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PostDocs and PhD positions on ProteomicsDB [Munich/Freising]

 

To drive the newly funded research effort “Data integration, Analytics and Services in ProteomicsDB” (DIAS) jointly run between the chairs of Proteomics and Bioanalytics, Bio-informatics, Information Systems and the University Medical School, we are looking to fill five positions for PostDocs and PhD students in Bioinformatics and Computational Biology with a strong background or interest in bioinformatics, database design, data visualization, machine learning and their application in biomedical research. The successful candidates will be key members of a strong interdisciplinary team focused on the development and application of proteomic and genomic approaches to cellular signaling, chemical biology and biomarker discovery in the areas of cancer research and personalized medicine. Five research topics are available which focus on: i) Service engineering in life science research, ii) Data services for mass spectrometry-based proteomics, iii) Integration and analytics of drug effect data, iv) Integration and analytics of protein structure data and v) Support decision making in molecular tumor boards.
 
You will collaborate with colleagues at the European Bioinformatics Institute (PRIDE, ChEMBL and Uniprot), Cellzome (a GSK company) and ThermoFisher Scientific. The project goals are: i) to provide FAIR access to research data, data analytics and data services in ProteomicsDB to the world-wide scientific community; ii) to demonstrate that the integrated analysis of hetero-geneous data modalities leads to new models providing insight into complex biological rela-tionships; iii) to demonstrate that molecular, drug and phenotypic data and data services in ProteomicsDB can be translated to aid clinical decision making.
 
Requirements: candidates should hold a degree in Bioinformatics, Informatics or a related discipline. Extensive theoretical knowledge of and practical skills in statistical analysis, rela-tional database technology, programming and scripting are essential. Additional desirable skills include a sound understanding of proteomic and genomic technologies and data as well as basic biological and (bio) chemical concepts. We are looking for self-motivated and broadly interested individuals with high potential. Flexibility and the ability to work in a multidisciplinary environment on multiple scientific and infrastructure projects focused on innovative ideas are essential. Good communication and interpersonal skills and experience in presenting con-cepts and data in oral and written formats are also important.
Links:  https://proteomics.wzw.tum.de/index.php?id=201

Wir suchen baldmöglichst eine/n Biodiversitätsinformatiker/in (m/w/d) für die Stabsstelle IT-Infrastruktur und Biodiversitätsinformatik (E13 TV-L, 100%)

Das Staatliche Museum für Naturkunde Stuttgart (SMNS) ist mit seinen beiden Standorten Museum am Löwentor und Schloss Rosenstein mit mehr als 150 Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern eines der größten Naturkundemuseen Deutschlands und erfüllt eine Vielzahl von Aufgaben in Forschung, Bildung und Lehre. Unser Museum betreibt in der Gemeinschaft der Forschungsmuseen unter u.a. Projekte zur Digitalisierung der Sammlungsbestände und ist bestrebt, seine Sammlungs- und Forschungsdatenbanken fortlaufend national und international zu vernetzen.

 

Zur Verstärkung der dazu notwendigen IT suchen wir Sie, eine/n Informatiker/in oder eine/n gleichwertig ausgebildete/n, wissenschaftsaffine/n Spezialisten/in, der/die gerne Verantwortung in den Vernetzungen übernehmen möchte und Interesse an neuen Software-Lösungen hat.

 

Zu Ihren Aufgaben gehören:

  • Weiterentwicklung forschungsbezogener Datenbanken und Anwendungen
  • digitale Verarbeitung biologischer (inkl. molekularer) Daten
  • aktive Mitarbeit bei der Weiterentwicklung biodiversitätsinformatischer Werkzeuge
  • Administration von Internetressourcen des Museums
  • Unterstützung von Forschungsprojekten

 

Ihr Profil:

  • Sie verfügen über ein abgeschlossenes Informatikstudium oder ein abgeschlossenes Studium der Biologie oder Paläontologie mit nachweislich herausragender IT-Expertise
  • sichere Beherrschung von SQL-Datenbanken, Linux und Webtechniken
  • Scriptprogrammierung (möglichst auch XSLT)
  • Statistik für biologische Fragestellungen
  • sehr gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift
  • Teamfähigkeit, hohe Belastbarkeit und überdurchschnittliches Engagement

 

Wir bieten Ihnen:

  • ein interessantes, vielfältiges und anspruchsvolles Aufgabengebiet, das persönliche Gestaltungsmöglichkeiten beinhaltet
  • einen attraktiven Arbeitsplatz im Zentrum Stuttgarts
  • Gleitzeit und familienfreundliche Arbeitszeiten
  • Teilnahme am betrieblichen Gesundheitsmanagement
  • fachliche und persönliche Weiterentwicklung durch Fortbildungsprogramme

 

Die Vergütung erfolgt nach E 13 TV-L. Die Tätigkeit ist zunächst auf 3 Jahre befristet, eine Verlängerung um zwei weitere Jahre ist vorgesehen. Es wird angestrebt, die Stelle danach zu verstetigen.

