI) zum nächstmöglichen
Zeitpunkt eine

  W2-Professur
  mit folgendem Fachgebiet
  Informatik mit Schwerpunkt Bioinformatik
  Bewerbungsende: 17. Februar 2021
  Ref. Nr. B 20-014

zu besetzen.

Detaillierte Informationen zu der zu besetzenden Professur –
insbesondere die sich aus den
§§ 61 und 62 HHG ergebenden Einstellungsvoraussetzungen des Landes
Hessen - entnehmen Sie bitte unserer Homepage unter:

  karriere.thm.de


Die Vereinbarkeit von Familie und Beruf ist uns ein Anliegen. Im Rahmen
des audits "familiengerechte Hochschule" arbeiten wir an der
Weiterentwicklung entsprechender Strukturen.

Bioinformatics Engineer (6 months) in Clinical Bioinformatics

Mission: 

In prevision of a maternity leave, a fixed-term contract of 6 months is available from April 2021 within the Clinical Bioinformatics Group included inside the Diagnostic and Theranostic Medecine Division of Curie Institute. 

Main activities: 

  • Implementation of analysis pipelines 

  • Developpement of custom tools for clinical diagnostic 

 

  • Calibration and validation of analysis pipelines 

  • Help to functionally interpret results using various databases 

  • Contribute to the evolution and maintenance of diagnostic pipelines: updates, bug reporting, validations 

  • Contribute to research projects associated with clinical trials 

  • Regular progress meetings with biologists 

 

  • Technological watch 

Required skills:  

  • Proficient with Unix/Linux environment 

  • Proficient in at least of the following programming languages (ideally with experience with several of them): python, java, R or any other object-oriented programming language 

  • Good knowledge of standard bioinformatics tools for analyzing and interpreting Next Generation Sequencing data (DNA and RNAseq) 

 

  • Have an interest for interactions with biologists 

  • Rigorous, dynamic, autonomous 

  • Excellent team work 

Desired skills: 

  • Good knowledge in algorithmics 

 

  • Code versioning using git 

  • Proficient in English (oral and written) 

  • Some skills in one or several of the following is highly advantageous: usage of calculation cluster (SGE / SLURM / LSF / MOAB, etc.), experience with distributed programming, usage of GPU, experience in machine learning / deep learning 

  • Some knowledge in oncology is advantageous 
     

Diploma: 

 

  • A PhD or MSc in Bioinformatics 

  • A first experience Next Generation data analysis is preferred

In order to apply, please send an email to bioinfo-clinique[AT]curie.fr

Bioinformatician [Collaborative Research Centre TRR 305]

In the framework of the newly funded Collaborative Research Centre TRR 305 „Striking a moving target: From mechanisms of metastatic organ colonisation to novel systemic therapies“, we are looking for a

Bioinformatician (m/f/d)

to support project partners in the bioinformatics analysis of omics data.

 

Your tasks will include:

  • setting up and maintaining pipelines for sequencing data analyses (bulk and single-cell RNA-Seq, ATAC-Seq, ChIP-Seq);
  • closely interacting with CRC project partners to support post-processing analyses of omics data (e.g. functional enrichment, visualisation and interpretation of results, data integration with publicly available datasets, preparation of publication-ready figures);

Your qualifications:

  • academic degree (MSc/PhD) in bioinformatics, computational or life sciences. A PhD is preferred but not essential.
  • prior experience in the analysis of next-generation sequencing data is advantageous;
  • familiarity with working in a Linux/Unix environment;
  • strong programming skills (e.g. Python, Perl, R);
  • excellent communication skills and fluency in English.

 

The position will initially be available for 4 years, with the possibility of further extension.

 

Applications should be sent to Dr. Fulvia Ferrazzi, Institute of Pathology, FAU Erlangen-Nürnberg (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!) and Wencke Wallusch (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!), and include a CV (containing a list of publications, if applicable), a brief description of research experience, as well as contact information of two references.

