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In der Arbeitsgruppe von Prof. Dr. Caroline Friedel an der Ludwigs-Maximilians-Universität München sind frühestens zum 1.10.2019 zwei Stellen als 

Wissenschaftlichen Mitarbeiter/in (TV-L 13, 100%) 

als Promotions- oder Postdoc-Stelle zu besetzen. Der Beginn der Stelle ist flexibel bis zum 31.3.2020. Eine Bewerbung ist auch bereits jetzt möglich, wenn Master oder Promotion erst in einigen Monaten abgeschlossen werden. Beide Stellen werden durch die DFG gefördert.

Themen der Stellen:

1. Großskalige Untersuchung von Short-Read-Archiven zu Störungen in der Transkriptionsterminierung und zirkulärem Spleißen / Large-scale investigation of short read archives for disruption of transcription termination and circular splicing

Ziel dieses Projektes ist dabei die Entwicklung und Anwendung von neuen Methoden zum Durchsuchen großer Read-Datenbanken wie die NCBI SRA nach Evidenz für Störungen in der Transkriptionsterminierung und speziellen Splicing-Ereignissen. 

Details: https://www.bio.ifi.lmu.de/aktuelles/stellenangebote/friedel_sra_mining/sra_details.html 

2. Funktionelle Analyse der Induktion offenen Chromatins stromabwärts von Genen in der HSV-1-Infektion / Functional analysis of downstream open chromatin induced in HSV-1 infection

In früheren Studien haben wir festgestellt, dass HSV-1 Infektion zu einer massiven Störung der Transkriptionsterminierung führt, die mit offenem Chromatin in intergenischen Regionen assoziert ist. In diesem Projekt sollen nun RNA-seq und ChIP-seq Daten aus einer Kollaboration mit Prof. Lars Dölken vom Institut für Virologie der Universität Würzburg analysiert werden und neue Methoden entwickelt werden, um den Mechanismus und auslösenden Faktor für das offene Chromatin zu identifizieren.

Details: https://www.bio.ifi.lmu.de/aktuelles/stellenangebote/friedel_sra_mining/details_chromatin.html

Voraussetzungen: 

Kandidatinnen und Kandidaten sollten ein Hochschulstudium (Master/Diplom) bzw. eine Promotion für die Postdoc-Stelle in Bioinformatik oder einem nahe verwandten Fachgebiet absolviert haben oder kurz vor dem Abschluss stehen. Vorausgesetzt werden gute Programmierkenntnisse (Java, Python und/oder Perl) und Interesse an quantitativer Datenanalyse und bioinformatischer Methodenentwicklung. Erfahrungen mit der Analyse von Hochdurchsatz-Daten, insbesondere Next-Generation Sequencing-Daten, wären von Vorteil. 

Bewerbungen mit den üblichen Unterlagen (Lebenslauf, Zeugniskopien, Master/Diplom-Arbeit bzw. Doktorarbeit als PDF per Email) bzw. Fragen zur Stellenausschreibung sind zu richten an:

Prof. Dr. Caroline Friedel 
Lehr- und Forschungseinheit für Bioinformatik
Institut für Informatik
Ludwig-Maximilians-Universität München
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