 

Ihre Bewerbung richten Sie bitte ausschließlich online (in einer Datei, max. 5 MB) bis spätestens 28.04.2019 an This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.. Die Auswahl-gespräche sind für KW 18 (03.05.19) oder KW 19 (06.05.2019) vorgesehen. Für weitere Informationen stehen Ihnen Herr Dr. Holstein, Telefon 0711/8936-234 oder Herr Dr. Monje, Telefon 0711/8936-238 zur Verfügung. Bitte beachten Sie, dass Ihre Daten nicht automatisch verschlüsselt werden.

 

Schwerbehinderte werden bei gleicher Eignung bevorzugt eingestellt. Wir streben in den Bereichen, in denen Frauen unterrepräsentiert sind, die Erhöhung des Frauen-anteils an und bitten daher qualifizierte Frauen nachdrücklich um ihre Bewerbung.

 

Links:https://www.naturkundemuseum-bw.de/stellen/biodiversitaetsinformatikerin-mwd

Senior Bioinformatics Scientist (Protein Bioinformatics) (m/f/d)

We are seeking for our headquarters in Heidelberg a highly motivated

 

Senior Bioinformatics Scientist (Protein Bioinformatics) (m/f/d)

 

As a member of the Protein Bioinformatics team in the Research department, you will have the

following responsibilities:

 

  • Prototyping innovative tools that support a revolutionary, data-driven technology that enables
  • precision medicine
  • Evaluation of existing tools and data resources
  • Conceptualization, development, and maintenance of algorithms, processes, databases, and
  • prototype web interfaces
  • Support for services and custom solutions, e.g. for the pharmaceutical industry

 

Your skills and qualifications:

  • PhD in computational biology, bioinformatics, computational chemistry, or a closely related field
  • Broad hands-on experience in bioinformatics programming, including shell scripting, objectoriented

programming (either Perl or Python) and experience with RDBMS systems (e.g.PostgreSQL, MySQL, etc.)

  • Several years of experience in at least three of the following areas:
  • Profound knowledge of standard bioinformatics algorithms and databases, including protein and nucleotide sequence analysis
  • Comprehensive experience with pathway-, protein structure-, and interaction databases
  • Knowledge in and practical experience with machine learning technologies such as SVMs, Neural Networks etc.
  • Hands-on experience with implementing data production pipelines (ETL processes)
  • A strong grasp of molecular biology and genetics
  • Experience with handling data from clinical trials databases such as clinicaltrials.gov is considered a strong plus for this position
  • Strong analytical and problem-solving skills as well as scientific creativity are essential
  • Clear sense of organization, purpose, accountability and concise reporting
  • Ability to work independently, dependable, focused, project- and team-oriented
  • Excellent oral and written communication skills
  • Fluent in English (spoken and written)
  • Work experience in industry or as an academic post-doc is considered a plus

 

We offer:

  • An innovative, exciting international company that values employees who can think outside of the box, who want to make a difference and strike out in a new direction
  • A challenging, stimulating scientific and professional environment with a focus on innovation and on the continuous development of our company
  • A modern working environment in a new office building
  • A multicultural team and attractive company events, together with an open culture of trust
  • Excellent location in the center of Heidelberg
  • Opportunities for personal development in a global company
  • Competitive compensation and attractive benefits package, flexible working models

 

Molecular Health believes in the principles of equal opportunities, diversity and workplace integration.

 

Take the first step and contact us! We are looking forward to receiving your complete application (cover letter, CV, and certificates), in English or German, including your salary expectations and earliest start date. Please send it to Thorsten Vogt at This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it..

 

 

For further information on how your data will be processed in the context of an application, please follow the link: www.molecularhealth.com/de/datenschutz/

Bioinformatician / neuroscience / Heidelberg

About BioMed X

The BioMed X Innovation Center is an exciting new collaboration model at the interface between academia and industry (Nat Biotechnol. 2015 33(1):20-1). At our center, distinguished early-career scientists recruited from all over the world work jointly on novel pre-clinical research projects in the fields of biomedicine, molecular biology, cell biology and diagnostics.