 

The EU funded International Training Network (ITN) "ALPACA" announces 14 PhD positions, to be filled in 2021

Please see https://alpaca-itn.eu/vacancies for a list of participating institutions / companies, and brief descriptions of the individual projects. Project start will generally be no later than September 2021, but depends on particular arrangements with the individual institution.

Applicants are asked to apply for up to a maximum of 5 positions. Applying for several positions is favorable, because applications may be discussed on a network wide level. However, applying for more than 5 positions may render the application ineligible.

Please apply directly at the institutions of your choice, following the links to the institutions listed at https://alpaca-itn.eu/vacancies.

Deadlines for submission of applications can vary by institution. As a general guideline, it is favorable to submit applications before 15th of February to receive full consideration.

Looking forward to receiving your application.

Ph.D. position in plant RNA bioinformatics

We are seeking a Ph.D. student for a project to discover and understand structured RNAs in plants. The position is in the research group of bioinformatician Dr. Zasha Weinberg (https://zashaweinberglab.org) at Leipzig University, and is a collaboration with Prof. Andreas Wachter (https://mps-imp.biologie.uni-mainz.de), whose lab studies plant biology at the University of Mainz.

The last 20 years have seen a revolution in our understanding of the impact and versatility of non-coding and cis-regulatory RNAs in biology, i.e., RNAs that do not function as a simple messenger. Our goal is to develop novel bioinformatics approaches to find new types of plant RNAs, and to study these RNAs to better understand plant biology, especially alternative splicing. Your role will be to design and program new computational methods, analyze the resulting predictions from a bioinformatic and biological perspective and interact with the Wachter lab.

More information and how to apply:  https://zashaweinberglab.org/plants/



Doktorand/in/Postdoc: Integrative Zellbiologie und Bioinformatik

Der Zustand jeder Zelle wird durch das komplexe Zusammenspiel vieler verschiedener epigenetischerMechanismen gesteuert, welche somit für die Entwicklung eines Organismus sowie Krankheitsbildung verantwortlich sind. Die zugrundeliegenden regulatorischen Faktoren können mithilfe moderner Sequenzierungsverfahren genomweit charakterisiert werden.Die kürzlich gegründete Forschungsgruppe Integrative Zellbiologie und Bioinformatik(https://icb.uni-saarland.de/)beschäftigt sich mit der Entwicklung und Anwendung computergestützter Verfahren um diejenigen molekularen Mechanismen, die für den Zellzustand im Kontext von Entwicklung und Krankheit verantwortlich sind, zu entschlüsseln. Dies umfasst insbesondere die Analyse und Integration großer multi-omics Datensätze. Hierzu forschen wir an der Schnittstelle zwischen Epigenomik, Biostatistik, Algorithmen und maschinellem Lernen in interdisziplinären Kollaborationen zwischen Molekularbiologie und Informatik.Wir suchen motivierte und kreative Mitarbeiter/innen für unser Team. Die Möglichkeit zur Promotion wird beiErüllung der Vorraussetzungengegeben.

Links: [bitte verwenden Sie html Links im Text oder geben Sie hier gewünschte Links durch Angabe des Stichworts und der Link-Adresse an]
https://icb.uni-saarland.de/?p=215