About Team BMP (Brain Microcircuits in Psychiatric Diseases)

The main aim of the team, headed by Dr. Michal Slezak, is to understand biological correlates of phenotypes related to human psychiatric diseases. Using advanced behavioural, genetic and physiological approaches combined with computational methods we identify genes underlying glial dysfunction and we use this knowledge to rescue disease-related phenotypes.

The position

We are offering a senior postdoctoral position for an enthusiastic researcher to broaden our think-tank. The ideal candidate has a PhD in bioinformatics, a proven track record evidenced by prior publications and is capable of independent thinking. The main responsibilities include:

  • Statistical analysis of data obtained from cell type- and brain-region-specific gene expression data from rodent models and 
    human brain samples, as well as cell cultures differentiated from patient-specific induced pluripotent stem cells (iPSC)
  • Integration of data from these distinct models with public databases, to validate original findings in the context of the cell type, brain region and disease (e.g. GSEA)
  • Pathway analysis to conclude genetic networks and signaling pathways affected by a disease state or targeted genetic manipulation (e.g. IPA)
  • Contribution to the design of experimental strategies to translate the results of transcriptional surveys to phenotypic studies
  • Collaboration with bioinformatics experts of the industry partner, Boehringer Ingelheim
  • Monitoring the field of psychiatric research for novel methods and pathways of interest

Required skills

  • PhD in the area of bioinformatics, computational biology, systems biology or similar
  • Knowledge in statistical methods in the context of biological systems
  • Prior experience with RNAseq analysis
  • Advanced programming skills in R and/or Python
  • Independent and creative thinking
  • Very good work organization skills
  • Experience to work in interdisciplinary teams
  • Excellent communication skills in English

Additional preferred skills

  • Experience in analysis of NGS data in the context of neuroscience
  • Experience in high-throughput screening methods
  • Experience in mining, integration and analysis of high-throughput datasets

Candidates are requested to submit

  • 1-page cover letter explaining the reasons of interest to join our team
  • Curriculum Vitae outlining scientific interests, research achievements, a record of publications, future personal goals and extra-scientific passions
  • 1- 2 reference letters

What we offer

The current post is offered for a limited term until 31 July 2020. BioMed X is a multidisciplinary and international research institution with a very collegial and flexible working environment. As part of the remuneration package we offer a competitive salary, access to training and lecture courses in house as well as in neighboring research institutions on the Life Science Campus in Heidelberg. Team recognition events, such as our annual two-day retreat, joint luncheons and after work events, a Summer and a Christmas party are just some of the other perks our fellows enjoy. The position is sponsored by Boehringer Ingelheim. Please submit your application to the attention of Dr. Michal Slezak before 15th April 2019 via the online application system on this website. Applicants will be interviewed upon incoming documents, hence please get in touch as soon as you decide to apply.

Contact:

 

Dr. Michal Slezak Phone: +49 6221 4261163 Email: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

Wissenschaftliche/r Mitarbeiter-in [Gießen]

 An der Professur für Systembiologie mit dem Schwerpunkt Genomik, Proteomik und Transkriptomik, Fachbereich Biologie und Chemie,

ist im Rahmen eines drittmittelfinanzierten BMBF-Projektes eine volle Stelle mit einer/einem

 

Wissenschaftlichen Mitarbeiterin/Mitarbeiter

 

zum nächstmöglichen Zeitpunkt befristet bis zum 31.12.2021 zu besetzen.

Bei Vorliegen der tariflichen Voraussetzungen erfolgt die Vergütung nach Entgeltgruppe 13 Tarifvertrag Hessen (TV-H).

 

Aufgaben:

Zertifizierung einer Cloud-Computing-Infrastruktur, Einführung der entsprechenden Managementsysteme.

Planung und Überwachung der Implementierung und Bereitstellung Cloud-basierter Services.

Erstellung einer Benutzer-orientierte Sammlung von bioinformatischen Software-Tools inkl. Installation und Funktionstest in OpenStack- und Kubernetes-basierten Umgebungen.

Pflege der Benutzerdokumentation.

Unterstützung bei Datenanalyse sowie Entwicklung neuer Softwaretools für die Analyse und Visualisierung von Hochdurchsatzdaten.

 

Anforderungsprofil:

Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium in der Bioinformatik / Informatik oder einem anderen IT-nahen Fach.

Umfangreiche Erfahrung im Bereich Systemadministration, insbes. mit Linux-Betriebssystemen.

Weitere Kenntnisse siehe komplette Ausschreibung.

 

 

Link zur kompletten Ausschreibung: http://www.inst.uni-giessen.de/stellenmarkt/pdf/stelle0011741.pdf

Wissenschaftlicher Mitarbeiter (m/w/d) Bioinformatik / Genetische Epidemiologie / Biometrie

Vollzeit - JobID: P0025V114

baldmöglichst für den Bereich Bioinformatik / Genetische Epidemiologie / Biometrie im Institut für Human­genetik (Direktor: Prof. Dr. med. Christian Schaaf) gesucht.

Die Stelle ist zunächst befristet auf zwei Jahre. Eine anschließende Weiterbeschäftigung ist vorgesehen.

Ihre Aufgaben und Perspektiven

  • Unterstützung bei bioinformatischen Projekten
  • Statistische Beratung
  • Koordination der EDV-Angelegenheiten des Instituts
  • Datenschutzansprechpartner
  • Mitwirkung bei wissenschaftlichen Projekten
  • Einwerbung von Drittmitteln


Es besteht die Möglichkeit zur eigenständigen Forschung. Die Vergütung erfolgt nach TV-L.

Ihr Profil

  • Studium in Bioinformatik / Genetische Epidemiologie / Statistik oder verwandten Bereichen
  • Ausgewiesene Erfahrungen im selbstständigen wissenschaftlichen Arbeiten, bevorzugt mit einer erfolgreich abgeschlossenen Promotion
  • Fundierte Erfahrungen mit bioinformatischen Fragestellungen im Bereich Analyse von OMICS-Daten in Diagnostik und Forschung
  • Erfahrungen mit statistischen Verfahren in der Genetik
  • Organisationvermögen, Initiative, Kommunikationsfähigkeit, Teamgeist

Wir bieten Ihnen

  • Zielorientierte individuelle Fort- und Weiterbildungsmöglichkeiten
  • Gezielte Einarbeitung
  • Jobticket
  • Möglichkeit der Kinderbetreuung (Kinderkrippe und Kindergarten) sowie Zuschuss zur Ferienbetreuung für Schulkinder
  • Aktive Gesundheitsförderung
  • Betriebliche Altersvorsorge
  • Zugriff auf die Universitätsbibliothek und andere universitäre Einrichtungen (z. B. Universitätssport)

Kontakt & Bewerbung

Für Rückfragen zu den Tätigkeiten wenden Sie sich bitte an Dr. Christine Fischer unter Tel. 06221 56-5060, This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it..

Interessiert?


Wir freuen uns auf Ihre Bewerbung bis zum 30.04.2019 per E-Mail (mit einem einzigen PDF-Dokument).

Universitätsklinikum Heidelberg
Institut für Humangenetik
Prof. Dr. C. Schaaf, Direktor 
Im Neuenheimer Feld 366
69120 Heidelberg
This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

Veröffentlichung: 01.04.2019

Wir stehen für Chancengleichheit. Schwerbehinderte werden bei gleicher Eignung vorrangig eingestellt. Das Universitätsklinikum strebt eine generelle Erhöhung des Frauenanteils in allen Bereichen und Positionen an, in denen Frauen unterrepräsentiert sind. Qualifizierte Frauen sind daher besonders aufgefordert, sich zu bewerben. Vollzeitstellen sind grundsätzlich teilbar, soweit dienstliche oder rechtliche Gründe nicht entgegenstehen.

 

 

Link zur Ausschreibung:  https://karriere.klinikum.uni-heidelberg.de/stellenangebot/8238/Wissenschaftlicher-Mitarbeiter-%28m%7Cw%7Cd%29-Bioinformatik-%7C-Genetische-Epidemiologie-%7C-Biometrie.html

PhD Positions in Data Science and Bioinformatics in Heidelberg

Are you interested in solving fascinating biological or medical questions computationally?

 

At the German Cancer Research Center (DKFZ) in Heidelberg, Germany’s largest biomedical research institute, computational scientists work at the forefront of cancer research. They combine inter­disciplinary approaches from physics, biology, bioinformatics and statistics to analyze and understand complex biological and medical data.