Bioinformatics Scientist and Software Engineer

The _Institute for Virology _ <http://virologie.uk-koeln.de/>(Director: Univ.-Prof. Dr. Florian Klein) specializes in diagnostics and research pertaining to human pathogenic viruses. We apply a wide spectrum of molecular biological and bioinformatics techniques. Research topics include the identification and assessment of the development of viral resistance as well as research on new vaccination and therapeutic strategies.  This research is performed in the _Laboratory for Resistance Analysis_ <http://virologie.uk-koeln.de/forschung/ag-kaiser>directed by Dr. Rolf Kaiser. In collaboration with the Max Planck Institute for Informatics in Saarbrücken we have developed algorithms and implemented software (_geno2pheno_ <http://www.geno2pheno.org/>) that is used internationally and facilitates bioinformatics analyses of viral resistance for HIV as well as the hepatitis C and hepatitis B viruses. Directed by _Prof. Dr. Thomas Lengauer_ <https://bioinf.mpi-inf.mpg.de/homepage/index.php?&account=lengauer>, who directed the development of the server and who is currently affiliated with our Institute we are continuing our research on the respective methods and applications. Furthermore we are extending our research to bacterial infections and cancer.
You will work in a highly interdisciplinary environment that is internationally excellently interconnected and provides opportunities for innovative research on patient-related and medically highly relevant topics. Collaboration with research groups in medicine, computational biology and computer science at Cologne University are existing or available. Your research will uniquely combine basic research on computational methods with medical applications. Perspectives for scientific advancement towards PhD or beyond are included in the profile of the position.
Application materials include letter of motivation, CV, documents and transcripts, publication list, research statement (detailed description of previous experiences in research and programming as well as sketch of research perspectives) and names of two references – or employer’s reference letters, also from recent times, for applicants from an industrial background. We ask for supplying complete applications with all requested documents.  Please apply at the portal accessed via the link at the bootm of the announcement at https://jobs-uk-koeln.de/index.php?ac=jobad&id=1979 <https://jobs-uk-koeln.de/index.php?ac=jobad&id=1979>

Your tasks

  * Research on bioinformatics methods for processing and analyzing
    comprehensive genomic and clinical datasets (viral and bacterial infections)
    Support of porting the geno2pheno server from Saarbrücken to the University
    of Cologne and advancing the respective methods and software
  * Administration and continuing development of the software that is provided
    by the Laboratory for Resistance Analysis
  * Development, implementation and application of corresponding software


Your Profile

  * Master or PhD in bioinformatics/computational biology, biostatistics,
    computer science or a closely related field
  * Extensive knowledge and experience with programming languages and
    environments (e.g. R, Python, Perl, PHP, C++, Java, Javascript, Oracle,
    Webserver), to be documented via central contributions to larger programming
    projects (programming experience within curricular courses or practicals is
    not sufficient)
  * Proactive team player with excellent communication and writing skills
  * Extensive knowledge and experience with methods of statistics and
    statistical learning including their mathematical foundation

Our Offer

  * A research environment that offers exciting and diverse opportunities
    Perspectives for further scientific qualification
  * Flexible working hours
  * Opportunity  for further scientific qualification towards PhD or
    habilitation, respectively
  * Three-year term, possibility of subsequent permanent employment after
    successful evaluation
  * your salary will be based on TV-L until EG 14, depending on requirements


Links:
https://jobs-uk-koeln.de/index.php?ac=jobad&id=1977 <https://jobs-uk-koeln.de/index.php?ac=jobad&id=1977>
https://jobs-uk-koeln.de/index.php?ac=jobad&id=1979 <https://jobs-uk-koeln.de/index.php?ac=jobad&id=1979>