 

Main activities at the DKFZ involving big data:

•             Development and application of computa­tional methods for the integrative analysis of genomic, epigenomic, transcriptomic, proteomic, meta­bolomic and radiomic data

•             Development of methods for modeling and simulation of biological and medical processes

•             DNA mutation analysis by next-generation DNA sequencing of individual human cancer genomes

•             Application of state-of-the-art technologies in automated live-cell imaging and image analysis

•             Computer-assisted radiology and surgery

•             Biostatistical evaluation of experimental and clinical data

•             Integration and development of new methods for systems biology and systems medicine

 

More information at https://www.dkfz.de/datascience

 

Full funding is provided for the duration of the PhD.

 

If you are interested in doing your PhD in the field of computational cancer research, why not join the International PhD Program at the DKFZ with more than 500 PhD students?

More information about the program at https://www.dkfz.de/en/phd-program/index.html?campaign=phd/bioinf

 

Application deadline: 31st May 2019

 

 

Leiterin / Leiter (m/w/d) Computational Core Unit (Bioinformatik) (Vollzeit TV-L EG 13, unbefristet)

Zur Unterstützung von Forschungsprojekten in den Fakultäten für Biologie und Vorklinische Medizin, Medizin und Physik suchen wir eine/n wissenschaftliche/n Mitarbeiter/in für den Aufbau und die Leitung einer Core Unit zur Analyse von OMICS Daten, insbesondere von Hochdurchsatz-Sequenzierungs-Daten (NGS).

Bewerbungen bitte bis 15. Mai 2019 per E-Mail an This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it. senden.

 

Links: https://www.uni-regensburg.de/universitaet/stellenausschreibungen/lehre-forschung/index.html

Ph.D. candidate in Computational Biology

At the Department of Gynaecology (Charité Medical University Berlin, Campus Virchow Clinic) we are looking for a Ph.D. candidate in Computational Biology or Bioinformatics in a project to redefine our understanding of principal drivers of molecular subtypes in ovarian cancer. Our centre has a unique environment, with regards to equipment, facilities and access to clinical samples with a strong track record in translational research. We have collected molecular samples and molecular data for the largest cohort of ovarian cancer. In collaboration with Prof. Nils Blüthgen, (Institute of Pathology, Charité Medical University, Berlin, Germany), we will now develop and use computational methods to our large collection of diverse omics data with the goal to acquire a functional understanding of signaling networks and their deregulation in ovarian cancer. The bioinformatics researcher will be part of one of the world's leading laboratories, with specialization and years of experience in implementing complex, bioinformatics methods for the interpretation of signal transduction pathways. The group leverages existing tools and develops novel algorithm for pathway modeling to study drug effects, hence efficacy of pharmacological inhibitors and to understand resistance mechanisms.
 
Requirements
The candidate for this Computational Biologist position must be computer literate, competent using programming/scripting languages that are used in computational biology (such as R). She/he ideally has experience in dealing with gene expression as well as proteomics data. The candidate will identify, use and develop suitable techniques for an integrative analysis of the large cohorts.

 •     Research scientist require a MSc degree in bioinformatics, biophysics or any other field with relevance to biology/computational biology
 •     Proficiency in basic programming fundamentals for data analysis (preferably in R)
 •     Ability to collaborate and communicate complex technical concepts
 •     Understanding of basic cancer molecular biology principles
 

Einstellungstermin
ab sofort

Beschäftigungsdauer
36 Monate
 
Arbeitszeit
39 Wochenstunden
 
Vergütung
E13 TVöD (65%) Die Eingruppierung erfolgt unter Berücksichtigung der Qualifikation und der persönlichen Voraussetzungen.

 
Kontakt:

 

 


Dr Hagen Kulbe

 

Senior Scientist / Department of Gynaecology

 

Charité Comprehensive Cancer Centre

Charité Medical University Berlin, Campus Virchow Clinic

Augustenburger Platz 1

13353 Berlin

Germany

 

Tel: +49 (0)30 450 564 476

email: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

PhD Position in Homology-Based Genome Annotation

Apply until April 3rd for the three-year PhD position (65% E 13 TV-L) that is available immediately and
funded by the US National Institutes of Health as part of the project ‘Addressing Open Challenges of Computational Genome Annotation’.

The candidate shall perform research in the area of bioinformatics tool development for genome annotation. In particular, the plan is to develop a new functionality of the AUGUSTUS program for homology-based gene prediction.

The candidate should be familiar with hidden Markov models, current genomics tools and C++ programming and
have practical experience in handling large amounts of data.

Links: Official Job Announcement