Wissenschaftler und Software Ingenieur in Bioinformatik

Das_Institut für Virologie_ <http://virologie.uk-koeln.de/>(Direktor: Univ.-Prof. Dr. Florian Klein) ist spezialisiert auf die Diagnostik und Erforschung  humanpathogener Viren und nutzt dazu ein breites Spektrum an molekularbiologischen und bioinformatischen Analysen. Zu den Forschungsschwerpunkten des Instituts gehören unter anderem die Erkennung und Beurteilung von viralen Resistenzentwicklungen und die Entwicklung neuer Impf- und Therapiekonzepte. Die Forschungen werden in der _AG Resistenzforschung_ <http://virologie.uk-koeln.de/forschung/ag-kaiser>, die von Dr. Rolf Kaiser geleitet wird, vorgenommen. Unsere in Kooperation mit dem Max-Planck-Institut für Informatik entwickelten Algorithmen und implementierte Software (_www.geno2pheno.org_ <http://www.geno2pheno.org/>) werden international verwendet und erlauben bioinformatische Analysen zur Resistenzbestimmung sowohl bei HIV als auch bei Hepatitis B und C Viren. Unter Leitung von _Prof. Dr. Thomas Lengauer,_ <https://bioinf.mpi-inf.mpg.de/homepage/index.php?&account=lengauer>unter dessen Leitung der geno2pheno Server entstand, und der derzeit mit unserem Institut affiliiert ist, führen wir die betreffenden methodischen Arbeiten fort. Des Weiteren wenden wir die hier gewonnenen Erkenntnisse auch bei bakteriellen Infektionen und Krebserkrankungen an.
Sie arbeiten in einer hoch interdisziplinären und international exzellent vernetzten Umgebung, die hervorragende Ansätze zu innovativer Forschung an patientennahen medizinisch hoch relevanten Themen bietet. Kollaborationen mit Medizin, Biowissenschaften und Informatik an der Universität zu Köln sind vorhanden oder möglich. Ihre Arbeit vereint in einzigartiger Weise methodische Grundlagenforschung mit medizinischer Anwendung. Weiterbildung in Richtung auf Promotion bzw. Habilitation ist im Arbeitsplatzprofil mit einbegriffen.
Die Bewerbungsunterlagen umfassen Motivations-Anschreiben, Lebenslauf, Zeugnisse, Publikationsliste, Forschungsstatement (ausführliche Beschreibung bisheriger Forschungs- und Programmiererfahrungen sowie Skizzierung von Forschungsabsichten) und Nennung von zwei Referenzen bzw. bei BewerberInnen aus dem industriellen Umfeld Vorlage von Arbeitszeugnissen, auch aus jüngerer Zeit. Wir bitten um vollständige Einsendung aller geforderten Bewerbungsunterlagen. Bitte bewerben Sie sich über das Portal, das durch den Link am unteren Ende der Ausschreibung auf https://jobs-uk-koeln.de/index.php?ac=jobad&id=1977 <https://jobs-uk-koeln.de/index.php?ac=jobad&id=1977>angesteuert werden kann.


 Ihre Aufgaben

  * Forschung zu bioinformatischen Methoden für die Prozessierung und
    statistische Analyse umfangreicher genomischer und klinischer Datensätze
    (virale und bakterielle Infektionen)
  * Entwicklung, Implementierung und Anwendung von Software zur selben Thematik
  * Administration der von der AG Resistenzanalyse angebotenen Software und
    deren Weiterentwicklung
*» Ihr Profil*

  * Diplom, Master oder Promotion in Bioinformatik, Biostatistik, Informatik
    oder einem eng verwandten Bereich
  * Umfangreiche Erfahrungen mit Methoden der Statistik und des statistischen
    Lernens inklusive der unterliegenden mathematischen Grundlagen
  * Umfangreiche Kenntnisse und Erfahrung in Programmiersprachen und Umgebungen
    (z.B. R, Python, Perl, PHP, C++, Java, Javascript, Oracle, Webserver)
    belegbar durch zentrale Beiträge zu größeren Programmierprojekten
    (Programmiererfahrungen aus Lehrveranstaltungen reichen nicht aus)
  * Proaktiver Teamplayer mit hervorragender Kommunikations- und Schreibkompetenz


Unser Angebot

  * Ein vielfältiges und chancengerechtes Arbeitsumfeld
  * Flexible Arbeitszeitenmodelle
  * Möglichkeit zur wissenschaftlichen Weiterqualifizierung in Richtung
    Promotion bzw. Habilitation
  * Befristung auf drei Jahre, Möglichkeit der anschließenden Entfristung nach
    erfolgreicher Evaluierung
  * Die Vergütung erfolgt nach TV-L bis EG 14, je nach Voraussetzung

Links:
https://jobs-uk-koeln.de/index.php?ac=jobad&id=1977 <https://jobs-uk-koeln.de/index.php?ac=jobad&id=1977>
https://jobs-uk-koeln.de/index.php?ac=jobad&id=1979 <https://jobs-uk-koeln.de/index.php?ac=jobad&id=1979>



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